爭論最早溯源於中央的二月來信。1928年10月，共產國際書記布哈林在中共六大上發表演講時，對農村蘇維埃運動的前途十分悲觀，認為中國紅軍「只能分散存在，如果集中，
則會妨害老百姓的利益，會把他們的最後一隻老母雞吃掉，老百姓是不會滿意的」。根據他的指示，中共中央於1929年2月7日致信朱毛及湘贛邊特委，要求紅四軍前委應有計劃地將主力分解為小部隊，散入湘、贛邊境各鄉村，「深信朱、毛兩同志目前有離開部隊的必要」，這樣一方面有利於紅四軍分編計劃的執行，另一方面又可以用他們武裝鬥爭的經驗來指導全國革命。中央甚至還設想出發佈假消息，對外宣稱朱毛死亡，以便他們安全地撤出根據地。接到中央指示信後，朱德主張按中央命令辦事，毛澤東持不同意見，他召開紅四軍前委會議，說服大家橫下一條心，堅定地實現赤化江西、兼及閩西浙西的戰略方針。他在給中央覆信中從四個方面闡明了紅軍不宜分散的理由，並坦率地指出：「中央要求我們將部隊分得很小，散向農村中，朱、毛離開部隊，隱匿大的目標，目的在於保存紅軍和發動群眾，這是一種不切實際的想法。」毛澤東說服中央收回成命，但紅四軍中開始產生分歧。一部分本來就主張分兵游擊、不願做根據地艱苦工作的幹部借題發揮，認為毛澤東不服從黨中央的決定，要求毛澤東只管黨務，不要管軍事。這種分歧還因前委與軍委的關係問題而進一步複雜化。
在朱毛會師以後，在紅四軍中前委與軍委一直並存，軍委置於前委領導之下，以確保黨對軍隊的絕對領導。1929年1月，毛澤東、朱德、陳毅等率領紅四軍離開井岡山，向贛南、閩西進軍。在行軍途中，敵人圍追堵截，山道崎嶇險峻，形勢複雜多變，為應付突發事變，紅四軍決定軍委停止辦公，將權力集中到前委，由毛澤東任前委書記。到了1929年5月，隨著贛南、閩西根據地的開闢和黨務、政務、軍務、群眾工作的展開，前委工作繁重，難以兼顧軍委工作，遂決定軍委恢復辦公，並由新到紅四軍工作的劉安恭任軍委書記，並接替毛澤東的政治部主任職務。
劉安恭是從蘇聯學成歸來的年輕幹部，雖然具有指揮經驗和軍事才能，後來又在戰爭中英勇犧牲，但他在紅四軍中卻起了很不好的作用。他生搬硬套蘇聯紅軍的一些做法，推行首長負責制，認為前委代替包辦了軍委的工作，黨代表權力過大。在他的主持下，臨時軍委會議作出決定：前委只討論紅四軍的行動問題，不要管軍隊的其他事情。這就限制了上級黨委——前委的領導權，實質上是限制了黨對紅軍的領導。
朱毛對劉安恭的做法表示了不同的態度。朱德表示贊同，他認為軍委與前委分清彼此的職權範圍，有利於工作的開展；毛澤東堅決反對，他認為這不是簡單地分權問題，而是從根本危及黨對紅軍的領導、關係到民主集中制和根據地建設的重大原則問題。朱毛兩人的對立態度導致爭論進一步升級，使紅四軍高層領導分歧公開化。
在這場爭論中，一向沉默寡言的林彪表現出鮮明的立場，堅定地站在毛澤東一邊，主張廢止軍委機構，由前委代行軍委職權。他還將火力對準了親自提拔過他的朱德。
1929年5月底，紅四軍前委在福建永定縣湖雷召開會議討論分歧意見。劉安恭與林彪成為兩種對立意見的代表人物，展開了激烈的爭辯。
劉安恭等要求成立軍委，認為「既名四軍，就要有軍委」，建立軍委是完成黨的組織系統。他們還指責前委「管得太多」，「權力太集中」，不但「包辦了下級黨部的工作」，還代替了「群眾組織」，甚至攻擊前委領導是「書記專政」，有「家長制」的傾向。很明顯，劉安恭的矛頭主要是指向毛澤東。
