面對公眾質疑，吳敬璉堅持己見。他一再強調，媒體曲解了自己的意思。他的本意是要維護農民工的利益。政府從車票上漲的收益中拿出一部分，發放給農民工等弱勢群體。這樣一來，既可打擊黃牛黨，規範春運市場，農民工又能得到切實的好處，多方受益。但因為媒體斷章取義，忽略了後幾層意思，才導致公眾誤解[2007年3月4日上午，全國政協十屆五次會議經濟界小組討論會上，身為政協委員的吳敬璉提出春運漲價觀點：「春運」票價不上浮，並不符合市場經濟的原理，是價格扭曲。價格扭曲的結果使得資源配置造成了低效，而且並沒有使得我們意圖上希望得到好處的人得到好處，因為造成了人為的稀缺。針對政府角色定位，他還說，從市場經濟的角度來看，所謂的「公正價格」完全是一種幾百年前的概念。政府的一切工作是為了人民的利益，一切利益以人民為重，這個不能動搖，但是必須注意人民的利益有長遠的、短期的，片面地強調眼前的、直接的利益，有時候會損害長遠的、間接的利益。對於進城打工者，一年要回家一次，可以採取別的措施，比如說給全體打工者補貼，這是可以做到的，這個可能更加實際。
]。
從吳敬璉的觀點可以清晰地分析出他的思路。一方面，堅持市場經濟，以價值規律辦事。另一方面，政府發揮公共職能，維護弱勢群體的利益。政府和市場各行其是，互相配合。如果政府過多干預市場，不僅催生黃牛黨、內部交易等灰色空間，也不利於底層民眾分享改革成果。歸根結底，要推行市場經濟法治化，建立穩定健康的經濟秩序。此外，這也與他一貫秉持的社會保障觀點相一致。
中國獨特的環境常常令事物喪失本來面目，衍生出諸多變相。眾所周知，在一個充分競爭的市場當中，價格會隨供給關係上下波動。但中國鐵路屬於國營，本不存在競爭，在供不應求的情況下，要滿足低收入者的需求，只能動用政策調控，而不以市場手段解決，這使得中國的市場經濟看起來有些似是而非。作為市場經濟不遺餘力的推行者，吳敬璉自然深知這其中的微妙，但正如李鴻章所言，一代人只能做一代人的事，吳敬璉無法突破的局限性，只能留待後人解決。
然而，一波未平一波又起，性格直率的吳敬璉很快又莫名其妙地陷入「間諜門」的漩渦當中。
危機的源頭是一條手機短信：吳敬璉涉嫌出賣國家情報，已經被有關部門以間諜罪隔離審查。吳敬璉涉嫌將一些機密材料洩露給為某國服務的女性友人，這則消息最先在京城媒體人士中間四處流傳，引起一番熱鬧。隨著海外媒體的介入，這一消息引發熱烈討論和豐富聯想。有媒體將此事與另一起財經事件聯繫在一起。8月19日，摩根大通中國區首席經濟學家龔方雄忽然對外透露，中央政府正在研究「出資2000億~4000億元人民幣刺激經濟」。這一消息導致第二天上證股指大漲7.7%，摩根由此獲利不菲。而坊間猜測，龔方龍消息的來源是吳敬璉。
處於風暴中心的吳敬璉對流言飛語早已習以為常。實際上，在他被「帶走」的傳言爆發之際，他剛參加完國務院信息化專家咨詢委員會的辦公會議，從外地趕回北京，對這則無中生有的謠言不屑一顧。
8月29日下午，吳敬璉任職的國務院發展研究中心在官方網站的首頁刊出聲明稱：吳敬璉教授目前工作及生活一切正常，並將於2008年8月30日如期出席相關學術會議。第二天，吳敬璉出現在北京順義的中國改革開放30年經濟論壇上，他的主題發言是：中國改革向何處去：市場經濟，還是重商主義？由此，平地生起的風波才逐漸平息。
沸沸揚揚的「間諜門」令尊敬吳敬璉的人為他捏了一把汗。有人認為，吳敬璉積極倡導市場經濟，引起反對者不滿。也有人認為，吳敬璉近年來大聲指責權貴資本，為中小股民代言，觸犯了一部分人的利益，因此遭此報復。對此，吳敬璉夫人周南說：「他說不能違背良心，說一些奉承、迎合的話，所以可能得罪了一些人，這種可能性是有的。」因此，有人善意地提醒他避一避風頭，但這個倔強的學者很快又出現在上海的一個經濟論壇上，闡述對金融危機的系統性看法。
