秦始皇統一了全國，面對取得的巨大成就，他躕躇滿志，不可一世，於是窮奢極欲，大興土木，嚴刑峻法，橫徵暴斂。極端殘暴的統治搞得全國哀鴻遍野，怨聲載道。
秦始皇在兼併六國時，每滅一國，就命人把該國宮殿繪製出圖樣，在咸陽仿造。
統一後，更是大興土木，在秦始皇興修的宮殿中，規模最大的宮殿是阿房宮。這項宏大的工程，常年用工七十萬人，沒有等到建成，秦始皇就去世了，後來項羽入關放火焚燒，大火綿延，竟然一連三月還沒熄滅。
驪山墓是秦始皇的另一項宏大工程。秦始皇剛即位，就開始在驪山為自己修造墳墓，統一後擴大規模修造，常年用工七十二萬人，一直修到秦始皇死。
阿房宮和驪山兩項宏大工程，加上北築長城，南戍五嶺，修馳道，造離宮，以及其他兵役雜役，常年動用民力多達三百餘萬，丁男全被征發服役，部分丁女也加入服役隊伍。沉重的兵役徭壓得人民喘不過氣來，於是民窮財盡。秦始皇為人刻薄寡恩，用刑，殺人如麻，使秦政的殘暴達到高峰。長城腳下，阿房宮中，驪山陵墓以及五嶺路上，處處堆積著白骨。使秦帝國成了一恐怖世界，百姓生活在水深火熱之中。
秦始皇的殘暴統治，引起了社會的普遍不滿。一直對秦恨之入骨的六國貴族多次暗殺行刺秦始皇；士人得不到任用，紛紛指責秦的統治政策；廣大百姓剛剛脫離戰爭之苦，本來是擁護統一的，但秦的暴政又引起了他們的反抗，轉而詛咒秦始皇早死、秦朝快亡。
士人的指責，引起了秦始皇的不滿。當時已經升任丞相的李斯決定打擊士人的議政之風，就給秦始皇上了一封奏書，建議「命令史官將《秦記》以外的史書統統燒燬。除博士官掌管收藏以處，天下所有的《詩》、《書》和諸子百家書籍，一律送到郡中燒燬。有敢談論《詩》、《書》的人殺頭，尚古非今的滅族，官吏知情不報同罪。令下三十日不燒即判刑。保存醫藥、卜筮和農書不毀。如果有人想學法令，拜官吏為師。」秦始皇批准了李斯的奏書，秦國各地便展開了一場大規模的「焚書」活動。一時間，全國煙塵滾滾，不知有多少珍貴的古書被付之一炬。
焚書的第二年，秦始皇又幹了一件備受責難的殘酷之事，那就是「坑儒」。
秦始皇稱帝后，迷信於長生不老，於是重用一些方士，其中一個名叫盧生的方士，極得秦始皇信任，誰知，盧生雖然頗得始皇信任，卻也漸漸地想離開秦始皇。盧生找到一外叫侯生的人商議一番，那侯生也常在秦始皇面前吹噓能尋仙尋藥。二人談了一陣，都覺得秦始皇性情殘暴，專橫自用，一旦發現求仙是個騙局，二人都難免一死，於是二人連夜逃走。秦始皇聞知，大為震怒，說道：「這二人平常得朕賞賜甚多，竟敢背後誹謗朕，還畏罪潛逃。朕焚書之後，特地召來一批儒生方士，讓他們為朕興計獻策，煉求仙藥，不想他們竟如此待朕！現在咸陽還有許多儒生，朕一定要嚴加查問，看有沒有盧生那樣妖言惑眾之流！」秦始皇素來討厭儒生，這次方士騙了他，他卻不分青紅皂白，把儒生方士拉到一起算帳。
官府奉命抓來咸陽所有儒生，嚴刑拷打。有人經不住拷打，便自認曾妖言惑眾，官員抓住機會，又逼他誣供所謂同黨。就這樣，一供十，十供百，儒生們你咬我，我咬你，都成了有罪之人。秦始皇接到稟報大喜，說道：「亂黨已經結成一夥，若不早除，必成大亂！」當下親筆圈了四百六十餘人的名字，命令將他們全部挖坑活埋。
秦始皇採取的焚書坑儒，是一種殘酷野蠻的手段，是對中國古代文化的一次非常嚴重的摧殘。
不僅士人，百姓也十分怨恨秦始皇。楚地流傳著「楚雖三戶，亡秦必楚」的歌謠，詛咒秦王朝滅亡。公元前211年，東郡（今河南濮陽一帶）落下一塊隕石，有人在石上刻了一行字：「始皇帝死而地分。」秦始皇知道後，派遣御史追查刻字之人，由於無人承認，便下令把隕石附近的居民全部殺死，然後銷毀隕石。秦始皇的暴政，激起天下人共憤，他一手開創的強大帝國，此時也已外強中乾，虛弱不堪。人們無不希望有朝一日能*秦朝，廢除暴君。