1992年秋天，十四大即將開幕。吳敬璉希望借助這次大會確定「市場經濟」的提法和地位。這年的4月和9月，他連同李劍閣[李劍閣，江蘇省南通市人，南京師範大學數學系理學士。1990年參加吳敬璉領導的「中國經濟改革總體設計」課題組。他們在對蘇聯和東歐國家經濟改革進行比較研究的基礎上，借鑒西方市場經濟的運行經驗，提出了中國進一步經濟改革的基本思路、時序安排和配套政策。上個世紀90年代末，李劍閣被朱鎔基指定為經濟智囊團的一員，在中國開放國內市場，關停虧損國有企業的過程中，幫助把握經濟重組的方向。他在學術界的聲望一直很高，於1991年、1997年、2001年三次獲得中國經濟學界最高獎項——孫冶方經濟學獎。曾與世界銀行等全球性機構合作研究社會保障體系改革等中國問題。
]等人，兩次寫信給中央，建議把「社會主義市場經濟」的提法寫進政府報告。
10月，中共十四大正式宣佈：「我國經濟體制改革的目標是建立社會主義市場經濟體制。」「社會主義市場經濟體制，就是要使市場在社會主義國家宏觀調控下對資源配置起基礎性作用，使經濟活動遵循價值規律的要求，適應供求關係的變化；通過價格槓桿和競爭機制的功能，把資源配置到效益較好的環節中去，並給企業以壓力和動力，實現優勝劣汰；運用市場對各種經濟信號反應比較靈敏的優點，促進生產和需求的及時協調。」
至此，關於「計劃」與「市場」的爭論宣告結束。吳敬璉這個市場經濟的捍衛者，承前人之功，攜同人之力，最終把改革推進市場經濟的快車道。
5．改革的守護者
1992年，改革卸下枷鎖，翩然前行。已經62歲的吳敬璉迅速成名之後，又很快投入高度緊張的觀察研究中，為剛剛站穩腳跟的市場經濟保駕護航。
此時的中國經濟正處於空前混亂的狀態，亟待理順。鄧公南方視察激發了改革熱情，使一度停頓的經濟又高速運轉起來，但受本已紊亂的經濟環境制約，改革陷入盲目擴張的誤區，很快便出現膨脹的趨勢。
由於側重點不同，對宏觀經濟的看法也不盡相同。改革派認為，經濟「不熱」，而保守派則認為「已經過熱」。但吳敬璉看來，實際情況要複雜得多。因為經濟發展不均衡，導致有些地方熱，有些地方不熱，不能一概而論。
時任國務院副總理的朱鎔基主張調控。作為主管經濟的決策者，他一到北京，就批評有些地方該熱的改革沒有熱起來，不該熱的反而太熱了。所謂不該熱的，一個是基礎建設投資，另一個就是股市。朱鎔基採取嚴厲手段，大刀闊斧進行治理整頓。重壓之下，過熱勢頭很快得到遏制，到秋天，固定資產投資增長率已經下降一半，生產資料物價指數也大幅跌落，通貨膨脹的壓力倏然減小。
中國經濟在政策的反覆間動盪、反覆。經過數年的調整，決策層也意識到只靠「單兵突進」行不通。1993年下半年，有人提出採取「整體漸進，階段突破」的方針，隨後召開的十四屆三中全會據此明確提出「整體推進，重點突破」的改革戰略。與吳敬璉的整體改革思路不謀而合。
從1994年開始，整體配套改革在金融、財政、外匯、稅務、社保等各個領域全面推進。也正是從這一年起，中國經濟駛上高速、健康、穩定的「黃金車道」，運行十多年都不曾膨脹。
作為「重點突破」對象，國企改革成為重頭戲。關於國企改革，當時站主導地位的思路是放權讓利。其最高實踐形勢是承包制，即把國有企業部分或全部承包出去，允許私人經營管理，所有權仍屬國家。
