12年6月6日，北京舉行國務會議，內政總長高凌-首先發言，高說：「總統近來對於政務，有的不經國務會議直接處理，有的則以命令方式，直接交院辦理。例如制憲經費、崇文門監督任免案、任命張拱宸為軍警督察長案，都是總統獨斷獨行，這實在是違反責任內閣精神，侵越內閣職權，我個人認為，總統既然對於我輩閣員不信任，我輩只好退避賢路。」高的話講完，交通總長吳毓麟、司法總長程克、財政總長張英華都異口同聲地贊成內閣提出總辭。
總理張紹曾還沒有來得及開口，高凌-又說：「如果總理不願意辭職，我們閣員也可以聯名辭職。」吳毓麟並且大罵黎元洪不已。張紹曾這時只好很勉強地說：「要辭職還是大家一塊辭職好了。」擁黎的政學系閣員農商總長李根源、教育總長彭允彝都沒有發言。高凌-乃把津、保派事先擬好的辭呈電搞拿了出來，請大家簽名，這個通電全文如下：
「呈為輔弼失職，責任不明，請予罷斥事。竊於二十四日財政部收到稅務處公文一件，內開借撥海關重建房屋一案，奉大總統批：出使經費月撥十三萬元，國會制憲經費月撥十七萬元。其修建江海關經費，即照數勻撥，財政部查照知行等因，僉以制憲為國家根本大業，本應寬籌經費，以促觀成，出使經費，亦關重要，惟依法定手續，須先經由國務會議通過，方生效力，歷次陳明，未蒙諒許。乃於六月二日又接府秘書廳函交由府派哈漢章往京師軍警督察處復呈一件，奉手諭交院照辦各等因。是日又經議決調薛篤弼為崇文門稅務監督，擬具命令，副署送府，時經三日，復未蒙蓋印發下。伏查民國《約法》採取責任內閣制度，故於第四十五條明定，凡大總統發佈命令，須經國務員副署。又查政府組織令，國務由國務會議行之。又查《國務會議規則》第一條所列國務會議事項，第三項預算外之支出，第七項簡任官之進退各等語。是借撥關款，及簡任稅務監督各案之必須經由國務會議議決辦理，具有明文。今大總統事先出以獨斷，事後不納——，凡勞鼎座之分憂，實出閣員之失職。紹曾等既不蒙信任，惟有仰懇鈞座立予罷斥，以明責任而重法制，不勝屏營待命之至。」
張紹曾內閣辭職通電發出後，吳敏麟和程克並勸張離開北京，以免遭遇困擾，其實擁曹派怕張又變卦戀棧，張允考慮，吳早已備妥了專車，請張立即出京，張紹曾遂於辭職當晚，偕國務院秘書長張廷諤專車赴天津。
12年6月7日，黎元洪就內閣總辭呈中指摘之點，通電辯解：
「元洪不德，負我元僚，致有總辭職之舉。制憲經費，列為主因。當時國會議決，議長請求，適財長闕員，元洪曾遍約閣員，下及財次，公同籌議，始轉商稅司，緩築海關，批明用途，乃獲約定。不虞今日，復有後言。元洪贊助制憲，心在救國，縱責過失，猶勝阻撓，此可請邦人共鑒者也！使館斷炊，下旗歸國，此何等事，而忍漠然！爾時座中討論，變無異詞；軍警督察，直接元首，項城設官，躬預其議。衛戍既立，何妨裁省，閣員反對，業予新除。崇文稅差，閣員力主易人，比經許諾，第以陶立並無大過，可授別官，執意不從，亦允蓋印，乃電促再三，迄不送府，今猶在院，可復按也。凡斯薄物細故，既非要政，決無成心，寧承——，不垂嘉納！元洪與內長同寅推轂屢矣，張揆諸人，半托舊契，縞-之交，硯席之好，歡若平生。特府院之間，情同骨肉，維持調護，終始不移，垂拱觀成，未嘗掣肘。縱復責為失檢，亦僅此數端，偶攄意見，初非拘束，旋復聽從，曾謂久要，而難原諒。一統未成，百廢未舉，閣員肯明責任，固所禱祝以求者。節關密邇，樞府偕行，中流失舵，不知所屆。元洪縱不足惜，如國家何？閣員明達，寧忍恝然，已派劉次長治洲、金次長永炎赴津謝過，分勸就職，期於得請，知念特聞！」
