良弼被炸死，清皇族心驚膽顫，宗社黨策劃的反袁活動，也就煙消雲散。袁世凱趁機唆使親信紛紛發出通電，要求清帝退位，宣佈共和。先後發通電要求袁內閣代奏的有：
河南巡撫齊耀琳，山西巡撫張錫鑾，署直隸總督張鎮芳，署山東巡撫張廣建，署兩湖總督、會辦剿撫事宜第一軍總統官段祺瑞。這個時候，清室滿族親貴沒有人上朝了。袁世凱便授意外交大臣胡惟德、民政大臣趙秉鈞、郵傳大臣梁士詒等人，不時入朝恐嚇、恐嚇隆裕太后，隆裕太后嚇得魂不附體，只好哭求袁世凱道：「定要保全我們母子二人性命！」
隆裕授權袁世凱，與臨時政府磋商退位條件。袁世凱立即與南方代表伍廷芳電文，命其與南方政府協商。2月6日，由臨時政府參議院通過優待皇室8條：
第一款：大清皇帝辭位之後，尊號仍存不廢。中華民國以待外國君主之禮相待。
第二款：大清皇帝辭位之後，歲用400萬兩。改鑄新幣後，改為400萬元，此款由中華民國撥用。
第三款：大清皇帝辭位之後，暫居宮禁。日後移居頤和園，侍衛人等，照常留用。
第四款：大清皇帝辭位之後，其宗廟陵寢，永遠奉祀。由中華民國酌設衛兵，妥慎保護。
第五款：德宗皇帝未完成工程，如制妥修。其奉安典禮，仍如舊制。所有實用經費，並由中華民國支出。
第六款：以前宮內所用各項執事人員，可照常留用，惟以後不再招閹人。
第七款：大清皇帝辭位之後，其原有之私產，由中華民國特別保護。
第八款：原有禁衛軍，歸中華民國陸軍編制，額數俸餉，仍如其舊。
同時，孫中山代表臨時政府致電北京稱：今日經參議院同意，如15日下午12點鐘以前清帝不遜位，則收回優待條件。此佈告，即轉北京。總統孫文。
隆裕聽後如一聲霹靂蓋頂，山崩地裂。她渾身震顫，仆倒在地，兩個隨扈太監趕忙把她扶起，她悲痛欲絕地將詔書交給內務府大臣世續、內閣協理大臣徐世昌，由他們鈐印御璽後，交胡惟德。胡惟德捧在手上，大聲地開讀起來：
朕欽奉隆裕太后懿旨：前因民軍起事，各省響應，九夏沸騰，生靈塗炭，特命袁世凱遣員與民軍代表討論大局，議開國會，公決政體。兩月以來，尚無確當辦法。今全國人民心理多傾向共和，南中各省既倡議於前，北方諸將亦主張於後，人心所向，天命可知。予亦何忍因一姓之尊榮，拂非民之好惡。是用外觀大勢，內審輿情，特率皇帝將統治權公諸全國，定為共和立憲國體，近慰海內厭亂望之心，遠協古聖天下為公之義，袁世凱前經資政院選舉為總理大臣。當茲新舊代謝之際，宜有南北統一之方，由袁世凱以全權組織臨時共和政府，與民軍協商統一辦法。仍合滿、漢、蒙、回、藏五族完全領土為一大中華民國。予與皇帝得以退處寬閒，優遊歲月，長受國民之優禮，親見到治之告成，豈不懿歟！欽此。
清帝宣佈退位次日，北京各家報紙，爭先恐後地把《清帝退位詔書》全文發表。於是，北京城內街頭巷尾，人們拱手相告。
「改了朝代了！」
「共和了！」
「再也不會打仗了！」
北京城的龍旗收起來了。人們只知道「共和」二字，但不知如何「共和」。
袁世凱在清帝退位的第二天，即2月13日，便按孫中山提出的辦法，迫不及待地將退位詔書送各國公使及南京臨時政府，並發表聲明：
