回國以後，張維迎發表了大量關於企業改革的文章，他認為國有企業在兩個方面存在致命的缺陷，一是在選擇經營者上，二是在對經營者的長期激勵上。因為國有企業領導的任命是由政府決定的，他沒有發掘人才的動力，而且即使是人才，也未必能在企業領導的崗位上站住腳。因此他得出結論：國企改革的出路在於把選擇經營者的權力轉移，從政府手中轉到資產所有者手中，也就是實行民營化改革。
1999年，他出版了《企業理論與中國企業改革》一書，把所有關於企業改革的成果都寫了進去，從那以後，一方面因為時間問題，另一方面在於他認為國企民營化已經成為趨勢，因此他基本沒有再提過企業改革的問題。
從1984年來到北京，直到1999年他被任命為北大光華管理學院第一副院長，整整15年的時間，張維迎始終都把目光盯在中國市場經濟的發展上，對中國改革開放後這關鍵的15年的經濟政策制定，作出了重要的貢獻。
儘管在這段時期，改革的現實比之張維迎的期望滯後了許多，但他的理論研究方向跟經濟政策始終是基本一致的。
但是，隨著國有企業改革的逐步深入，某些領域的國家壟斷現象也越來越突出，而張維迎對政府管制所持的觀點也越來越尖銳。
5．「燕園變法」和「黑錢風波」
1999年2月，張維迎成為光華管理學院第一副院長，研究方向也轉到了建立市場秩序和企業競爭力上，並在這上面投入了非常多的精力。張維迎從一個經濟學教授轉變為北大的管理者，角色的轉換使他的工作重心也隨之發生了轉移。
2002年，張維迎又被任命為北京大學校長助理。那時候，中國高校的教育體系出現了一系列問題，高校出現了所謂教育的變異。教育作為社會公器本有較強的公信力，學校也向來被視為「最後一片淨土」，可是到了20世紀90年代，這些榮譽或者信任都已經蕩然無存。
在某些地方行業風氣的評比當中，教育成為人們認為的最為腐敗的領域。有些大學校園亂像叢生，假文憑造成真文憑貶值，豪華的大樓與稀少的大師形成鮮明的對比，改革的呼聲越來越高。
作為北大校長助理的張維迎，以「北京大學師資人事體制改革工作小組」組長的身份參與了校改，並主持起草了《教師聘任和職務晉陞制度改革方案》。此徵求意見稿一經面世，立即引起各方強烈反響，這就是轟動一時的「燕園變法」。
這次校改之所以被視為大逆不道，是因為其中的「不升即退」、「終身教席」等措施觸及了北大校內現有的利益機制，作為科研和教學主力軍的青年講師和副教授成了憤怒的主體。
張維迎堅持自己的立場，說外面「對我的批評比我的觀點還要流行」。因為不願意讓沒有邏輯的觀點流行，他出版了《大學的邏輯》一書，力證自己所言。
這場爭論的熱度在經過多次修改的正式方案出台以後才稍有降溫，而對這份正式方案，張維迎評價說「很保守，很溫厚，妥協了」。
在主持校改的同時，張維迎依然繼續對企業和企業家的研究工作，而他在上世紀八九十年代所提出的觀點，開始慢慢顯現出初步效果。人們開始反思張維迎的改革思路所帶來的結果，計算付出的代價。而社會不公平、工資欠付以及不合法改制等現實問題，使張維迎遭到更多的批評。
2004年8月9日，著名經濟學家郎鹹平發表了題為《格林柯爾：在「國退民進」盛筵中狂歡》的講演，指責格林柯爾集團總裁顧雛軍在「國退民進」的過程當中竊取國家財富。很快，顧雛軍向香港高等法院遞交了起訴狀，告郎鹹平誹謗，引起公眾學者對國有企業產權改革的論戰。
8月28日，中國企業家論壇首屆深圳高峰會議上，張維迎在演講中明確表示：「這些教授打著學術自由、保護國有資產、保護少數股東權益、保護小股東權益的旗號，在不遺餘力地否定過去10年國有企業改革、產權制度改革的成果，否定我們的企業家隊伍，這是非常非常值得我們注意的。」同時，他指責郎鹹平的言論純屬譁眾取寵，說他為了出名什麼事都幹得出來。
也就在這一天，郎鹹平在北京組織了另一場會議，叫「資產流失與國有資產發展研討會」，矛頭直指張維迎：「我現在回復張維迎的話，我就是要代表中小股東來促使職業經理人必須承擔信託責任。」
隨後，這場爭論被人為地擴大了，一派以經濟學家張維迎、周其仁、吳敬璉、張文魁等為代表，另一派則以郎鹹平、楊帆、韓德強、左大培等為代表，兩派互相指責甚至謾罵，關係一時間非常緊張。
2005年8月，因涉嫌經濟犯罪，顧雛軍和他的主要助手被拘捕。
面對這樣的結果，張維迎表示：「我和他不熟，企業我也不太熟。」「我從來不會評估某個企業，我所發表的看法，都是針對整體的中國改革作出的評價。」
不少人都說張維迎之所以力挺顧雛軍是因為收了「黑錢」，對此，張維迎予以了否認：「我對自己的為人很自信。有人要是相信某個企業家花了8萬元就把張維迎搞定了，那你就太小看張維迎了！」