黎同時發表通電，宣示借撥經費實情，有云：
「國會再斷，《約法》蕩然，混沌糾紛，久淪為無法之國。元洪痛父老身家，靡所保障，隱忍復職，冀見憲法之成。竊慮議之非難，行之維艱。督軍不廢，雖成猶阻，干喉焦唇，庶幾悔禍，誠信未格，事與願違，恐一旦去職，成立尚不可睹，瞻言前路，心膽俱碎，苟可促進，惟力是視。元洪憂患餘生，急於求去，憲法期成不過兩月，制憲以外，絕無所求，耿耿此心，可質天日。憲法果成，國之福也，眾之功也，元洪何與！如其不成，寧復有國，涕泣盼望，實式圖之。」
劉治洲和金永炎到天津後，見到了張紹曾，轉達黎元洪誠懇挽留的意思，張紹曾滿腹心事說：「這次政潮，醞釀很久，其中原因複雜，大家都很明白，我個人能力有限，業難消弭。現在我既已辭職，當然沒有復回之理，總統雖挽留我，我無法克服兩個『高』字，奈何奈何！」張紹曾所說的兩個高字，一個是高凌-，一個就是「總統問題」。
張紹曾內閣總辭職的當天，北京軍警代表在旃檀寺陸軍檢閱使署舉行會議，與會代表很憤激，大家都說：「總統有錢養活議員、政客，而我們拚命、流血、衛國、衛民的軍人反而幾個月不發薪水，害得我們窮得連飯都沒得吃，我們非和他算帳不可。」
12年6月7日，北京駐軍第九、第十一、第十三等師和步軍統領、毅軍、警察廳等單位代表，共500餘人，身穿制服，腰佩軍刀，到公府要求總統發給欠薪。黎元洪勉強在居仁堂接見他們，一肚子的冤氣，狠狠地掃了他們一眼，厲聲說：「你們見我做什麼？是不是要逼我退位？要我走我就走。」請願的軍官們回答說：「不敢，只是因為現在沒有內閣，我們找不到財政總長和國務總理，只好請求總統作主。」黎見軍警官佐們態度尚稱恭順，乃答應於十天後（端節前二天）籌發軍餉，軍警官佐們乃退出。
8日，擁曹派僱用流氓，自稱公民團，在天安門前高搭講台，集合數百人，宣稱有1萬人，舉行國民大會，由一個姓葉的上台發表演說，他說：「內閣總辭職，中央陷於無政府狀態，主要原因是由於黎總統而起。黎總統復位，本無法律根據，現在還弄出政潮，破壞法紀，吾人為救國計，不得不請黎氏速行覺悟，即日退位，以讓賢路。我們大家愛國不後人，應請同抒卓見，拯治危亡。」葉某說完，復有登台演講者多人。接著葉某就把在天津印好的電報稿宣讀一通，然後草草收場。這個「國民大會」是津、保派的智囊邊守靖於7日由天津到北京組織起來的。這就是當年袁世凱、段祺瑞組織「公民團」偽造民意的再版。
北京城內外，充滿了大風暴降臨的氣氛，政學系的李根源攜行李細軟搬到了府學胡同黎寓來，和總統府秘書長饒漢祥誓與黎總統同生共死。
9日上午6時，北京警察宣佈罷崗。陸軍檢閱使馮玉祥、京畿衛戍總司令王懷慶聯名分函國會和外交團，宣稱他們願盡力保護國會和外國僑民，負責維持京師治安。這一天，不少便衣警察和保安隊在輪流巡邏市區。外交團召集臨時會議，討論應付當前北京緊急局勢，有人主張組織一個國際委員會，協助北京政府「整理」財政，可是沒有取得一致的同意。最後只通過了一項決議，就是推派外交團的領袖、葡萄牙駐華公使符禮德到東廠胡同去慰問這位孤家寡人的黎元洪。
9日，葡駐華公使符禮德代表北京外交團前往探問黎元洪，黎以一國元首身份在外國使節面前，除了說些感謝之話而外，簡直不好說什麼。符禮德把馮玉祥、王懷慶的聯名信拿給黎看，其中有句「此系政治作用」的話。符禮德對黎表示，在外國發生了這種情況，通常就叫做政變。所以外交團願意盡力維護黎總統的安全。
