袁崇煥想要殺掉毛文龍的計劃不但沒有成功，反而將自己逼到了進退兩難的境地。無奈下當機立斷，火速派人將毛文龍手下的將領召集到一起，並當場宣佈毛文龍一十二條罪狀。分別是：第一，兵戎重任，祖制非五府官不領兵，即專征於外，必請文臣為監。文龍夜郎自雄，專制一方。九年以來，兵馬錢糧，不受經、撫管核，專恣孰甚！一當斬！第二，文龍自開鎮來，一切奏報，有一事一語核實否？捕零夷，殺降夷，殺難民，全無征戰，卻報首功。劉興祚忠順奔來，止二十餘人，而曰率數百眾，當陣捉降，欺誑孰甚！二當斬！第三，文龍剛愎撒潑，無人臣禮。前後章疏，具在御前。近且有「牧馬登州，取南京如反掌」等語。據登萊道申報，豈堪聽聞？大臣不道，三當斬！第四，文龍總兵以來，每歲餉銀數十萬，無分毫給兵，每月止散米三斗五升，侵盜邊海錢糧，四當斬！第五，皮島自開馬市，私通外夷。五當斬！第六，命姓賜氏，即朝廷不多行。文龍部下官兵，毛其姓者數千人。且以總兵而給副、參、游、守之札，不下千人。其走使、輿台，俱參、游名色，褻朝廷名器，樹自己爪牙，犯上無等。六當斬！第七，由寧遠回，即劫掠商人洪秀、方奉等，取其銀九百兩，沒其貨，奪其舡，仍禁其人，恬不為怪。積歲所為，劫贓無算，躬為盜賊。七當斬！第八，收部將之女為妾，凡民間婦女有姿色者，俱設法致之，或收不復出，或旋入旋出。身為不法，故官丁傚尤，俱以虜掠財貨、子女為常，好色誨淫，八當斬！第九，人命關天。文龍拘錮難民，不令一人渡海，日給之米一碗，令往夷地掘參，遭夷屠殺無算。其畏死不肯往者，聽其餓死島中，皮島白骨如山。草菅人命，九當斬！第十，疏請內臣出鎮，用其腹爪陳汝明、孟斌、周顯謨等，輦金長安，拜魏忠賢為父，繪冕旒像於島中。至今陳汝明等一夥，仍盤踞京中。皇上登極之賞，俱留費都門，是何緣故？交結近侍，十當斬！第十一，奴酋攻破鐵山，殺遼人無算。文龍逃竄皮島，且掩敗為功。十一當斬！第十二，開鎮八年，不能復遼東寸土，觀望養寇，十二當斬！
袁崇煥歷數毛文龍十二大罪狀後，隨即宣佈革除毛文龍一切官職，並下令遼東各地進行緝拿。隨後向東江各官等問道：「毛文龍的罪狀可明否？」各官唯唯，沒人答話。又問眾兵，同樣也唯唯無辭。只有幾個毛文龍門下私人，稱其數年勞苦。袁崇煥當即厲聲斥責道：「毛文龍此人不過就是一個匹夫罷了！因他守衛邊疆，官至都督，滿門封蔭，酬勞足夠了吧！而他竟然敢欺騙聖上，欺騙朝廷，簡直是無法無天！我們要五年平奴，就要奉行列祖列宗制定的國法，今日毛文龍見機不妙，逃之夭夭，正說明他做賊心虛，心懷叵測。來日如抓到他，定要將他粉身碎骨！」
接下來，袁崇煥開始著手整編毛文龍所屬軍隊。對毛文龍的部眾，進行核查整編。將水陸共計四萬餘眾官兵分為四協，每協一萬人，並將毛文龍的印與劍、以及東江的軍政大權，令副將陳繼盛代管。隨後分賞東江官兵，將帶來的餉銀10萬兩，分給各島官兵。以此安撫軍隊。並遣散無辜民眾，安撫各島軍民，釋放獄中無辜，以此來收買人心。最後移咨朝鮮國王，並向朝鮮國王李倧通報了此事。
袁崇煥處理完東江事後，於六月初九，揚帆回航寧遠。並立即奏報崇禎。
袁崇煥剝奪東江總兵毛文龍軍職，並整編他手下四萬軍隊一事，很快傳到了京師，立時在朝廷上激起了軒然大波。要知毛文龍成名已久，也算是一方的封疆大吏了。袁崇煥雖然身為兵部尚書兼薊遼督師，但如此重大的行動事先應稟報朝廷後才能做處理，他這樣倉促的動作將之逼走並奪人兵權顯然有些說不過去。當下朝堂內議論紛紛，互相討論袁崇煥此舉究竟是同室操戈，還是為民除害！一時間眾說紛紜。
崇禎當然對袁崇煥事先未向自己請示便動手的舉動甚為不滿，但此時他還需要袁崇煥來為他鎮守遼東，驅逐後金軍，因此並未對此事對袁崇煥進行追究。只是略表惋惜的安慰了他一番，並叫他繼續忠心不二的抗擊後金。這使得袁崇煥始終懸著的一顆心終於落了下來，但此時他卻不知，由於他這種不顧後果的魯莽行動不但令崇禎對他的信任度大減，也令多年來追隨毛文龍的手下舊部對袁崇煥乃至崇禎都產生了極度的不滿。這就好似一個炸藥包一般，而毛文龍正是這個炸藥包上的導火索。隨著袁崇煥氣勢凌人的將毛文龍逼走，這根導火索也就被點燃了。
