奉系、國民軍系和皖系各有矛盾，直系垮台後，這勝利的三系各打各的主意，馮玉祥稱病西山，先後四次呈請辭職。張作霖入京出京，其後通電取消鎮威軍名義，馮玉祥也通電取消國民軍名義，並即解除國民軍總司令職務。這一切都顯示其中問題很多。
13年12月7日張作霖在天津召集盧永祥、吳光新及奉軍將領開會，討論解決長江各省辦法。盧永祥和吳光新雖是皖系，但第二次直奉戰爭以前，他們都到關外去和奉張通款曲，奉張也把他們當作自己人。
這次天津會議中決定請段執政下令免除直系齊燮元的職務，如果齊燮元反抗，奉軍可以集中6萬人南下討齊。
同日國民軍的孫岳電請辭職，願以所部一師四旅交陸軍部直轄，其實該部隊已由孫的參謀長何遂率領，從間道入開封，何已宣佈就任代理河南省長。
12月11日臨時執政發佈命令：「江蘇督軍齊燮元免職，江蘇督軍一缺即裁撤，以江蘇省長韓國鈞暫兼督辦江蘇軍務善後事宜。特派盧永祥為蘇、皖宣撫使，盧永祥的直隸督辦缺則由李景林暫署。」
又令：「熱河都統米振標著來京供職，所轄軍隊交闞朝璽妥為收束，並任闞朝璽署理熱河都統。」
這一連串人事調動中，夾雜了複雜的派系問題。
段祺瑞希望盧永祥任直隸督軍，盧是段系的人，當然有很多方便，而張作霖則希望直隸地盤交在自己一繫手中，馮玉祥也希望直隸能派馮系的人。這次天津會議，張作霖要拓展奉系力量到長江，就慫恿盧永祥回東南，盧能榮返東南，私心之願也。可是李景林出任直隸督辦，這樣的安排對於馮系的孫岳大為失望，孫岳也是想著直隸地盤的。李景林部向孫部進迫，孫岳曾將入河南的軍隊撤回以增加保定的兵力，同時由國民軍其他將領代向北京提出，請派孫岳為直隸省長。
北京政府對於這兩大勢力不能不平衡敷衍，對於馮系先後任用張之江為察哈爾都統、李鳴鐘為綏遠都統，更派馮玉祥為西北邊防督辦，可以率部開發西北，而鹿鍾麟在北京的勢力依舊存在。對於孫岳，一面默許孫部仍駐軍直境，同時任命孫為豫陝甘剿匪總司令。馮玉祥對這些安排大體上算是滿意，因此14年1月13日馮玉祥宣佈銷假，即赴西北巡視，孫亦表示願意履新。
至於對張作霖，則發表李景林為直隸督辦軍務，同時任命張為東北邊防督辦兼墾務督辦。
張作霖於14年1月11日也率部回奉天。
齊盧戰爭是第一次直奉戰爭的繼續，直齊趕走了皖盧，盧永祥乃出關投靠張作霖，第二次直奉戰爭，直系慘敗，盧永祥遂想借奉系力量重返江浙。
北京執政府下令免齊燮元江蘇督軍，而以韓國鈞暫兼督辦江蘇軍務善後事宜。為了顧慮齊燮元抗命，乃以盧永祥為蘇皖宣撫使，統率奉軍沿津浦鐵路南下。江蘇問題急轉直下。
齊燮元在江蘇並不得人望，部下也漸次離心，因此不敢抗命，北京執政府12月11日人事命令發佈後，齊於12日致電段祺瑞，願遵令於14日交卸於韓國鈞。不過齊也有他的部署，他下令著宮邦鐸回任第六師師長，以參謀長劉玉珂繼宮任第十九師長，劉未到任前由魏朝彥先行代理。
14日韓國鈞通電接受齊燮元交代，就任暫兼督辦江蘇軍務善後事宜。蘇軍將領表示體諒督軍意旨，服從韓督辦，但反對另有軍事大員來蘇，危害蘇境。其意是指的盧永祥。
蘇軍將領想以韓國鈞過渡，以拒阻盧永祥率奉軍南下，可是盧和奉軍南下已成定局，這一來不止是蘇軍感受威脅，蘇省士紳也表示反對。齊燮元本已決定離開南京，這一來就改變了決定，認為士氣民心均有可為，乃擬用保安總司令名義調遣蘇省軍隊，佈置攻守事宜。同時計劃聯絡孫傳芳、方本仁、蕭耀南共同抵抗北軍。江蘇的情勢突然劍拔弩張，山雨欲來了。