林彪等人則針鋒相對地提出，現在紅軍只是一支四千多人的小部隊，又處在頻繁作戰、游擊動盪的環境之中，領導工作的中心還在軍隊，「軍隊指揮需要集中而敏捷」，由前委直接領導和指揮更有利於作戰，不必設重疊的機構。林彪說，如果在前敵委員會之下、縱隊委員會之上再插入一個軍委，人也是這些人，事也還是這些事，一層層議，一層層往下傳，這實際上是一種只看外表不重結果的形式主義，這些形式主義者的要害在於試圖成立軍委，與黨分權。
兩種意見爭執不下。紅四軍移師福建上杭白沙，準備在6月8日召開前委擴大會議，出席者擴大到連以上幹部。
白沙會議召開前三小時，林彪派人飛馬給毛澤東送了一封信。他在信中說：「現在四軍裡實有少數同志的領袖慾非常高漲，虛榮心極端發展。這些同志又在群眾中是比較有地位的。因此，他們利用各種封建形式結成一無形的結合派，專門吹牛皮攻擊別的同志。這種現象是破壞黨的團結一致的，是不利於革命的，但是許多黨員還不能看出這種錯誤現象起而糾正，並且被這些少數有領袖慾望的同志所蒙蔽。」另外，林彪還用了「政客手段」、「卑污行為」、「陰謀」等語言，矛頭直指朱德。
會議開始時，毛澤東公開了林彪的信，一下子將林彪推向了風口浪尖，置於眾目睽睽之下。林彪也不含糊，索性尖銳到底。他站起來發言，毫不隱諱地聲明，自己這封信是專為軍委問題而寫的。
劉安恭與林彪再次發生激烈爭論。劉安恭發言說：「毛澤東總是強調黨的絕對領導，按這條標準來衡量朱毛，兩人存在很大的差異。朱德是擁護中央指示的，毛澤東總是自創原則，拒絕中央的命令。這次拒絕共產國際和中央二月指示就是一個明證。所以，現在不僅有一個劃分前委與軍委職權的問題，還有一個紅四軍是留朱還是留毛的問題。」
針對劉安恭對毛澤東的指責，林彪激憤地說：「關於軍委的問題，我信上說得十分明確，理由不再重複。有一點需要指出，朱德一貫喜歡說大話，吹牛皮，喜歡用政客手段和封建手法拉攏部下，形成團伙。這次他支持成立軍委就是想借此脫離前委羈絆。」
劉安恭和林彪的發言再一次令爭論升級，並將紅四軍兩位創始人逼到不得不表態的懸崖邊。
寬厚待人的朱德想用他的恭謙和包容緩解會場上劍拔弩張的緊張氣氛。他耐心地解釋道：「有人說我放大炮，說大話，說過要紅遍福建、江西，打到武漢、南京，解放全中國。這不叫『吹牛皮』，這是為了鼓舞革命鬥志。有人說我拉攏下層，常和下面的官兵混在一起，搞所謂的小組織活動，這是為了和下級打成一片，便於及時瞭解情況。」
在原則問題上，毛澤東從來就不讓步。他沒有像朱德那樣去緩和氣氛，而是採取了道不同不相為謀的態度。他將一份書面意見放在會議桌上，簡短地說：「從機構設置上看，軍委不僅與前委重複，而且是同前委分權，更為重要的是動搖了黨管理一切的最高原則。現在，前委不好放手工作，但責任又要擔負；部分負責幹部對於決議案沒有服從的誠意，討論時不切實地爭論，決議後不僅反對，還要將責任歸咎於個人，前委陷入了不生不死的狀態。我不願在不生不死的前委工作。我提出辭職!」
毛澤東的這一舉動，出乎全體與會人員的意料。他在紅四軍和根據地的威望是無人可與比擬的。毛澤東此舉，使大部分與會者對軍委與劉安恭的做法很不滿意。在投票表決中，前委以三十六票贊成、五票反對的壓倒多數，決定撤銷軍委。這樣一來，劉安恭的軍委書記一職自然不復存在，他改任紅四軍第二縱隊司令。
