在三桂的極力要求強調下，他的登基大典搞得極為簡單，將其中很多繁瑣的禮節都略去了。雖然有幾位老臣認為這樣不符合祖宗禮法，但在三桂的一言九鼎下，他們的聲音簡直可以忽略不計。不過在國號和年號的問題上，文武百官還是討論了良久。有的認為為了體現新政的新意，應該取消大明的國號而採取一個新的國號。再說三桂也不是朱氏子孫，採取新的國號將與原來的明朝有很明顯的區別。而三桂也可以作為新朝的開國之主來號令激勵天下。但這種提法也遭到了不少老臣的反對，他們認為雖然三桂不是朱氏子孫，但畢竟也算是皇親國戚，繼續沿用大明的國號能夠更體現出三桂對大明的忠心。而繼續沿用大明的國號也能夠起到穩定人心的作用，使天下不至於產生動盪。
這兩幫人馬在這個問題上爭論不休，到了最後紛紛吵了起來，甚至險些纏鬥在一起。一直鬧到了三桂面前，結果被三桂大手一揮，氣宇軒昂的道：「五湖四海，大江南北，不論民族，都乃是我中華兒女。先前的秦、漢、晉、唐、宋、元、明等國號早已不適應如今的國情。而今蒙古、滿洲、朝鮮俱都屬於我中華的天下，因此再沿用大明的國號明顯不合適。而另立新的國號也難以體現出華夏大一統的趨勢。因此從今往後，我堂堂的中國再也不採用國號、年號這一傳統，而是統一稱之為中華帝國。至於年號，為了能夠和整個世界接軌，統一採用公元歷年，也就是從今年開始，沿用世界紀年公元1659年。以後為了清晰明確，不再採用先前的年號之分。而本王將作為中華帝國的首任皇帝出席登基儀式！」
這兩幫爭論的人們都被三桂的一番話給震懵了，沒想到三桂不但沒有採取任何一方的意見，反而推出了自己的一套理論。不過他們心中都清楚，這是三桂為了體現出自己有別於先朝所搞得獨特舉動，不但為了標新立異，也為了使自己這個皇帝與眾不同，就像當年的秦始皇一樣，獨創出皇帝這個詞彙。而今三桂也玩兒了這一手，創立出中華帝國這一新的詞彙。不過幾千年來雖然國號更替不斷，但國家始終都是中國而不假。如今統一採用中華帝國，也更能體現出大一統的趨勢來，如此也能證明三桂的這一舉動並非是輕易的決定，而是經過深思熟慮的。至於年號一事，既然連國號都已沒有了，年號當然也沒有存在的必要。只不過這些人認為三桂和西方世界接軌，採用公元紀年1659年有些不妥。我中華帝國乃是泱泱大國，豈能效仿西方諸小國？應該重新從元年開始計算年份，不過在三桂的強力主張下，這個提議只是稍微提了一下便被三桂所否決。
就這樣，在公元1659年9月，三桂出席了登基大典，正式成為中華帝國的首任皇帝。並從即日起昭告天下，宣示大明王朝不復存在，從今往後將是中華帝國的天下，而年份也正式從公元1659年開始計算。
接下來，三桂開始大宴群臣，並逐一進行論功行賞。由於多年來朝政一直為三桂所把持，所有重要的職務本身就由他所看重的人選及親信所擔任，因此此次只是根據他自己的意願將軍隊的勢力做了一番新的規劃。其中全國共擁有騎兵、步兵及水兵一百萬人，除去南洋艦隊和北洋艦隊各十萬人，還有八十萬人的馬步兵。被三桂在全國分為八大軍區，設立蒙古軍區，以哈衣儂為元帥，統兵十萬負責蒙古、新疆及滿洲的軍務。設立廣東軍區，以許俊封為元帥，統兵十萬負責廣東、南海、福建的軍務。設立荊楚軍區，以王大力為元帥，統兵十萬負責湖南及湖北的軍務。設立南京軍區，以錢招進為元帥，統兵十萬負責江蘇、浙江及安徽的軍務。設立魯豫軍區，以趙夢林為元帥，統兵十萬負責山東、河南及江西的軍務。設立西南軍區，以李福興為元帥，統兵十萬負責四川、寧夏及西藏的軍務。設立西北軍區，以李文傑為元帥，統兵十萬負責陝西、山西及甘肅的軍務。設立東北軍區，以韓躍天為元帥，統兵十萬負責河北、遼東及朝鮮的軍務。除了這八大軍區外，還有北洋艦隊十萬人，由毛文龍之女毛東珠為元帥，駐紮在遼東、天津及威海海域。負責北方的海防。南洋艦隊十萬人，由鄭成功為元帥，駐紮在南海、上海及杭州，負責南方的海防。至此，整個中華帝國的陸、海防俱都被這一百萬軍隊所牢牢鎮守，整個天下呈現出千年難遇的和平景象。
三桂登基為帝后，首先冊封自己的義子周天峰為禁衛軍大統領，負責京城與皇宮的安全。接著又封皇長子吳間道為唐王，封皇次子吳間廟為宋王，封華莎郡主為明珠公主，封王妃長平公主為賢通皇后，並命二子一女親自前往薊州盤山白雲庵中迎接皇后回宮。
但此時長平公主早已在白雲庵中出家為尼，法號九難。對自己被冊封為皇后一事只是淡淡的一笑，根本就沒有將這虛名放在心上。只是叮囑三人好生做人，日後無論是誰做了皇帝，都要善待天下的百姓。對於被冊封為後一事則堅決不受，使得三人沒有辦法，只得無功而返。
