孫中山主張先裁兵再謀全國統一的計劃，曾獲黎元洪、張紹曾、段祺瑞、張作霖、盧永祥等的贊成。不過張紹曾認為裁兵問題必須召集全國性的軍事會議才能解決，所以他仍主張先召開「國事協議會」解決統一問題。黎、張兩人本來打算派代表到上海與孫商討實現和平統一的具體辦法，不料12年1月26日廣州發生了沈鴻英的江防事變，張紹曾錯誤地認為孫中山在南方已沒有實力，已經無足輕重，因此所派代表臨時中止出發。
同一時間，曹錕和吳佩孚一再催促北京政府發表孫傳芳督閩、沈鴻英督粵的命令。吳佩孚本來很瞧不起沈鴻英，認為沈是個反覆無常的小人，可是陳炯明垮台後，吳覺得沈鴻英還可利用，所以要他督粵。張紹曾本來反對這兩道任命，曾以去就力爭，拒絕發表。江防事變後，張認為沈在廣州得勢，所以也打算同意沈的新命，不過在北京國會中的國民黨議員卻大為反對，因此張於1月30日改下命令嘉獎陳炯明下野，希望在廣東的主客兩軍互謀諒解，勿再從事私爭，並派林俊廷為廣西軍務督理，丁槐為兩廣慰問使。這些命令引起了國民黨的極大不滿，因為孫中山最痛恨的，是陳炯明犯上作亂，現在陳被逐下台，北京政府竟嘉獎陳炯明，不說他是被逐而說他是下野，這簡直給孫和國民黨極大難堪。同時國民黨認為發表林俊廷為廣西督理也是極不友好的行為。
直系方面則大力向內閣施以壓力，曹錕、吳佩孚、蕭耀南、蔡成勳聯名電催發表沈鴻英督粵命令，吳佩孚的代表錢秉鑒連日坐守國務院當面催促，張紹曾感到十分為難，又想先發表孫傳芳督閩的命令，以減輕來自洛陽方面的壓力。
就在這個時候，齊燮元派孫發緒攜帶「統一方案」來到北京，方案內容包括總統問題、憲法問題、裁兵問題、財政問題、善後問題五項。這個方案的實質是先統一後裁兵，先選舉總統後制定憲法。在善後問題上，建議設立元帥府以安置高級的失業軍人，以孫中山為元帥府首長；並設立元老院以安置高級的政客，以段祺瑞為元老院首長。這個計劃的幕後設計人有前任國務總理靳雲鵬等，由孫發緒起草，齊燮元出面，並叫孫發緒帶到北京來先統一北方意見。爭取曹錕、吳佩孚、馮玉祥、張紹曾等共同簽字，然後正式向南方提出。孫發緒到處宣傳某人願意簽名，其實完全是買空賣空。首先曹、吳兩人就反對設立元帥府。
黎元洪也不贊成這個方案，他曾在一次宴會上痛罵孫發緒招搖撞騙，情同造反。孫發緒乘興而到北京，如今一見風頭不對，就悄悄地溜之大吉，跑到保定，在曹錕身邊做了高等顧問。
統一問題困難重重，不過張紹曾並不因此灰心，他打算先發表四川、湖南、雲南、貴州四省督理、省長的任命，以粉飾紙上的統一。吳佩孚贊成這麼做，他曾勸誘湖南取消省憲，如果不願取消，則由北京政府任命趙恆惕為湖南督理，趙可以採取既不接受，又不反對的態度，藉以表示贊助統一。可是張後來根據各方情報，知道這些命令如果發表，一定會引起西南各省的否認，因此又不敢發表。
孫中山於12年2月21日回到廣州後，22日北京政府就發表尊重《約法》的命令。這個命令具有雙重作用：一方面阻止孫在廣東重組政府；另一方面阻止曹錕武力篡奪總統，或者採取非法手段促進總統的選舉，因為國會已在北京復會，另組政府就是破壞《約法》的行為，而在憲法未完成以前選舉總統，也是違反《約法》的行為。