崇禎二年八月，山東爆發了以孔有德、李九成為首的兵變。孔有德原是毛文龍的心腹愛將，後來任山東登州參將。在崇禎二年八月受登、萊巡撫孫元化派遣，率八百騎兵六千步軍出關援遼。當行至河北吳橋時，由於手下兵勇不守軍紀肆掠了村堡，繼而產生嘩變。孔有德為免朝廷追究，便與李九成等密議，宣佈起義叛明。當即率軍回師山東，並連陷臨邑、陵縣、商河、青城諸縣城。九月，孔有德回師攻下登州（山東蓬萊），設官置署，他自稱「都元帥」、李九成為「副元帥」、耿仲明為總兵官。於是，整頓兵馬，攻城略地，反明的鬥爭浪潮席捲山東。
山東近京師，關係甚重，孔有德起兵反明，使朝廷十分驚慌，急令保定、天津、昌平諸鎮兵馬會剿。
正在各處官兵紛紛前往山東圍剿叛軍的時候，原東江總兵毛文龍的部下陳繼盛以為毛文龍大帥平反的名義宣佈起兵反明，與盤踞山東的孔有德部遙相呼應。這一來有如連鎖反應一般，分散在遼東各島各處的毛文龍舊部紛紛揭竿而起響應，很快，共計有三萬餘人紛紛嘩變，他們在陳繼盛的率領下乘坐戰船來到登州，與孔有德的叛軍匯合在一起，登時使人數達到五萬餘人。一時間聲勢大漲，平叛的官軍繼而連連遭到敗北，這使得朝廷更加的手足無措。更有不少的大臣在朝堂上怒罵袁崇煥，要不是他逼走毛文龍，剝奪其官職，他手下的舊部豈能紛紛造反！而此時心急如焚的崇禎也對袁崇煥愈加的不滿。
十一月初，戶部右侍郎劉重慶、四川道御史王萬象在朝堂上建議調戰鬥力頑強的山海關與寧遠的遼兵來對付孔有德的「叛兵」。經朝廷重臣討論，奏請崇禎批准。九日，崇禎下詔，封太監高起潛為監視關寧總監，並命他督率薊遼督師袁崇煥派兵馬前往山東鎮壓。
袁崇煥接旨後不敢怠慢，為了彌補自己的一時魯莽所帶來的麻煩，急令總兵官金國奇等攜數萬兵馬前往山東鎮壓。
由於此次由京師趕來遼東的總監軍正是高起潛，因此這個消息被第一時間送到三桂的手中。三桂經過一番合計後做出了決定，當即火速趕往山海關。
到達山海關之後，三桂立即求見了袁崇煥。當見到這位薊遼督師後，三桂先按照禮數客氣了一番，隨後切入正題道：「標下聽說毛文龍的舊部日前已紛紛反叛我大明，且如今全部匯聚在山東登州。而朝廷先前抽調的各地官軍已一敗再敗，因此這才要督師派出遼東軍前去參與平叛任務，不知督師是如何打算的？」
經過了上次雙島之行後，袁崇煥已經把三桂視為自己的心腹愛將。聽了三桂的詢問後眉頭緊鎖的答道：「此次毛文龍的舊部起兵叛明後，朝中有不少大臣議論紛紛，將他們反叛的原因歸結在本督師的頭上。這給了我很大的壓力，正好接到高監軍帶來的旨意，要本督師派軍前往山東平叛。這不我馬上令總兵金國奇帶領數萬精銳趕去火速平亂麼！」接著歎了口氣，緩緩的道：「希望此次能夠盡快順利的將叛軍剿滅，否則朝中的那些大臣對本督師的成見該更加的深了！」
三桂聽了想了想，隨後向袁崇煥懇請道：「督師，末將也想率隊參加此次的平叛任務，希望您能夠應允！」
袁崇煥詫異的望著三桂奇道：「怎麼，你也要去？」
三桂點了點頭，鄭重的道：「末將練兵又已經一年多了，如今這一萬多名新軍無論是騎射、陣法以及單兵作戰都已經基本達到末將所要求的標準，可是也不能一直這麼閉門造駒啊！必須要和敵人面對面的血肉相博幾次方能真正的成熟，日後到了沙場上也不會畏懼敵人。可如果此時就帶他們卻面對後金軍這種凶悍殘暴的敵人，他們肯定會吃虧，萬一折損大批戰士，不但可惜，而且還會在他們心中留藏下陰影，對日後長期和後金軍作戰不利！而此次正是個實戰練兵的好機會，山東的那些叛軍再怎麼厲害也不會強過後金軍吧！因此末將就想帶他們到山東的戰場上。一方面給他們一個實戰的機會，另一方面還可以順便檢驗一下他們的戰鬥力如何。」頓了頓又上前一步續道：「再者說還可幫督師您更加迅速的剿滅叛軍。我這一萬多新軍雖是第一次上戰場，可就算戰鬥力再不濟，也總會對平叛有些幫助吧！督師您認為如何？」
「嗯，你說的有理！」袁崇煥聞言點頭讚許道：「可惜金國奇總兵今日一早已經率軍出發，你就不能和他同道而行了。只好自己單獨率軍前去，你看這樣可行麼？」
「就算金總兵還未走末將也不能與他同行。」三桂略帶神秘的道：「末將一方面還要火速趕回召集隊伍，另一方面末將所率乃是清一色的騎兵，機動能力尤其出色。到了戰場上只能作為一支奇兵來用，因此末將不想讓其他任何人知道此次參與平叛的事。否則傳揚出去，就不能稱之為奇兵了。」
袁崇煥見三桂說的甚有道理，當下贊同了他的提議，同意他可不事先奏明金國奇總兵而單獨行動。三桂見袁督師點頭同意，當下也不再耽擱，急忙辭行返回自己的軍營準備平叛事宜。
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