相對易守難攻的「天保城」，野戰中北洋軍有更大的勝算，馮國璋把皖軍的戰術給COPY了過來，在前往南京的路上構築溝壘，層次阻擊，從山下衝下來的皖軍，當他們撕開一道道敵軍防線奔向南京城時，部隊是越打越小，傷員是越打越多。
面對數倍北洋軍的包圍，葉盛祥對北洋軍發起了最後一次衝擊。
當馮國璋聽到下山皖軍被圍殲的時候，眉宇間才稍顯舒展。
「天保城」此時守軍不到二個連，馮國璋把攻取「天保城」這個艱巨而光榮的任務交給了第3師，經過4小時的苦戰，馮國璋終於奪下了「天保城」，南京城中革命黨人的一舉一動全在他的視野之中。
對馮國璋來說，再加一把勁，勝利便可唾手可得，南京形勢頓時險惡起來。
大勝關北洋軍面對著皖軍的東西對進，困守死地的險境，在海軍的配合下，大勝關阻擊部隊主動撤出戰鬥。
這一舉動嚴重違背了馮國璋要求死守大勝關，直至最後一個人的命令。
「大帥，再拼就全拼光了，給咱們團留一點種子吧。」
馮玉璋看著駐守大勝關的二團官兵此時上到軍官，下到士兵個個身上帶傷，眼巴巴的看著馮玉璋，3200多人打的只剩下一個營了。馮玉璋轉過身揮了揮手，「都下去休息吧。」
「大帥。」
打通安徽與南京的交通線的皖軍繼續向著南京前進，柏文蔚護送宋教仁等人安全到達了蕪湖。
張四維第10師先頭部隊到達南京之時，正趕上南京城內最慘烈的巷戰。
9月12日，何海鳴和韓恢在新編第三軍司令部召開軍事會議，何海鳴主持決定以攻代守兵出四路，即1師王憲章部出雨花台，攻紫金山；新編5師錢通出朝陽門，1師與敵接仗時，出而合攻；8師出太平門，突出天保城；新編6師出儀鳳門，攻擊幕府山。是時1師遲遲沒有行動，5師至朝陽門，敵人炮火猛烈，不能出城。原定4路進攻計劃完全落空。
9月13日早晨，北洋軍對南京城發起總攻擊。
北洋軍利用地道將朝陽門城垣轟崩兩丈有餘，蜂擁而入。太平門被北軍用猛烈炮火擊穿，北軍衝入城內，分別佔領了富貴山和駱駝山；通濟門、神策門也被北洋軍攻破，大批北洋軍湧入南京城內。
9月13日馮國章致電袁世凱已全線佔領南京。
9月14日袁世凱通電敦促安徽楊洪森接受中央政府招安，並開出了六點和平方案。其中：安徽宣佈取消獨立，解散社會人民黨，楊洪森下野，皖軍進入就地裁撤接受陸軍部整編。另外，楊洪森在皖個人財產將給予保護，中央另將委以重任安排其到國外考察。
袁世凱又被下面的將領的蒙騙了以至於做出錯誤的判斷。袁世凱要通過和平方案他向國人表明一種態度，即：他袁世凱是不想打仗的，目前這種局面的根本是國民黨孫中山和社會人民黨楊洪森叛亂造成，不過他是寬宏大量的，只要楊洪森在時間內投降。
中央到地方，甚至國外報紙對北洋政府和平製造輿論。
9月15日社會人民黨新聞發言人安惠民在上海召開記者會回應北京的和平。
「……對於和平我們表示歡迎，但和平談判的前提在共和、民主的前提下……」安惠民宣讀聲明後向各方記者提供最新的戰報「……南昌還在戰爭，南京並未被攻陷，各位對此可以進行核實……。」
記者招待會的時間為二十分鐘，記者會結束後安惠民直接躲進了下榻的酒店。
南昌還在戰，南京並未攻陷，外國記者通過南昌、南京的各國領使館，瞭解到這兩座城市還在激烈的交戰之中，尤其是在南昌，皖軍佔著另一半，南京很多建築物都控制在南軍手中，兩處的戰鬥打的火熱，沒有絲毫結束跡象。
南京城被攻破後，除了很少一部分人外，大部分革命者的士氣都已經瓦解了，根本無法組織起有效的反擊，導致南京戰火一直未滅原因正是北洋軍自己造成的。