當孫中山在廣州成立大本營，以大元帥發號施令後，曹錕和吳佩孚認為這就是破壞《約法》，破壞和平，主張下令「討伐」。曹錕派項致中、吳佩孚派李倬章到北京催促發表閩、粵兩省督理的命令，曹錕並且一天連打幾次長途電話來催問，項致中見張紹曾時曾拍案大罵他全無心肝。張紹曾突然強硬起來，對曹、吳不買帳，3月8日國務會議決定拒絕發佈閩、粵兩省督理的命令，並且用總辭職手段回答曹、吳的壓力，當天並以內閣名義發出了庚電云：
「紹曾等受任之始，即宣言以和平統一為職志，以促成憲法之指歸。近日以來，粵中有僭名竊位之行，各方呈枕戈待旦之兆。和平立破，調劑無方。惟有引咎辭職，以謝國民。」
這個電報獲得不少的同情，不過國民黨和直系都是不喜歡這個電報，國民黨反對電文中有「粵中有僭名竊位之行」一句，直系則反對「各方呈枕戈待旦之兆」句。國民黨議員發表通電說僭名竊位的，不是別人，正是張紹曾自己，因為黎元洪並非合法總統，則黎所提出的內閣自然也是非法。
張紹曾內閣敢於和直系大軍閥相抗，不失其有硬骨頭，所以當時頗能贏得大多數人鼓掌，因為北洋時代的內閣，久已成為軍閥的應聲蟲了。像張紹曾這樣有勇氣和決心，則是北京政府歷屆所無的。
不過問題的真相卻是這樣，原來內閣中的閣員分為總統府派和津保派。政學系閣員李根源、彭允彝屬於府派；高凌-、吳毓麟、劉恩源則屬於保派。黎元洪要拉攏孫中山，而孫又和岑春煊（政學系領袖）有合作關係，所以政學系的閣員們就反對任何足以傷害孫的命令。
3月8日張紹曾在軍閥的威脅下擬就兩道命令：一道是發表孫傳芳為福建督理；另一道是「誥誡」孫中山勿在廣州組織另一政府。但是政學系閣員反對第二道命令，保派閣員則主張對孫下討伐令而不是誥誡令，雙方各走極端，互相對罵，甚至拍案喧嘩。吳毓麟首先大嚷著說：「內閣既然不能統一，我們大家還是下台吧。」張紹曾也表示除了下台別無他法，因此大家作出了內閣總辭職的決定。張紹曾為了騙取全國的同情，就用拒絕發佈閩、粵兩省督理的命令，作為內閣總辭職的借口。
張紹曾並不是真心想辭職，因此他提出辭職後，天天期待各省的挽留電報，吩咐國務院隨時把這些電報油印下來分發到各報去發表。果然盧永祥、何豐林、王永泉都有電報來挽留他，盧、何等是屬於皖系的，他們不是對張有什麼好感，而是借題發揮，打擊曹、吳。他們對北京政局毫無影響力量，不足以左右北方政局。
忽然，報上出現了吳佩孚的「昌密」灰、真兩電，挽留張內閣，這是強有力的聲音。有一位記者懷疑吳佩孚電報的真實性，所以打電到洛陽探詢，洛陽回電話：「我們這裡根本沒有發過這樣電報。」
真正不願意張紹曾下台的是黎元洪，他聲淚俱下地請求吳景濂、王有襄支持這個內閣，張紹曾也表示願意幫總統的忙，不使政務停頓，每天在私宅處理公文，副署命令，是一個在家辦公的國務總理。
張紹曾大家背地裡稱他「張瘋子」，說他做事有頭無尾。他宣佈辭職後，瘋病顯得更厲害，經常喃喃自語，自稱九重天宮的古佛下降人間，當代人物多系他手下的星君托胎轉世，不過也有妖魔鬼怪下凡作祟，他念動經文請求仙師賜以神斧斬盡妖魔。
