新皇登基大赦天下只是一種通俗的說法，事實上，若所犯之罪屬於十惡不赦，則不在赦免之例。
在朱棣看來，造反屬於廣義的十惡不赦。但明太祖大約是因為自身經歷與其他開國皇帝不同的緣故吧，他特別同情農民，因此農民起義的首領若是接受招安通常都會從輕處理。據說，明太祖在逝世之前交待朱允炆的最後一句話便是「善待子民」；明朝最後一個皇帝在煤山自縊時留下的也是類似的話。事實上，整個明朝，對待願意投降的農民起義軍有很多都是從輕發落的。
導致朱高熾挨批的那道奏折恰恰與農民起義軍有關。
靖難之役雖說只是內戰，但對平民的日常生活同樣造成了不可忽視的負面影響。那伙農民起義軍的前身只是一股普通的遭受天災的流民，由於當時朝廷的重心在皇位爭奪戰上，因此在賑災方面反應遲鈍。朝廷賑災遲一天，災民的肚子就得相應地多餓一天當流民之中已經有人餓死後，他們便攻佔了官府的糧倉。當時知縣試圖鎮壓流民的暴亂，誰知道卻引火燒身，導致連縣衙也被暴民佔領。
到了這種地步，朝廷自然是派兵前去鎮壓。
按時間順序敘述便是：
建文朝派遣軍隊前往該縣；
流民聞風而逃，躲入了山區；
因為朝廷當時的重心在於皇位爭奪戰的緣故，待流民退入山區並且等了一段時間卻沒任何消息後，建文皇帝又將封山的軍隊調往了與北軍作戰的前線；
建文朝崩潰，燕王登上皇位；
不知出於什麼原因，這股流民又從山區走了出來；
當地知縣急報；
朱棣派軍隊前去剿匪；
這伙農民起義軍再次聞風而逃躲入山區。並且派人與領軍將領聯絡。表達了投降地意圖；
因為不敢擅自答應農民起義軍提出地投降條件。領軍將領便寫了奏折請示。
應該說朱高熾處理這道奏折時思路也算正確。看到這道奏折後。朱高熾想了太祖皇帝對這類事一貫地處理方式；又想了父皇從前雖然嚴厲。但自從登基後卻變得溫和了許多；還想了今年是父皇登基地第一年。若是接受農民起義軍地投降可以消除戾氣。增加一些祥和氣象……綜合這些情況。朱高熾草擬了如下處理意見：
「若賊首誠意投降。則赦其無罪。凡投誠並確係為生活所迫地平民百姓。賞鹽一斛、酒一罈。糧菜茶肉若干。」
當天晚上，朱高熾被召進了御書房。
朱高熾忐忑不安地進入御書房時，皇上正在宵夜。見太子來了，朱棣三兩口將魚頭豆腐湯喝光，然後開始說正事。
「召你來，是為了關於那份山賊請求招安的奏折。」朱棣接過黃儼遞過來的水漱了漱口，漫不經心地說道：「你的處理意見太過婦人之仁。」
朱高熾小心翼翼地看了看朱棣，發現他的臉色很平靜，於是壯著膽子說道：「兒臣以為，那伙賊人老弱婦孺加起來也不過五百……再者，兒臣想著今年是父皇登基的第一年，若是接受那伙賊人的投降可以消除戾氣，增加一些太平熙和盛世景觀的氣象。」
朱棣沉思片刻，說道：「你能夠從消除戾氣，增加祥和氣象的角度考慮倒也不錯。不過，若賊人未曾攻擊縣衙，赦其無罪倒也無妨。然而賊人曾經攻佔縣衙，其性質已經屬於造反。這種造反賊人的首領，理當遇赦不赦。」
朱棣平靜的態度大大鼓舞了朱高熾的信心。
「父皇，賊首王水平自辯說，攻擊糧倉以及縣衙都是流民自發所為，他只是事後被眾人推舉成為首領的。按大明律，造反首領應處以剮刑且株連九族，若不減免王水平所犯罪行，他又怎麼肯投降呢？朝廷的大軍多花點時間固然能夠將之圍剿乾淨，但所費錢糧卻是不菲，何不給他留條生路？」
