在京的其他機構
明代的卿寺，如太常寺、光祿寺、大僕寺、鴻臚寺等建置皆如前代。只有尚寶司是增設的，其職掌據《明史amp;#8226；職官志三》說：
凡寶之用，必奏請而待發。每大朝會，本司官二員，以寶導駕，俟陞座，各置寶於案，立待殿中。禮畢，捧寶分行，至中極殿，置案而出。駕出幸，則奉以從焉。歲終，移欽天監，擇日和香物入水，洗寶於皇極門。籍奏一歲用寶之數。凡請寶、用寶、捧寶、隨寶、洗寶、繳寶，皆與內官尚寶監俱。
這些職務在古代只屬於門下省的一小部分工作，而明代卻特立機構，並以卿（正五品）、少卿（從五品）各1人為其主官。這個位置專與大臣、勳戚子弟而作為榮寵的。
特設而無專署的，有吏、戶、禮、兵、刑、工六科都給事中（正七品），左、右給事中（從七品），掌侍從，規諫，補闕，拾遺，稽察六部百司之事。凡制敕宣行，大事覆奏，小事署而頒之；若有失誤，則封還執奏。凡內外所上章疏，分類抄出，參署付部，並駁正其違誤。六科於鄉試時充考試官，會試時充同考官，殿試時充受卷官。冊封宗室，諸蕃或告諭外國時，則充正，副使、六科與御史同有言責，所以經常不免互有袒護而產生矛盾。習慣上以御史為台，以給事中為垣，台垣不相容是明代政局中的奇特現象。
中書科，有中書舍人20人（從七品），直文華殿東房中書舍人，直武英殿西房中書舍人，內閣誥敕房中書舍人，制敕房中書舍人（並從七品，無定員）。其名雖與古代之中書舍人相似，而實際職掌則不同。中書科舍人掌書寫誥敕，制詔，銀冊，鐵券等事。文華殿舍人，掌奉旨書寫書籍。武英殿舍人，掌奉旨篆寫冊寶，圖書，冊頁。內閣誥敕房舍人，掌書辦文官誥敕，翻譯敕書，並外國文書，揭帖，兵部紀功，勘合底簿。制敕房舍人，掌書辦制敕，詔書，誥命，冊表，寶文，玉牒，講章，碑額，題奏，揭帖一應機密文書，以及各王府敕符底簿。總之，這些舍人實際任務只是照例書寫誥敕而已，此外並沒有什麼重要職權。中書舍人建於永樂初年。《明史amp;#8226；職官志三》載：
洪武間，置承敕監，司文監，考功監，參掌給授誥敕之事。永樂初，命內閣學士典機務，詔冊、制誥皆屬之。而謄副、繕正皆中書舍人入辦，事竣輒出。宣德初，始選能書者處於閣之西小門，謂之西制敕房。而諸學士掌誥敕者居閣東，具稿付中書繕進，謂之東誥敕房。正統後，學士不能視誥敕，內閣悉委於中書、序班、譯字等官，於是內閣又有東誥敕房。
這就是內閣誥敕房及制敕房中書舍人的由來。若從其沿革看，似乎是古代中書舍人演變而降為低級。至於直文華殿東房，武英殿西房中書舍人，最初為內官之職，繼而以中書分直，最後則選擇能書者充任。其地位更為卑微，舍人大約有兩方面，《明史amp;#8226；職官志三》說：
大約舍人有兩途：由進士部選者，得遷科道部屬，其直兩殿，兩房舍人，不必由部選，自甲科、監生、生儒、布衣能書者，俱可為之。不由科甲者，初授序班，及試中書舍人，不得遷科道部屬，後雖加銜九列（卿），仍帶銜辦事。
中書舍人這一官，性質十分難辨，明代制度，富家子弟，儘管一無所能，但可用資捐得一中書舍人，再加一卿銜，便儼然成為高官顯爵。如與唐、宋之舍人相較，則有天淵之別。沿至清代，雖不至如此之濫，而中書科中書（刪去「舍人」二字）只以蔭生，貢監補授，至於內閣中書，則幾乎是非進士不可補。
明代又有行人司，洪武十三年（公元1380年）初置，設行人，秩正九品。左、右行人，從九品。不久，改行人為司正，左、右行人為左、右司副，另設行人345人。洪武二十七年（公元1394年），陞司正為七品，左、右司副為從七品，行人為正八品，職專捧節，奉使之事。《明史amp;#8226；職官志三》載：
凡頒行詔赦，冊封宗室，撫諭請蕃，徵聘賢才，與夫賞賜，慰問，賑濟，軍旅，祭祀，鹹敘差焉。每歲朝審，則行人持節傳旨法司，遣戍囚徒，送五府填精微冊，批繳內府。最初多由孝廉充任行人，奉使常不稱旨。後定行人司官40員，全在進士中選授。非奉旨不得隨便派遣。從此，行人之職才受到重視。