事態當然是很嚴重，9日這一天新華門和東廠胡同原來駐守的衛戍部隊均告撤走，黎見此情況，也只好枯守東廠胡同，不好去總統府。中午黎宅對外電話也有好幾處不通，顯然受到監視。天安門前所謂的「國民大會」繼續舉行。
外交團用正式的公函通知北京外交部，對於軍警罷崗表示關切，因此為了外僑安全起見，擬派洋兵巡街，這一來才讓擁曹派慌了手腳，當晚7時，警察遂自動復崗。
這一天，馮玉祥、王懷慶向黎表示，可以推舉顏惠慶組織內閣，並將政權交與這個內閣。黎表示組閣人選可以考慮顏惠慶，可是政權問題應由國會解決。王家襄、王正廷勸黎再向國會提出解釋總統任期案，以便安全下台，饒漢祥拒絕起草這個咨文。晚間黎宅又有會議，根據馮、王意見請顏組閣，顏也參加了這個會議，表示願跳火坑，可是當他在散會後退下來找高凌-、吳毓麟沒有找得到，便又推辭不組閣。同一天，吳佩孚的代表李倬章來到天津，代表吳表示態度，他說是吳子玉要他鄭重地聲明，一切活動要在軌道以內行之，不要一時衝動，讓「老帥」（指曹錕）贏得千秋的罵名。吳自己決不參加這次政潮云云。
10日午飯後，又有中級軍官300餘人到東廠胡同黎宅索餉，由侍從武官長蔭昌代為接見，蔭昌說：「總統不是不關心各位的欠餉，現在正忙於組織內閣，在內閣沒有產生前，軍警餉項自然都無從發放。軍警代表則堅持以節關日近，非即日發放不可。糾纏到下午3時才散走。接著「公民團」在天安門前聚集千餘人，還有所謂「市民請願團」、「國民大會」代表等，手持「改造時局」、「府院勾結種種失政」、「財政無辦法」、「市民餓、總統肥」、「總統不管市民」、「總統退位」等紙旗向黎邸進發，沿途散發傳單，均是攻擊黎的詞句。到了黎宅，請見總統，黎自然不肯接見，請願「市民」便在黎宅門外搖旗吶喊，鼓噪喧嘩，黎叫人去找步軍統領聶憲藩、京師警察總監薛之珩派軍警來維持秩序，都置之不理，包圍者到了午夜才散去。這晚黎宅電話被軍警派人監視，不許接傳，自來水亦被堵塞。
黎元洪坐困東廠胡同，形同囚禁，外有「惡民」包圍，軍警索餉，內則眾叛親離，水電斷絕。黎在極端險惡情勢下，迫不得已，乃急電曹錕、吳佩孚求援，電詞哀懇，同時並將該電轉致各省，電云：
「連日留張不獲，請人組閣，皆畏不敢就。罷崗開會，全城鼎沸，謠言紛起，皆謂有政治作用。本日復有軍警中下級官數百人，無故闖入住宅，借名索餉，此豈元首責任所在？又有公民請願團、國民大會，約近千人，續來圍宅。元洪依法而來，今日可依法即去，六十老人，生死不計，尚何留戀！軍警等如此行為，是否必陷元洪於違法之地？兩公畿輔長官，當難坐視，盼即明示！」
11日，黎元洪在私邸召集留在北京的名流舉行會議，出席的有顏惠慶、顧維鈞、孫寶琦、王正廷、吳景濂、王家襄、湯漪等。大家心情都很沉重，空氣也很窒息。黎在席間表示，不能再蹈民國6年的覆轍，自己一走了事。自己下台沒有問題，可是決不做徐世昌第二。他說：「我是依法而來，今天要走也要依法而去，不能糊里糊塗的被人趕走。」
北京的空氣緊張而蕭條，6月10日11日這兩天，滿城風雨，草木皆兵，達官貴人紛紛搬到天津，簡直好像北京又是大難臨頭的樣子。12日又有軍警代表、「公民團」代表更番到黎宅示威挑戰，黎的親信、總統府秘書長饒漢祥也認為非走不可了，只是政學系的兩位閣員還主張戰鬥到底。中午王懷慶和馮玉祥送來聯名辭呈，黎還下令加以慰留，並派張懷芝退還呈文，他們都拒而不受。接著第十一、十二兩師中下級軍官宣佈全體辭職。
黎元洪困處東廠胡同，他求援無路，於是再發一通電報給曹錕和吳佩孚，電云：
