明朝政府的中央官制，在洪武初年，仍沿襲漢唐舊制。後來隨著明太祖統治力量的逐步加強，才定出自己的一套新制度。據《明太祖實錄》卷239載，洪武二十八年（公元1395年）六月，太祖御奉天殿，敕諭文武群臣說：
自古三公論道，六卿分職。自秦始置丞相，不旋踵而亡。漢、唐、宋因之，雖有賢相，然其間所用者多有小人專權亂政。我朝罷相，設五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙門，分理天下事務，彼此頡頏，不敢相壓，事皆朝廷總之，所以穩當。以後嗣君並不許立丞相，臣下敢有奏請設立者，文武群臣即時劾奏，處以重刑。
這套制度既不是復古也不完全是創新。然而，經過時間的演變，明中期的制度，與初期卻大有差別。
一、三公三孤
明代中樞政務機構初期有三公（太師、太傅、太保）、三孤（少師、少傅、少保）。元代僅置三公，未有三孤。惠帝、成祖時，曾一度廢公、孤官，至仁宗時復置。《明會要amp;#8226；職官一》引《弇山集》說：
建文、永樂間，罷公、孤官，仁宗即位，授張輔太師、沐晟太傅、陳懋太保；蹇義進少師、楊士奇進少傅、夏原吉進少保。於是公、孤立官備。
公、孤為皇帝之輔佐官，職位崇高。蹇義、夏原吉、楊士奇、楊榮四人在宣宗時猶受恩寵。《昭代典則》載明宣宗賜璽書說：
古者，師保之職，論道經邦，不煩以政。少師義、少傅士奇、少保原吉、太子少傅榮，皆祖宗遺老，畀輔朕躬。今黃發危齒，尚令典煩劇，兼有司之事，非所以優之也。其輟所務，朝夕在朕左右，討論治理，共寧邦家。其勳階爵祿並如故。
自蹇義等以後，公、孤立官無專授，實際上是一種虛銜。中期以後，成為勳戚及文武大臣之加官、贈官。而文臣無生加三公之例，惟死後贈之。萬曆年間，張居正為太師，實掌朝政，這是特例。
明代初年，在中央設立中書省，有左右丞相總理吏、戶、禮、兵、刑、工六部事務。隨後，朱元璋又對中央統治機構進行了改革。當時中書省大權掌握在左丞相胡惟庸等人手中。他們作威作福，獨斷專橫，「生殺黜陟」，不向皇帝奏明就直接執行。《明史amp;#8226；太祖紀》載，洪武十一年（公元1378年），朱元璋曾「命奏事毋關白（告知）中書省」。這顯然是裁抑中書省權力的一個措施。但胡惟庸等人卻不知收斂，反而變本加厲，組織黨羽，在外招集軍馬，並派人勾結倭寇，又向蒙古貴族殘餘勢力稱臣，請兵為外應，陰謀武裝政變。洪武十三年（公元1380年），朱元璋殺掉了胡惟庸等人，並廢除中書省及丞相制，分中書省及丞相權力歸屬六部，相對提高六部職權和地位，由六部尚書直接對皇帝負責，《明太祖實錄》卷129載：
洪武十三年春正月已亥，胡惟庸等既誅，上諭文武百官曰：「朕自臨御以來，十有三年矣，中間圖任大臣，期於輔弼，以臻至治。故立中書省以總天下之文治，都督府以統天下之兵政，御史台以振朝廷之紀綱。豈意奸臣竊持國柄，枉法誣賢，操不軌之心，肆奸期之蔽，嘉言結於眾舌，朋比逞於群邪，蠹害政治，謀危社稷……賴神發其奸，皆就殄滅。朕欲革去中書省，升六部，仿古六卿之制，俾之各司所事。
洪武十三年九月，朱元璋置「四輔官」，以協贊政事，均調四時。《通紀》載：
九月丙午，置四輔官，以耆儒王本、杜佑、襲學為春官，杜學、趙民望、吳源為夏官，秋、冬官缺，以本等攝之，位列都督之次。敕以協贊政事，均調四時。月分三旬，人各司之。以雨暘時若，驗其稱職與否。
不久廢去四輔官，並於洪武十五年（公元1382年）仿宋代制度，設內閣於殿廷，以大學士擔任顧問兼秘書的職務。《昭代典則》說：
（洪武）十五年十一月丙午，初置大學士，以禮部尚書劉仲質為華蓋殿大學士，檢討吳伯宗為武英殿大學士，翰林學士宋訥為文淵閣大學士，典籍吳沈為東閣大學士，使侍左右備顧問。又置文華殿大學士，召耆儒鮑恂、余詮、張長年等為之，以輔導太子。
本來，內閣既非官署官，也非職官名。開始只是簡任文臣入直文淵閣，參與機務。這些人原官的品秩低，不兼部務，也無官屬，不能直接指揮行政，與東漢的尚書、唐代的翰林學士性質略同。久而久之，這些人逐漸陞遷，並有了正式的辦事處所，大學士本身品秩只有五品，但其所遷任的官往往以至尚書、侍郎，或有加銜至於「三公」者。這樣，內閣的地位才逐漸提高。明成祖以後，大學士開始參預機務。《詞林典故》說：
永樂初，命編修等官，於文淵閣參預機務，謂之內閣，漸升大學士諸職。仁宗或加師、保及尚書、侍郎、卿，仍兼學士、大學士銜。自後因之，稱內閣大學士。凡大學士加三師，則為一品；加尚書，二品；侍郎，三品；若未加升而只系大學士者，則仍正五品。
仁宗以後，閣臣之權加重，至世宗嘉靖年間（公元1522—1566年），改華蓋殿為中極殿，謹身殿為建極殿，大學士的班次列在六部尚書之上。這時，內閣就類似於唐代的中書門下省了。唐代中書門下省官員互稱閣老，明代大學士一般也稱閣老。內閣大學士雖然表面位尊而權重，但是獨立發揮其權力的機會卻甚少，因其內受制於宦官，外則用人之權集中於吏、兵兩部。《明史amp;#8226；職官志》說：
至世宗中葉，夏言、嚴嵩迭用事，遂赫然為真宰相，壓制六卿矣。然內閣之擬票，不得不取決於內監之批紅，而相權轉歸之寺人。於是朝廷之紀綱，賢士大夫之進退，悉顛倒於其手。
由此可見，若以明代的內閣大學士具有宰相的權力，那是不恰當的。