危機往往讓現實變得越發清晰。儘管中國經濟在2009年曲線反彈，但沉痾猶在，惡疾難除。效率低下、污染嚴重的粗放的發展模式和腐敗蔓延、貧富懸殊的分配格局越發凸顯。吳敬璉憂心忡忡地指出，要盡量保持大部分中小企業能夠繼續運轉，但根本問題還是要實現經濟增長方式的轉變。
吳敬璉仍在不遺餘力地呼喚「法治化」，這很容易讓人們想起前幾年的他，以及更遠時空下的那個少年……
溫和的鬥士
林子裡有兩條路，朝著兩個方向，而我——我走上一條更少人跡的路，於是帶來了完全不同的一番景象。
——美國詩人佛羅斯特
人的一生總是面臨選擇。60多年前，當少年的吳敬璉跨入經濟學的課堂時，恐怕不曾意識到，他這一無奈之選，就如多米諾骨牌一般，引發了此後一連串的選擇。
很多時候，選擇是沉重而殘酷的。未來有多種可能，當下作出選擇的同時，也就放棄了某些東西。而一旦這種選擇超乎個人，上升至社會層面，更多人的生活將被牽扯進來，其重要性更甚一層。
自幼體弱多病的吳敬璉並不是思想上的弱者。他選擇成為一名經濟學者，與當初夢想成為一名工程師的原因一致，「這個學問和實業報國好像還有那麼一點關係」。
然而，經濟學並不是什麼輕鬆的專業。關於經濟學家，套用約瑟夫·普利策那句關於記者的名言，或許也可以這樣說：「倘若一個國家是一條航行在大海上的船，經濟學家就是船頭的瞭望者，他要在一望無際的海面上觀察一切，審視海上的不測風雲和淺灘暗礁，及時發出警報。」
不過，現實的情況總令人存有遺憾。實際生活中，紛繁雜蕪的景象常遮蔽視線，讓判斷和選擇不那麼輕鬆。
由於所受教育、所處環境的制約，吳敬璉曾經對計劃經濟深信不疑，甚至與人聯合撰文反對對此存有異議的孫冶方。吳敬璉是一個倔強但不固執的人，隨著視野的拓展和認識的加深，當他摒棄激進，開始獨立思考的時候，竟然又自覺地站到了計劃經濟的對立面，為市場經濟搖旗吶喊。
由一個陣營投身另一個陣營，人們常因行為搖擺而質疑學者的操守和品行。但吳敬璉日後從未迴避這段經歷。在他看來，這並不是什麼不光彩的「背叛」，而是發現真理之後的棄暗投明。
從外貌上看，吳敬璉身材纖瘦、面目清秀、臉龐圓潤，一副文弱的知識分子形象，但這並不妨礙他追求真理。實際上，他骨子裡始終洋溢著報國的熱情，謙和溫潤的外表下，思想鋒芒畢露。
作家蘇小和曾在一個公開場合見識過吳敬璉的稜角：有人反覆提到「三年自然災害」這樣的歷史表述，一旁的吳先生繃不住了，他拿過話筒說：「自從有的電視台用三年自然災害描述當時的三年大饑荒，我就再也不看那些所謂的節目了。關於三年大饑荒，劉少奇主席早就說過，那是三分天災，七分人禍！」吳敬璉的坦率與大膽，由此可見一斑。
處於社會轉型期的經濟學家們注定面臨諸多選擇。從計劃經濟與市場經濟、「冷熱」之爭，到調控與反調控、整體配套和單兵突進，再到股市之爭和權貴現形，每一個改革的十字路口，都有吳敬璉的身影。
學者的固執表現在一旦認定某個真理就永不回頭，而吳敬璉正是這樣的人。自從倡議市場經濟開始，他始終沒有懷疑過這個選擇。絕大多數時候，他總是以中立的姿態發言，提出建設性意見，修復改革的瑕疵，卻常常招致不解和非議，而捍衛真理的決心使他有勇氣面對無數次非難。
然而，隨著改革的推進，市場經濟本土化過程中暴露出來的種種跡象表明，瞭望者的隊伍也開始分層衍化。
當今社會，已經很難再聽到客觀、公正，令人不懷疑動機的聲音了。利益像血吸蟲一般爬滿社會的各個角落，每一種聲音的背後，都有千絲萬縷的關聯，它們被包裹扭曲，就連發聲者本身也常常難以分辨真偽。而經濟學家們所處的位置，擁有的名譽、聲望和發言權，使他們自然而然地成為利益集團爭相拉攏的對象，而一旦拉攏不成，他們又常常陷入非常不利的窘境。
