軍隊整編對楊洪森來講是一個急需面對地現實問題，雖然楊洪林號稱有近三十萬的武裝人員，但手上有槍的連三分之一佔不到。至於，他們的戰鬥力更是參差不齊，楊洪森需要的是一支精幹武裝力量，更富有戰鬥力的隊伍。即便袁世凱不下達整編的命令，楊洪森也會自己整編。
他需要更加純潔，更加忠誠的部隊，且服從於他個人的意志。
黃渙章的兵變，讓楊洪森認識到必須要建立一支短小精幹的武裝力量來「保衛」挺進社總部的安全。
楊洪森的提議得到同志們一致贊同。這支部隊的名稱確實為「武裝近衛軍」，滿編製為1226人，下轄：一個突擊步兵營，一個機炮連，一個騎兵連。武裝近衛軍指揮官為馮達山，部隊統一為德械，步槍均為最新式的毛瑟98，士兵制服為黑色，白手套、皮靴、皮帶、德式M35式鋼盔等等。除了那德式M35式鋼盔有些難整之外，衣服、靴子、武裝都差強人意地到位了。
袁世凱給了楊洪森二師一旅的編制，為了扼制楊洪森的軍隊發展，另派吳中英出任安徽軍政司司長。而楊洪森的辦法就是將那些從軍隊分流出來的武裝人員轉入警察系統，借整頓全省警察為契機，大肆組建「武裝警察部隊」
武裝警察部隊每個支隊下轄三個步兵營；山炮、機炮、通信、特務各一連；工程、輜重、衛生各一排，暫編2500人。經軍事委員會審核批准決定，先暫編十五個支隊（即：安慶武警部隊、徽州武警部隊、寧國武警部隊、池州武警部隊、阜陽武警部隊、六安武警部隊、宿州武警部隊、滁州武警部隊、合肥武警部隊、蚌埠武警部隊、毫州武警部隊、壽州武警部隊、廣德武警部隊、和縣武警部隊、泗縣武警部隊）。這些武裝警察部隊，分別在安徽、合肥、壽州、蕪湖、貴池，五個地區集中整編訓練。
6月底，楊洪森已經按照中央指示順利的完成了整編任務，通過整編楊洪森將陸軍使用步槍統一成為79口徑，並從上海訂購買了一批57MM和75MM野炮，整編後的二師一旅，經過了軍政司長吳中英的檢閱，吳中英皖軍整編情況如實地上報到了北京，這讓袁世凱有一種被人算計的感覺，好在革命黨中不是人人都如楊洪森這般捨得投資。
吳中英這個軍政司長在安慶的日子並不好過，與朱家寶一樣吳中英在安徽各種活動均在軍情處王亞樵監控中。其來皖後不斷約見各黨派和無黨派人士，同時著手恢復咨議局，取消軍事委員會，雖然他浪費了很多的口水，收效卻甚微。吳中英雖身居軍政司司長一職，但是因為軍事革命委員會的存在，讓他這個司長完全成了擺設。想要奪回權利，就要取消革命軍事委員會這個臨時性機構。
可是這個機構，並不是想取消就取消，首先它是革命的軍事委員會，取消它就是反革命，反革命就是反共和，反共和就是反總統，總統是誰，總統是袁世凱，革命軍事委員會就要反過來鎮壓你。
吳中英只是在某一次例行會議中多了一句嘴，楊洪森就開始往死裡整他。吳中英是中央下來又怎麼樣，照整。在安徽楊洪森的地盤裡，想整死吳中英，那還不是想怎麼整就怎麼整。
「吳中英，老實交代你的罪行。」
「你們不能這樣對我，我要見楊洪森。」
「上老虎凳。」
「楊洪森，你不得好死，總統不會放過你的。」
站在鐵門外的楊洪森冷笑著，心道：不會放過我，那他也要知道才行。站在一邊王亞樵的等待著楊洪森的進一步指令。
