聞名於世的「香料群島」實際上就是位於南太平洋和印度洋之間的印度尼西亞群島中的部分島嶼。香料，使這些昔日默默無聞的海島聞名於世；香料，使歐洲的野心家趨之若篤；香料，也從此引起終年不熄的戰火，使當地居民飽受兵焚之災，繼西班牙和葡萄牙之後，荷蘭殖民者憑其「海上馬車伕」的威勢，在東方建立了一連串的商館和要塞，從好望角和紅海的入口處起，經過波斯灣、印度的馬拉巴爾及科羅曼德海岸、孟加拉、暹羅、東京、馬六甲，一直延長到日本。幾乎與荷蘭同時，英國、法國也將其觸角伸入這一地區。同樣命名為「東印度公司」的諸國，為了各自的利益，極力衝破對方的壟斷，創造條件，以便在盡可能低廉的價格下獲得當地的貨物；同時處心積慮地佔領土地和奴役當地人民，建立殖民領地。印度尼西亞人民廣泛開展了反對東印度公司的鬥爭，各國東印度公司也激烈爭奪，相互間展開了各種形式的明爭暗鬥。
征服馬打藍王國
巴達維亞是荷蘭人在印尼建立的第一個殖民地。荷蘭在它同英、法東印度公司角逐的同時，集中力量來分化瓦解印度尼西亞的王國，竭盡一切可能來削弱它們，並準備條件去征服它們，用荷蘭殖民者自供的話說：「唯一正確的政策，就是唆使一個王國去反對另一個王國……不讓萬丹變得太弱，不讓馬打藍變得太強。」
馬打藍王國在17世紀中葉統一了爪哇島的中部及東部。馬打藍王國的國王，號稱蘇丹-阿貢。荷蘭人對於蘇丹-阿貢的態度、容貌曾作如下的描繪：舉止文雅，臉孔渾圓，兩眼巨大，環顧四周，恍若獅子，光芒四射。馬打藍素有鬥爭的傳統，史書載，如果敲擊街頭巷角的大鑼，在半日之內就有20萬人帶著武器從首都的鄉村及其附近地區前來集會。蘇丹-阿貢設法把馬打藍與過去的時代聯繫起來，把舊的和新的（伊斯蘭教）融成一片，其目的是想把爪哇統一起來，把荷蘭人驅逐出去，並把荷蘭作為馬掃藍的最大的敵人。開始的時候，蘇丹-阿貢還沒有能力來馬上對付荷蘭東印度公司，因此他准許荷蘭人用石頭建築堅固的堡壘和免稅輸出大米。當荷蘭人劫掠了數艘印度尼西亞的帆船後，蘇丹-阿貢便下令懲罰他們，奪取了東印度公司的辦事處，有17個荷蘭人被押赴馬打藍。荷蘭殖民者則摧毀印度尼西亞的城市和一部分地區作為報復，待荷蘭殖民者侵佔雅加達之後，蘇丹-阿貢愈益憎恨東印度公司並認識到佔領萬丹的必要。
富有鬥爭精神的馬打藍人民，不斷掀起反荷鬥爭。馬打藍利用供給荷蘭東印度公司米糧的依賴關係，於1628年提出讓印度公司派兵幫助他進攻萬丹，要萬丹遣使向馬打藍王國稱臣納貢，在遭到拒絕之後，於8月的一個晚上突然用艦船進攻荷蘭的堡壘，同時，馬打藍的陸軍把與堡壘通航的河道堵塞起來、包圍堡壘、斷絕水源，令其投降繳械。荷蘭殖民者死守孤城，竭力抵抗，直到雨季開始才解了圍。翌年，馬打藍軍隊又來進攻，並儲備足夠的糧食，以備久戰。荷蘭殖民者焚燬馬打藍的米倉，擊沉運糧的船隻，遂使馬打藍又一次的撤退。