3月16日，他忽派程克乘專車到天津，迎接財政總長劉恩源、交通總長吳毓麟回京復職；又派汽車守候在車站，等到專車開回時，就把這些閣員迎接到自己住宅討論復職問題。果然，17日這兩位保派閣員都服貼地回來了。於是在張宅又開了一次銷假復職的內閣會議。劉恩源首先表示他是保定的代言人，現在復職問題是要看保定方面所提的兩道命令是否能夠發表？如果能發表，就可以復職。吳毓麟補充說：今天會議不必多所討論，兩道命令的發表一句話就可決定，先解決這個問題，再研究復職問題。於是張紹曾表示大家意見已趨一致，兩道命令當可發表，遂定於19日全體復職。
局勢為什麼會急轉直下呢？因為曹錕表示願暫時維持張內閣。曹為什麼還要維持張呢？因為張暗中向曹表示對南方針完全一致，閩、粵督理命令可以發表。因此曹即電囑劉恩源和吳毓麟，令他們回京復職。
內閣復職既已決定，但是張紹曾卻覺得發表這兩道命令對自己面子太不好看，因此想仿照蔡成勳為江西督理的前例，用參隆辦公處的電令發表，而不用總統的命令，這個辦法不為保、洛兩方面所接受。
19日復職的張內閣舉行國務會議，吳毓麟首先提出討論閩、粵兩省督理一案。張紹曾說：「我現在已經大徹大悟，所以今天一定要發表這兩道命令。前些日子我們為了這個問題鬧辭職是錯誤的。」他的話剛說完，以前堅決反對發表這兩道命令的兩位政學系閣員立即一致附和，李根源願意負責疏通總統蓋印，原來他們為了保全閣員地位，也只好和張紹曾走同一的路。
3月20日，北京政府下令特派沈鴻英督理廣東軍務善後事宜，楊希閔為軍務幫辦，林虎為潮梅護軍使兼粵軍總指揮，陳炯明、鍾景棠為廣東陸軍第一、第二兩師師長，溫樹德為廣東海軍艦隊司令。特派孫傳芳督理福建軍務善後事宜，王永泉為軍務幫辦，臧致平為漳廈護軍使。照這名單，已超過了保、洛兩方面所要求的範圍，督理以下的任命是張紹曾自己加進去的，這是張為了更進一步討好保、洛兩方面而做的畫蛇添足舉動。
這一來張內閣原來標榜和平統一的野人頭，到此原形畢露了，同時這個內閣和國民黨之間公開敵對了。
4月3日，北京政府繼續任命劉冠雄為閩粵海疆防禦使，顯然有調動海軍進攻廣東意圖。同日任命洪兆麟為洪威將軍兼廣東陸軍第三師師長，李易標為廣惠鎮守使，申葆藩為欽廉鎮守使。這表示把所有反對孫中山的勢力都集中起來，準備總攻廣州。
但是黎、張兩人卻還在大唱和平統一的論調。3月27日派王寵惠攜帶全體閣員的聯名函件南下，勸告孫中山取消大元帥府，或者親赴北京，或者到上海贊助和平統一。黎還授意金永炎致函湖南省議會議長林支宇，表示並不反對聯省自治，希望湖南也贊助和平統一。
這真是癡人說夢。直系一方面埋首要武力統一，而總統和國務總理卻高唱和平統一，當然是背道而馳的。以此對付南方，南方怎會合作？
王寵惠奉派南下，是和楊天驥同行的，他攜帶一封內閣全體閣員聯名函給孫中山。
