那場空襲不過是有幾架老式的偵察轟炸機來俯衝騷擾屏護艦隊中一條戰列艦，在零式飛機的攔擊下，就飛進薄雲逃走了。驅逐艦紛紛湧往據說發現潛艇的地點，結果什麼也沒找到。現在該怎麼辦呢？明擺著的措施是立刻進擊那條航空母艦：掉頭迎風，命令「蒼龍號」和「飛龍號」把所有就位準備出擊的飛機起飛，並把擠在他自己甲板上的97型飛機派出去。當然啦，這些飛機如今都裝著炸彈，不是魚雷——裝著魚雷的在下面——然而炸彈總比沒有炸彈好些。這樣可以騰出甲板來回收第一批出擊的飛機，同時緊緊追擊敵人。
可是對南雲這支大艦隊來說，這一手未免太軟弱了！只使出他力量的一小部分，沒有魚雷作打擊，沒有戰鬥機護航，因為戰鬥機大多數在空中，燃料快耗盡了。整個早晨，南雲一直看著沒有護航的敵方轟炸機被殲滅。那麼那條關於戰爭的基本原則，集中兵力，又怎麼說呢？
因此，他大可以保持平心靜氣，召集些頭腦冷靜、手腳麻利的人手；把飛機都送下去，出清所有的甲板，包括「蒼龍號」和「飛龍號」；回收從中途島返航的全部飛機，以及所有的戰鬥巡邏機；給所有的飛機加油添彈，同時以最高速率進逼敵人；然後遵照軍事原則所規定的協同進攻的方式，集中他全部空中力量去打擊敵人。
這當然需要時間；也許要多達一小時吧。航空母艦對抗戰中，拖延能帶來風險。
南雲中將在旗艦艦橋上被他那些臉色焦急的參謀人員包圍著，再三權衡著這個非同小可的抉擇——這時候，特混艦隊上依然處處響起高射炮聲，艦隻在平靜得出奇的蔚藍色海面上向一邊傾側、拐彎，劃出一道道錯綜複雜的白色交叉尾跡，從中途島返航的飛機在低空軋軋地飛來，繞著「赤城號」一圈又一圈地飛行，零式飛機把最後的那些敵方慢速轟炸機驅走，他周圍掀起一條航空母艦在戰鬥中的千百種響聲——就在這生死關頭，南雲從他的下屬，「蒼龍號」和「飛龍號」那個分隊的司令官那裡收到一份電訊：
急件。可取辦法為立即投入攻擊機群。
說不定那位把電訊遞給南雲的軍官不敢正眼望他的臉。在世界上任何海軍中，下屬在激戰中拍發這樣的電訊會被看作是侮辱行為；在日本帝國艦隊中，這是自殺性的膽大妄為。這個山口，被看作除山本以外海軍中最卓越的軍官，他是注定要繼任山本的。他當然明白自己這一行動的嚴重性。他顯然認為，戰役的勝負可能取決在這一剎那，因此拿自己的前程做犧牲也在所不惜。
上了年紀的人是不能被這樣推著上陣的。南雲馬上幹出截然相反的事來：命令把所有的飛機——包括山口手下的飛機——送下去，並指示整個特混艦隊回收飛機。事情就這樣定局了；將作一次全面的協同進攻。
這時，他第一次打破了無線電禁令，報告那個帶著主力艦隊的七條戰列艦和一條航空母艦在三百英里外閒蕩的山本元帥：他正出發去殲滅一支由一條航空母艦、五條巡洋艦和五條驅逐艦所組成的敵方艦隊。從廣島灣出發以來，直到這時，已經過了漫長的十天，這個總司令對他進攻計劃的執行情況始終全不知曉。
因此97型飛機又被推到升降機上；它們又下降到機庫甲板上；換裝武器的工作又開始了。起先是用炸彈來替代魚雷，現在是用魚雷來換下炸彈，而這些飛機始終沒離艦起飛。擴音器裡號叫著旗艦艦橋上播發的訓令，在這些訓令的驅使下，有些日本兵一邊幹著裝彈手的繁重活兒，一邊可能禁不住咕噥著埋怨「上邊那幫白癡」。不過即使這樣，他們一定還是心平氣和的。這些水兵親眼看到美國俯衝轟炸機在空中迸裂，朝海裡直掉，燃燒著下墜，像流星般劃出一條線，一批批地被殲。他們看到B-17型轟炸機為了使零式飛機無法對付，膽怯地飛在高空，扔下大炸彈，一點也沒造成損害；還看到不中用的美國魚雷歪歪斜斜地前進，迸裂開來。他們聽到上空傳來從中途島勝利歸來的第一批出擊的飛機的轟隆隆聲音。一場比偷襲珍珠港更輝煌的勝仗就在眼前啦！這些打著赤膊、汗流如注的苦幹著的小伙子，一邊把一千七百磅重的炸彈雜亂無章地卸在甲板上，並且發狂似的安上重磅魚雷，一邊毫無疑問地會這樣想。
一小時不到，四條航空母艦上的人員回收了所有的飛機，給它們再裝上武器，灌滿了燃料，安在飛行甲板的規定位置上，準備起飛。南雲無疑對這出色的成績、對自己那絕不倉卒行事的堅決打算感到滿意，他朝東北方向飛駛，為了擺脫中途島上的轟炸機的騷擾，為了去打擊那條美國航空母艦。