江蘇人本來全心全力在驅齊，通電四布，代表北上，合力同心，有非達目的誓不甘休的態勢。待齊免韓兼，盧永祥宣撫蘇皖，加以奉軍五六萬旦夕南下，這才感到是以暴易暴，驅狼引來了虎。因此驅齊運動一變而為拒盧反奉，一部分則宣稱只拒奉軍而請盧簡從南下，還有強硬派則請齊速去，請盧也不必來，江蘇問題與齊、盧脫離關係。
13年12月24日，齊燮元離南京去上海。同日陳樂山宣稱奉執政府秘書廳密令，赴松江復任第四師師長職，原任師長夏兆麟被逐赴杭州。陳的行動事先沒有和各方接洽，於是引起了孫傳芳的疑慮，認為不利於浙江。乃通電斥陳假竊名義，蓄意搗亂，派兵進擊。29日北京執政府電令孫傳芳、陳樂山停職，候中央解決，並接受孫的要求，任命孟昭月為寧台鎮守使。
奉軍添調後備隊入關，其南下軍隊3萬人由張宗昌統率進駐徐州，原駐徐州軍隊奉陳調元令護防，退往碭、蕭兩縣。
12月30日北京陸軍部電宮邦鐸回任第六師師長，所遺第十九師師長即令何豐林繼任。南京第六師部隊一部分嘩變，在駐地附近搶劫。
14年1月2日孫傳芳部隊攻入松江，陳樂山逃走，第四師向上海潰敗，孫部尾追。由於孫軍頻傳捷報，孫傳芳的發言權遂大增，1月5日和6日孫連發激烈通電，反對奉軍南下。
事實上奉軍已大舉南下。14年1月5日孫傳芳致段祺瑞電：
「北京段執政鈞鑒，陳樂山假竊名義，擾亂地方，傳芳不得已飭部防禦，幸得驅除。然松江一帶已不勝遷移焚掠之苦矣。陳亂未已，里巷又復紛傳奉軍南下，意不專於對蘇，證以齊督離寧，而奉軍到寧，無的放矢，必更有的。傳芳本無所慮，亦常深省其咎，攻浙乃軍人服從之天職，事純被動，既不敢妄成戍首之罪，入浙乃浙江軍民所歡迎，兵不血刃，亦不敢妄居克敵之功。至於入浙以後，市廛無驚，苟欲羅織為擾民，浙人先不忍羅織，捨此數端，百思不得，敢乞鈞座勿對傳芳一人別有難言之隱，遂使浙人萬姓，日陷恐怖之中，有罪而當奪職，固望明示其罪以肆諸朝市。無罪而當避賢，亦懇明示其賢以公之天下，倘於兩者皆有難言而疑傳芳誠有未至，即懇明示對國對浙，必如何而後可謂誠之條件，傳芳謹當高之浙士，質之國人，決不敢違眾而抗所當從，亦不敢固位而默所當辯。若於宣佈罪狀之先，還以巧取豪奪相試，是直弁髦政府，毀墮紀綱，惟當視同穿窬，御以盜劫。上肅國憲，下去害群，一息苟存，百死不惜，遭時方長，高位難據，鈞座天人順應，尚有省愆弭劫之痛文，傳芳憂患備嘗，寧以厝火積薪為得計，所謂籲請明示者，上欲政府示天下以光明，下求浙江勿連類而塗炭，至於一身生死，且等鴻毛，進退更無足計矣。臨電迫切，祈候明示，孫傳芳叩。歌。印。」
孫傳芳致馮、胡、孫電：
「北京馮總司令煥章兄、開封胡督理麗生兄、保定孫省長禹行兄鈞鑒：諸公所為蒙極大之犧牲，以僕此而興彼者，為欲違停戰之目的致國家於和平。今者或幽囚，或敗遁，或遵命解職而去，無一存焉。然則戰爭可停，和平可致矣。諸公亦聞陳樂山勾煽傳芳所部軍隊戰事復起乎，松江一帶，又焚掠一空乎，亦又聞奉天軍隊五六萬眾，浩蕩南下，路人紛傳為景公復仇不專對蘇乎？傳芳個人進退不足惜，浙江一省治亂亦不足計，獨惜諸公蒙極大之犧牲，以求停戰者，乃以挑四方之戰，以求和平者，乃以開破壞之端。往日之戰雖不祥，尚托名於國家相爭以政見，今日之戰，直明目張膽標尋仇報復之名，樹爭城爭地之幟，而無所顧忌矣。