從教期間，厲以寧筆耕不輟，著作、論文的創作過程讓他對中國經濟有了更具前瞻性的瞭解。
從20世紀70年代末到80年代末這10年間，厲以寧的研究成果呈爆發式增長，推出眾多頗有影響力的專著，如1979年的《論加爾佈雷思的制度經濟學說》、1984年的《關於經濟學問題的通信》、1986年的《體制·目標·人：經濟學面臨的挑戰》、1987年的《經濟體制改革的探索》等。這些專著傾注了厲以寧半生的心血，包含了他對中國經濟狀況和主要問題的深度思考。
其中，1984年由羅志如教授和厲以寧共同著述，由厲以寧獨自執筆完成的《20世紀的英國經濟——「英國病」研究》被譽為我國經濟改革最具參考價值的著作。這本著作也被認為是厲以寧早年經濟學理論成果的濃縮，因此也是經濟學人學習厲以寧相關經濟學理論的必讀之作。
改革開放後的中國，經濟環境異常複雜，圍繞經濟體制改革以及經濟發展方式的爭論正式展開，作為經濟學家，厲以寧自然無法置身事外。
縱觀我國改革開放初期的狀況，經濟體制改革大致可以分為三個階段：1978年到1984年著力進行農村經濟改革；1984年到1987年側重於城市經濟體制改革；1987年之後側重於建立社會主義市場經濟體制。
改革第二階段，圍繞改革模式曾有過激烈爭論。當時，厲以寧對社會主義社會中計劃與市場的關係有了更深入的認識，他認為傳統的社會主義計劃經濟模式不能實現對資源的合理配置，即便是蘭格理論中所傾向的改良後的計劃經濟模式也不能解決中國發展建設中所面臨的經濟難題。
他對所有制的問題也有了新的認識，認為過去的公有制模式制約了中國的發展。雖然公有制是鞏固我國社會主義性質的重要基石，但要想讓我國經濟更快更好地發展，在相當長的一段時間裡，非公有制形式的存在是十分必要的，是對社會主義公有制的有力補充。這一觀點奠定了厲以寧後來的非均衡理論的基礎，並在國有企業改革過程中為股份制的推行奠定了理論基礎。
雖然在上個世紀70年代末到80年代，厲以寧已經形成對中國改革獨立的較為成熟的見解，並成為中國經濟學領域的翹楚，但在當時他的觀點並沒有被充分的重視，改革過程中各方仍然為如何進行價格體制改革爭論不休，那麼在這個時候是堅持自己的主張還是選擇妥協呢？
6．非均衡理論的誕生
所謂改革，就是破舊立新，這注定是一個艱難複雜的歷程。雖無前例可循，但也不乏邏輯性，總體來講，中國的改革開放由易到難、由淺入深逐級推進。
改革之初的第一階段改革是以農村家庭聯產承包責任制為核心的農村經濟改革。此間改革涉及人數最廣，著重解決農村經濟桎梏，但對國民經濟並不產生巨大影響，許多困擾經濟發展的制度性弊端非但沒有得到有效的遏制——譬如影響面廣泛的價格問題——反而隨著改革推進屢屢形成掣肘。
到了1984年，農村經濟大有起色，城市經濟形勢依然嚴峻，改革開放的焦點由農村轉向城市，價格體系改革成為當務之急。
9月初，一些中青年經濟工作者在浙江省德清縣莫干山舉行了一次別開生面的會議。會議主題是討論後續改革問題，《經濟時報》、《中國青年》等媒體到場。因為是第一次完全由中青年學者參加，是他們「第一次集體發聲」，又被稱為「第一屆中青年經濟科學工作者討論會」。當然，就像其他歷史性瞬間一樣，這次會議被打上地名烙印，就是中國改革史上赫赫有名的「莫干山會議」。
會上，一些北京學者透露了一個消息，即當時中央高層對於進一步改革的分歧在於價格的改革，這樣就讓價格專題討論變得十分激烈。
具體來說，觀點分為三派，即：以田源[田源，河南開封人，1954年生人，獲武漢大學學士、碩士、博士學位，畢業後留校任教。1983年，調任國務院發展研究中心，曾到美國科羅拉多大學和芝加哥期貨交易所學習，回國後在物資部任對外經濟合作司司長，中國中期期貨經紀有限公司創始人。
]為代表的宏觀調控派，以張維迎為代表的市場調節派，以及以華生、何家成[何家成，上世紀80年代畢業於中國社會科學院研究生院，獲得經濟學博士學位。1985年獲得孫冶方經濟學獎，1986年被授予「國家級有突出貢獻中青年學者」稱號。80年代中期起，先後在中央國家機關、地方政府和企業工作。曾任國家國內貿易局副局長，主管企業改革和發展工作。研究領域：計算機應用、信息化。
]、蔣躍、高粱、張少傑等人為代表的國家調控和市場調節相結合的雙軌派。由於當時國家資金實力有限，所以完全實施國家調控無法實現，而放由市場自我調節所面臨的風險又很大，最終折中的價格雙軌制得到了與會人士的廣泛贊同並上報了中央。
起初，價格雙軌制憑借其優勢穩定了經濟發展，但隨著改革的不斷深入，作為一種過渡性的價格政策，它的弊端逐漸凸顯。價格雙軌制盛行，催生大量投機倒把分子（俗稱「倒爺」），極大地干擾了正常的經濟秩序。因此，價格改革成為共識。但在具體操作時，究竟是圍繞價格體制改革入手，還是從所有制體制的改革入手，人們各執己見、莫衷一是。很長一段時間，價格改革騎虎難下，無以為繼。
1986年，一個名為Mr.Stock的人出現在《紐約時報》一篇報道中國的文章中，這個稱呼讓世界知道了一位中國的經濟學家——厲以寧。