「委員長，要不要解決了他……。」
「看看能不能發展成我們的人，如果不能就讓他自生自滅吧，不過最好是自殺。」
「明白，委員長。」
「那個，負責審訊的是什麼人。」
「報告，他叫王炳坤，是原偵緝隊的隊長，在審訊方面頗有一手，所以我把他招募了過來。」
楊洪森點了點離開軍情處的審訊室。
幾天後，楊洪森在軍事委員會的二層小洋樓內見到了出獄的吳中英，看到楊洪森後緊緊地抓著他的手哀求著，「給一點吧，給一點吧，就一點就行了，我就要一點……」
楊洪森還是很同情吳中英的，如果吳中英肯與他合作的話，也不會淪落到如今這樣的下場。
吳中英同志在職期間，任勞任怨，終因積勞成疾，倒在了工作崗位，報經革命軍事委員會批准，前往黃山療養，民政司工作暫由徐岱榮同志接任，楊洪森按照組織程序上報給了中央。
自大吳中英被送往黃山療養，袁世凱到是想繼續派人再去安徽，可是沒有人願意去。
楊洪森到是很乖巧，親自上書要求調往北京任職，同時希望北洋軍能來安徽駐防。
到北京來任職拉倒吧，什麼人都可以來北京，就他不能來北京。
派北洋軍進駐安徽的想法，袁世凱雖然有過，但是最後在徐世昌的勸說下打消了。
聽說楊洪森三十歲不到，袁世凱就開動腦筋在身邊的人堆裡為其找個老婆，段祺瑞、馮國璋等一幫子親信哪個敢把女兒嫁給楊洪森，那可是個大火坑。
段祺瑞曾直言道，「楊洪森是魏延，腦後有反骨。」
馮國璋譏笑道，「魏延不會下圍棋。」
段祺瑞不屑道，「你把女兒嫁給他。」
馮國璋：……。
段祺瑞是臭棋簍子在北洋那是出了名的，但是此人又好棋。據傳聞楊洪森在武漢與段祺瑞談判期間，相談甚歡，後來兩人興起手談數局後便翻了臉。據武漢英國領使館內知情人透露，當他聽到段祺瑞大罵楊洪森是「反賊」。
能讓段祺瑞吃癟，對馮國璋而言實在是一件讓人高興的事。可為了這，他還不至於把女兒往火坑裡推。
袁世凱終究沒能為找到合適的楊洪森配偶，不過他為楊洪森準備了一個男人，一個他所熟悉的男人，新任安徽都督柏文蔚。
安徽這天地，依然是楊洪森的天下，就算柏文蔚來到安慶，那也還是楊洪森的天下。
柏文蔚一段時間內都在南京，聯軍北伐南北議和之後他在徐州，袁世凱當選臨時總統，下達全國部隊整編的時候，他回到了南京，如果不是袁世凱的電報，他會繼續留在南京。
在安徽楊洪森在政治推行的是「一黨專制下的多黨合作制度」。雖然重新恢復諮議局，但是有八成的議席控制在楊洪森手中，楊洪森毫無懸念地的擊敗了象徵性的競選對手後以高票當選為新一屆安徽諮議局議長。
「一個領袖」、「一種主義」、「一種思想。」這就是楊洪森在挺進社安徽一次擴大會議的講話，他在安徽省還大搞「個人崇拜」其以議長的身份，在全省範圍內進行演講，演講的時候他的總是揮舞著拳頭，肢體的語言極其豐富，每一句都極具煸動性。不管是在城市，還是農村，每次都會都數萬聆聽他的聲音，在他的身邊擁有著大批的追隨者，年青一代視其為偶像。
鑒於孫中山《三民主義》的不足之處，楊洪森從理論上進行全面補充，甚至無恥的將《唯物主義辯證法》融入其中，將那些經過無數先輩通過實踐總結出來的理論，通通的寫進了他的新書《我的奮鬥》之中，將「個人崇拜」推向了一個新的高峰。