荷蘭殖民者總結經驗，對馬打藍王國採用籠絡分化的政策，針對蘇丹-阿貢久想派遣代表到麥加，以此加強中央對港口的威望，便於獲得「哈里發」的稱號，從而更早地達到統一的願望，便派船隻護送馬打藍的使節到麥加朝聖，同時，恩威並施，又插手王權繼承問題，扶植傀儡，挑動內部鬥爭，從中漁利。1646年，東印度公司和馬打藍國王阿莽古辣第一訂了一個條約，規定公司准許爪哇商人除了馬魯古外可在各地經商；馬打藍准許東印度公司每年派一個使者前來聯絡，從而使荷蘭的勢力逐漸侵入內地。以後，荷蘭又要求訂立與馬打藍劃分界線的新約（以芝太龍河為公司與馬打藍之界線，南部勃良安的界線尚未劃定）。這個辱國失土的條約，引起馬打藍人民的反抗，在杜魯懦左約的領導下，馬都拉人民的起義爆發了。起義軍進攻爪哇，解放許多地方，直接威脅了國王的統治。為了保住王位，阿莽古辣第一派人向東印度公司乞援。東印度公司坐山觀虎鬥，待起義軍攻陷北叮哇、東爪哇和中爪哇之後，提出仗可以由荷蘭兵去打，但是戰費要由馬打藍負責，同時要割幾塊地方給公司，還要將幾種商業利益讓給公司的條件。國王為了保住王位，什麼喪權失土的條件都滿口答應。然而，荷蘭的軍隊受到起義軍的嚴重打擊，起義軍攻人馬打藍首都。
老國玉求救不成，一命嗚呼之後，他的兒子阿莽古辣二世親自向荷蘭殖民者哀求出兵。荷蘭趁機追使其簽訂一個屈辱條約。條約規定：公司承認阿莽古辣第二為馬打藍合法的國王；允許公司在馬打藍境內自由經商，不受限制，並得在南旺建造船塢，修理船舶；公司貨物輸入馬打藍境內時，享受免稅的待遇，公司的轄區擴展至加拉橫及勃良安的一部分，西方的界限沿南安由之河流直至印度洋；將三寶攏及附近地。區割讓給公司；將爪哇沿海地區抵押給公司，直至馬打藍償清戰費為止。
這個條約締結之後很久，東印度公司才正式出兵，終於打敗了起義軍，將皇冠加在阿莽古辣二世頭上。待起義軍發動第二次戰爭後，荷蘭人經過很長時間的戰鬥，才把起義軍的首領捕獲，交給國王處死。荷蘭因此也就攫取條約所規定：的權益。
阿莽吉辣二世死後，馬打藍內部又發生了王位繼承戰爭。荷蘭殖民者趁機插手，迫使王成覬覦者簽訂條約，然後出兵將其扶上寶座，因而又獲得了「東印度公司的轄區向南北擴展，南至芝拉扎，北達芝洛沙裡；割讓井裡漢、勃良安及馬拉都之漂水邊墨加珊給東印度公司；再給公司以新的利益；公司得在馬打藍首都駐紮重兵，保護國王之安全」等重、要特權。在其後的第二次、第三次王位繼承戰爭中，荷蘭殖民者故伎重演，挑動分裂，從中漁利，終於把馬打藍分裂為梭羅和日惹兩個王國，使之淪為荷屬東印度公司的保護國，瓦解了顯赫一時的龐大的馬打藍王國。
確立對萬丹王國的控制
萬丹是位於爪哇島西部的王國。自從葡萄牙人侵佔馬六甲之後，許多商人從馬六甲退往萬丹，因而蘇門答臘西部沿岸海運變得重要起來。前來萬丹進行貿易的有胡榮辣、波斯、中國、土耳其、庇古（緬甸南部）、羯綾伽等商人，萬丹因此而繁榮起來。17世紀中葉，萬丹便成為一個相當強盛的王國。1651年蘇丹-阿根即位。蘇丹-阿根的意志是非常堅定的，他圖謀恢復萬丹的廣大領土，把荷蘭人逐出巴達維亞。