司馬元顯（382年-402年）東晉宗室。司馬道子之子。任中書令、尚書令。搜括不已，富過帝室。性安三年（399），徵調江南諸郡已免奴為客者，到建康服兵役，稱為「樂屬」。激起孫恩起義。他遣劉牢之*。又用牢之為前鋒討桓玄。後桓玄起兵東下，牢之倒戈，他戰敗被殺。司馬元顯，中國東晉皇族。河內溫縣（今河南溫縣西）人。聚斂財產，富過帝室。
16歲即為侍中。隆安二年（398），兗州刺史王恭舉兵討伐道子心腹譙王司馬尚之，殷仲堪、庾楷、桓玄、楊佺期等舉兵響應。他被舉為征討都督，率王珣、謝琰等剿滅王恭，遣將堅守京師建康（今江蘇南京），迫殷仲堪、桓玄西奔，解京師之困。加散騎常侍、中書令，領中領軍。勸安帝解除道子司徒及揚州刺史之職，自任揚州刺史，累官至尚書、太傅。以張法順為謀主，培植勢力。次年，徵調江南諸郡已免除奴隸身份的佃客移置京師，以充兵役，稱為「樂屬」，激起孫恩起義。他聚斂財產，富過帝室。元興元年（402）拜為征討大都督，以劉牢之為前鋒討伐桓玄，牢之倒戈，他為桓玄擒殺。
主要事跡
一、孫恩起義
起因：司馬元顯顧及到有荊州桓玄的威脅、北府兵劉牢之難以控制，所以欲建立一支新軍來對抗。但是因為兵源缺乏，於是下令強征浙東諸郡其本身或父祖本是奴隸，後已放免為佃客的壯丁，集中京師，擔任兵役。加上浙東早先有五斗米教孫泰因伐王恭卻被司馬元顯所誘殺，其兄子孫恩躲入海中，愚民以為孫泰不死而集資給孫恩，孫恩欲圖謀報仇。在這兩種背景之下，孫恩自海上發兵作亂，造成東晉王朝浙東沿海諸郡不安，甚至威脅到京師。
二、被舉征討大都督
隆安三年（399年）十二月至四年春，桓玄出兵襲占江陵（今屬湖北）後勢力大增。興元年（402年）正月，晉廷下詔討伐桓玄，以司馬元顯為征討大都督，以劉牢之作前鋒都督、征西將軍，領江州事。二月，司馬元顯畏桓玄，不敢發兵。桓玄兵抵姑孰（今安徽當塗），遣部將馮該等攻歷陽（今安徽和縣），東晉襄城太守司馬休之堅守城池。桓玄軍截斷洞浦（即洞口，今安徽和縣南），焚燒豫州（治歷陽）守軍的舟艦。武都太守楊秋駐橫江（今安徽和縣東南長江北岸），叛降桓玄，司馬休之軍潰敗。豫州刺史司馬尚之被俘。司馬元顯派使者去詢問劉牢之戰事。劉牢之認為桓玄少有雄名，依仗全楚之眾，恐怕難以制服他。又考慮到如果平定桓玄，那將功蓋天下，必定不能為元顯所容，所以劉牢之十分為難，猶豫不決，不得已帶北府兵駐溧洲（今南京西南長江中）。
三、前鋒劉牢之的倒戈
桓玄這時派其族舅何穆來見劉牢之，勸他說：「自古亂世君臣相信者有燕昭樂毅、玄德孔明，然皆勳業未卒而二主早世，設使功成事遂，未保二臣之禍也。鄙語有之：『高鳥盡，良弓藏；狡兔殫，獵犬烹。』故文種誅於句踐，韓白戮於秦漢。彼皆英雄霸王之主，猶不敢信其功臣，況凶愚凡庸之流乎！自開闢以來，戴震主之威，挾不賞之功，以見容於暗世者而誰？至如管仲相齊，雍齒侯漢，則往往有之，況君見與無射鉤屢逼之仇邪！今君戰敗則傾宗，戰勝亦覆族，欲以安歸乎？孰若翻然改圖，保其富貴，則身與金石等固，名與天壤無窮，孰與頭足異處，身名俱滅，為天下笑哉！惟君圖之」（《晉書·劉牢之傳》）。劉牢之聞聽此言，更加遲疑，他認為自己掌握著強兵，才能算略足以經綸江表，那時譙王尚之已敗，人情轉沮，於是最終覺得何穆所言有理，便派使者去和桓玄交往。他的外甥何無忌和劉裕苦勸諫，劉牢之皆不聽。其子劉敬宣也勸阻說：「今國家衰危，天下之重在大人與玄。玄藉父、叔之資，據有全楚，割晉國三分之二，一朝縱之使陵朝廷，玄威望既成，恐難圖也，董卓之變，將在今矣。」牢之怒道：「吾豈不知！今日取玄如反覆手耳；但平玄之後，令我奈驃騎何」（《資治通鑒·卷第一百一十二》）！劉牢之最終沒有聽從他們的建議。
三月，劉牢之遣劉敬宣至桓玄處請降，桓玄大喜，擺下酒宴，熱情款待劉敬宣，其實此時他正陰謀除掉他，他拿出法書畫圖和劉敬宣一起觀看，以此來安定劉敬宣的心志。劉敬宣絲毫未有覺察，桓玄的部下莫不相視而笑。
四、死於建康
不久，桓玄進至新亭（今南京市南），司馬元顯棄船退入建康（今南京）城中，後列陣於宣陽門外，但由於軍心已亂，不戰自潰。桓玄*建康擒司馬元顯。司馬尚之及司馬元顯均被殺，桓玄自任丞相，都督中外諸軍事。