「疊電計達，本日又有軍警官佐多人麇集門外，復雇流氓走卒數百人，手執驅黎退位等紙旗，圍守住宅，王、馮兩使聯名辭職，慰留不獲，元洪何難一去以謝國人，第念職權為法律所容，不容輕棄，兩公畿輔長官，保定尤近在咫尺，坐視不語，恐百啄無以自解，應如何處置，仍盼示。」
12日下午3時，黎宅舉行最後一次高階層會議，決定在大勢無可挽救的情勢下，發表七道命令：
（一）准許張紹曾辭職；
（二）派李根源兼署國務總理；
（三）除李根源外，全體閣員准其辭職；
（四）任命金永炎為陸軍總長；
（五）裁撤全國巡閱使、巡閱副使、督軍、督理。全國軍隊均交陸軍部直接管轄；
（六）聲討製造政變者；
（七）宣佈自民國十四年元旦起，裁撤全國釐金。
這七道命令可以說是自說自話。對於挽救實際的政潮，絲毫沒有裨益。
對黎元洪來說，政學系的李根源在這次患難局勢中，始終追隨，情誼甚篤。李根源是雲南騰沖人，日本士官畢業，和唐繼堯、趙恆惕等同期，他長了一臉大麻子，大家都呼之為李大麻子。他在政治上不是個成功人物，可是卻是一位著名的風雲人物。
6月13日上午，張懷芝來見黎元洪報告，據說馮玉祥向他說：「總統不應該指軍警索餉為別有用心。本軍欠餉達十一個月，而總統還要把持崇文門的稅收，不放本軍全體官兵一條生路，我們當然幹不下去，只好辭職了。總統挽留我們而不解決欠餉問題，我們留下來如何對官兵交待？請向總統要求，於十二小時內發給三百萬元欠餉，否則本軍自由行動，本人不能負責。」
張懷芝對局勢也很悲觀，他認為馮玉祥、王懷慶等的態度已很明顯，絲毫沒有磋商的餘地。
張走後，黎元洪叫秘書劉遠駒來，把先一天的七道命令交印鑄局發表，由於沒有空白命令紙，除李根源副署外，黎在命令上簽了個名。同時咨請國會撤銷辭職，文云：
「本大總統去年復職之始，曾補行公文，向貴院聲明辭職在案。現在國難方殷，萬難卸責，特向貴院聲明，將去年辭職公文撤銷，即希查照。」
另有函致國會和外交團，函云：
「本大總統認為在京不能行使職權，定本日移津，特聞。」
黎還有通電宣佈離京去津經過，聲明本人自去年復職以來，唯一目的在於完成憲法，決無延長任期和競選總統的用心，而此次個人自由受到侵犯，不能行使職權，有云：「曹巡閱使迫在咫尺，迭電不應，人言嘖嘖，豈為無因……萬不得已，只得將政府移往天津，所望邦人君子，鑒諒苦衷，主持正義，俾毀法奪位之徒，絕跡吾國。……」
各項手續辦理完竣，已經是下午1點20分了。黎又害怕在軍警監視下不能逃出北京，便由金永炎托詞到天津去迎接張紹曾回京復職，出面向路局要了一輛專車；自己則托詞出席眾議院提出辭職，即在美籍顧問福開森、辛博森的掩護下，偕同新任陸軍總長金永炎，侍衛武官唐仲寅，秘書韓玉辰、熊少祿等十餘人及衛隊40餘名馳赴車站，匆匆開車徑趨天津。黎動身前，將大總統印信大小15顆交給他的如夫人，至東交民巷法國醫院居住。
黎出京後，國務院秘書長張廷鍔（直卿）馬上到國務院來，找總統印信沒有找到，便打長途電話，請王承斌就近促請黎把印信交出，以免北京陷於無政府狀態；並請在天津的張紹曾馬上上火車回北京復職國務總理，以便攝行總統職權。張紹曾於當日下午上了火車，可是甫上車就接到曹錕電報，阻止他回京，他又十分沮喪地下了火車。
黎離京的當天，6月13日下午4時，馮玉祥、王懷慶、聶憲藩、薛之珩等在京畿衛戍總司令部召開緊急會議，議決根據黎的挽留命令宣佈復職，負責維持北京治安。
在保定裝聾作啞的曹錕，也致電北京軍警長官，令其保護國會及各國僑民，儼然已是北京城的主宰者。