北洋軍攻佔南京後，大肆淫掠，幾乎無兵不搶。北軍在下關縱火焚燒，全埠化為焦土。搶掠後所有贓物皆運往運至天津、北京或運至上海。這種大肆的掠奪，導致南京城內的反抗情緒十分高漲，各師殘部、何海鳴指揮的衛隊，南京水警、巡警以及一大幫子民軍散兵游勇，北洋軍不是不將南京劃成片，這樣即方便清剿，同時也解決了因掠奪導致無謂的兄弟之爭。
皖軍的第10師張四維衝破北洋軍阻擊後，加入進了南京城的巷戰之中，讓本就熱鬧的南京城，變的更加熱鬧起來。
在上海，安惠民不斷的走訪各國領使館，英、法、美、日四國要求北洋軍停戰三日，以便從南京城中撤出僑民，對此袁世凱委婉的加以拒絕，這顯然是楊洪森利用洋人所施的緩兵之計，這樣的詭計，他袁世凱是不會中第二次的。
「停戰三日，以便各國僑民撤離南京。」雖說將在外軍令有所不授，但是作為袁世凱最忠心的狗，馮國璋無條件的執行了這一命令，一支從上海趕來的紅十字團隊，確保在這三天內雙方都能克制執行這一停戰協議。
皖軍的強勢介入，迫使何海鳴放棄了指揮權，南京城內的所有武裝力量由張四維統一指揮。馮國璋也在緊張的利用著這三天的時間，分配兵力，並且擬定了一個B方案，準備一口氣把皖軍趕到秦淮河裡。
戰事就這樣在三天後的街巷展開了，而在江西南昌，巷戰已經整整持續了十二天。
在一處破損的房內，一群人正對著黨旗莊嚴地宣誓：「我志願加入中國社會人民黨，堅持執行黨的紀律，不怕困難，不怕犧牲，為三民主義事業奮鬥到底。」
陶繼光走上前與這些年青的同志握手，並將紅色的黨證交到了他們的手中，「同志們，國賊袁世凱對外宣稱南昌已經被佔領了，南昌被佔領了嗎？」
「沒有。」
「不錯，沒有，南昌現在還在我們的手，我們絕不屈服。」
「血戰到底，誓與南昌共存亡。」青年官兵高舉著拳頭。
南昌城內李純和王占元都陷入了前所未有的大危機中，攻破南昌時他們認為江西的戰事結束了，北洋士兵們認為可以藉機大肆搶奪一番，可是在城內等待他們的卻是高低工事以及四周八方飛過來的冷槍，城市內你分不清誰是敵人，誰是平民，到處都是拿著槍的武裝人員。
李純越來越討厭戰爭了，「現在我們該怎麼辦？總統一再催促我們奪取南昌，可是現在的局面。」
不需要李純多說王占元等將領都清楚目前的現狀。他們包圍了南昌，並且奪取將一半的城區，另一半掌握在皖軍的手中。對於城市作戰他們根本沒有經驗，他們應對的方法：一是集結重兵；二是長期圍困。
長期圍困完全背離了中央的軍事方針。集結重兵，目前他們沒有兵可用。
在江西北洋軍共投入了兩個整編師，除此之外，還有數個投降的贛軍團、警察以及地方民團。湖北方面，甚至北京方面暫時都無法抽調部隊過來，所以更多的時候，他們需要依靠江西地方上的武裝，但是江西地方部隊極不可靠，尤其是民團他們私下與「抵抗軍」來往密切，那些地方警察多數都是社會人民黨的眼線，就在昨天王占元將其委任的南昌警察局長給砍了頭，問他為什麼投降後反叛，局長回答的很乾脆，北洋軍當街殺了他家人。至於那些投靠過來的贛軍將領，他們連部隊都管不好，更別指望他們對付「抵抗軍」了。
「打下南昌，江西的戰事就能結束嗎？」
「也許不能，但是可以大大的削弱他們的士氣。」
李純暗自苦笑著，這種話也只能騙騙那些士兵，南昌城內的革命黨被圍這麼多天，他們的士氣未見瓦解，反到是己方的士氣越加……
「總統讓我等迅速拿下南昌，這就是將令，我等須在三日之內拿下南昌，有什麼不滿你們找總統去說。」王占元很快就把今天會議的基調給定下來了。
三天打下南昌，都打了十二天了，都死了近三千弟兄了。有人不滿的道冷笑道，「三天內打下來南昌這也太慢了，不如一把火，保證一天內就結束戰事。」
王占元拍著桌子道，「這法子好，今晚時分放火燒城，就這麼定了，大家各自回隊準備。」
邊上的李純一聽心頭一驚。