但是他的兒子蘇丹-哈只則準備同東印度公司媾和，並得到該公司的援助。東印度公司強迫蘇丹-哈只驅逐在萬丹的其他外國人（英國人、丹麥人、法國人和葡萄牙人），不准他們再在萬丹居住。1684年，蘇丹-哈只和東印空公司簽訂協定，蘇丹-哈只放棄萬丹對井裡汶的一切要求，協定再一次規定，不准萬丹在馬魯古進行貿易。只有東印度公司才有權在萬丹和在蘇門答臘的屬領購買胡椒和輸入布帛，芝沙丹尼河和由此引申到南方的界線為萬舟和東印度公司轄區的分界線。荷蘭人就這樣在井裡位和萬丹建立了它的根據地。不久，勃良安也隸屬東印空公司，向東印度公司繳納貢賦並聽從命令。
荷蘭東印度公司還左右了萬丹的王位繼承，從中斡旋，牟取酬謝。捨努-阿利飛英於1733年為萬丹之蘇丹。他的薑是阿拉伯人，以前住在椰城的時候與東印度公司高級人員過從甚密，自從做了皇后之後，日益培植私人的勢力，後來甚至脅迫蘇丹廢太子古斯第，改立她的女婿（同時又是蘇丹的外甥）為蘇丹的繼承人。這事得到東印度公司在幕後的協助，所以到了1749年蘇丹的精神有點不健全時，皇后即以此為藉口，逼蘇丹退位，由她攝政，並請求東印度公司將古斯第放逐到錫蘭；隨把老蘇丹送到安汶去，不久老蘇丹便死掉了。
東印度公司這樣賣力地幫助皇后是有條件的，就是要使萬丹淪為公司的保護國，這條件皇后當然接受。可是萬丹的人民卻表示反對，他們不承認皇后的女婿為蘇丹、他們要打倒攝政皇后。萬丹人民在居阿依-打巴領導之下，於1750年舉起義旗，向文登附近的巫那拉山地集中，進攻皇后的軍隊。東印度公司連忙派軍隊去營救，結果被起義軍殲滅了。後來又派炮兵去應戰，亦被擊潰。這時萬丹人民軍的力量很強大，荷蘭在萬丹的堡壘只剩下兩個，其他的都被攻陷了，同時人民軍在萬丹南部組織了政府。
東印度公司在軍事上著著失敗後，企圖收買民心，下令叫皇后和她的女婿下台，並把他們軟禁於椰城港口之外小島上，以平民憤；同時抬出捨努-阿利飛英的弟弟來做攝政蘇丹，但遭到人民反對。那時人民欲擁立拉都-巴古斯-布骯為蘇丹）公司不答應，於是戰爭復起。人民軍沿著紅溪，直搗公司的基地鄖城。那時荷軍被牽制在馬打藍，在椰城的兵力薄弱，因此被蘇丹人民軍包圍了許久，待中爪哇的荷軍協調一部分回來後，方才解圍，然後又將拉都-巴古斯-布骯在萬丹的軍隊擊敗。
1752年東印度公司和他一手扶植起來的蘇丹（阿利飛英的弟弟）訂立了一個條約，將萬丹淪為公司的屬國，蘇島的楠榜歸萬丹所有。後來公司又把放逐於錫蘭的太子古斯第弄回來，叫攝政退位，由古斯第正式就任蘇丹，以前攝政和公司訂立的屈辱條約，古斯第承認繼續有效。同時荷軍將在萬丹的堡壘，大大地加以強化，用以監視蘇丹，令其切實遵守條約，每年向公司稱臣納貢。
居阿依-打巴領導的萬丹起義軍，並沒有忘記打回老家去。有一次他突然出現於糞他海峽的查零英，威脅楠榜，但結果沒有成功，而向東撤退。他在茂物和荷軍打了一仗以後，把荷蘭人在新棠賴夜及剪王建立的拓植區摧毀，此後他又與荷軍在萬隆大戰，沒有取得很大戰果。最後他轉移陣地到中爪哇與馬打藍軍隊結合，繼續進行抗荷鬥爭。