對於國企改革中放權讓利的思路，吳敬璉並不贊同。在他看來，企業改革的出路是充分市場化的公司。單靠經營模式上的細微調整並不能從根本上改變國企現狀，唯有從市場的角度出發，讓生產資料在以公司為單位的市場中自由流通，才能推進改革進程。1993年，吳敬璉與錢穎一[錢穎一，生於北京，祖籍浙江，著名經濟學家，清華大學經濟管理學院院長、教授、博士生導師；美國伯克利加州大學經濟系教授。1977年考入清華大學數學專業，畢業後留學美國，1982年獲哥倫比亞大學統計學碩士學位，1984年獲耶魯大學管理科學碩士學位，1990年獲哈佛大學經濟學博士學位。執教清華之前，先後在斯坦福大學、馬裡蘭大學、伯克利加州大學擔任經濟系教授。
]合寫《關於公司化》一文，建議國有大中型企業加快進行公司化改造。這個建議引起相關方面的重視，間接促使《公司法》在1993年底通過。
從1994年開始，中央政府按照《公司法》在全國推行現代企業制度試點。到年底，正式確立31家試點企業。但形勢並未隨之好轉，反而滑入深淵。1995年後，國企經營狀況持續惡化。相關數據顯示，國企虧損面超過40%，負債率高居不下，幾乎到了山窮水盡的地步。
每當改革遇阻，保守勢力便會重新抬頭。隨著國企改革陷入困境，反對的聲音又悄悄傳出。1997年3月的兩會期間，原本不允許散發材料，有人卻違規發放指責國企改革的文章。一篇四處散發的文章認為，中國這些年的改革非但沒有強化國有制，反而使它的比重不斷下降，至於國企改革更是一種漸進式的私有化，將從根本上改變我們國家經濟制度的社會主義性質。
改革進入深水區，勢必會觸及一小部分人的利益。作為改革重點的國有企業，蘊藏大量不為人知的非常地帶。保守派為固守已有利益，企業承包者也因為獲益不菲，勢必要阻撓國企公司化進程，為此甚至不惜全盤否定改革。
1997年2月，鄧小平在北京去世，改革派失去最大的靠山。中國何去何從再次成為世人關注的焦點。
經歷過多次政治鬥爭的吳敬璉對形勢已有明確的把握。為保住改革成果，他給中央高層寫了一封建言信。針對國有制比重下降導致社會性質變化的觀點，他在信中提出：「只要國家採取了正確的政策，有效地防止財富分配的兩極分化，無論國有經濟成分是多是少，我們國家的社會主義性質都是有保證的。」
隨後，吳敬璉等人在報紙上連續發表多篇文章，倡導市場經濟。與此同時，在遼寧考察國企的朱鎔基提出了著名的「三年脫困」改革策略：用三年左右的時間使大多數國有大中型虧損企業走出困境。
吳敬璉隱約意識到，中央高層似乎已經下了徹底改造國有經濟體系的決心。因此在接受中新社記者採訪時，他大膽地指出：「具有保守思想的人想開倒車，而某些初期的改革者成了既得利益者，不想進一步改革，更有一些渾水摸魚者認為現在的體制最好，他們不希望有公正競爭和真正的市場經濟出現。」最後，他還希望「十五大」後，以多種實現形式的公有制為主體的多種所有制經濟在平等競爭中迅速成長，促使改革力量壯大，推動改革盡快到位。
一周後，「十五大」在北京召開。會議提出「混合所有制經濟」概念，認為國有經濟比重的減少，不會對社會性質構成影響。江澤民強調：「堅持和完善社會主義公有制為主體，多種所有制經濟共同發展的基本經濟制度；堅持和完善社會主義市場經濟體制，使市場在國家宏觀調控下對資源配置起基礎性作用。」
這次會議之後，關於姓「資」姓「社」的爭論徹底平息，國企改革得以深化。這正是吳敬璉樂意見到的。
6．呼喚法治
隨著改革的進行，財富分配兩極分化的趨勢逐漸顯現，年近70歲的吳敬璉對此憂心忡忡。
在1997年的那封建言信中，吳敬璉曾把國企改革的命脈維繫於分配製度，寄希望於建立一個相對公平的社會，而非以國有經濟的多寡來區分政治形態。不幸的是，現實完全背離了他的設想，朝著相反的方向發展。
