在尼布楚條約簽訂的第二年，沙俄政府唆使準噶爾部（蒙古族的一支）的首領噶爾丹進攻漠北蒙古。
準噶爾是漠西蒙古的一支，噶爾丹統治準噶爾部以後，野心**，先兼併了漠西蒙古的其他部落，又向東進攻漠北蒙古。幾十萬的漠北蒙古人逃到漠南，請求清朝政府保護。康熙帝派使者到噶爾丹那裡，叫他把侵佔的地方還給漠北蒙古。噶爾丹自以為有沙俄撐腰，十分驕橫，不但不肯退兵，還以追擊漠北蒙古為名，大舉進犯漠南。
康熙帝召集大臣宣佈他決定親征噶爾丹。公元1690年，康熙帝分兵兩路：左路由撫遠大將軍福全率領，出古北口；右路由安北大將軍常寧率領，出喜峰口，康熙帝親自帶兵在後面指揮。
清軍勝利，噶爾丹帶著殘兵逃到漠北。回到漠北後，噶爾丹，表面向清朝政府表示屈服，暗地裡重新招兵買馬。公元1694年，內蒙古各部親王紛紛向康熙帝揭露噶爾丹的野心。
公元1696年，康熙帝第二次親征，分三路出擊，最後，噶爾丹只帶了幾十名騎兵脫逃。
經過兩次大戰，噶爾丹判亂集團土崩瓦解，康熙帝要噶爾丹投降，但是噶爾丹繼續頑抗。
隔了一年，康熙帝又帶兵渡過黃河親征。噶爾丹走投無路，就服毒自殺。
清朝政府三征噶爾丹以後，重新控制了阿爾泰山以東的漠北蒙古，給當地蒙古貴族各種封號和官職。清政府又在烏里雅蘇臺設立將軍，統轄漠北蒙古。