荷蘭征服印度尼西亞其他王國
蘇門答臘北部的亞齊王國，也因馬六甲落入葡萄牙人之手後日益興盛起來。亞齊蘇丹瑪爾混-瑪科達-阿藍執政時期，管轄著蘇門答臘西岸直到英德拉甫拉。蘇門答臘西岸最重要的港口是勃裡阿曼，這是胡椒的集散地。起初英德拉甫拉出產的胡椒運到此地販賣，後來其他地區的胡椒也運來銷售，由此再運往亞齊。亞齊蘇丹繼續以前亞齊和葡萄牙及柔佛的鬥爭，企圖控制馬六甲海峽和胡椒產區。他拒絕了英國和荷蘭關於准許他們在蘇問答臘西岸購買胡椒的請求，征服了阿魯等地和柔佛的首都巴都-沙哇爾，並把它徹底地摧毀了，在蘇門答臘東岸東部建立了勢力。亞齊蘇丹政權的強化，使它變成享有無限權力的統治者和住在該國沿海地區臣民的生命財產的管理人。
荷蘭對印度尼西亞的征服，使印度尼西亞東部許多王國削弱了，急劇地改變了印度尼西亞內部勢力的對比，荷瓦等王國趁機強盛起來。面臨望加錫海峽的荷瓦王國變成了香料走私貿易的中心。儘管荷蘭人為了壟斷香料貿易，對荷瓦實行軍事遠征，但在很長時間內並未能割斷荷瓦和出產香料各島的聯繫。荷蘭殖民者便利用荷瓦蘇丹王國周圍部落和酋長的矛盾、荷瓦的內部矛盾以及爪哇島上和印度尼西亞其他地區的內部鬥爭，千方百計地煽鳳點火，時而對鬥爭的這一方，村而對鬥爭的另一方給予「援助」，從而增強自己在印度尼西亞的地位，井把自己的競爭者趕出去。荷蘭利用這個策略，組成了反對荷瓦的同盟，並在強大的荷蘭海軍的支持之下，經過長期包圍，奪取了荷瓦的首都，迫使荷瓦蘇丹於1667年11月簽訂了《邦海條約》。
根據這個不平等的條約，荷蘭的東印度公司取得了壟斷荷瓦貿易並完全排擠其他歐洲人的權利；蘇丹放棄了與摩鹿加群島之間的獨立自主的商業往來，放棄了對松巴窪、佛羅理士和其他島嶼的覬覦，並且承認公司居於自己主權之上；公司免交一切關稅和捐稅；擁有鹿特丹要塞的王國部分土地轉歸公司直接領有。荷瓦領土上其他一切工事都須拆毀；蘇丹還應許交付賠款25萬荷元和數以千計的奴隸。這個條約削弱了荷瓦的實力，荷蘭趁機把公司的權力擴大到松巴窪、西裡伯以及群島其他地區。
慘無人道的「紅溪之役」
荷蘭殖民者鞏固了它在爪哇的地位後，便對印度尼西亞日益增多的華僑害怕起來。他們認為富有的華僑是競爭者，而貧窮的華僑則又是對自己有害的分子。早在18世紀20年代，荷蘭當局就已經把對自己沒有好處的貧窮失業的華僑流放到錫蘭島和開普殖民地去，只有從公司得到特別許可證的華僑才被允許住在爪哇。1740年7月25日，東印度公司議決，凡屬可疑的華僑，不管有無居留准字，統統抓起來先關在監牢裡，然後再行審查。此令一下，馬上引起了極大的騷動，官吏以發給居留准字大索賄賂，許多有資產的華僑，無緣無故地被關在監牢裡，須出一大筆錢才能贖出。假如有的華僑無錢疏通官吏，則被遣送錫蘭島。上荷蘭人的肉桂園中做苦工。後來事情愈鬧愈惡化，那些被送到錫蘭做苦工的華僑，並非真的運到錫蘭，而是船一離開海口，就被扔進海裡喂大魚。