王、楊聯袂抵滬，先訪浙督盧永祥，托盧疏通，盧認為應先取消閩、粵兩省督理的命令。王在上海又和孫中山所派代表胡漢民、孫洪伊、徐謙等進行統一問題的談判，胡等亦提出撤消閩、粵督理為南北統一的先決條件。孫洪伊還提出黎元洪下野的條件。王寵惠的隨員楊天驥電告北京，如果孫文下台，吳佩孚必須同時解除兵權。報紙把這個電報登了出來，徐謙、孫洪伊質問王寵惠說：「這話從何而起？」
4月15日，張紹曾到保定商談對孫、對奉等問題，並同意齊燮元所提的，召開南京會議解決南北統一問題的建議。曹、吳本來不重視黎、張二人所進行的和平統一，不過要利用他們分化南方，所以曹錕對張紹曾的和平建議採取了「姑妄聽之」的態度。
4月10日張作霖給孫中山一電，解釋外間的謠言，電云：
「近日報紙登載，奉省有圖謀復辟之說，此種無意識之謠諑，在稍有常識者見之，不值一哂。惟市虎杯蛇，深引起一般誤會。作霖素性光明磊落，但知愛護共和，顧念大局，我公夙所深悉，敬祈代為宣佈，轉飭各報更正，無任禱企。精衛兄已來奉，厚意至感，並謝。」
這時正是孫、段、張三角聯盟時，孫中山曾派汪兆銘到北京從事聯絡，4月上旬汪到了奉天，所以張作霖給孫中山電報中提及。
孫中山於收到奉張來電，即復電云：
「蒸電復闢謠諑，並囑宣佈，轉飭各報更正，具見矢忠民國，曷勝欽佩。國建共和，十餘稔矣。中經復辟之變，不旋踵而滅。國體既定，誠有非頑民所能顛覆者，執事之明，豈或屑此。不圖乃有以為中傷者，人心之險，良可浩歎。執事通電明志，國人皆將喜聞此祥和之言。文亦將視力之所及，勉為執事剖白之。更冀本愛護共和之初衷，進而為解決大局之盛舉。文雖不敏，至願與時賢共之也。」
12年4月中旬，沈鴻英終於叛變。
原來沈之參加逐陳，主要目的是為自己，當沈進入廣州時，即欲恢復省議會，選舉政學系林正煊為省長，藉以取得廣東的政權；又擬借江防會議，殺盡國民黨要員。怎知這二事都失敗，因此只好偽稱服從孫中山，移防肇慶。北京任命沈為督理廣東軍務後，沈即於4月15日在新街就任督理，通電請孫中山離粵。
4月16日拂曉4時，沈軍開始進攻，李易標六七營分三路撲攻廣州市：一路由白雲山向農林試驗場猛攻滇軍楊希閔總司令部，滇軍已獲沈軍叛變的消息，所以立即出隊抵禦，孫中山親偕楊希閔督戰，沈軍當場被擊退。一路撲攻造幣廠，為盧師諦部擊退。一路進攻流花橋，為劉震寰部所阻，李福林聞警，即調所部福軍八營，渡河助戰。孫中山親登觀音山督戰，廣州市轉危為安。
沈鴻英自任中路，沿奧漢鐵路南下，沈榮光出英德、四會，直攻三水；西江一帶之沈軍亦響應沈鴻英。
孫中山以大元帥名義褫奪沈鴻英桂軍總司令，電云：「沈逆鴻英，反覆無常，奸詐成性，陰謀內亂，逆跡久彰。本大元帥念其微勞，怒其既往，展示優容，冀與感化。不意狼子野心，始終不悛，一面呈報移防，一面陰行鬼蜮。竟於昨夜擅自稱兵，進襲省城，幸我軍將士用命，戒備有素，當經擊退。似此恣行叛逆，甘為戎首，擾亂軍紀，貽害地方，實屬罪不容逭，法所必誅。沈鴻英應即褫奪桂軍總司令本職，著滇軍總司令兼衛戍總司令楊希閔、東路討賊軍總司令許崇智、西路討賊軍總司令劉震寰、大本營駐江辦事處全權主任古應芬、東路討賊軍第三軍軍長李福林、中央直轄第七軍軍長劉玉山、中央直轄第三軍軍長盧師諦、海軍艦隊司令溫樹德、駐汕海軍各將領、廣東江防司令楊廷培、廣東海防司令陳策等，各督飭所部，分途兜剿，迅速撲滅，以正法紀，而遏亂源。」
