海軍都督府的大軍分水陸兩路南下，抵達上海之後，知縣來迎，李彥直將海軍都督府衙門設在淞江岸邊，又宣佈了朝廷將上海設為市舶司總署所在地之意，全面接掌這裡的軍政大權。
知縣聽說李都督要在上海開市舶，就帶了吏、禮、兵、刑、戶、工六房屬吏來聽命，那些吏員、書算都躍躍欲試，心想既開市舶司，這裡頭大有好處可拿，大有油水可撈。李彥直是何等眼光，一眼掃過去，見這些人雙目似賊，油滑得不得了，便一個也不用，卻讓張岳去主抓這件事情，所用之幹部，都是六藝堂畢業的學生。至於辦事人員，則寧可招收市井中的人才，也不再用官府舊人。
與市舶司事務同時，軍隊佈置也在進行。此次隨李彥直南下的部隊，陸戰部有一萬五千人，水師三萬二千人，大小戰船兩百八十餘艘。李彥直接掌了寶山所，將陸戰部都安置在這裡，跟著部署水師。那三萬兩千水師核心是張岳帶來的雞籠寨機兵約五千人，李彥直將之作為海軍都督府水師的本部主力，安置在黃浦江入海口的水寨中，又派林碧川據長江口外的大七島，派徐元亮據小七島，派洪迪珍據小七島南的羊山島，又調遣金山衛原有將士，進駐金山衛海岸線外二十里的灘滸山，這樣安排下來以後，上海的岸外防線就成了。
部署既定，洪迪珍、周文豹等都來促請李彥直趕緊南下，以免大員受到攻擊，李彥直卻道：「欲速則不達。現在就挾大軍南下，只會更慢。」只派徐元亮南下試探，結果徐元亮在大衢山附近就遇到了陳思盼的伏擊。
王直北上的這段時間裡，陳思盼大力搜羅手下，據有七大水寨，部眾超過一萬人，徐元亮不敢更他正面對抗。繞向西邊要避開他的鋒芒，不想卻又在杭州灣外的東霍山一帶被於七阻截。
原來王直、破山南下之後。在南直隸以及浙閩海面廣佈流言，說李彥直背叛了東海眾，還從天津帶了大軍南下，要將所有海商海盜斬盡殺絕。這流言其實也不全是謠言，因李彥直在京津一帶確實把王直一派害得夠嗆，這時王直也不需編造故事，只把李彥直如何對付他的事情添油加醋地告訴陳思盼、於七等人。這些人一聽之下哪有不恐慌的，只半月之間便有數萬之眾歸附了王直、破山祈求庇護，一些比較大的頭領人物，如陳思盼、於七、鄧文俊等不願意歸附王直，卻也各自為守。及李彥直到達上海之後部署長江出海口的防務，那更是天朝正規軍的氣派！陳思盼、於七等心中害怕，又聽了王直地話，先入為主，對北面下來的徐元亮部便深懷戒懼。浙東地這些海盜加在一起，數量不下十萬。戰船逾千，而且在這一帶是地頭蛇，熟悉周圍的海路。這些人分散開來難成大氣候，但齊心反抗時便讓李彥直大感棘手，知道要越浙東海面南下，繞不開這批人。他派人傳令各寨讓他們歸降，但各寨都緊閉寨門，不肯出來。
徐元亮得了李彥直的戒飭。沒再南下，只派遣船隻到浙東各島宣傳李彥直的「招撫」之意，但浙東各島無人肯信，反而加緊了戒備，以防北師來襲。只有少數幾伙小股海商冒險受了招安，並給徐元亮帶來了一個驚人的消息：王直和破山已經擁眾南下、攻打大員去了！徐元亮得到消息後趕緊回稟海軍都督府衙門。