荷蘭總督還以華僑準備攻擊已達維亞為借口，組織了一場駭人聽聞的對華僑的屠殺。被唆使反對華僑的暴民，在荷蘭士兵的參與下，劫掠和屠殺華僑達一星期之久，雖老幼亦不得免。巴達維亞一地，原有華僑4000人，在巴達維亞以外的荷蘭領地上，則有華僑6000人。這次屠殺，華僑住家被劫掠和焚燬的就有600多處，被殺害的華僑數以千計。總督還下令將獄中華僑全部處死。另據印度尼西亞史書記載：總督下令搜查巴達維亞城內中國人的住宅。這次搜查演變成屠殺、搶劫和四處放火焚燒，甚至在醫院裡的中國人也慘遭殺戮，這種情況大約繼續了十天之久，一萬多屍首橫陳街道。東印度公司對此袖手旁觀，不加制止，總督甚至親自下令把被捕的中國人一概殺死，同時將醫院裡的中國人拖出來，讓暴徒打死。此外，他還出佈告：凡在城外殺一中國人的給賞銀2「杜卡特」（每一杜卡特等於荷印市三盾一角五分）。當首都已無可再搶再殺的華僑時，殖民當局就力圖把這一個星期的流血事件描述為當地居民的自發行動，假仁假義地對那些願意回到巴達維亞的華僑宣告大赦。一些逃亡的華僑回來被遷到個別的華僑住宅區去，而許多倖存的華僑則看穿荷蘭殖民者的虎狼之心，他們組織起來，和爪哇人民團結一致，舉行人民起義。起義者以血洗血，以牙還牙，將南旺地區和其他一些城市中的荷蘭人全部殺死，並且包圍了三寶垅，加達梭拉的荷蘭人也陷入危險狀態中，分佈在該地的荷蘭駐軍被繳械，荷蘭的軍官則被殺死了。起義軍還攻佔了首都，趕走了蘇蘇胡南巴古-布窩諾二世。
被趕走的巴古-布窩諾二世決心不惜任何條件來取得荷蘭人的幫助。荷蘭殖民者也動員了自己的全部力量，進行正規戰的荷蘭軍隊開始進攻首都加達梭拉。起義運動的規模不小，但由於缺乏組織性，沒有傑出的領袖，華僑與爪哇人之間有了嫌隙，在關鍵時刻形不成拳頭，終於被荷蘭軍隊接連打敗，並佔領了首都。1743年巴古-布窩諾同荷蘭殖民者簽訂了條約，強調巴古-布窩諾的得國純粹是由於公司的「仁慈與援助」，為了報答「恩人」，蘇蘇胡南放棄了他在馬都拉的全部權利，並且把馬打藍北部沿海地區全部割給公司。在這些地區和其他被東印度公司佔領的地區，所有一切進口稅都由東印度公司徵收。此外還增加了應向東印度公司繳納的物品。蘇蘇胡南還要負擔首都荷蘭兵營的費用。東印度公司有權鑄造貨幣。
荷蘭在印度尼西亞暫時得手，但它在遠東卻遇到中國人民的猛烈反抗。荷蘭海軍氾濫遠東海面，。在其竊據中國的台南和安平後，築寨屯軍，把這個美麗的海港變成大盜的窟穴。在陸上，四出擄掠殘害中國人民；在海面，攔截中國商人對日本、菲律賓和南洋貿易的商船，殺人越貨，一直鬧了幾十年。1660年，中國人民的抗敵英雄鄭成功率領百萬戰士收復台灣。鄭軍擁有大小船隻15000艘，其中許多大船，每艘配有大炮40尊。鄭軍戰士10萬人攜發射40—50磅炮彈的加農炮百尊，還有更多的野戰炮於同年4年1日在安平登陸。起初，荷蘭強盜十分輕視鄭軍，嘲笑他們是「扇扇子的人」。鄭軍三板船吃水遠比荷船為淺，炮手技術熟練。