衛所和五軍都督府
軍隊是國家政權的主要組成部分之一，因此，明初的統治者也特別注意對軍隊的管理和建設。朱元璋建立了衛所制度。《明史amp;#8226；兵志》云：「自京師達於郡縣，皆立衛所」。在軍事上重要的地方設衛，次要的地方設所。當時明朝約有軍隊二百萬，都編置在衛所中，大抵每112人編為一個百戶所，1，120人編為一個千戶所，5，600人為一衛。衛所的軍官稱衛指揮、千戶、百戶。軍戶皆另立軍籍，是世襲的。精銳的軍隊多駐在京師，朱元璋在南京一帶設有48個衛，有軍士20餘萬人，朱棣在北京設72個衛。
明代初年置行樞密院，太祖自領之。又置諸翼統軍元帥府。不久，罷樞密院，改置大都督府，以朱文正為大都督，統領中外諸軍事，下設司馬、參軍、經歷、都事等官。明代定制，大都督府、大都督為從一品，又有左、右都督，正二品；同知都督，從二品；副都督，正三品，僉都督，從三品；經歷從五品，都事從七品，統軍元帥府元帥正三品，同知元帥從三品，副使正四品，經歷正七品，知事從八品，照磨正九品。不久罷統軍元帥府。洪武十三年（公元1380年），在廢丞相制的同時，為防止軍權的過分集中，也廢大都督府，改為中、左、右、前、後五軍都督府，分別管理京師及各地衛所。五軍都督府各設左、右都督，正一品；都督同知，從一品；都督僉事，正二品。以中軍都督府斷事官為五軍斷事官。洪武十五年（公元1382年），置五軍十衛參軍府，設左、右參軍。洪武十七年（公元1384年），五軍各設左、右斷事2人，提控案牘1人，並從九品。二十三年（公元1390年），升五軍斷事官為正五品，總治五軍刑獄。分為五司，每司設稽仁、稽義、稽禮、稽智、稽信5人，均為正七品，各理其軍之刑獄。同時，朱元璋為了防範統軍將領的專權，又規定五軍都督府對軍隊無調遣權，其調遣之權由皇帝直接掌管；兵部在軍隊中雖有任免、升調、訓練之權，但不統兵。每逢戰事，由皇帝臨時委派專人擔任總兵官，統率衛所部隊出征，戰事結束，總兵歸還將印，軍隊歸還衛所。兵權始終掌握在皇帝手中，這是朱元璋從軍事上加強和鞏固皇權的重要措施。
在京各衛，稱為京衛。京衛有上直衛，南京衛，北京衛，品秩相同。各有掌印、僉書。上直衛的親軍指揮使司有26個衛，即錦衣衛、旗手衛、金吾前衛、金吾後衛、羽林左衛、羽林右衛、府軍衛、府軍左衛、府軍右衛、府軍前衛、府軍後衛、虎賁左衛（以上12衛，洪武中置），金吾左衛、金吾右衛、羽林前衛、燕山左衛、燕山右衛、燕山前衛、大興左衛、濟陽衛、濟州衛、通州衛（以上10衛，永樂中置）、騰驤左衛、騰驤右衛、武驤左衛、武驤右衛（以上4衛，宣德八年置）。其中錦衣衛掌侍衛，緝捕，刑獄之事，常以勳戚都督領之，恩蔭寄祿無常員。凡朝會，巡幸，則具鹵簿儀仗，率領大漢將軍（共1，507員）等侍從扈行。宿衛則分番入直。錦衣衛名為宿衛扈從，實則假偵事之權，以欺壓平民及一般官員，最為專橫跋扈，特異於其他各衛。
留守5衛：舊為都鎮撫司，總領禁衛，先屬於中書省，後改隸大都督府，設都鎮撫（從四品），副鎮撫（從五品），知事（從八品）。旋即改稱宿衛鎮撫司，設宿衛鎮撫，宿衛知事。洪武三年（公元1370年）改留守衛指揮使司，專領軍馬守禦各城門，及巡警皇城與城垣造作之事。後升為留守都衛，統轄天策、豹韜、飛熊、鷹揚、江陰、廣洋、橫海、龍江、水軍左、右10衛。洪武八年（公元1375年），復為留守衛，與天策等8衛，俱為親軍指揮使司（惟水軍左右衛為指揮使司）並隸大都督府。洪武十一（年公元1378年）改為留守中衛，增置留守左、右、前、後4衛，仍為親軍。洪武十三年（公元1380年）始分隸五都督府。
南京另有一套軍職：
南京設守備1人，協同守備1人，參贊機務1人。守備，以公、侯、伯充任，兼領中軍都督府事。協同守備，以侯、伯、都督充之，領五府事。參贊機務，以南京兵部尚書領之，其治所在中府，掌南都一切留守、防護之事。
南京五都督府為：左、右都督，都督同知，都督僉事，不全設。其掌印、僉書，皆以勳爵及三等都督充任。分掌南京衛所，以達於南京兵部。
南京衛指揮使司，王府護衛指揮使司：設官皆如北京衛司。