王牧民的舊部擔心大員的基業，便促請李彥直趕緊發兵，張岳卻持反對意見，說道：「海路要到大員。得先經過浙海。如今浙江海面各島各寨都將我們視為大敵。我們地船隊南下，是要先收拾了這些島寨。還是要不顧他們，硬衝下去？若不先收拾這些島嶼水寨，中途若遇到伏擊怎麼辦？或者我們到達閩海之後，浙東群盜與已經進入大員海峽的王直、破山夾擊我們，那時又怎麼辦？但要先收拾浙東沿海的這些島嶼水寨，且不說我們現在的水師實力未必就足夠，就是我們實力足夠，等我們收拾了浙東之後再南下，時間上也來不及啊。」
李彥直深以為然，安慰諸將道：「張岳說的甚是，我也早就說過，欲速則不達。」
周文豹問：「可要是讓王直他們真把大員給打下了，那時可怎麼辦？」
「我早已派逸凡南下了。」李彥直說：「這件事情是王五峰和破山佔了先機，有此局面也在意料之中。但吳平他們若能按我說的做，至少能叫王五峰他們討不了好去。但萬一吳平他們在我們趕到之前就已經全軍覆沒，那我們去了也只是讓王直、破山各個擊破而已。所以眼下我們先要做的，是挖王五峰他們的根只要挖斷他們的根，就算讓他們暫時佔據上風，日子一久對方也將無以為繼。」
諸將問：「他們地根是什麼？怎麼挖他們地根？」
李彥直嘿了一聲。說：「他們地根就是海外貿易。王直以沖海禁起家。要挖他們地根。就是開市舶司。使天下貨物聚於我處。東海所有海商就會對王五峰離心離德。棄王直而就我。那時他在東海過得一天便弱一天。東海大勢會自然而然地向我這邊轉。」
李義久又問：「可萬一他們佔據了大員。那時可怎麼辦？」
「大員被他們佔據一時不可怕。可怕地是我們地澎湖水師全滅。而大員卻成了他們地補給地。不過會演變成什麼局面。就要看吳平和羽霆如何應對了。」
還在李彥直到達上海之前。雞籠就已經發現了敵蹤。
王直和破山南下之後。在浙東海面花了一點時間吸納新人、吞併船隊、散佈流言。破山費了偌大地力氣。勸王直放了嘉靖。可他卻沒想到李彥直沒有選擇先取嘉靖。而竟然能大膽地調處兩京平衡。不入南京。先下上海。這樣一來。破山地謀算也被打亂了。他本來以為他還有幾個月地時間來攻略東南。但李彥直抵達上海地時間卻比他地預料大大提前了。
「好像又輸了兩成了。」破山喃喃自語著。
「你早就全輸了！只是自己不肯承認而已！」角落的一個甕子裡傳來一個虛弱的聲音。但這句話卻讓破山大受刺激。
「是，是輸得差不多了。可我不會放棄的，怎麼也要戰到最後！」
「可你再戰下去，為的又是什麼呢？當初你破門而出，還可以說是和他道不同不相為謀，認為他注定要失敗，所以要帶大夥兒走另外一條道路。但現在呢？現在他已經要成功了，你再這麼糾纏下去，還有意思嗎？」
破山地兩個瞳孔收縮了起來，怒喝道：「你給我住口！」走了出去，重重關上了艙門！破山和王直合兵一處以後，大小船隻已達到三百來艘，兵力將近四萬，抵達浙東海面後又搜羅許多可用於近海作戰的漁船、海滄舟等，又招攬了兩萬多名蝦兵蟹將，順著北風南下。一舉攻佔了因張岳北上而兵力空虛地雞籠。
這些年陳羽霆開發大員，主要集中在南部，北部地區開發程度不高。而且大員島地南部和北部。在陸路上基本是隔斷地，沒有很通暢的陸路交通，平常雞籠和澎湖、大員南部地往來靠的主要也是船隻，所以破山和王直攻佔雞籠以後，並無法沿陸路南下，要得到大員的精華地區。仍需進行海戰。
