在即將起飛出擊前，南雲親筆草擬了一份《情況估計》：
一 一旦中途島登陸行動開始，敵方艦隊可能出動應戰。
……
四 敵方尚未發覺我方計劃，迄今尚未發現我特混艦隊。
五 附近海域沒有敵方特混艦隊的任何蹤跡。
六 因此我方有可能襲擊中途島，摧毀以陸地為基地的飛機，並支援登陸行動。我們然後能轉過頭來，迎擊前來的敵特混艦隊，並摧毀之。
七 敵方以陸地為基地的飛機可能發動的反攻，當然能被我截擊機和高射炮火擊退。
一份份司空見慣但仍使人振奮的捷報，由襲擊中途島的飛行員用無線電不斷拍來。環礁派了一支龐大的戰鬥機隊伍升上天空，但零式飛機把它們像刈草般擊落，轟炸機則一無損失，把中途島的兩個小島炸成一片焦土。飛機庫、發電廠、營房一片火海，大炮寂靜了，彈藥和燃料庫被炸得飛上天空，而整個駐軍營地成為一片濃煙滾滾、流血遍野的場所。
有一點叫人失望。跟偷襲珍珠港時不同，美國佬的飛機沒在地面上受到突然襲擊；它們事先接到警報，緊急起飛，不見了蹤影。飛機庫和跑道看上去都是空的。當然啦，這些飛機不久將不得不降落加油，這將是殲滅它們的好機會。因此出擊機群的指揮官通過無線電說：「有必要作第二次打擊。」
這是當天的第一個意外障礙。中途島的空中力量必須予以粉碎，否則登陸行動將拖長時間，增加傷亡。但是如今分佈在甲板上的飛機配備的是打擊艦隻的武器。97型飛機當然得調換武器；魚雷對襲擊陸上目標是不適用的。俯衝轟炸機上的穿甲炸彈也沒有燃燒彈和殺傷炸彈那樣合用。
南雲和他的參謀人員正議論這個麻煩問題，空襲警號響了，驅逐艦噴出團團黑煙，作為發現敵機的信號，只見敵機低低地掠過浪峰，轟隆隆地直撲過來，錯不了，正是藍色的美國殲擊機，機翼上漆著白色五角星。沒有戰鬥機護航，敵機在高炮和零式飛機的攻擊下像中了槍的野禽般紛紛下墜。有幾架著火墜落前發射了魚雷，但這些武器在水中上下左右擺動，被風浪搞亂了走向，要不，一碰水面就炸裂成為碎片。沒一顆擊中目標或正常地運行。這幕可憐的景象表現出美國人的無能，是南雲的戰鬥巡邏機群的一次全面的輝煌勝利。有架飛機當著南雲的面轟的一聲墜落在「赤城號」飛行甲板上，打橫裡一個跟頭翻下艦舷，一點沒損傷這條航空母艦。中將和他的參謀人員看到它的雙引擎、燃燒著的藍色機身上的白色五角星和座艙罩內那渾身鮮血的駕駛員，說不定已經死了。這架飛機很大，無法從航空母艦上起飛。這是架B-26型中型轟炸機，只能來自中途島。
對南雲，事情就這樣決定了。他不得不發動第二次打擊。至於附近有沒有敵方艦隊的問題，偵察機一大早就上天了，報告說沒發現什麼情況。必須取消不切實際的預防措施。如今在甲板上的飛機將用來襲擊中途島，而為了加快步伐，只消調換97型魚雷轟炸機上的武器就行了。他那個分隊的兩艘大型航空母艦「赤城號」和「加賀號」，得趕緊把這繁重的任務完成。第二分隊那兩條較小的「飛龍號」和「蒼龍號」上的97型飛機都飛到中途島去了。它們的甲板上只有隨時準備出發的戰鬥機和俯衝轟炸機。所以命令是下達給南雲的那個分隊的。升降機嗖嗖地上上下下。那些大型的97型飛機被送到下面機庫甲板上。頂呱呱的艙面人員湧來湧去地調換武器。
七點半，傳來一條確實驚人的消息。重巡洋艦「利根號」轉達它一架偵察機發來的消息：在東方兩百英里光景的地方發現十條「顯然屬於敵方」的艦隻，正背對南雲和環礁，朝東南方行駛。電文對航空母艦隻字未提。兩百英里外的水面艦隻如今已援救不了中途島。一旦環礁上的空軍被消滅，這些艦隻可逐個加以解決；可是最要緊的事得最先干。給97型飛機換上用作攻擊陸上目標的炸彈的工作，飛速地進行著。