財政大臣和農工大臣由相璋一人兼任，這其實也是對當初組織成員的一項補償。畢竟組織建立時的五人如今已經只剩三個，而6仁一來忙於研究不任事，二來他的身體所以實際上組織就剩趙抗他們兩個人了。何況即使如此，相璋的權力還是不如以前的。外交大臣和監察大臣暫時沒有合適的人選，趙抗打算公開求賢。這些大臣都算是文職人員，基本俸祿和待遇要明顯高於軍官，但是軍人是有功勳和斬收入的，所以實際上還是軍官更高。在趙抗看來這樣是比較合理的，畢竟他們可是要冒生命危險的，而趙抗又禁止官兵私自分配戰利品。
接著就是功臣的封賞升調了，近衛師三大部分打散重編，不再細分為騎兵、步兵和弩兵，要求每個士兵都必須是全能，江晨星升為近衛師師長，孫大鵬為副師長，兼任一團團長。由於有不少符合條件的新兵加入，現在近衛師的人數也終於達到了二萬八千人，隨著這些新兵在老兵的言傳身教下迅成長，這支已經聞名天下的軍隊將更加可怕。
而原來的幾個步兵師則打散重組，將那些從解放奴隸和被擄壯丁中精選出的士兵充實其中，數量達到了二十萬，並將在隨後的訓練中進一步精編，最後保持在八萬到十萬的規模，改稱為第一軍，由趙抗親自任軍長。下轄三個師，其中的第一師由趙抗的親信郭玉擔任。「黑狼」騎兵師本身編製不變，隸屬於全部由胡人組成的第二軍，也由趙抗任軍長，而阿爾的外籍兵團，在編制上也隸屬於第二軍。第二軍由於在燕京一帶又獲得了不少兵員，如果連阿爾的部隊和南洋土著士兵也算上，已經過了六萬人。
這裡必須提一下趙抗起的軍事改革，他將6軍分為兩大類方駐軍和野戰軍，地方駐軍數量相當多，過二十萬，農忙時種田，農閒時訓練，他們的職責很明確——保境安民，並且在戰時從中抽調工兵。同時為了磨煉他們的吃苦能力，趙抗還給他們安排了一項任務，在遇到自然災害時，他們必須幫助地方抵禦災害，他們戰時及救災時的開支由地方財政支付，種田時則不給軍餉，但可以免稅，所以大家還是踴躍參加的，畢竟地方駐軍裡是相對安全的;野戰軍則包括近衛師、第一軍以及編製未滿的第二軍這三大塊，總兵力約十多萬，相關費用由中央財政支付。他們的職責更為明確，就是殺人，這支為進攻而準備的勁旅將在戰場上展現出令人瞠目的力量來。
海軍也進行了類似的劃分，分為地方艦隊和遠洋艦隊，地方艦隊除了要守衛海岸外，還負責海上的商業交易與清剿海盜的任務，不但沒有撥款，反而還要向中央和地方財政交稅。儘管如此，因為海上貿易的利潤太大，地方艦隊裡的職位大家還是趨之若鶩。地方艦隊的總兵力趙抗計劃擴充到三十萬;遠洋艦隊則不同，他們的艦船至少是大型船，還有不少是巨型船，絕對稱得支可怕的海上力量，他們的職責是控制航線、攻擊或封鎖敵國港口以及大規模兵力投送。雖然總兵力只有十萬不到，但一來船好，二來以遠程攻擊為主，在海戰中優勢很大。
說到這裡，不得不提一下當初趙抗下令綁架南宋工匠及其家屬的行動。雖然這導致南宋朝廷與組織實質上的決裂，但是靠著他們的幫助，很快台灣便製造出了質量完全合格的床弩和神臂弓，而且他們還將**大批的學徒。再配合標準化和分工協作的推廣，這些軍械的成本都會大為降低，將來遠洋海軍的戰鬥力還能上升數倍。
回過頭來再說艦隊，目前遠洋艦隊只有一支，即南洋艦隊，但趙抗將手中所有的二十三艘輪船全部抽出，並安排大量工匠，準備將它們全部改造成遠程攻擊的類型，再裝備大量的床弩和投石機，組成了一支新的遠洋艦隊——西洋艦隊，由鄭南臣擔任艦隊提督，可見趙抗對他的器重和期望。至於上次越權指揮的事，趙抗根本就沒放在心上，只要結果好，他基本都是不問過程的。
談完軍隊就要說民眾百姓了，由於這次從北方通過擄掠或其他方式，帶來了大量人口，趙國建國時全國的總人口將會過三百五十萬，一個台灣島已經根本無法容納了。於是趙抗便下令由中央財政出錢，向已控制的南洋諸島強制移民五十萬，等一年後再次移民五十萬，反正他現在手上有的是錢。移民採用集中定居的方式，隨人口的增長逐步擴大他們的活動範圍，以免因為人數不足反而被當地人同化。
一般初到南方的北方移民，往往會因為毒蟲叮咬或水土不服而大量死亡，也即是通常說的所謂「瘴癘之氣」。但因為他們按照6仁提出的方法，砍光居民點周邊的森林、並填平沼澤和小的水塘，這些因素對他們的威脅便大為減弱，死亡人數更是比預計的要少得多了。
大量新移民的到來，再加上《魔典》中計數的工藝對外公開推廣，使得趙國原本只在極少數領域領先的工藝水平，獲得了全面地提升。由於花紋鋼的鍛造成本大幅度下降，趙抗下令將近衛師標配箭矢的箭簇全部用花紋鋼來製造，使得他們所用的弓弩威力大增。以神臂弓為例，在一百步的距離內，甚至可以貫穿身披兩層重鎧的士兵而出。並且箭簇的形狀也有了嚴格規定，被射傷之人將血流不止，在戰場上這意味著敵軍士兵傷亡數中的死者比例將大幅度提高。所以箭頭塗毒已經不再有多大的必要了，這便大大降低了開支。
雖然神臂弓已經能大量生產，但趙抗仍不是很滿意，他又提出了改進的要求，主要目標是小型化和降低成本，比如尋找檀木的代替材料來製成弩臂。而床弩的改進方向則是體積更大，威力更大，射程更遠，因為對於戰艦來說，弩重點大點沒有太大關係。與以上這些工藝進步神不同，火藥武器的研究進展極其緩慢。靠火石引的爆炸物目前雖有進步，但可靠性還太差，十個裡面才三四個能炸響，趙抗瞭解情況後立刻削減了這個項目四分之三的經費。火箭的改進倒是很順利，可它在趙抗眼中形同雞肋，火箭是給單兵使用的，十幾支可能還不一定射得死一個敵人，卻要浪費時間去點火