安徽與江蘇的交通線被切斷這是壞消息嗎？不，對楊洪森來說這不是最壞的消息。
他第二次電請孫中山到安徽，同時，將駐紮在皖南的戰略預備隊投入到了江蘇戰場。
孫中山本擬定前往安慶，但是國民黨人多不願去安徽，安徽是社會人民黨的地盤。
社會人民黨與國民黨的核心都是「三民義主」，但是在「三民主義」的理解和認知方面存在的重大分歧。
國民黨人指責社會人民黨為「修正派」，社會民黨人民黨人指責國民黨人為「改組派」。這種矛盾在革命前夕並不激烈，隨著討袁革命開始後，雙方的矛盾逐漸開始激化。
在南京，孫中山對王天培的極度信任，導致了蘇軍將領的不悅，程德全被驅逐後，江蘇都督這個位置讓兩黨之間矛盾加深。
蘇軍將領何鳴海舉張堯卿出任臨時都督，自己擔任總司令。
王天培向孫中山進言，「張堯卿在軍中並無根基，而何海鳴為一文人，不懂軍事，何海鳴為總司令，太過兒戲。」
可是，何海鳴是位革命精神很強的人。自獨立以來，凡不肖軍官一律剪除盡淨，無稍絆礙。從都督以至排長，皆系堅決果敢之士，萬眾一心。孫中山對於對大局考慮，任命蘇軍中威望極高柏文蔚擔任江蘇都督，由何鳴海擔任總司令，王天培擔任南京城防司令。
國民黨人認為孫中山太過信任楊洪森，總之，他們不信任楊洪森。他們認為楊洪森是個表面看起來堅強，實者是個陰險、反覆之徒。安徽、江西都都是極好的範本，兩地本都是國民黨最堅實的陣地，可是現在卻成為社會人民黨那套歪理邪說的天下，所以年青的國民黨人應當對楊洪森提高警惕，自覺的抵制社會人民黨的「修正主義」
如果大本營由南京遷至安慶，對孫中山本人沒有多少影響，但這無疑將壯大社會人民黨的聲勢，不利於國民黨今後的發展。孫中山必須離開南京，領袖不能置於這麼危險地方。
孫中山願意去安慶，可是由於多數同志反對，孫中山只好決定經上海，借道去香港，如果可以的話到廣州看看陳炯明同志。
在日本海軍朋友的幫助下孫中山等國民黨要員乘坐日本軍艦前往上海，可是到上海還沒有下船，就碰上了黃興、陳其美，與他們一起還是孫中山另一位日本友人平野達夫。
「孫先生，我們回艙再說吧！快！」平野達夫搶先低聲說了一句，奪過孫中山手上提著的皮箱，挽著孫中山的臂膀往回走。胡漢民惶惶地緊隨其後，陳其美、黃興等魚貫而去，回到孫中山艙房，平野達夫隨手把門關上，焦急不安地說：
「孫先生，胡先生，你們不能下船！」
孫中山驚訝地問：「怎麼，出了什麼事了？」
「千萬不能上岸。袁世凱已經下令追捕你們幾位國民黨領導人。
「我為你們買到了到台灣去的船票還是這艘船，明日啟航。今晚你們只好在船上，千萬不能上岸。袁世凱已經下令追捕你們幾位國民黨領導人。」平野達夫說著，從公文包裡掏出一張蓋有大印的佈告，遞給孫中山：「您看這個。」
孫中山接過一看，除了北京政府發出的通緝令。還有各國政府命令租界禁止孫文、黃興等國民黨要人入境的文告。
孫中山怒目圓睜，憤憤地罵了聲：「無恥！」爾後對平野說：「謝謝您的好意，平野先生！為今只有去廣州了，重新組織討伐袁賊。」
黃興內心憤慨，鎮靜地說：「廣東的局勢已經逆轉，龍濟光與駐粵將領合謀附袁，陳炯明逃離廣州，去向不明。」
胡漢明小心的問道，「那麼我們是否可到虹口暫避呢？」