荷蘭殖民者液出300人前去阻擋，統統被鄭軍砍去了腦袋，僥倖游泳逃脫者只有一二個人。鄭軍向敵方嘉坎炮台發動進攻，三天後，迫使敵人60名舉手投降，並在其港內燒燬荷蘭殖民者船3艘，奪取1艘。就這樣，一步又一步地把敵人緊緊包圍起來。鄭軍對荷蘭殖民者日夜不停地進行轟擊，摧毀了敵人的所有碉堡，進到可以當面交談的距離。他們的加農炮把荷蘭的行政首長也打死了，最後終於迫使敵人投降。
荷蘭、英國爭奪印度尼西亞
正當印度尼西亞群島人民同荷蘭殖民者展開殊死搏鬥時期，歐洲政局發生了很大的變化。英國在其經濟、軍事實力大大膨脹的基礎上，積極染揩殖民事業，同荷蘭、法國在世界範圍內展開了殖民角逐。英國推行殖民政策，荷蘭是它不可逾越的障礙，所以，英國反對荷蘭的鬥爭幾乎沒有停歇。在十七世紀下半期三次英荷戰爭中，荷蘭在殖民地方面的霸權被摧毀了。西班牙王位繼承戰爭之後，荷蘭便已淪為第二流的殖民強國。到了18世紀初期，荷蘭東印度公司雖然在印度尼西亞尚有一定實力，可是它在英國競爭者的攻擊下，保持自己的壟斷地位已經是越來越力不從心了。英國繼在世界各地頻頻得手的同時，正一步一步地侵入印度尼西亞。
染指印度尼西亞初期，荷蘭東印度公司在雅加達的辦事處日益擴大，在昆被委任為總督後，東印度公司辦事處周圍築成了堅固的堡壘。同一時期，英國人獲准加強在芝裡翁河西岸的辦事處。昆籌劃進攻並摧毀了英國東印度公司的辦事處，當英國獲得一隊英國船隻的增援以後，昆被迫逃亡馬魯古。由於拉納莽卡拉和威查那-克拉瑪不願英國人在雅加達勢力太強，荷蘭的堡壘未被英國奪取。後來昆率幾隻船回到了雅加達。就在荷蘭人侵佔並破壞了雅加達城（爪哇島），並在原址建立起貿易和行政中心——已達維亞。當年，英國和荷蘭締結了共同反對葡萄牙人並規定摩鹿加群島香料貿易份額（英國占1／3，荷蘭占2／3）的協定。這個協定是在當時英國和荷蘭實力懸殊的情況下作出的，英國人不得不尋求荷蘭人的支持，而荷蘭人在能夠左右局勢時，根本不重視自己承擔的義務。1623年的一天，在安汶荷蘭兵營抓到一個探聽消息的日本人，這個日本人是在美國商館做工的，審問之下，知道英國人有謀攻荷蘭堡壘的計劃。於是荷蘭兵便把英國人抓來，嚴刑拷問之後，英國人承認確有其事。於是10個英國人，10個日本人和1個葡萄牙人被判處死刑。事情發生後，英國政府提出抗議，說是屈打成招，結果由荷蘭東印度公司賠償一筆撫恤金了事。
安汶案件發生後，英、荷東印度公司明爭暗鬥時有發生。英國人在巽他海峽建立一塊殖民地，用以和荷蘭巴達維亞對抗，後來因衛生條件太壞，幾個月內死了300個英國人，同對又受到荷蘭人多方面的破壞，終於撤除，遷到萬丹設館經營。當1627年荷蘭再度啟用昆為總督時，英國人對他恨之入骨，怒憤填鷹地說，英國最高的絞首台，對於荷蘭昆都不夠高，英、荷的矛盾尖銳到一觸即發的程度。
