1998年夏天，周其仁應邀到世界銀行總部參加一項有關基礎設施融資的研修項目，碰巧趕上美國電話電報公司與美國第二大有線電視公司合併。兩家公司都是國際巨頭，採取何種方式合併引發了周其仁的濃厚興趣。
之前，美國的電信業，長話跟市話是分業經營的，長話是處於三足鼎立狀態，美國電話電報公司、美國世通公司和SPRINT公司競爭，而市話由處於「自然壟斷」[自然壟斷是經濟學中一個傳統概念。早期的自然壟斷概念與資源條件的集中有關，主要是指由於資源條件的分佈集中而無法競爭或不適宜競爭所形成的壟斷。在現代，這種情況引起的壟斷已不多見。而傳統意義上的自然壟斷則與規模經濟緊密相連，指一個企業能以低於兩個或者更多的企業的成本為整個市場供給一種物品或者勞務，如果相關產量範圍存在規模經濟時自然壟斷就產生了。
]地位的貝爾營運公司獨家經營。
美國電話電報公司董事長在完成收購時宣佈，要投巨資將有線電視網絡改造成雙向通信寬帶網絡，以整合長話、市話資源，搶佔市話市場，佔據「三網合一」（電信網、計算機網和有線電視網）的制高點。
周其仁從這一事例中意識到，「自然壟斷」是在一定的需求和技術假設基礎上才存在的，技術創新可以打破這一市場壟斷，反之，打破壟斷的需求，也會成為驅動企業進行技術創新的動力。
回國後，周其仁就這一問題發表了《三網合一，數網競爭》一文，恰逢中國為了WTO的入門條約，正在醞釀中國電信業的改革開放，這篇文章以「第三隻眼睛」的舶來視角來看國內改革，如同久旱之甘霖，而周其仁也順理成章地坐上了「電信專家」的坐席[周其仁自稱，「被人們當做一個中國電信問題專家，對我來說是一件意外的事情」。從美國返回北京後，他見到《財經》主編胡舒立，建議報道AT&T收購TCI的故事。胡舒立採納了這個建議，並邀請周其仁來寫。《三網合一，數網競爭》就是在這種情況下寫就的。周其仁事先不知道，為對付WTO的入門條約，國家有關部門當時正在醞釀電信產業的又一波改革，電信問題自然成為社會熱點，所以他的那篇文章才把他推上「電信問題專家」的位置。
]。
他主張破除原有的電信市場行政干預格局，全面引入市場競爭機制，在體制上鼓勵原電信產業以及破壘以後加入的民間或者國外電信業進行技術創新，用市場競爭的力量推動電視、電話、網絡的「三網聚合」。
這無疑是對傳統自然壟斷行業引入競爭會導致重複建設的「規模不經濟」[規模不經濟，來自規模經濟的一個概念，指隨著企業生產規模擴大，而邊際效益遞減，甚至跌破零成為負值。造成此現象的原因，可能是內部結構因規模擴大而趨向複雜，這種複雜性會消耗內部資源，而此耗損使規模擴大本應帶來的好處相互抵消，因此出現了規模不經濟的現象。
]理論的重大挑戰，同時也觸及了處於壟斷地位的電信行業的利益。開放電信市場可能有損民族電信產業，將中國電信市場拱手讓於國際電信大鱷的言論更是把電信業是否開放提到了「保家衛國」的政治高度。
對此，周其仁的看法是，開放以後，在市場的自主調節作用下，重複建設的邊際會自動控制在與租用已有網絡的平衡點上。只要明晰產權，投資者自負盈虧，使投資行為變成市場行為，而不是行政干預，這個平衡就很容易實現。
此後，周其仁一發不可收，發表多篇探討電信改革的署名文章。針對外界熱議的國際競爭對手威脅問題，周其仁認為，國際電信經營公司不可能有這樣的地位，首先是電信行業所固有的規模經營特徵。更重要的是，在自由競爭的條件下，沒有行政壁壘介入，壟斷是不易形成的。退一步講，即使國內市場最終被國際電信公司佔領，最終受益者也會是老百姓。
