汪道源投降了，作為一個軍人，該同志缺乏殺身成仁的覺悟。
陳炯明得到消息，陷入極度震驚之中，他命令「援贛」部隊立即返回廣州駐防，鐘鼎基等粵軍將領拒不受命。陳炯明大怒，將鐘鼎基革職，鐘鼎基被嚇的逃至香港。張我權心不自安，也逃到了香港。陳炯明委任李根源接任1師師長。李根源見大事已去，不敢赴任。1師和獨立旅一時群龍無首，局勢更加混亂。
陳炯明遣鄧澤如向李福林求援，
李福林是碩果僅存的幾支民軍，他對陳炯明又懼又恨，此時見陳炯明地位動搖，便在一旁冷眼作壁上觀。
2師師長蘇慎初根本不贊同廣東獨立，當龍濟光攻佔三水縣城，打開了通往廣州的門戶後。蘇慎初也撕下了偽裝，由沙河出發在牛王廟一帶佈防，同時又以大炮數門，直指都督府，待一切佈置就緒後，蘇慎初打電話給陳炯明要他取消獨立。
中午時分，燕塘炮兵奉蘇慎初命令，率先炮轟都督府，都督府衛隊奉命出防，半路上嘩變，並派出代表，與燕塘軍聯絡一致倒陳。陳炯明手中無一兵一卒，無可奈何，只好挾資百萬和副官黃強一起，躲進廣州石室天主教堂，然後在法國神父的保護下，秘密出走香港。
蘇慎初被舉為臨時都督兼民政長，袁世凱即加蘇慎初陸軍上將銜。
張我權進至廣州後將蘇慎初驅走，自稱都督，並通電取消廣東獨立，隨後，龍濟光率部進駐廣州。
湖南、福建、廣州相繼取消獨立後，接下來的該輪到上海了。
上海討袁軍與北洋軍一直處於相峙之中，這種平衡隨著浙都朱瑞倒向袁世凱發生傾斜。北洋軍後續援軍到達上海後，朱瑞出兵上海協助北洋軍作戰，駐在龍華的淞軍被迫撤離龍華，向吳淞一帶撤退，此時的南軍已經成了強弩之末。
社會人民黨此時已經完全斷絕了對上海討袁軍的軍餉供應，因為精明的上海同志無法容忍「吃白食」的形象。
長期以來陳其美過於依靠楊洪森，當楊洪森撤資後，他頓時陷入到困境當中。
餉源無出，兵士愈慌，軍心動搖，就連陳其美最親密的戰友，當初把兄弟劉福彪也接受北洋軍扔過來的橄欖枝。
劉福彪部的叛變就如同多米諾骨牌，淞軍各部軍官紛紛逃走或者投入北洋軍。
時任革命軍吳淞要塞總司令鈕永建，請紅十字會出面協調和平解決武裝衝突，北洋軍為迅速結束上海戰事也願意和平解決，紅十字醫生柯司往返炮台與海軍，雙方遂達成協議，紅十字會接收炮台，鈕永建、居正等國民黨人率1000餘人經羅店退往嘉定，至太倉將部隊解散，上海討袁軍與北洋軍血戰近七十天後，起義以失敗告終。
此時，南京早就已經亂了，上海的失守，浙江的倒戈，蘇軍將領感覺到袁世凱的權杖就要在落到他們頭上了，他們開始痛恨起那個把他們拉下水的孫中山。
不管是孫中山、宋教仁都察覺到了南京城內所瀰漫著的悲觀情緒，程德全在南京也在加緊鼓噪著，他這麼賣力也是怕袁世凱日後翻他舊賬。
柏文蔚急匆匆的走進了大元帥府，車到府外，警衛隊親兵忙上前拉開門，「柏都，快請。」
柏文蔚走進元帥府在屋外整理好衣裝敲門而入。看到參謀長柏文蔚後孫中山起身上迎，問的第一句話便是，「南京能不能守的住？」
「大元帥放心，我等堅決死守南京。」
「坐吧，坐吧。」
「是，先生。」
「目前上海失陷，浙軍反目，當日若聽玉琨之言，早作決斷策動黨人驅逐朱瑞，進取上海，也不會有今日之憂。」宋教仁說這話的時候，孫中山臉上露出一絲不快。當天作這個決定的時候那是經過了民主表決，他孫中山可沒有天罡獨斷，怎麼事到如今就成了他的不是。
「現在說這話又有何用？」孫中山也是一腔的憤恨。
柏文蔚連忙打起了圓場，「大元帥，現下我們還是要想辦法守住南京，等候皖軍的支援。」
孫中山聽到這也是心中感歎，路遙知馬力，日久見人心，「安徽方面能派出援軍嗎？」楊洪森可是開了很多坑。
柏文蔚道，「皖軍號稱有20萬之眾，但是裝備齊整的約有6萬人，在江西皖軍投入了10個團，在湖北投入了5個團，在河南投入了6個團，目前的情報顯示楊洪森的皖軍主力正在津浦線與北洋軍作戰，能增援的部隊恐怕只有預備隊了。」
「那麼南京現在能不能守的住，能堅守多長時間？」孫中山再一次問道，他對楊洪森還抱有最後的幻想。
「元帥，恕我直言，若想堅守南京，首先應當升任王天培為南京衛戍司令，接管南京城防。二是立即下令討伐程德全。」柏文蔚為此作了進一步說明。王天培的皖軍第9師有近8000之眾，該部裝備好，素質高，士氣壯，戰鬥強，且軍紀嚴明，這是其它起義部隊不能比的，更重要的是這支部隊忠誠度高，他們絕對不會出現臨陣倒戈的情況。抓程德全是這傢伙太不是玩意了，到處拉攏蘇軍高級將領挖革命軍牆角，更可恨的是這傢伙居然挖到他頭上來了，這種人最好抓起來一刀宰了。為了堅定孫、宋二人抓程德全，柏文蔚特別提醒道，「玉琨早先有言，程德全反覆小人不可信任，應當立即予以討伐。」
孫中山沒有說話，程德全人格方面是有一些問題，但是他作為舊官僚體系中的一員，在江蘇頗有影響力，「將他驅逐即可，你們看呢？」
宋教仁道，「我看可以。」
孫中山、宋教仁隨即請程德全到元帥府，但提前收到消息的程德全出逃上海。
經過一番民主推舉柏文蔚當選為先一屆江蘇都督，王天培升任南京衛戍司令，柏文蔚將王天培的第9師調入南京城內駐守，為此王天培找到了柏文蔚。
王天培對柏文蔚升他作南京衛戍司令沒有意見，但讓第9師駐防南京他有異議，王天培對於接手天保城防務的蘇軍極不放心，所以堅決要求將駐防天保城的任務交給葉盛祥團，柏文蔚同樣清楚天保城對於南京城的重要性，最後他採納了王天培的建議。
在安徽，楊洪森關注著地圖，飛快的計算著利害得失，在他看來南京讓孫中山佔著，簡直就浪費了這塊風水寶地，如果這塊地皮的主人換成他，那麼第二個朱元璋就要問世了「可惜了？」
鑒於南京的危局，楊洪森電請孫中山、宋教仁，將元帥府移至安慶，因為南京實在是太危險了。但孫中山下定決定，不到最後他堅決不離開南京。
可是戰場形勢瞬息萬變，就在這個時候，南線的浙軍與北洋軍沿寧滬線殺向南京，沿途蘇軍紛紛投降。北線馮國璋一部渡江搶佔了大勝關，堅守大勝關的蘇軍未戰先怯，大部投降，致使安徽與江蘇的交通線被切斷。