這一道道障礙給想留在美國的國內訪問學者造成了不少困難，也導致一部分人另闢蹊徑，從加拿大等地重新申請學生簽證。但樊綱認為，是否回國的決定因素並不在於這些障礙和可能付出的時間成本，而是在於更為複雜的深層次矛盾，這也造成了他在這一問題上的徘徊。
留在美國做什麼，是首先要回答的一個問題。按照以往的經驗，留在美國的學者多數在大學或者科研單位從事研究工作。美國的科研環境確實誘人，在哈佛這樣的世界名校，你可以領略各個領域「明星大腕」的風采，不單是執著學術的大師，還包括政界要人、商界巨頭，甚至於娛樂界的名旦花魁。一個名人聚集的地方同時也會是名人輩出的地方。在這裡，光環人物失去了應有的神秘，你會感覺他們離你很近，你也可以成為他們。
30多歲才到美國的「異鄉人」，必須考慮文化的融入問題，與你朝夕相處的人跟你有著不一樣的童年，不一樣的閱歷，還有很多不同的生活背景，這個年齡選擇留下，必然要承受一定的孤獨。
不過，作為執著學術的科研人員，這些都不是太大的問題，改革開放以來，我國有大量科研人員移民海外，並且在相關領域作出了傑出貢獻，可見這並不是樊綱所憂慮的重點。
作為一個「跨時代」的中國人，那個深埋在內心的矛盾核心其實是刻骨銘心的「中國情結」。
一個有著「上山下鄉」經歷，到二三十歲才得到讀書機會的人，更有責任和熱情，甚至於帶有無奈與怨恨的衝動去打破那段不堪的回憶。尤其是作為一個經濟學者，更期望傾己所學，從根本上糾正國家經濟發展上的錯誤，將那種荒謬永遠釘在歷史的恥辱柱上，警醒後人。
之後一個偶然的事件，徹底消除了樊綱的猶豫，讓他毅然回國。
有一次，樊綱開著車在街上閒逛，車裡放著古典音樂，這個時候一個美國人對他聽莫扎特的音樂表現出了極大的驚異。那一刻，美國人的態度深深刺痛了樊綱的民族自尊心，在一個聽古典音樂都會被當成另類的國度，如何施展抱負？回到自己的祖國，可以有更為廣闊的發展空間。
日後提起回國這個決定，樊綱略帶幽默色彩地表示，唯一的遺憾就是沒有拿到一個美國名校的學位。
1988年，回國的樊綱拿到中國社會科學院博士學位，同年進入該院經濟研究所工作。社科院經濟所是國內最高水平的經濟研究機構，雲集了一大批一流的經濟學家。在於光遠、張曙光、朱紹文等老一輩經濟學者的熏陶、培養下，樊綱在經濟學領域厚積薄發的優勢日益凸顯。
4．「京城四少」初露鋒芒
上世紀80年代中後期，中國經濟的一個顯著特點就是短缺與價格管制，這也是經濟改革初期的必然產物，這一狀況一直持續到90年代中期才基本消失。
初出茅廬的樊綱憑借深厚的經濟理論基礎，研究了雙軌經濟制度下特權尋租而產生的「灰色交易」問題，從而提出了「灰市場理論」。在國家進行計劃價格管制的前提下，由於物資緊缺，必然造成一部分人通過關係或走後門等方式購得國營商店的平價商品，而事實上，市場自由的那一部分價格是由供需決定的，短缺的必然結果是賣方議價能力更強，那些能通過旁門左道搞到稀缺物資的人就可以獲得樊綱稱之為「消費者剩餘」的差價利潤。在現實中，這種利潤隨著物資的緊缺程度成正比，即該物品越是緊缺，從計劃市場倒到自由市場賺取的灰色收入就越多。
在意識形態束縛、封閉的社會環境下，這種觀點的提出顯得那樣彌足珍貴。樊綱的「灰市場理論」也很好地解釋了當時中國「倒爺」橫行的混亂局面。
在學界很多人看來，1990年是中國經濟學史上的一個重要轉折點。以這一年為分水嶺，中國湧現出了一大批優秀的青年經濟學家。最具代表性的年輕經濟學家就是包括樊綱在內的「京城四少」了。其他「三少」分別是清華大學的魏傑[魏傑，1952年生於西安，經濟學博士。曾任中國人民大學經濟系主任、教授、博士生導師，國家國有資產管理局研究所所長。現任清華大學經濟管理學院教授、博導，企業戰略與政策系系主任，清華大學中國經濟研究中心主任。
]、北京大學的劉偉以及後來從商的北京視野信息咨詢中心主要創始人鍾朋榮[鍾朋榮，北京視野咨詢中心主任，兼任中央財經大學、中南財經大學等多所大學教授，裕興電子、華立控股、武漢健民等公司的獨立董事，兼任三九集團、茅台酒廠等20多家大型企業和地方政府的經濟顧問。
]。
四人當中，樊綱以傳播西方經濟學的基礎理論而聞名，1990年，他先後出版了《現代三大經濟理論體系的比較與綜合》和《公有制宏觀經濟理論大綱》（與張曙光等人合著）。
前者所謂的三大經濟理論體系指的是新古典主義經濟學、凱恩斯主義經濟學以及當時在我國盛行的主流馬克思主義經濟學。該書系統地梳理了樊綱自接觸經濟學以來的理論框架，並且大膽地提出馬克思主義經濟學與西方經濟學是相通的和相互聯繫的，不同的是馬克思主義經濟學摻雜了多個角度和側面的規定性，但事實上所遵循的經濟學的一些最基本的原理和法則並無二致。樊綱試圖通過此書結束由於歷史和政治等多重因素形成的將馬克思主義經濟學與西方經濟學截然對立的局面。在當時意識形態濃厚的社會氛圍之下，這些理論自然為守舊派所不容，樊綱在一些場合對當時固守的馬克思主義經濟模式也進行了批判，他表示在蘇聯模式的影響下，馬克思主義經濟學已經被糟蹋得失去了本來的面目，經濟學者最應該做的不是固守那種錯誤，而是要以一種全新的眼光重新看待馬克思主義經濟學中優秀的理論組成。經濟學是一個兼收並蓄的學科，只有海納百川、取眾家所長，才能取得更大的成就。