孫同時電駐滬代表向王寵惠提出嚴厲質問：
「北方陽為言和，陰實迷信武力，且藉以懈我之備，言之殊堪痛恨。」
17日孫中山函汕頭許崇智，告以陳天太部已出四會，現戰情已變，江門軍當全數出三水、蘆包，向高塘、新街方面進攻，以速掃滅襲擊省城之敵為先，然後再為第二步進取。
18日滇軍收復瘦狗嶺，福軍追擊至龍眼洞，劉震寰收復小坪。19日滇、粵、桂、福聯軍予沈鴻英以決定性之一擊，白雲山一帶完全克復，沈部狼狽向北路江村、新街敗退。蔣光亮之第四師及第二混成旅胡思舜部擔任三水、蘆包、炭步等地右翼作戰，以抵禦西江一帶沈軍。
沈鴻英投靠北京，在廣州叛變，當然是吳佩孚的策動。當時孫中山在廣東的局勢並不穩定，孫回廣州後，沈鴻英雖在廣州，卻並未見面。至於滇軍也有問題，孫早就發表楊希閔為廣州衛戍司令，可是楊到了3月12日才宣佈就職。當朱培德部滇軍由廣西開抵三水、河口的時候，孫即將該部改編為拱衛軍，令其駐守廣州。朱培德和楊希閔雖同為雲南人，但完全是兩個不同的系統，同時並不和睦，孫為了避免這兩支滇軍發生誤會，所以指定以河南為朱部滇軍的防區，自己也將大元帥府移往河南水泥廠。
沈失敗後，北京政府於4月21日任命洪兆麟為汕頭防務督辦，葉舉為惠威將軍，尹驥、李雲復、賴世璜、蘇世安、楊坤如、翁武亮為廣東陸軍第五至第十師師長。這些人事命令全是企圖把陳炯明的舊部爭取過來，使其和沈鴻英聯合夾攻廣州。
孫中山認為北方已沒有商談的誠意，最大阻礙是吳佩孚，因此令駐滬代表通知北方，如果北方誠意言和，就應先罷免吳佩孚，否則和談可以終止。
王寵惠本想做孫中山和吳佩孚之間的橋樑，孫、吳關係破裂，他放棄了北方代表身份，到廣州謁見孫中山，隨後出國到海牙任國際法庭的審判官。
孫雖然發表蔣中正為大本營參謀長，可是他還在上海，孫屢電催促來粵，楊庶堪、古應芬、廖仲愷亦紛電促駕，蔣中正乃由滬赴粵，途行五日，4月20日抵廣州，就任大本營參謀長。26日孫偕蔣中正赴江村勞軍，全體將士聞大元帥蒞臨，大為興奮。
沈鴻英叛軍於21日自新街退據源潭，和滇軍楊希閔相持。25日滇軍攻佔清遠，沈榮光先潰逃，29日滇、粵、桂聯軍以全力進攻粵漢路沿線之沈軍，30日攻克源潭。5月2日滇、粵軍克琶江。3日孫中山至源潭勞軍，6日至三水慰問傷兵。
7日，孫中山調廖仲愷為廣東省長，以葉恭綽繼任財政部長，鄭洪年為次長。葉和鄭都是舊交通系，交通系的領袖梁士詒受奉張支持組閣，在閣揆任內被吳佩孚用一連串的電報轟了下台，梁下台後和他的主要助手葉恭綽都避居香港。迨孫、段、張三角聯盟後共約抗曹、吳，梁士詒遂舉舊交通系支持孫中山，孫這時在廣東最困難的，就是財政問題，梁士詒、葉恭綽等均以長袖善舞著稱，所以孫中山遂邀葉恭綽任財政部長。大本營的財政由舊交通系支撐，對內對外都產生了信心。