至於退位的鍾毓帝，三桂則封他為長樂王。並在他本人的要求下，特意在薊州盤山之上為他修建了一座氣勢恢宏的長樂王府。使他能夠在此安居樂業，並能與長平公主為鄰，時時享受到家庭之樂。不過要在一座山上建造宏大的長樂王府並非一朝一日所能完成，在這段時日內三桂將自己原先居住的薊王府騰給了鍾毓帝居住。這座府邸原本就是崇禎帝身為信王之時的王府，鍾毓帝很小的時候就一直在此居住。因此對這裡倒並不陌生，相反還有一種異常的親切感。因此鍾毓帝很痛快的便答應暫時先住在這裡。
可是天有不測風雲，就在薊州盤山之上的長樂王府即將完工的時候，一場突如其來的大火將整個薊王府焚燬了個乾乾淨淨。碩大的府邸一夜之間便被夷為平地，成為了散落一地的焦瓦碎片。不但如此，就連緊挨著王府的其他人家也都未能倖免。
此次突如其來的大火共造成了一百餘人遇難，其中就包括了剛剛退位不久的鍾毓帝在內。消息傳到宮廷，三桂皇帝龍顏大怒，命令工部、刑部立即對此事進行徹查。查明原因後速速上奏。
工部、刑部接到聖旨後不敢怠慢，立即組織大量的人力、物力對此次突如其來的大火進行嚴密查訪。經過一個多月的仔細認真清查，終於得出了結果，事情的起因是當日深夜起了一陣怪風，將懸掛於王府內的風燈吹落，落地四濺的火星引燃了柴棚的木柴，從而將整個火勢點燃，造成了這場巨大的災難。這個結果一直上奏到三桂的面前，三桂見查明了事情的原因也就沒有再說什麼，只是再三強調京城的各府各院和各家各戶今後要嚴密防範火災的發生。並且對鍾毓帝慘遭橫禍一事表示出莫大的哀痛，要求朝廷按照皇帝的規格將其隆重安葬。隨後此事也就不了了之了。不過明眼人都知道，這場突入其來的大火絕對出現的不是偶然，但如今都知道是三桂當政，況且鍾毓帝這麼多年來一直都是以殘疾之身的傀儡身份出現在人們的面前，因此對於他的突然橫死倒沒有表示出多大的震驚。京城的百姓對此事也就僅僅談論了幾日就都過去了，而朝中的文武官員則對此事更是閉口不談。
當身在薊州盤山白雲庵的九難師太聞知鍾毓帝突然葬身於一場莫名其妙的大火中時，立即聯想到這定是三桂耍的奸謀。目的當然是為了這麼多年來鍾毓帝遲遲不肯將帝位禪讓給他而實行的報復行動。她雖然痛哭流涕，心中對三桂萬分怨恨，但卻並未採取任何行動。一方面她如今已經是方外之人，對外界的俗事不宜再出頭露面。另一方面她也深深的知道，就算她找到京城、朝廷甚至皇宮之內，其所起的作用也是微乎其微。而今三桂已經成為名副其實的皇帝，要想動其分毫簡直是談何容易！更何況鍾毓帝已經身死，就算再採取過激的舉動也無法將其性命挽回。因此九難師太得知這個噩耗之後，只能把對三桂的仇恨深深記在心裡。
公元1660年，三桂在即位半年之後，開始對中華帝國的各項制度實施全面的變革。
首先，他要求中華帝國作為東方地域最廣、人口最多、實力最大的泱泱大國，應該擁有屬於自己的國旗、國歌，軍旗和軍歌。一方面可以提升作為大國自身的形象，另一方面也可以增強國人的自豪感和凝聚力。這項提議雖然比較新穎別緻，但眾人都深覺有理，因此在朝堂之上一經提出，立即獲得滿朝文武的贊同。因此，這項聖旨便以法令的形式頒布，並在全國範圍內徵集建議。很快便收到來自全國各地各式各樣的徵集建議。三桂與一眾朝臣經過多方篩選，仔細斟酌，經過足足幾個月的精挑細選，最終確認了中華帝國的國旗、軍旗，國歌和軍歌。
國旗的顏色是通體紅色，代表了中華帝國乃是由全國人民的代代鮮血鑄就而成。正中間是一條金黃色的騰飛之龍，代表了中華帝國的最高統治者皇帝。四周則是五十六顆白色的五角星襯托在一起，代表了中華民族的五十六個民族。軍旗與國旗的樣式相仿，顏色也是通體紅色，正中間是一條金黃色的騰飛之龍。只不過四周則是由十顆五角星襯托在一起，代表了中華帝國的八大軍區和兩隻艦隊。其中兩顆五角星是海藍色，代表了南洋艦隊和北洋艦隊。餘下八顆五角星則是土綠色，代表了中華帝國的八大軍區。這國旗和軍旗一經確定，三桂立即擬了一道聖旨，命令全國所有的國家部門由即日起必須開始懸掛國旗。全國所有的軍隊由即日起必須開始懸掛軍旗。
國歌是由一首充滿大氣、激昂弦律的《巍巍大中華》而成，軍歌則是充滿高昂、朝氣韻律的《百萬雄師》。這兩首歌一經傳唱，立即受到全國軍民的認可。因為它們無論歌詞內容還是弦律音調，都體現出了一種難以言喻，令人熱血沸騰的異樣感覺。因此很快便流行與大江南北。而三桂又下了聖旨，規定今後但凡遇到重大場合，都必須首先演唱國歌，而軍隊則必須首先演唱軍歌。
制定了國旗、軍旗和國歌、軍歌的標準之後，很快便受到全國軍民的熱情擁戴，並得以在最短的時間內在全國範圍內生效。這使得三桂大受鼓舞，決定按照原先自己制定的計劃開始接下來的改革。