朱棣對朝廷輕易赦免造反的首領非常反感。崇禎年間，張獻忠、李自成之流多次投降張獻忠反覆次數較多，李自成也至少投降過一次），若當時朝廷不赦免已陷入絕境的賊首，那麼張獻忠後來就不可能屠殺那麼多平民，而李自成也不會最終逼死崇禎。
對於具體人物在歷史中的作用，朱棣的看法是這樣的：少了任何一個人，地球會照樣轉動；但少了某些人，歷史卻會發生很大的變化。
比如說，若劉邦很早就死了，將來會形成楚漢相爭的局面嗎？或許分封制度不如中央集權制度更適合當時的中國國情對於這種觀點，朱棣持懷疑態度），但即便有其他人挑戰項羽說不定沒了劉邦，項羽根本遇不到挑戰者），而且還能成功戰勝項羽在楚漢相爭的初期項羽佔據絕對優勢，劉邦數次落荒而逃時都與死神擦肩而過，能取得最終的勝利多少也有些運氣的成分），但新成立的王朝還會確定國名為「漢」嗎？新王朝的各項制度也一定與漢朝一模一樣嗎？
所以說，朱棣認為如果在張獻忠和李自成陷入絕境時就幹掉他們，中國的最後一個漢人政權說不定能夠緩過那口氣。當然，由於為當時的小冰川氣候導致中國北方大面積減產，農民在即將被餓死的威脅下還是會選擇造反，少了張獻忠、李自成或許會出現趙獻忠、錢自成。但問題是並非每個造反者都擁有那麼大的野心忘了最初的陝西起義領袖到底是十八家還是三十六家，反正這些人當中除了張獻忠和李自成外，其餘諸人有沒有相應的能力倒是次要的，重要的是他們並沒有相應的野心，因此對朝廷不具有根本性的威脅。
另外，朱棣如此反感輕赦農民起義軍也與他的政治觀點有關係。
朱棣小時候在學校所學的知識裡，黃巢是英雄、李自成是英雄、洪秀全是英雄……似乎凡是出身不高並且造反的都是英雄。
然而長大後朱棣卻吃驚地發現：那些傢伙別說沒資格稱之為英雄，是否能夠將他們稱之為人都不好說！
黃巢不說了，朱棣不知道黃巢的部隊是否創下了吃人最多的世界紀錄這樣一個人居然能夠獲得正面評價，實在是太過匪夷所思。
李自成呢？別說他在客觀上幫助愚昧落後的滿清政權入主中原，致使中華文明險些沉入深淵，即便假設李自成最終成功當上了皇帝，老百姓又能過上好日子嗎？看看他手下大多數重要將領都是些什麼貨色吧！
至於說洪秀全……造反尚未成功便大興土木建造皇宮，其他諸王也是怎麼奢侈便怎麼建造各自的王府；高層個個都擁有數不清的女人滿足他們的淫慾，卻不允許百姓過正常的夫妻生活，若有違反便處死；百姓的收穫全部繳入聖庫，連吃飽穿暖都無法保證，可高層卻成天大魚大肉山珍海味……如果說當時滿清政權散發著腐朽的臭味，那麼太平天國的上層權力機構卻散發著令人窒息的惡臭！！！
除非腦袋被門夾過，否則朱棣絕不可能赦免這樣的人。
當然，也不是說絕對不能赦免任何反賊首領。
以崇禎年間的反賊為例。如果在張獻忠、李自成陷入絕境時徹底將之徹底剿滅固然是好，但鄭芝龍應該怎麼處理呢？朝廷確實有機會在張獻忠、李自成發展壯大之前將之剿滅，但當時的朝廷對鄭芝龍這樣的海盜卻沒辦法用武力徹底解決。固然，朱棣準備大力開展殖動，也就是說大明帝國將會擁有強大的海上力量。但朱棣同時也知道，直到二十一世紀海盜也不曾絕跡，可以想像，想要在十五世紀徹底消滅海盜是多少困難的一件事將來若是遇到大股難以剿滅的海盜，朱棣沒準也會考慮剿撫並用，而不是單純地只依靠武力。
事實上，歷史上的永樂皇帝對於大股海盜採取的是剿撫並用的策略。
以「撫」為例：