諸公手創此局，豈能毫無預聞？誠未聞耶，則一詢之道塗，一考之事實，諸公初志，向即如是也，則請緘口閉目，以聽天下之相殘，斯民之無孑遺可也。萬一非諸公之意，傳芳即敢再頓首以求諸公，先為浙人呼籲於有權者之門，如天之福，回天之聽，先止南下之兵，一切留候善後會議，國民會議解決。能如是屍祝諸公者，豈獨浙人哉。設有權者必欲尋仇報復，必欲爭城爭地，亦求諸公代叩當復者幾仇，當爭者幾地，諸公但能保證此仇者相率避去，此數城數地者拱手獻出，即可停戰和平，傳芳豈惟不求罪狀之避，且獻城以解諸公之難，且任勸告其他當避且獻者，均無問所犯之條，惟當速避速獻，毋使天下人既加諸公以大不韙之名，以挑天下之戰，開破壞之端，逮獄於諸公也。別上執政一電，特附錄奉閱，執政本愛和平，然而在位無權，無以貫徹其愛，以後種因，造自諸公，人曰有權者，可箝天下之口，而不能納諸公之言，諸公幸勿以局外自遁，而使所種善因盡成惡果也。當戰當停，待命進止，臨書迫切，立盼賜覆，弟孫傳芳。歌。」
1月7日段祺瑞復孫傳芳電：
「歌電呈悉，陳樂山本非假竊名義，業經退回，已在成事不說之列，至子嘉（盧永祥）酌帶奉軍南下，事誠有之，始因齊之負-，繼因花旗營之毀路設防，子嘉不能不有以自衛，余亦不能責子嘉以單騎赴蘇也。今齊雖在滬，尚有密謀，浙滬毗連，豈無聞見，蓋攻浙之事，吾弟既無所慚，何所謂咎？昔日因服從而攻浙，今日亦當本服從而不擾蘇；昔日入浙為浙軍民所歡迎，今日蘇未歡迎，更不宜侵入蘇境。中央本無責難之意，吾弟又何必有引咎之辭，即令謙沖為懷，則安民保境，正足為補過之資，余以誠待人，當不輕事吹求也。吾弟英年重寄，篤實為先，欲宏遠猶，必勳明德。段祺瑞。虞。」
14年1月7日盧永祥抵達蚌埠，張宗昌率奉軍第一軍進駐浦口。盧永祥舊部第十師亦由江北開赴南京。原駐南京之齊燮元舊部第二、第六兩師及補充旅奉韓國鈞令，悉調駐鎮江、江陰。
1月10日，盧永祥、張宗昌進入南京。11日上海事變。上海是由宮邦鐸和張允明分治南市、北市。宮邦鐸是主力，他是淞滬護軍使，北京承認的第六師師長兼第十九師師長。齊燮元到上海後，即運動宮的部隊迫宮去職。宮無法指揮，遂於10日晚致電段祺瑞和盧永祥，宣佈辭職。齊燮元掌握了第六、第十九師後，即聯絡孫傳芳的軍隊聯合攻擊張允明，張軍被攻潰散，張允明則逃入租界。於是齊燮元即自稱淞滬聯軍第一路總司令，孫傳芳稱第二路總司令，聯銜宣言佔領上海，拒絕奉軍南下。
上海事變後，段祺瑞即於1月12日責成盧永祥會同蘇軍總指揮秦-迅速戡定上海事變。同時電令安徽軍務善後督辦王揖唐就近派兵協助盧永祥，並令何豐林收編已潰散的陳樂山舊部第四師。
孫傳芳也派謝鴻勳為第四師師長，收編陳樂山的潰軍。
上海總商會則乘宮邦鐸、張允明被逐時，宣佈上海為不設軍職、不駐軍隊及將兵工廠遷移他處的不設防城市。
東南大學校董和教職員則反對北京教育部將校長郭秉文免職，主張教育獨立，不宜隨政潮進退。
14年1月13日北京執政府下令獎勵孫傳芳撤兵回浙。
這顯示段祺瑞把齊孫分別處理，孤立齊燮元。
同日又令派陳調元幫辦江蘇軍務善後事宜，白寶山為海州護軍使，馬玉仁為淮揚護軍使。
在上海的張允明部一師一旅，及陳樂山的第四師殘部只有少數投入齊、孫兩軍。其餘為數1萬餘人悉向租界繳械，即由租界當局收容。