後者的出版為宏觀經濟學在國內的傳播起到了重要的作用，書中系統介紹了宏觀經濟理論，經濟體系是一個各種因素相互關聯和發生作用的整體，不能單單從個人、政府、企業某一方面出發就得出結論，只有綜合了各種因素的聯繫，進行宏觀把握，才不至於「頭疼醫頭、腳疼醫腳」，為制定切實有效的宏觀經濟政策提供了正確的思路。
包括《灰市場理論》在內的三部作品在學界引起了極大反響。1991年，樊綱因其在《經濟研究》1988年第8期上發表的論文《灰市場理論》獲得第四屆中國經濟學的最高獎項——孫冶方經濟科學獎[孫冶方經濟科學獎，是為紀念我國卓越的經濟學家孫冶方對經濟科學的重大貢獻，表彰和獎勵對經濟科學作出突出貢獻的集體和個人，推動中國經濟科學的繁榮和發展而設立的。孫冶方經濟科學獎於1985年開始設立和評選，每兩年評選、頒發一次，是迄今為止中國經濟學界的最高獎。
]。
此外，《現代三大經濟理論體系的比較與綜合》被譽為中國大陸第一部對各種經濟理論進行比較研究的專著，而《公有制宏觀經濟理論大綱》更是被冠以「中國經濟學近50年發展史上具有標誌性意義的專著」的美譽。一時間，樊綱在經濟學界乃至社會各界聲名鵲起，各種各樣的榮譽也接踵而來。
1992年，樊綱破格晉陞為中國社會科學院研究員，還被評為國家級有突出貢獻的中青年專家；次年，他成為了社科院最年輕的博士生導師之一；這期間一直擔任經濟學雜誌《經濟研究》編輯部主任，1994年到1995年，任經濟研究所副所長。現任中國經濟體制改革研究會副會長、中國改革研究基金會秘書長、國民經濟研究所所長。
除此之外，樊綱還在北京大學、南開大學、社科院等機構任教；2004年，樊綱被法國奧弗涅大學授予榮譽博士學位，同年還被《世界商業評論》評選為2004年度「中國最具影響力的10大經濟學家」之一，並於2005年再度獲得孫冶方經濟科學獎；2005年，《南方人物週刊》將他評選為「中國魅力50人」之一；2004年及2008年，樊綱曾連續兩度被英國《觀點》（Prospect）雜誌和美國《外交改策研究》（ForeignPolicy）雜誌評選為「全世界最受尊敬的100位公共知識分子」之一；2006年8月，樊綱就任新一屆中國人民銀行貨幣政策委員會委員，成為參與央行貨幣政策制定的學者型「平民專家」。
一連串稱號和耀眼職務，使樊綱成為眾人矚目的焦點。自上世紀90年代開始，樊綱不斷發表文章闡述對社會經濟的看法，由於其一貫追求的中國經濟學的獨立「人格」，觀點中不乏犀利之詞，也因此引發了不少爭議。
5．經濟學家的道德
展現未來之前，不妨先回溯歷史，探查事物發展的來龍去脈。
1776年，是不平凡的一年，這一年誕生了一個世界性超級大國——美國。而對經濟學史來說，這也是對後世影響深遠的一年，經濟學之父亞當·斯密的《國民財富的性質和原因的研究》（即《國富論》）發表。這部劃時代的著作，標誌著自由貿易理論的誕生，經濟學作為一門獨立的學科門類誕生。
《國富論》一書中提出了兩個重要概念。一個是「看不見的手」，強調自由市場的主動調節作用；另一個就是「理性人」的經濟學假設，也就是我們通常所認為的「利己主義」的經濟學分析前提。這兩種觀點引發的爭論至今未熄，而後一種假設更是將經濟學推上了冷血、缺乏人情味的道德批判席。
上世紀90年代，樊綱公然提出，經濟學家就是「不講道德」。如果經濟學家去做本應哲學家、倫理學家、文學家、政治家、牧師等等在其職業領域內該去研究的道德問題，那就是「狗拿耗子」。一石激起千層浪，觀點一經提出，樊綱就受到經濟學界乃至社會各界的強烈批判，罵聲一片。
樊綱的這個論斷主要來自於他1998年初寫的一篇文章《「不道德」的經濟學》。在文章中，他強調經濟學的分析固然離不開道德的約束，但是道德問題應該作為經濟學研究的一種「外生變量」，與社會制度因素、文化因素等經濟學體系以外的給定約束一樣，如果非要把道德因素引入經濟學體系的內部進行研究，只能是干擾了研究結論的客觀公正性。
樊綱的經濟學「道德中性論」立場鮮明，鋒芒直指將道德關懷引入經濟學研究的傳統觀點，因此備受詬病。
有些人從中華民族傳統文化入手，以仁愛的道德關懷為出發點，痛斥樊綱不講道德規範的經濟學研究理念。而樊綱則認為，正是因為揮之不去的道德干擾，才導致種種道德問題；正是因為「同志式」的道德假設，才讓我們判斷經濟行為時，總是以一種大公無私，甚至「聖人」標準對其進行要求；一旦期許的人選不是「聖人」，一切希望就會落空。