三個月後，紅四軍在福建上杭縣城召開第八次代表大會，致信毛澤東要他出席會議。毛澤東這時對於主持前委工作的陳毅頗有意見，拒絕與會。他在回信中說：「我平生精密考察事情，嚴正督促工作，這是陳毅主義的眼中釘，陳毅要我做『八邊美人四方討好』，我辦不到；紅四軍黨內是非不解決，我不能隨便回來；再者身體不好，就不參加會議了。」回信送到上杭後，前委覺得毛澤東態度成問題，又給了他一個黨內「警告」的處分。毛澤東只得坐著擔架趕到上杭，等他趕到時，會議已經結束。大家見他病得實在厲害，讓他繼續養病。
紅四軍八大開得很不成功。紅四軍代理軍委書記熊壽祺在給中央的報告中寫道：由於實行所謂「由下而上的民主制」，開會就得爭論半天。大大小小的問題，事先沒有準備意見，就拿到會場上來爭，往往爭論到最後還得不出一個結論。舉個例子，為了確定紅軍法規中黨代表權力問題，討論了整整兩天仍舊沒法解決，結果還是決定請示中央。八大在熙熙攘攘中吵了三天，毫無結果地結束了。這次會議用事實證明，削弱黨對軍隊的領導、實行極端民主制後，即使是像紅四軍這樣的雄師勁旅也會變成一支沒有統一意志和鐵的紀律的「烏合之眾」。
紅四軍黨內的爭論引起了黨中央的重視。陳毅奉命赴滬匯報。在上海，周恩來、陳毅起草了《九月來信》，要求派人請毛澤東重新主持紅四軍工作。在嗣後召開的紅四軍第八次代表大會上，朱德對毛澤東的離職也深感不便。「朱不離毛，毛不離朱，朱離了毛，過不了冬」，朱德與同志們一起聯名寫信給毛澤東，請他病癒後即回紅四軍前委主持工作。戰友之情，溢於字裡行間。
當時擔任第四縱隊參謀主任的羅瑞卿這樣回憶當時的情景：
參加紅四軍黨的第七次代表大會，聽到了四軍黨內的一些爭論，也聽到了對當時中央那封來信的討論，有所謂「留毛還是留朱」的問題。當時自己不理解，覺得黨內怎麼會有這樣嚴重的鬥爭。足見我當時的幼稚和無知。
關於部隊的行動問題，一些人當時不聽主席的意見，堅持主張分兵去閩西，結果二、三縱隊出閩中，一、四縱隊留閩西。聽說當時主席有病，留閩西永定養病，並指揮一、四縱隊在閩西做鞏固和擴大赤區，進行分配土地、建立政權的工作。當時第一縱隊司令員是林彪，二縱司令員是劉安恭，三縱司令員是伍中豪。
去閩中的二、三縱隊打了敗仗，又不得不折回閩西。……在上杭，又召開了紅四軍黨的第八次代表大會，紅軍黨內廣大幹部和黨員要求主席回來，在大會上有很強烈的反映。以後，主席回來了，聽說是坐擔架回來的。主席回來後發了一封告黨員幹部的信，批評了某些犯錯誤的人及其錯誤主張。
但是部隊的行動問題，仍然不聽主席的意見，仍然按著中央來信的精神，於是又把紅軍的三個縱隊拉去打廣東的梅縣。二縱隊在廣東邊境打虎頭沙時，縱隊司令員劉安恭犧牲。這是一次血的教訓。
在汀州，我被調到縱隊司令部任宣傳科長。部隊向上杭、龍巖地區前進時，主席召開了縱隊黨代表以上幹部調查會。每天都開，行軍時則一到宿營地就開。主席親自手寫口問，並與到會人展開討論，會議空氣十分活潑、自然、愉快。這就是有名的紅四軍第九次黨代表大會的準備。
1929年12月，在閩西古田村，主席親自主持了紅軍第四軍第九次代表大會，亦即歷史上著名的「古田會議」，並為大會起草了決議。這個決議對於軍隊的建設起了劃時代的作用。
在紅四軍第七次黨代會上發生過的爭論只不過是歷史長河中的一朵浪花，朱毛之爭也不過是他們漫長合作過程中的一段小插曲。但是在朱毛之爭中，林彪卻獲得了巨大的政治資本，毛澤東對林彪在患難時挺身而出，全力支持自己十分感激，他更加信任和重用林彪。
在這以後的一段時間，林彪也曾受到過毛澤東的嚴厲批評。
1928年5月，林彪自從登上井岡山以後，眼見敵強我弱，環境險惡，前途渺茫，心存許多疑慮。擔任了第一縱隊司令員後，他還曾多次散佈，「現在邊界很困難，只有紅米飯、南瓜湯是不行的，一定要打出山去，否則沒法維持」。