上海的領事團，鑒於戰爭可能波及上海，乃開會決議：禁止中國失意軍人在租界活動，並調各國的海軍陸戰隊登陸，監視所收容的中國潰兵。
盧永祥在南京組織宣撫軍，以奉軍軍長張宗昌為宣撫軍總司令兼第一路軍總指揮，參謀長臧致平兼第二路軍總指揮，軍務幫辦陳調元兼第三路軍總指揮，江蘇全省水陸警備司令冷-為戒嚴總司令。
蘇軍總指揮秦-在蘇州被當地駐軍攻擊，蘇州商會付出一筆錢請秦-離蘇州。上海齊燮元軍隊即通過蘇州，與常州鎮江的齊氏舊部聯合。
1月14日淞滬聯軍孫傳芳齊燮元聯名發表通電：願意撤退上海地域內所有兩省駐軍，廢除護軍使及鎮守使名目，反對以後再設類此軍職，兵工廠亦即日擇地遷移。北京執政府亦頒布處置浙、滬問題三令：（一）淞滬護軍使一缺著即裁撤。（二）上海兵工廠著陸軍部即日飭令停止軍用工作，以便招商承領改組商業工廠，並先委託上海總商會暫行接收，妥為保管，即由該部遴派專員會同該商會妥籌辦理。（三）上海嗣後永遠不得駐紮及設置何種軍事機關。
1月16日北京執政府令：
「此次蘇浙軍隊發生衝突，聞齊燮元有從中煽惑情事。……應另派員查辦外，嗣後各該省軍長官，務各嚴飭所部，恪守疆界，不得輕信謠諑，致啟釁端。如再有前項情事，定惟各該長官是問。」
又令：
「暫兼督辦江蘇軍務善後事宜韓國鈞，准免兼職。特任蘇皖宣撫使盧永祥兼督辦江蘇軍務善後事宜。特任方本仁督辦江西軍務善後事宜。長江上游總司令王汝勤著兼任幫辦湖北軍務善後事宜。山東、福建督理缺員著即裁撤。特任鄭士琦督辦山東軍務善後事宜。孫傳芳督辦浙江軍務善後事宜。周蔭人督辦福建軍務善後事宜。派盧金山為長江上游副司令。」
盧永祥在南京自有一套想法，其實對他來說仍是舊調重彈，他於三年前做浙江督軍時，因受第一次直奉戰爭影響，曾一度通電倡議廢督，通電中慷慨陳詞，一時極為輿論所讚美，可惜後來盧氏對於通電所提倡的事，僅能做到改「督軍」名稱為「軍務善後督辦」而止。致輿論對他頗為失望。
14年2月27日盧永祥又電段祺瑞籲請廢督。他的電文中有不少的警句：
「……廢督之議創之久矣！上既憚而莫敢為，下遂鍥而不忍捨。一日不廢，則一日不能息民。廢督以前大要者二，曰定軍制、曰劃軍區。然此非一省之事也，有一省以創之，中央鼓其激昂之氣，推之鄰省焉。推之全國焉。則事無不舉矣。……應暫以徐州一帶為國軍區域，大江以南不再駐國軍。凡駐蘇國軍一律調赴國軍區域，悉聽中央指揮。餉由部給，不干省政。蘇省固有師旅，酌量蘇之財力另行改編，歸省長節制。浙省同時將國軍調赴國防規定區域，不得仍駐江浙毗連境壤，並將軍務善後悉聽中央主持。」
在當時浙江人民環請撤兵的時候，這些話是中聽的，也是必要之舉。同時他對江浙軍務善後督辦一職要求北京政府迅頒明令永遠廢除，為各省倡。
盧永祥這一個電報的「動機」從善的一方面說，他已經真實覺悟了；從惡的方面說，他想玩弄三年前的老手法。至於影響方面，在善後會議中已經有人向政府責問處置辦法，政府答以通盤籌劃四個字，似乎還沒有同意盧氏這個廢督的計劃。皖督辦王揖唐在京，表示贊成盧氏辦法，願將安徽軍務善後督辦陪同裁撤。對盧更備極揄揚，而江浙各團體亦以「與人為善」之心，紛紛通電贊成。南京方面雖有人假造省議會電報，說廢督尚非其時，請政府催盧氏速就江蘇軍務善後督辦職，可是隨即經省議會正式否認了。政變以後，馮玉祥的呈請辭職，通電下野出洋，就曾博得當時輿論界的稱揚。現在輿論也對盧永祥電請廢督一事大為推崇。不過有實力的人附合的並不熱烈。