差不多也就在這時，蔣逸凡到達了澎湖。
他一路日夜兼程，在揚州府到杭州地一段路上甚至隱埋真名，夜宿旅店，不宿驛站，以避免南北政爭的干擾，直到過了杭州以後才重新拿出關防。到福州時通知楊、詹臻等人到上海聽命，自己卻馬不停蹄，直抵漳州。又在張維的掩護下到了澎湖。
這時王直、破山攻佔雞籠的消息已經傳到了澎湖。聽說王五峰的大軍有六七萬人，大員是人心惶惶。澎湖水寨亦已決心死戰，吳平卻對戰守之策頗為猶豫，見到蔣逸凡後鬆了一口氣說：「逸凡，你來得可真及時！」
蔣逸凡故作輕鬆地笑了一下，說：「我可沒帶一槍一炮過來，只帶了一雙拳頭，只怕幫不到你什麼。」
「我又不是要你去打仗。」吳平可沒開玩笑的心情：「我只是想聽三公子……」
「別叫三公子了，」蔣逸凡糾正說：「三公子現在是都督了！叫都督！」
自吳平以下，諸將聽到這個消息精神都為之一振，李彥直做了高官，那他們只要撐過這一役，之後的出路也就一片光明了。
「都督，都督……嘿嘿。」吳平彷彿對這樣稱呼李彥直還有些不習慣：「好吧，都督就都督，不過他做都督了，給我們封個什麼官呢？是不是副都督？」
蔣逸凡笑道：「都督以下，不叫副都督，叫都督同知，不過一時之間大夥兒也升不到那裡去。但咱們是都督的自己人，只要他在上頭，只要挨過了這一關，遲早輪得到我們的。」
「挨過這一關，挨過這一關……」吳平哼了一聲，說：「聽說王五峰這次在北邊吃了三……吃了都督的大虧，手裡地船隻怕都不如我澎湖的戰船好，裝備應該也不如我。但問題是我手裡只有精銳機兵七千人，戰船百餘艘，比王五峰少多了，他們不但船夠多，人也夠多，螞蟻多了咬死大象，真打起來，我們就是有地利之便也未必能取勝，雖然如此，我還是盼著他們會奔澎湖這邊來，他們攻我守，我仍有把握守住，加上南大員蔡二水所部，月港張維所部，三線聯防，大可久守。可我怕的是他們不打我這裡，卻先奔大員去，蔡二水可萬萬抵擋不住……」
「你地擔心大有道理。」蔣逸凡道：「都督也認為，破山不會先來打澎湖的，他一定會先打大員。而且會驅遣那些才招攬到的蝦兵蟹將做前鋒，你若去攔截他，他就用這些蝦兵蟹將來消耗我們的精銳。」
吳平聽李彥直的這個預測和自己不謀而合，眉頭就皺得更厲害了：「要是這樣，我可就難辦了。澎湖水寨對上北面湧下來的這六七萬人，守澎湖還可以，打衝鋒也可以，要同時護住南大員上百里地海岸線可就難了，都督的大軍什麼時候能到？若能早些到達，與我們前後夾擊，或許可以取勝。」
「都督會盡早趕來，但我們不能指望那個。」蔣逸凡道：「都督以為王五峰和破山南下之前必然會在浙東海面設置障礙，再說我們的船隊出發比對方晚，等都督到達這裡時，這邊只怕戰局已定了。」
吳平哼了一聲：「所以我們只能靠自己了，對麼？」
「不錯。」
「那他給我的命令呢？」吳平道：「他要我戰到最後一兵一船都沒問題，但別是給我一個無法完成的任務！」
「都督的命令不是這樣的，只有十個字。」
「哪十個字？」
「勿死戰，勿資敵，隨機應變。」
吳平的眉毛揚了揚，彷彿聽到仙樂風鳴一般：「這十字命令，是只對我說，還是羽霆也得聽命？」
「他當然也得聽命。」
吳平大喜，笑道：「若是這樣，那就好辦了！」