羅霄山脈高聳入雲，紅色區域與外界隔絕；還處於敵人的重重包圍之中。在國民黨的軍事進攻和經濟封鎖下，部隊中流行著一種內含悲觀的拚命主義。戰士們把武裝帶稱作「犧牲帶」，當談論到革命的前途時，他們便把兩眼瞪圓，不無淒愴地說，「犧牲的時候，革命可能就成功了」。
一種黯淡和悲觀的氣氛如同山中濕霧在井岡山蔓延散開。有的幹部們就私下議論起「紅旗能打多久」和「井岡山要守到何時」等問題。林彪也受到了這種情緒的感染。
毛澤東對此並不否認，他也感到寂寞和清冷。在《井岡山的鬥爭》一文中，毛澤東坦誠地寫道：
我們一年來轉戰各地，深感全國革命形勢的低落。……紅軍每到一地，群眾冷冷清清，經過宣傳之後，才慢慢起來；和敵軍打仗，不論哪一軍都要硬打，沒有什麼敵軍內部的倒戈和暴動。馬日事變後招募「暴徒」最多的第六軍也是這樣。我們深深感覺寂寞，我們時刻盼望這種寂寞生活的終了。
即令如此，毛澤東仍然沒有放棄他那「留得五湖明月在，不愁無處下金鉤」的信念，他要朝著工農武裝割據，以農村包圍城市，最後奪取政權的目標堅定不移地前進。
是堅持鞏固的根據地，波浪式地向外發展，而使星星之火，形成燎原之勢，還是分散出擊，打到山外，闖州過府，形同流寇，這是當時的重大原則問題之爭。林彪力主分散出擊。
1929年就要過去了。在歲末「古田會議」結束不久，林彪給毛澤東寫了一封長信，在信中堅持對形勢的悲觀估計，懷疑「井岡山紅旗究竟能打多久？」
對於林彪提出的這個問題，毛澤東十分清楚它的代表性。1930年初，毛澤東整整花了五天的時間，給林彪寫了一封長達六七千字的回信，並以《時局估量和紅軍行動問題》為題，印發各縱隊、大隊黨支部，展開討論。
毛澤東語重心長地寫道：
林彪同志，我從前頗覺，至今還有些感覺你對於時局的估量是比較的悲觀。去年5月18日晚上瑞金的會議席上，你這個觀點最明顯。我知道你相信革命高潮不可避免的要到來，但你不相信革命高潮有迅速到來的可能，因此在行動上你不贊成一年爭取江西的計劃，而只贊成閩粵贛交界三區域的游擊；同時在三區域內也沒有建立政權的深刻觀念，因之也就沒有由這種赤色政權的深入與擴大去促進全國革命高潮的深刻觀念。
毛澤東嚴肅地批評了林彪的悲觀思想和流寇思想，他寫道，「這是一個最根本的問題，不答覆中國革命根據地和中國紅軍能否存在和發展的問題，我們就不能前進一步。」
在信的最後，毛澤東以詩一般的語言和激情勉勵林彪振作起來，丟掉悲觀情緒，迎接革命事業對他的選擇，不辜負他本人對林彪的厚望。毛澤東寫道：
……我所說的中國革命高潮快要到來，……它是站在海岸遙望海中已經看得見桅桿尖頭了的一隻航船，它是立於高山之巔遠眺東方已見光芒四射噴薄欲出的一輪朝日，它是躁動於母腹中的快要成熟了的一個嬰兒。
1948年，中共中央決定編輯出版《毛澤東選集》，準備收入這封信。時在東北的林彪聞訊，急忙致電黨中央和毛澤東，說「我同意在黨內外公佈這封信。為不致引起誤解，我同意公佈信的內容，而不公佈我的名字」。毛澤東善意地答應了林彪的懇求，刪去了林彪的名字和信中對林彪的批評部分，把題目改成《星星之火，可以燎原》。毛澤東怎麼也不會想到，林彪卻有不認賬的時候。
1968年，林彪重返井岡山，遠眺竹林雲海，近聆流水潺潺，一時興起，填下了一首《西江月·重上井岡山》的詞，並送呈毛澤東閱：
繁茂三灣竹樹，蒼茫五哨雲煙。井岡山搏鬥憶當年，喚起人間巨變。紅日光彌宇宙，戰旗湧作重洋。工農億萬志昂揚，誓把敵頑埋葬。
四十年前舊地，萬千往事縈懷。英雄烈士沒蒿萊，生死艱難度外。志壯堅信馬列，豈疑星火燎原。輝煌勝利盡開顏，鬥志不容稍減。
毛澤東看後，微微一哂，用紅鉛筆在「志壯堅信馬列，豈疑星火燎原」下面重重地劃了二條粗槓，並打了一個問號，說道：「這是歷史公案，不要再翻了。」