江浙和約簽定後，上海的護軍使等軍職真個廢掉了，軍事上所必爭的兵工廠完全交由總商會接收了，浙奉兩軍的大隊也都離去，兵也可算是沒有了，上海人半年來所努力進行的避免兵禍運動，僅僅就軍事關係說，到此可謂已經成功，剩下來的是上海地域內所尚未解決而成為問題的，就是上海怎樣成為特別市或商埠的建設問題。
上海民政的改組，當初從事於避免兵禍運動的上海人似乎都還沒有考慮到，執政府於1月15日所下的三個命令亦僅說到上海為通商重埠，此後永遠不駐兵隊及設置任何軍事機關，而未說及民政事宜的如何處置。反而是齊燮元、孫傳芳的聯合通電中倒能說出「……其民政事宜，與平常縣份不同，擬另組成政廳以理之」的一句話。戰事粗定時，江蘇省長韓國鈞於1月29日在百忙中首先聲明於上海設特別市，電聘上海舊市董李平書等11人為籌備委員，令先行擬定區域如何劃分？機關如何組織？職權如何分配諸事宜。而上海有幾個商人，則提出意見於總商會，反對上海市政悉由少數蘇紳主持。申述執政府擬改上海為特別區域，永不駐兵，特設督辦處理民政，而主張督辦直隸中央，地方事宜由地方紳商共同處理。同時，上海的輿論，則一致主張上海應籌改為特別市，市政廳須以市民為主體，市長須由市民公選。戰後一個月間，關於上海的建設問題，引起了劇烈的爭議，中央與蘇省政府、商人與市民，都各表示不同的態度與意見。
事實上，執政府對於江蘇省長聘請委員籌備特別市一事，並未有所表示，可說完全不承認其效力。2月6日北京政府下令任孫寶琦為淞滬商埠督辦、虞和德為會辦。不過定上海為商埠，是與上海人民設立自治市的希望背道而馳，因此輿論反對，頗為劇烈。至於江蘇省政府所聘的籌備委員會，則積極進行籌備，一面擬成淞滬特別市籌備會章程，大致劃定上海、寶山、川沙、南匯、太倉等五縣所屬40餘市鄉為特別區域，並與各縣公團所組織的市政協會聯絡，定於3月5日召集特別市臨時市議會，討論一切重要問題；一面力爭特別市根本立法，須由籌備處擬定，經市鄉同意施行。這項關於特別市籌備會的事情，迭由江蘇省長電致北京內務部，但迄未得到復電。
江浙二次戰後，鬧得最有聲色的是上海問題。廢使、撤兵與遷廠的運動均告成功，於是，使得同受兵災各地望而生羨。和上海地域相毗連的如松江等處，紛紛要求加入上海區域，相距稍遠的如蘇州等處，則圖謀仿上海組織特別市。於是江南同受兵災的各地方，乃形成了大規模的避兵運動，所謂太湖流域聯合自治的運動乃告發生。
太湖流域聯合自治運動，醞釀於14年2月中旬，發動於3月初旬，它的目的在謀組織特別區域，實行自治，永避兵禍。他的方法在倣傚上海的辦法，聯合太湖流域的鎮江、常州、蘇州、太倉、松江（以上屬江蘇省），杭州、嘉興、湖州（以上屬浙江省），八舊府屬各法團的代表，一面請政府撤去域內軍隊，一面舉辦民團以謀自衛。最初發起的是在江浙戰事中受禍最烈的常州、無錫、湖州三處旅滬人士。後經杭州等處紳商的贊同，乃在上海組織太湖流域聯合自治籌備會，發電懇求盧永祥、張宗昌飭各軍退出太湖流域，並推代表分赴南京、杭州及北京向各當局呼籲。
太湖流域人民是由於兩次江浙戰爭中飽嘗兵災滋味，因而進行避兵運動，他們入手的第一步，在籲請撤退域內軍隊，以免妨礙春耕及妨礙農事。這個太湖流域聯合自治運動，在大體上，是值得同情的。不過在軍人爭地爭城以戰的時候，這種運動是得不到什麼結果的。