陳興美白了一眼胡漢民，「袁世凱的密探早已佈滿租界，不但英、美租界，日本租界也不能輕入。」
平野達夫說，「日本政府迫於北洋政府的壓力，日本租界警察受命協助北洋政府全力抓捕你們，為今你們只有去日本暫避。」
孫中山一拳打在桌子上，「東渡日本，重聚力量，再舉革命！」
孫中山等國民黨人員化名乘坐日本商輪轉道台灣至日本。
宋教仁並沒有同孫中山一起離開南京前往日本，而是留在了南京主持正常的黨務工作，沒有孫中山在身邊，宋教仁可以完全按照他的想法佈置南京的保衛戰。
馮國璋在前期作戰中很順利，搶佔大勝關的部隊由大勝關、三叉河渡江攻佔雨花台，接著對紫金山及天保城發動了進攻，駐紮在紫金山的蘇軍團長吳衛紅陣前倒戈，搶佔紫金山後，馮國璋並沒有立即派兵攻打天保城，而是直接會攻南京城。
南渡的北洋軍在馮國璋的指揮與革命軍在神策門、太平門、朝陽門一帶激戰。南京城內的徐濤、李可鈞和衛戌團團長吳浩等人居內策應，擬定了獻城計劃。
南京城內吳浩指揮衛戌團偷襲都督府，對革命軍實施「斬首」行動，徐濤和李可鈞等部搶佔各門迎接北洋軍光復南京。
「報告，衛戌團吳浩叛變了。」警衛連連長方浩然急匆匆地跑進作戰室。
宋教仁、柏文蔚、何海鳴等人吃驚之餘，個個憤怒異常。
吳浩命炮隊強攻都督府，警衛連無力抵擋，宋教仁、柏文蔚、何海鳴等人只好各自突圍，尋找友軍鎮壓平叛。
王天培這個南京衛戌司令，實際上能指揮的只有他的皖軍第9師和臨時組建的「義勇軍」。當城門、都督府一帶的發生激烈交火時，王天培第一判斷就是有人叛變了，急調第2團伍銀才部前往平叛。
攻戰了都督計的吳浩並沒有並未找到宋教仁、柏文蔚或者何海鳴三人中的其中任何一個。
分別突圍的何鳴海躲進了金陵醫院暫避了一夜，宋教仁、柏文蔚半路上遇到了蘇軍第8師第3團一部。
南京的這場夜戰打的亂七八糟，誰也不知道跟誰在打，皖軍第9師第2團伍銀才到達都督府一帶時遇到了第1師的部隊，也不知道誰先打了第一槍，結果雙方打了一個晚上，到次是凌晨雙方才搞清楚原來是一場誤會。
南京城雖然被吳浩等叛將一攪合搞的城內各部陣角大亂，但是外線部隊戰鬥自覺性很高，不待將校指揮，人自為戰。
因為沒有無線電台馮國璋並不清楚南京城內發生的情況，他只能按照原定的計劃起頭並進合圍南京。
成功搶佔城門，搗毀都督府的吳浩，發出佈告，取消獨立，正式倒向北洋軍。
吳浩宣稱宋教仁、柏文蔚均已被擊斃，並讓人將他們的屍首懸於城門之上，同時派人向城內還在抵抗的革命軍實施招降。
得知宋教仁、柏文蔚死於亂軍之中，何海鳴被公舉為江蘇都督，全權指揮南京戰事。
城中因吳浩等叛軍打了一晚上混戰的革命軍官兵們異常憤怒，在何海鳴的號召下開始進行瘋狂的反撲，那些人自為戰的士兵們匯成了溪流。
8師29團、1師3團，皖9師2團等部的圍攻下，擊潰衛戌團，革命軍將叛軍徐濤和李可鈞佔領的要點盡數奪回，潰販的叛軍退至下關，其後退往南京東北的幕府山。
待南京城中叛亂基本平息，宋教仁、柏文蔚才走出來，可何鳴海並不打算將江蘇都督等職讓出來。
為了保證南京保衛戰的勝利，何鳴海開始整頓部隊，通過相互檢舉、揭發，將那些可疑的官兵剔出革命的部隊，這火一直燒啊！燒啊！就燒到了王天培的身上，因為他的信仰有問題。