改革開放，大道朝天，政治雷區讓人避之不及，最大的雷區當屬所有制問題。如果倡議所有制改革，勢必會遭到嚴厲批判。早在1980年，厲以寧提出以股份制方式來改造微觀經濟的主體，從而促進就業，並實現對國有企業的股份制改造，但由於股份制被認為是走資本主義道路，這一提議並沒有被高層接受。
上世紀80年代中後期，隨著改革的推進，諸多問題紛至沓來，價格和所有制改革之爭再次被推上歷史的舞台。
國家在政策上傾向於價格體制改革，甚至制定了一系列相應的政策。1986年，鄧小平會見來訪的紐約證券交易所董事長約翰·范爾霖時，贈送給對方一張飛樂音響股票，這是新中國發行的第一張股票。
這件事堅定了厲以寧的信心。不久，在北京大學舉行的名為「改革的基本思路」的演說中，他再一次強調，股份制改革才是中國國有企業改革的必由之路。
由於所有制改革涉及到社會主義、資本主義的路線之爭，因此厲以寧這些具有前瞻性的思想在當時並沒有被充分重視。直到1992年，「鄧小平南方視察」講話後，國有企業改革才大刀闊斧地推行。
直到這時，厲以寧那顆懸著的心才落下，價格和所有制改革之爭告一段落。
長達10年的改革之爭最終促成了厲以寧的專著《非均衡的中國經濟》，該書於1998年被評為「影響新中國經濟建設的10本經濟學著作」之一，承載了厲以寧對中國經濟的深度思考。
在這部學術作品中，厲以寧從市場經濟出發，闡述了在經濟改革過程中，資源配置的市場調節與政府調控問題，如何在經濟發展非均衡的情況下來解決供求矛盾，以及如何調整產業結構從而建立新的社會主義商品經濟的問題等，利用股份制改造重塑微觀經濟實體的觀點就蘊涵其中。
7．《證券法》出台始末
伴隨國企改革的深化，股份制改革在經過數年爭論後最終被社會廣泛接受，改革最終目標確立為建立社會主義市場經濟。但是，這個過程面臨諸多問題，首當其衝的就是監管缺失。
由於監管機制不完善，國企改革矛盾重重，主要表現為：國有企業法人不明晰，就是所謂「所有者虛置」，這樣就降低了企業競爭力，致使多數國企面臨經營業績差、巨額虧損等現象。
另一方面，國有企業的所有權問題日益引起重視。在當時，個別國有企業的高層管理者在改革之初實際上掌握了企業大部分的剩餘控制權及部分剩餘索取權，而這種權利也被人們所認同，但當時並沒有相關的立法對這種權利予以保護，因此國有企業出現了亂象，投機倒把、倒賣詐騙國有資產等不正之風日盛。而這些矛盾要想從根本上解決，就一定要加強立法。
1992年6月，在北京一次會議上，時任七屆全國人大常委會委員長的萬里提議，討論制定《證券交易法》的相關事宜。鑒於該法專業性很強，建議由時任七屆全國人大常委會委員、七屆全國人大財經委委員的北京大學厲以寧教授，負責組織《證券交易法》起草組。
這樣一來，厲以寧從股份制倡導者轉變成了監督者。當時，這部法律的制定可謂是一波三折。
由於缺乏立法經驗，人們對於證券業立法過程的複雜性沒有充分估計，甚至曾有個別領導認為有1年時間起草小組就能拿出草案來提交到全國人大常委會去審議。這一情況很快由國家體制改革委員會的一位同志以簡報的形式上報到了國務院，得到江澤民、李鵬、朱鎔基等眾多高層領導的圈閱，可見當時中央對這一法案的實施是多麼關注。
主持起草工作時，厲以寧的全國人大代表任期已不滿1年，1993年3月，他離開了人大，後任全國人大法律委員會副主任委員。角色轉變，厲以寧的立場和職責都發生了很大變化，他需要維護的是人大常委會法律工作委員會的集體意見，正是這樣一次會議的爭論使《證券法》一度擱置。
事情的緣起是1994年3月底，全國人大法律委、全國人大財經委以及全國人大常委會法工委在空軍招待所聯合召開一個座談會，討論由全國人大常委會法工委做出的《證券法(草案修改第四稿)》。
與會者發現，討論的第四稿與以前人大常委會兩次審議的草案稿相比有大幅修改，或者說是根本性修改。於是，圍繞《證券法》中要不要對一級市場證券發行行為進行規範展開了激烈的辯論，最終由於分歧嚴重而使《證券法》的頒布被迫擱淺。雖然厲以寧後來又主持召開了法律修改會，但由於分歧嚴重，草案最終還是沒能定稿，從此被擱置，由此荒廢3年多的光陰。
然而，分歧並不能阻擋經濟的洪流。伴隨著國民經濟的迅速發展，以及股份制的進一步深化，證券市場內部欺詐、內幕交易亂象叢生，讓《證券法》再一次成為了討論的焦點。
在草案擱置的3年裡，圍繞草案的調查、研究、討論一直沒有停止。1997年，亞洲金融危機爆發，《證券法》的出台成為當務之急，中央再一次將草案的審議提上了議事日程。
恰在此時，1998年3月，厲以寧當選了九屆全國人大常委會委員，重新回到人大財經委任副主任委員。同年9月，在全國人大委員長辦公會議上，重點討論了準備再次提交審議的草案。最終，這部歷經風雨的法律終於在1998年年底通過。
20年風雨歷程，《非均衡的中國經濟》的著述、《證券法》的頒布都傾注了厲以寧的心血，也顯示了他深厚的理論積澱。