事實上，中國的電信經營之所以處於壟斷的絕對優勢地位，就是因為行政權力的直接干預所導致的，這種壟斷不僅使電信喪失了技術創新、服務創新的意識和動力，更重要的是巨額的浪費和虧損最終都要老百姓買單。顯然，中國政府是沒有動力為國際電信公司進行以行政權力為主導的保駕護航，因此，擔憂是不必要的。
今天，高額的電話初裝費已經成為歷史，電信、聯通、移動等電信行業的競爭經營模式，以及零星存在的網絡電話等民間電信經營活動，正印證了周其仁當年的論斷。在產權明確界定基礎上的競爭機制是電信業良性發展的保障，這一方面我們還有很長的路要走。
周其仁在這方面一直在不遺餘力地呼籲，並提出在法律體系方面應該傾向於保護自由創新，堅決反對靠行政力量消滅因技術創新而崛起的競爭對手的市場干預行為。
周其仁因為對電信改革的呼籲和闡述，一夜之間由「農村問題專家」搖身變為炙手可熱的「電信專家」。媒體窮追不捨，每個記者見到他就問手機何時開始單向收費等問題。
對這樣的追問，周其仁只能苦笑。後來他以調侃口吻回憶說：「我研究了十多年的農村問題，從來沒人說我是農村問題專家。1996年正碰上中國電信改革，寫了幾篇文章，反倒成了電信專家。有時候這事還真是難說。我常說這雞叫也天亮，雞不叫也天亮。我只不過是天亮前叫了兩聲的雞。」
不難發現，周其仁電信改革的建議，是基於產權明晰基礎之上的市場化，剝離「電信專家」的光鮮外衣，他依舊擁有固執的產權改革的棋手本質。
5．探尋農村土地問題
電信改革吵吵嚷嚷的背景下，周其仁從未放鬆對農村問題的關注和研究。期間，他研究的興趣點轉移向農民收入方面。
作為一系列中央農村政策制定的參與者，周其仁對農村問題並不陌生。然而，1995年回國以後，他觀察到一個奇怪的現象——改革開放以來，國民經濟得到空前的發展，但是佔人口絕大多數的農民收入並未得到根本性的改觀。
為什麼頻出的糧價保護、巨額財政補貼並沒有奏效？這些問題像磁石一樣，深深吸引著周其仁。
為了探尋問題的根源，周其仁開始回顧歷史。研究發現，早在「一大二公」的高度計劃經濟時代，就出現了為了避免餓死人而出現的「自留地」，顧名思義這塊土地的產出可以由農戶自由支配，正是這塊自留的土地在當時成為了很多人賴以生存的「救命田」。
根據早年在黑龍江務農的經驗，周其仁知道農民在自留地上和公家地裡的勞動狀態截然不同：在自留地上積極勞作，在公家的地裡卻是「磨洋工」。究其緣由，周其仁得出一個結論，這一切都產生於一個根本性的問題——土地的產權界定。農村家庭聯產承包責任制就是在集體所有土地的基礎上，承認了農民的勞動所得，並且賦予其對部分勞動所得的自由支配權。
中國土地的改革正是遵循了逐步界定土地的產權而提高勞動生產效率的原則。要解決農民收入問題，還需要由這一模式出發。按照張五常的產權理論，產權可以分為三個方面的內容，即使用、收益及讓渡，前提是這些權力的行使不能受到外界因素的干預。產權的三個方面界定得越清晰，生產效率就越高。
周其仁繼承了這一理論，他認為農民收入得不到根本性的改觀，正是由於那些所謂的保護性政策的存在。