共和為最良國體，世界之公認，今由弊政一躍而躋及之，實諸公累年之心血，亦民國無窮之幸福。大清皇帝既明詔辭位，業經世凱署名，則宣佈之日，為帝政之終局，即民國之始基。從此努力進行，各令達到圓滿地位，永不使君主政體再行於中國。
袁世凱之聲明，可謂情真意切，信誓旦旦。這些極其動聽的言詞，不僅迷惑了革命黨人，就連南京臨時政府的一些首腦人物，也被他這番花言巧語弄昏了頭腦。孫中山接到袁世凱聲明電文的當天，便向參議院提出辭職，並推薦袁世凱為第二任臨時大總統。他在致參議院的咨文中說：
「清帝遜位，南北統一，袁君之力實多，發表政見，更為絕對贊同，舉為公僕，必能盡忠民國。且袁君富於經驗，民國統一，賴有建設之才，故敢以私見員薦於貴院。請為民國前途熟計，無失當選之人。」
孫中山為了防範袁世凱破壞共和恢復專制，在咨文中附有3個條件：
（1）臨時政府地點設於南京，為各省代表所議定，不能更改。
（2）辭職後，俟參議院舉定新總統親到南京就任之時，大總統及國務院自行解職。
（3）臨時政府約法為參議院新定，新總統必須遵守頒布之一切章程。
2月15日，南京臨時政府參議院根據孫中山推薦，以17票選舉定世凱為中華民國第二任臨時大總統。不久，又選黎元洪為副總統。
孫中山把用無數烈士鮮血和生命換來的民國政權以「成功而不私其權利」的磊落風格，拱手讓給了袁世凱，南京城內，部隊聽到孫中山退位，讓位袁世凱，大家嘩然，許多革命黨人，特別是民軍的中下級軍官，表示強烈不滿，有的要求立即出兵北伐，有的甚至憤而自殺。
袁世凱繼任大總統，通令各省軍隊改編，不尊者以土匪論。
袁大總統的手令，楊洪森也在最快的時候得到了，當安徽軍政府的同志們沉浸在「共和」勝利的時刻，楊洪森正考慮著整編的問題。
袁大總統給了他二師一旅的編織，按著這個整編方案，皖軍要縮水五分之四，軍官們的興奮勁一下就沒有了，喊打喊殺的聲音一時高漲了起來。
「打，咱們皖軍怕他個鳥，北洋軍沒什麼了不起。」李虎的話一去。
那些軍官都叫起來了，「總指揮，你下命令吧。」
「對，總指揮，打吧。」
「咱們，打到北京去，保著咱們總指揮當總統。」
「對，保著咱們總指揮當總統。」
在會場之上叫嚷最凶的都是在「軍事沙龍」進行培訓的年輕軍官。
「XXX，孫文是軟蛋。」有人甚至在會場大呼「幹掉，孫文。」
在會場內沒有失控前，楊洪森拿著木喇叭吼了兩嗓，「都給我安靜。」看著漸漸安靜下來會場，楊洪森站在主席台上，手上依然拿著木喇叭，「誰再說一句打倒同盟會，打倒孫先生，就他媽給我滾出去。咱們的隊伍是誰領導的？是同盟會，是孫先生。我們為什麼而打戰，是為同盟會，是孫先生，還是我楊洪森個人，都不是，我們是為了將那些被奴役的兄弟姐妹而戰鬥，是為實現三民主義偉大信仰而戰鬥，是為埋葬清王朝實現共和而戰鬥。現在所有聽我命令，會議結束後，各主力部隊，民兵武裝，必須到指定地點集結，準備接受整編，具體的整編方案經軍事委員會商討後，下發給各師，各團，現在散會。」
北京方面對南方軍隊的整編工作高度關注，南京、安慶、武漢三方的整編消息不斷的傳回北京。
安徽方面接到袁大總統的整編令後第一個行動了起來，對此袁世凱十分欣慰，皖軍為其他人做了一個很好的「榜樣」。
不過袁世凱還是不太放心楊洪森，便把吳中英派至安徽擔任軍政司長，欲借中央之權威，統攬安徽軍政大權。