爪哇島的萬丹，曾是英國人得以維持商館的最後一個地區。英國印度公司支持萬丹擴張領土失敗後，英國人便被逐出爪哇，定居在蘇門答臘西岸的萌菇蓮。但是，只要荷蘭在印度尼西亞保持壟斷地位，英國的商館就不能給英國人帶什麼特殊的利益。英國商站在印度尼西亞開始以高於荷蘭公司的價格收購產品，從而引起了封建統治者和部落酋長的興趣。英國甚至在荷蘭東印度公司職員中打開缺口，使其暗中把搶來的或廉價買來的產品賣給英國，致使荷蘭東印度公司走私極為盛行。1722年的一天，在巴達維亞有26個公司職員因參與秘密貿易而被斬首。10年以後，總督和公司的「總經理」也為了走私而遭到處罰。走私使荷蘭在印度尼西亞的收入銳減，18世紀末年，安汶入不敷出達10萬荷元，班達群島入不敷出達6．5萬荷市，波羅州、西裡伯和蘇門答臘的商館也不會有什麼收入。為了把主要收入寄托在爪哇島上，荷蘭便處心積慮地奪取馬打藍和萬丹的土地來擴大自己的領地，同時把這些王國降為公司的臣屬，以此來保證公司在反對英國競爭的鬥爭中獲得勝利。然而，荷蘭人在爪哇的勝利並不能遏制公司的衰落，第四次英荷戰爭因荷蘭支持北美英國殖民地爭取獨立而爆發了。
鑒於荷蘭海上貿易的發展對英國資產階級壟斷造成障礙，1780年英國又向荷蘭宣戰。英國對美國作戰的同時，還必須派遣艦隊和兵力到北海、地中海、加勒比海、印度洋去抵禦法國、荷蘭、西班牙的襲擊。在印度尼西亞，由於自私自利的荷蘭官員在英國人允許保護他們的私人財產和商品之後，甚至不打算保衛巴東，英國艦隊輕而易舉地佔領了荷蘭在印度東海岸的據點、蘇門答臘巴東要塞和商館，僅英國在蘇問答臘西海岸所得到的戰利品，價值就達50多萬個佛洛林。荷蘭人雖然在法國海軍幫助下得以保有錫蘭島，但英國艦隊實際上已控制了歐洲與印度尼西亞之間的海上通道。
荷蘭的窘境，加劇了印度尼西亞和宗主國之間的矛盾。印度尼西亞各獨立和半獨立的王國，力圖利用東印度公司的困難，反對荷蘭的貿易壟斷。廖內群島統治者不但把蘇門答臘以東的群島上的荷蘭人趕走，而且和馬來半島上的雪蘭莪和柔佛兩國的蘇丹聯盟，封鎖了荷屬馬六甲。荷蘭軍隊費了很大力氣才把廖內群島統治者的起義鎮壓下去，但東印度公司的債務卻從2500萬盾增長到5500萬盾。荷蘭被迫和英國談判，784年簽訂的巴黎條約，犧牲了荷蘭東印度公司的利益。
歐洲戰場上法國向荷蘭的進軍，使荷蘭總督威廉逃亡英國。威廉從英國對荷蘭殖民地當局發出對英國軍隊勿作抵抗，並且不經戰爭就把尼德蘭殖民地交出來的訓令，使英國人輕而易舉地奪取了南非洲、印度、錫蘭和印度尼西亞許多地點的尼德蘭人的殖民地。巴達維亞被封鎖起來了。1811年8月上旬，100多艘船組成的英國艦隊出現於印度尼西亞海岸，12000名陸戰隊幾乎沒遇到什麼抵抗便佔領了荷蘭殖民地的首都巴達維亞。三寶攏的爪哇士兵起義後，殺死荷蘭軍官而四處逃散，檀德耳斯總督楊申斯被迫簽了降書。至此，印度尼西亞的荷蘭屬地都成了英國的戰利品。但荷蘭人並不死心，力求利用複雜多變的國際局勢在印度尼西亞復辟。荷蘭與英國、美國在印度尼西亞的歸屬問題上的鬥爭此長彼消，給印度尼西亞人民帶來了深重的災難。