表面看來，糧價保護似乎保護了農民的勞動所得，而事實上卻干擾了糧食市場的自由交易。政府高價收購的最終結果是增加了權力尋租空間，讓利於小部分市場投機分子。由於權力和中間商的串謀，導致「有價無市」，結果農民賣不出去糧食，不得不以低價賣給中間商，中間商再賣給政府，而農民並沒有在終端享受到政策的優惠。為杜絕這一漏洞，政府壟斷了糧食收購權，誰知卻使情況變得更糟，以糧食為主要原料的產業受到抑制，直接結果就是食品價格進一步上升，加重了非農人口的生活負擔，同時抑制了該類產業的發展，直接減少了糧食的產業需求量，這樣的後果不僅對農民無益，對整個國民經濟的健康發展都是貽害無窮的。
進入21世紀以來，城鎮化浪潮迭起，全國各地掀起樓房建設熱，樓價步步攀升。與此同時，社會上也出現了「釘子戶」現象。隨著原有的城市拆遷已經不能滿足日益增長的房地產建設用地需求，農民也逐步加入到捍衛自己土地的抗議隊伍當中，有些地方甚至因此發生了暴力衝突事件。
農業用地在向工業或城鎮用地的轉化過程中，價值會上升數百倍，而這一轉化過程需要政府主導，即徵收農業用地，向農民補以三年的土地收入或者其他形式的補償，有些則以行政力強行徵用。政府拿到地以後轉而將其推向工業或城鎮用地的二級市場，以此來推動地方城鎮化的進程。
對此，處於劣勢地位的農民是無能為力的。周其仁認為，自農業改革以來的土地集體所有制，雖然在一定程度上擴大了農民對土地的使用及收益權，但是根本的權利讓渡權並沒有落實，集體是一個比較空泛的概念，一旦發生了土地產權的轉移，那麼在集體的口號下，受益的往往是少數集體的當權者，而大多數的農民將會因此受到利益上的損失，甚至白白失去了賴以生存的土地。
如何改變這一現狀，周其仁在世紀之交提出農村土地私有化的大膽設想，給農民以土地的讓渡權，並且以地契形式對這種讓渡進行法律上的保護，取消原來由政府主導的土地徵用一級市場，讓農民具備土地市場的議價權，從而用產權讓渡的權利尋租代替由政府行政力為主導的權力尋租，以維護農民利益。
雖然隨著改革的不斷深入，人們的意識發生了巨大的轉變，然而就當時的情況來講，還沒有完全脫離束縛，而且土地是關係國家興衰存亡的大計，所以他的主張遭到很多人的反對。
近幾年來，川渝地區的土地改革政策給了周其仁很大的啟發，透過對這些現實情況的深入研究，周其仁提出了利益均衡的漸進式農村土地改革方式。
運用土地級差將土地分成若干類型，運用村莊民主評議的方式對土地進行確權，並發給農民地契，然後再集體將城鎮化需要的部分土地集體出讓，然後以契為憑進行收益分配，從而統籌城鄉共同發展，有效解決了征地矛盾。與之相配套的，是政府要做好建立保護耕地機制、統籌規劃土地級差應用等方面的服務性工作，降低對土地市場的干預，使我國的城鎮化建設健康發展。
周其仁認為，這種方式如果在全國範圍內有效推行，還需要在一些敏感方面進行深度調整，如何從賣地財政中脫離出來，發展土地、資源等稅收型財政，是我國土地轉型的一大問題。
6．倡導公司興城鎮
隨著我國改革開放程度的進一步加深，縮小城鄉差距的任務日益緊迫，城市化進程緊鑼密鼓地開展也是大勢所趨。
然而在政府主導的模式下，我國的城鎮化建設進程是建立在對農地佔用的建築擴展基礎上的，這顯然違背了城鎮化的本質——由於經濟資源在空間上的集聚而自然形成的——勢必造成土地資源以及各種投資性資源的浪費，甚至會出現城市化了街道和樓房，卻沒有城市化經濟的現象。
2001年，周其仁通過對改革開放以來一些重要城市發展過程的研究，提出要用公司和市場作為城鎮化進程的主導力量。