永樂三年1405年正月，也就是鄭和首使西洋同一年的前幾個月，明廷又遣「行人譚勝受、千戶楊信等往舊港招撫逃民梁道明等」。梁道明，廣東南海人，初販爪哇，後挈家移居舊港數年。三佛齊為爪哇攻破，易名舊港，國中混亂，梁道明乘機起事據地，被眾人推為首領，閩、廣流移數千人相從。在譚勝受等人之前，指揮孫鉉出巡海南，曾遇其子與二奴，孫鉉將其挾持歸朝。到此時，譚勝受因與梁道明同鄉，帶了梁的家奴繼敕招諭。道明受感化而入朝，獲賜甚厚，其眾改由施進卿代領。這次招諭梁道明，明廷煞費苦心，既有以同鄉之誼的譚勝受為使，又以梁道明之子為質，迫其就範。而厚賜歸者，正以激勵來者。明廷招諭流人歸國之願於此可見一斑。
以「剿」為例：
明朝陳祖義祖籍廣東潮州，明洪武年間，全家逃到南洋入海為盜。盤踞馬六甲十幾年，成為世界最大的海盜集團頭目之一，成員最鼎盛時期超過萬人。戰船近百艘。活動在日本、台灣、南海、印度洋等地。劫掠超過萬艘以上的過往船隻，攻陷過五十多座沿海城鎮，南洋一些國家甚至向其納貢。明太祖曾懸賞50萬兩白銀捉拿他。後來，他逃到了三佛齊今屬印度尼西亞）的渤林邦國，在國王麻那者巫裡手下當上了大將。國王死後，他召集了一批海盜，自立為王，陳祖義成為了渤林邦國的國王。明永樂五年，他詐降鄭和，鄭和識破他陰謀，施巧計發動突然襲擊，當場殺死海賊5000多人，並將陳祖義活捉。永樂五年1407）九月鄭和回國，並把陳祖義押回朝庭，朱棣下令當著各國使者的面殺掉了陳祖義，並斬首示眾，警示他人。
對於梁道明和陳祖義這類人，朱棣同樣打算採用剿撫並用的策略而且還是先撫再剿。
之前，朱棣頒布的《移民獎勵辦法》規定：自行移民關外、海外者，其移民首領依據所擁有的基本采邑領之多寡，將獲得朝廷所冊封的有邑貴族爵位。根據這個規定，宋代、元代以及明朝洪武年間因各種各樣原因移民海外的漢人，將有資格成為大明帝國的有邑貴族梁道明、陳祖義等人同樣有這個資格。
朱棣提前了三年多時間，遣「行人譚勝受、千戶楊信等往舊港招撫逃民梁道明等」。所謂的「撫」，並非是允許對方投降並率眾回國，而是將其冊封成有邑貴族。使其人成為大明帝國開拓海外的爪牙，使其所佔之地成為大明帝國的海外殖民地。而所謂的「等」，也不僅僅是指舊港的梁道明等人，而是生活在海外的所有略有名氣的華人首領。
相信海外華人不會拒絕這種好事。
另外，陳祖義之流接受冊封後如果繼續海盜生涯，只要別搶到華人頭上，隨便他們怎麼燒殺搶掠都行。否則，朱棣將派出陳祖義宿命中的敵人鄭和去維護秩序。
……
既然對海盜是可以撫的，那麼為什麼對內陸的賊寇就不能寬恕呢？難道是因為剿滅海盜較難，剿滅農民起義軍相對容易些，而人性中欺軟怕硬的本能導致自己形成了思維定勢？
想到這裡，朱棣不由產生了一絲動搖。可惜的是，這絲動搖在腦海裡卻僅僅只是一閃而逝，隨後朱棣便立即推翻了剛才的想法：欺軟怕硬確實不好聽，但如果不欺軟怕硬，難道去欺硬怕軟？！
朱棣拍拍自己的腦袋暗自想道：剛才腦子裡難道進了水？
PS：有個疑問需要求教大能。
已知五口之家保證溫飽需二十八貫，移民花費主要是路上的食宿、到移民屯後的種子糧和基本口糧官府移民還提供耕牛，但暫不考慮這類費用）。因為初期移民之中很多都是光棍，而且由於授田按戶計算，原先家中成年男性超過一人者，必然會選擇分家以便獲得更多的免費土地。因此，移民的戶均人口應該遠遠低於五人，暫且將之定為戶均三人吧。這樣算起來，從山西到遼東，五口溫飽之家一年的生活費供三個人移民，應該夠了吧？