這次著名的爭論之後，張維迎受到了非常多的批評，尤其是網民的責罵鋪天蓋地，給他帶來巨大的思想壓力，但是這並不能讓張維迎改變自己講話耿直的性格特點。對他來說，堅持思想上的獨立，比其他的利益要重要得多。
6．光華人事紛擾
其實早在1999年被任命為光華第一副院長的時候，張維迎就以哈佛大學和美國西北大學為參照系，草擬了《北京大學光華管理學院10年發展綱要》，提出要在10年內把光華建設成世界一流的商學院。從那個時候，光華就已經開始了改革。
2006年9月8日，張維迎任北大光華管理學院院長。此時，離光華開始改革的時間已經過去了7年，在人才引進、經濟創收、論文創作等方面已經卓有成效。所以，張維迎在2007年的時候這樣說：「現在我敢吹牛，光華管理學院的師資隊伍是全中國商學院中最強的，光華管理學院的學術文化是全中國大學裡最好的！」光華的100個教員當中，有57%是海外的博士，加上幾個合同制教員，海外教師的比重達到60%。在北大學術文化方面，光華是發表論文最多的文科院系。
除了這些，還有光華的「硬件」。早期的光華教師，即使是一般講師都有獨立辦公室；後期，光華3萬多平方米建築面積的新樓落成後，名車將大樓團團圍住。這些都得益於光華的改革。然而，光環有了，不和諧的聲音也有了。
2007年6月10日，光華管理學院教授鄒恆甫在他的博客上發表了一篇致教育部部長周濟的公開信，信中說明了張維迎開除他的事實，並指責這是張在對其進行報復。
鄒恆甫公佈了張維迎在4月5日發給他的一封英文信，信中說院長會議研究決定，從5月1日起，鄒不再享受學院的任何待遇，並開除他在光華管理學院的教授職務，將他的人事檔案移交北大人事部。
而鄒恆甫被辭退的理由是：過去幾年他很少到校上課，沒有承擔教師責任以及過多捲入其他的學校活動違反了光華管理學院的規定。對此，鄒恆甫並不認同，他說自己並不是很少上課的老師，學校裡的很多教授比他上課還要少。至於過多捲入其他學校活動，他承認自己確實為幾個大學幫過忙，但他並不知道這違反規定。相反，他說張辭退他的真實原因是他沒有在張競聘院長時投他一票，而且經常在公開場合反對他的觀點，屬於報復行為。他公開致信周濟部長，就是希望能揭露中國大學存在的這種非正常現象。
這篇博客把大眾的目光引到了「行政干預學術」方面。據光華一位不願透露姓名的老師說，辭退鄒恆甫是院裡的集體決定，不是張維迎個人決定的。
一波未平，一波又起。
同年11月16日，又一封網絡公開信直指張維迎，罵其品行骯髒，是「流氓院長」。信的署名是何志毅，他宣稱張免去他光華管理學院案例研究中心主任職務的行為，抹殺了他10年的貢獻，是「不尊重事實、不負責任的」，是「霸道的」。
文章措辭激烈，結尾句是「我為光華有你這樣的流氓院長感到恥辱」。何志毅是光華管理學院的教授，2001年出任學院案例研究中心主任，2003年任《北大商業評論》的執行主編。5天之後，光華管理學院官網上發佈「關於何志毅問題的說明」，聲稱免除何的職務，是為了防止何志毅繼續利用案例研究中心的名義從事有損光華管理學院利益的事情。
22日晚，何志毅借感恩節之機，發表「感謝信」，信中反駁了官網上的指責，並說：「張維迎踐踏了我做人的基本尊嚴，超越了我忍辱負重的底線。」
對於此事，北大光華管理學院黨委書記陸正飛說，程序上來說對何的處理是沒有問題的，這個決定是黨政聯席會議集體作出的，而不是張維迎個人的私事。
不到半年的時間，張維迎遭受了兩次轟轟烈烈的名譽攻擊，他個人基本都保持了沉默。「我如果是個普通教授，我一定要去法院告他們對我的誹謗、謾罵和名譽的侵害。但是，我是光華的院長，我要做一流商學院，沒有時間跟他們扯。」
從這些話語裡似乎可以看出，張維迎有強烈的事業心，而他認為，做行政工作的成本太高，耽誤研究不說，還常遭人誤解。所以，對這些人事的紛爭，他的選擇都是沉默。
7．自由主義擁躉
經過幾十年的研究和歷練，張維迎的學術風格已然形成，而他有些偏激的言論使人們難以理解，由此引發的言語攻擊，似乎成了不可避免的事情。
2008年世界金融危機到來，百業待興，世界各國政府都積極尋求自救的方法，中國也提出了4萬億經濟刺激計劃，希望能平穩度過危機。
張維迎對世界各國的「救市」行為均持反對態度，「在許多情況下，政府干預越多，問題越大；問題越大，對政府的需求就越多，結果會陷入惡性循環。」「我擔心，我很擔心！」張維迎對中央政府的宏觀調控和經濟刺激政策，是這樣表達自己心情的。他的這些言論被人認為是新自由主義思想，再次遭到批判。但張維迎說：「一個真正的經濟學家，一定是市場經濟的堅定捍衛者！」他是這樣認為的，也是這樣堅持的。
2009年2月底，黑龍江的亞布力很冷，而與之相應的，是孤獨的張維迎。