孫恩（？∼402年）為東晉五斗米道道士和起義軍首領。字靈秀。祖籍琅琊（今山東膠南縣境南），家族世奉五斗米道，是永嘉南渡世族。東晉隆安二年（398），爆發王恭之亂，孫泰以為晉祚將盡，孫恩逃，聚眾百餘名立志為孫泰復仇。元興元年（402）三月，孫恩進攻臨海失敗，跳海自殺。
其叔父孫泰（字敬遠）奉吳郡錢塘五斗米道首領杜子恭為師。杜子恭死後，孫泰繼傳杜子恭道法，受人敬信。東晉黃門郎孔道、鄱陽太守桓放之、驃騎諮議周勰等皆敬事孫泰。
主要事跡
一、事件背景
東晉隆安二年（398），爆發王恭之亂，孫泰以為晉祚將盡，乃以討王恭為名，私合徒眾數千人，準備起事。事未發，司馬道子父子誘斬了孫泰及其六子。孫恩逃入海島，聚眾百餘名立志為孫泰復仇。
二、起義
隆安三年，會稽王世子、揚州刺史司馬元顯發東土諸郡免奴為客者，號曰「樂屬」，移京師充兵役。孫恩趁民心騷動之際，率眾從海島攻克上虞，乘勝破會稽（今浙江紹興），殺會稽內史、五斗米道徒王凝之。會稽、吳郡、吳興、義興、臨海、永嘉、東陽、新安八郡人民群起響應，「旬日之中，眾數十萬」。孫恩起義軍佔領了會稽八郡。孫恩據會稽，自稱「征東將軍」，置立官職，號其徒眾為「長生人」，上表請誅會稽王道子和元顯父子。東晉畿內諸縣，「盜賊處處蜂起，恩黨亦有潛伏在建康者，人情危懼，常慮竊發，於是內外戒嚴。」東晉王朝派謝琰率重兵討伐孫恩，浙東八郡起義軍匯聚於會稽，「其婦女有嬰累不能去者，囊簏盛嬰兒投於水，而告之曰：『賀汝先登仙堂，我尋後就汝』」隆安三年十二月，謝琰率軍攻下義興，擊殺起義軍頭領許允之。接著進兵吳興；屯兵烏程（今浙江吳興縣南）。分兵配合劉牢之，向錢塘江推進。孫恩見東晉官軍將渡錢塘江，乃率男女二十餘萬口向東撤退。後又退入海島。
隆安四五年間，義軍與東晉官軍繼續激戰，並一度逼近建康，攻破廣陵（今江蘇揚州）。後因東晉政府加強沿海防務，起義軍給養困難，加以疫病流行，「死者大半」。
三、失敗結局
元興元年（402）三月，孫恩進攻臨海失敗，乃赴海自沉，五斗米道信徒認為他已成「水仙」，投水從死者百有餘人。義軍餘眾數千人復推孫恩妹夫盧循為領袖，繼續鬥爭，後盧循義軍佔領廣州，一度大舉北伐，直至義熙七年（411）終告失敗。
孫恩五斗米道徒信奉長生久視之道，信仰天、地、水三官，尤其相信水仙。孫恩以五斗米道組織起義，動搖了晉室的封建統治，也引起了南北朝時期道教上層人物冠謙之、陸修靜對道教的「改革」和南北天師道的出現。《隋書·經籍志》著錄有《孫恩集》五卷，已佚。
四、沒落
此後孫恩的事業有起有落，返回海島又重登陸地，但終因能力有限，錯過了許多大好機會。當桓玄起兵討伐司馬道子時，官軍本來已經無暇再來和他打仗，但孫恩卻沒能及時整頓隊伍再*回去，直到桓玄掌握了朝政，政局穩定下來，朝廷又能騰出手對付他的時候，孫恩才覺得已經無力回天，乾脆投水自盡，一些家屬和信徒也跟著投水自殺。但事後仍然有很多人迷信他，不相信他會這麼容易就死去，稱這些投水的人為「水仙」。