進入21世紀後，中國經濟領域的每一次論爭背後，都開始出現一個同樣的疑問：經濟學家究竟為誰代言？與此同時，社會上開始出現諸如「被豢養的經濟學家」、「權貴代言人」之類的言論。看似偏激的言辭其實並非空穴來風。經濟學家隊伍變得良莠不齊早已是不爭的事實。在現實的誘惑前，很少有人能耐得住寂寞。翻看他們的簡歷，很多人擔任上市公司董事，個別經濟學家的家族掌管數十家企業，不能不令人心生懷疑。
在財經作家吳曉波眼中，吳敬璉「從外貌到靈魂乾乾淨淨」。身居國務院發展研究中心研究員、中國人民政治協商會議全國委員會常務委員兼經濟委員會副主任、國務院信息化專家咨詢委員會副主任、國務院發展研究中心學術委員會副主任等「要職」的他，並不是什麼公司的董事，他的子女也沒有人從事商業經營。
作為「整體協調改革」方案的支持者，吳敬璉對改革過程中國企改革與社會保障領域的落後狀況憂心忡忡。在他看來，這是前進的短板，必定會拖慢整體改革進程。因此推出《呼喚法治的市場經濟》一書，痛陳權貴資本主義，呼籲全國上下切實推進改革，建立公正的經濟制度。
隨後幾年，房地產熱、股市泡沫、權力尋租、腐敗盛行、分配不均、社保滯後等問題愈演愈烈，人們才充分認識到問題的嚴重性。不過，已經病入肌理的中國經濟要走出困境，勢必需要刮骨療傷的勇氣。
另一方面，既得利益者也不會放棄抵抗。而吳敬璉的鋒芒，令一些人不快，常常為他招來麻煩。一生參與數十次激烈論戰的吳敬璉並未替自己申辯，這位歷經滄桑的老人異常鎮靜坦然，他甚至沒有表態，僅有供職的單位進行文字回應。此時，人們不經意間想起不久前他在報紙上對記者說過的那番話：如果以經濟學家的身份發表意見的時候是根據生意上的利益說話，不是按照事物的本來面貌說話，就失去了基本的職業操守。
溫和與激進的性格在吳敬璉的身上如此契合。無論什麼時候，秉持操守的他都是不可能為自己進行申辯的，一旦涉及自身，這個慷慨激昂的鬥士就會忽然變成弱不禁風的少年，溫文爾雅。
客觀評價一個人是極其困難的一件事，尤其當他是一名公眾人物的時候，外界的聲音常常左右評價者的判斷。回顧吳敬璉未竟的一生，他引起過爭議，也激起攻訐，有人對他崇敬有加，也有人不以為然，肆意中傷陷害，這一切都與他的經濟立場密切相關，是意料之中的事。但翻遍所有文章，不是流於讚揚的淺薄，就是沉湎於惡意的謾罵，似乎從來都沒有出現統一的聲音——他本來就是爭議性的人物。
實際上，不光是吳敬璉，任何一名經濟學家都有其自身的局限性。人們之所以對其作出截然不同的評價，是因為立場不同，觀察的角度不盡相同。
站在時代高度來考察吳敬璉的價值，一方面，他推動了市場經濟在中國的發展。這是改革開放特殊背景對經濟學家的要求，如果沒有吳敬璉，勢必還有其他經濟學家出現。另一方面，在市場化進程中，面對中國特殊國情，吳敬璉提出了許多本土化解決方案，譬如難能可貴的法治化。這對於素來缺乏規則、秩序和契約精神的中國，無疑是一項極大的挑戰，以吳敬璉一人之力，一定很難取得成功。它有賴於社會的長足進步，是時代給這個古老農耕民族立下的永恆命題。
吳敬璉的貢獻在於，他總是先人一步提出建設性意見，並以飽受爭議的方式，打開窺視秘密的天窗。正如一家媒體對他的評價：「他的話常常引起波瀾，而他的話又是經濟發展中不能被忽略的聲音。」無論支持他，抑或質疑他，人們心中都將埋下一顆種子，在未來生根發芽。
歷史不會忘記任何個體的努力。2010年1月24日，吳敬璉迎來了他80歲的生日。滿頭白髮的他，親歷中國經濟的昏暗、探索、爭論、迷茫和前進，仍以耄耋之身一次次向權貴資本發起挑戰。
關於吳敬璉62年前的那次選擇，美國詩人佛羅斯特在詩歌《一條未走的路》中描寫的那一幕恰如其分：林子裡有兩條路，朝著兩個方向，而我——我走上一條更少人跡的路，於是帶來了完全不同的一番景象。