白沙會議雖然撤銷了軍委，但爭論範圍還在繼續延伸。劉安恭散佈了許多挑拔離間和攻擊毛澤東的言論，硬說紅四軍中有擁護中央派和反對中央派。少數人還有意將黨內分歧意見散佈到一般戰士中去。這種言論極大地紊亂了指戰員的思想。毛澤東再次萌生離開前委的想法。
林彪看出了毛澤東的矛盾心理，白沙會議剛結束又給毛澤東寫了一封信，請江華轉交。江華後來回憶說：「當天夜裡，林彪給毛澤東同志送來一封急信，主要是不贊成毛澤東同志離開前委，希望他有決心糾正黨內的錯誤思想。」
為了搞清問題，紅四軍前委要求朱毛兩人提出書面意見，詳細陳述自己的觀點。6月14日，毛澤東寫了《復林彪同志信》；15日，朱德寫了《答林彪同志談前委黨內爭論的信》。
毛澤東的信從歷史和環境兩方面說明了紅四軍內部存在的問題和爭論的原因，列舉了「個人領導與黨的領導」、「軍事觀點與政治觀點」、「流寇思想與反流寇思想」、「形式主義與需要主義」、「分權主義與集權」等十四個問題，認為黨對軍隊的領導是紅四軍目前存在的關鍵問題。在信中，他闡述了反對軍委與前委並立的四點理由：一是分權，不能集中領導；二是重複，毫無必要疊床架屋；三是危及黨領導一切的最高原則；四是動搖了前委在組織領導上的威信。毛澤東希望黨組織批准自己到莫斯科學習的請求。
朱德則認為，在紅四軍中，確實出現了黨的組織替代群眾組織、忽視基層工作的缺點，形成了書記專權的沉悶現象，這在一定程度上打擊了廣大群眾的積極性和主動性。
6月中旬，《前委通訊》第三期將《林彪致毛澤東的長信》、《毛澤東復林彪同志信》和《朱德答林彪同志談前委黨內爭論的信》一併刊印出來，讓各種意見公開亮相，於是爭論也進一步公開化。在四軍中和根據地內，人人都可以對毛澤東、朱德說長道短，而且爭論的內容也遠遠超出了前委與軍委關係這一範疇。
6月22日，中共紅四軍第七次代表大會在龍巖城內召開。毛澤東在會前建議，通過採取總結過去鬥爭經驗的辦法達到統一認識、解決紅軍建設中主要問題的目的。這一建議沒有被採納。紅四軍七大由陳毅主持。會議認為，毛澤東是前委書記，對爭論應多負些責任，給予黨內「嚴重警告」處分。大會改選了紅四軍黨的前敵委員會，由中央指定的前委書記毛澤東居然落選了，陳毅被選為前委書記。
林彪等人表示不能認同這樣的結果。
毛澤東在會上最後發言。他神情凝重，幾乎是一句一頓地說：「現在還是要根據我們歷來實際鬥爭中的經驗，加強政治領導，加強黨對紅軍的領導，軍隊要做群眾工作，要打仗，要籌款。至於會議對我個人有許多批評，我現在不辯，如果對我有好處，我會考慮；不正確的，將來自然會證明這個不正確。」會後，毛澤東被迫離開了他一手拉扯大的紅四軍，到閩西特委指導地方工作。
對於紅四軍七大，中央後來做了嚴肅地批評。主要是四點：第一，對朱毛兩同志的問題，前委自己不先提辦法，而交下級自由討論，客觀上是放任內部鬥爭，關門鬧分歧。第二，沒有從政治上指出正確路線，只是在組織上回答一些個人問題。第三，削弱了前委的權力，客觀上助長了極端民主化的發展。第四，對朱、毛問題沒有顧及他們在政治上的責任之重要，公開到群眾中沒有指導的任意批評，使朱、毛兩同志在群眾中的威望受到影響。中央要求前委採取補救措施挽回上面的負面影響。