國企改革勢必會涉及利益調整。這期間，一部分官員利用手中權力，以各種方式處置國有財產，或將其歸於自己名下，或售與他人，以致國有資產大幅流失，私人財富隱秘且迅速地上漲。
吳敬璉很早就預見到這種情況。早在1988年，他就引入「權力尋租」[「權力尋租」概念源於經濟學中一個解釋特定腐敗現象的重要理論，即尋租理論。「權力尋租」是指握有公權者以權力為籌碼謀求獲取自身經濟利益的一種非生產性活動。「權力尋租」是把權力商品化，或曰以權力為資本，去參與商品交換和市場競爭，謀取金錢和物質利益。即通常所說的權物交易、權錢交易、權權交易、權色交易等等。像物質形態的土地、產業、資本那樣，在這裡，權力也被物化了，轉化為商品貨幣，進入消費和財富增值環節。「權力尋租」所帶來的利益，成為權力腐敗的原動力。
]這一概念，用以描述轉型期社會某些官員利用政治便利尋求財富轉移而造成的資源浪費現象。而「官倒」的盛行恰是這一概念的真實寫照。
1998年夏天，亞洲金融風暴正當其時。吳敬璉與另一位經濟學家汪丁丁進行了一場「關於中國改革前途的對話」，被刊登在當年第11期的《財經》雜誌上。在這次對話中，吳敬璉第一次提出了「權貴資本主義」[「權貴資本主義」(CronyCapitalism)是指權力與資本合謀，霸佔和壟斷社會財富，斷掉非權貴（尤其指廣大中小企業）通過勤勞與智慧公平獲得財富的出路。「權貴資本主義」又叫裙帶資本主義、關係資本主義、朋黨資本主義、密友資本主義。它是針對執政權貴階層的貪污腐敗而提出的，指的是「因血親、姻親和密友關係而獲得政治、經濟上的利益，以及政治領導人對效忠者、追隨者給予特別的庇護、提拔和獎賞」。
]這一名詞。其「權貴資本」，是指權力與資本合謀，霸佔和壟斷社會財富。用吳敬璉的話說，即「原來掌握權力的人可能會利用權力把過去的公眾財產據為己有」。
吳敬璉認為，中國最大的危險主要在兩個方面，一個是繼續實行計劃經濟，另一個就是借改革之名掠奪大眾。前者出現的可能性已經很小，而後者則是社會轉型期不可避免和忽視的現象。關鍵的問題是，採取何種措施把損失降至最低。
隨後爆出的官商醜聞更加重了他的擔憂。廈門遠華案牽出700多名幹部，江西副省長胡長清與廣西省委書記成克傑因貪污下獄。面對變形走樣的市場經濟，吳敬璉警告：改革的大關還沒有過去，未來對中國危害最大的是「權貴資本主義」。言猶在耳，中國股市陷入瘋狂。
市場引入了資本，活躍了經濟，但也刺激了貪慾和私利。在那個全民炒股的年代，人們被一個個一夜暴富的神話所刺激，變得血脈賁張。而神話的背後，「內部消息」張揚放肆地蔓延。這場扭曲的財富盛宴中，權貴仍是低調的主角。作為「莊家」，他們通常是「內部消息」的直接受益者，非法聚斂財富的同時，極大擾亂了市場秩序，而蒙受最大損失的往往是不明真相的中小股民。
眾所周知，內部交易對經濟健康百害無一利，股市伎倆也早已是公開的秘密，只是沒有人去捅破這層窗戶紙。直到2000年10月，《財經》雜誌發表《基金黑幕》一文，證券市場的波譎雲詭才被公諸於眾。
媒體的披露觸犯了既得利益者的底線。權貴資本採取種種手段，試圖摀住即將被揭開的黑幕。與此同時，各種聲音撲面而來。對峙之下，人們期待聽到經濟學家的聲音。然而，後者卻集體失聲了。
幾乎所有的經濟學家三緘其口之際，吳敬璉挺身而出，支持媒體揭露，並直指股市潛規則：「對於另一些懂得金融市場交易特性，又有某種權力背景的人來說，會把它（證券市場）看做一個可以進行違法違規操作而不會受到懲罰，從而從中小投資者口袋裡大把掏錢的良好場所。」