在天津的直隸省長王承斌，接到北京來的長途電話，要他搜查黎元洪攜走的總統印信，他乃偕同警務處長楊以德，率領大批軍警乘車趕到楊村來阻劫黎的專車。這時黎的專車已先到，剛好碰上王承斌登車，楊以德則率軍警監守車門。王承斌氣勢洶洶地走到黎的坐位前，傲然向黎說：「總統既已出京，印信還有何用處？為什麼要攜來天津。」黎答說印信仍在北京，並未隨身攜帶。王即目露凶光說：「分明帶了出京，為何不說老實話。」黎也忿然說：「你有何資格問我印信，我決不會把印信交給你們，看你們怎樣？」王冷笑說：「總統既然不交出印信，只好請你回京了。」黎氣得說不出話來，大家就僵在一塊。
下午4時半，黎的專車抵達天津新火車站，黎的天津寓邸靠迫老火車站，所以他命令把專車開去老站；王承斌卻命令他所帶來的軍警通知火車站把車頭卸下來，讓火車開不動，同時請黎下車到曹家花園或省長公署去休息。黎氣昏了，老毛病又發作，像個泥菩薩一樣，不理不睬。王承斌這時竟先下車回省長公署，車站內外有1000多名全付武裝的軍警圍困，如臨大敵，如捕江洋大盜。黎的公子黎紹基趕來新站探視乃父，竟被軍警阻止。這些軍人把總統當成俘虜，當成犯人，真是可惡之至。
黎困在專車上，氣極了，同外界聯絡完全斷絕，乃派美國顧問辛博森下車，密攜電稿往電報局拍發，電云：「上海報館轉全國報館鑒：元洪今日乘車來津，車抵楊村，即有直隸王省長上車監視。抵新站，王省長令摘去車頭，種種威嚇，已失自由，特此奉聞。」
辛博森把電報發出後，並到英美兩國領事署報告黎被劫持情形。英美兩領事均派其副領事到車站來問候起居，亦被軍警擋阻。這一來可激怒了洋人，他們憤然說：「中國軍閥如此無理橫行，可以劫持總統，真是世界所無的怪事。」
黎元洪在車廂中來回踱步，舉槍欲自殺，被福開森把槍奪下，槍彈已射出，沒有打中要害，僅負微傷。
13日晚10時，王承斌再返天津新站來見黎元洪，索取總統印信。他對黎說，既然總統已經幹不下去，又何必把持印信？這倒真是黎的老毛病，黎對總統的印信特別重視，民國6年他被張勳威脅退位時，就暗中把大印交給他的親信丁槐秘密帶去上海，躲在租界，結果馮國璋派人索取不到，發生了綁票奪印的趣事，這次黎又如法炮製，他把總統大小印信15顆，交給姨太太危氏帶往東交民巷法國醫院，由機要秘書瞿瀛陪同照料，黎認為只要印信不交出，總統地位就可以存在。
王承斌一年前在天津請黎復職總統時，淚隨聲下，極為感人，這次劫車索印，也非常激烈，和一年前恰巧是極端的對照，他表示黎如果不交出印信，就只有永遠住在天津新站的專車上。黎在這樣威脅下，只好軟化，告訴王承斌說印信留在北京，不在自己手中，王就要黎打電話到北京去交印，黎只好派唐仲寅到車站，打長途電話到北京東交民巷法國醫院找瞿瀛，要他們把印信交給國會。對方答覆沒有總統口諭，就不交印。唐回到車廂，黎叫唐再去打電話，說這是本人的意思。唐二次打電話，仍無結果。最後黎不得已，只好親自下車到車站去打電話。他在軍警重重保護下，和他的姨太太通了電話，他們用湖北鄉音接談，北京方面知道非交印不可，才答應照交。吳毓麟這時在省長公署聽消息，聽到北京方面答應交印，自己乃趕回北京收印。當晚因北京未收到印，所以王承斌等仍不許黎元洪回天津私邸，黎仍被軟禁在天津新站的站長室住了一晚，王承斌則回省長公署，軍警依然在新站附近戒備森嚴。王承斌並且在他的省長公署發出通電云：
「本日午後一點半鍾接京電，黎總統以金永炎名義專車秘密出京，並未向國會辭職，印璽亦未交出，不知是何意思。承斌當即乘車迎至楊村謁見，請示印璽所在。總統語意含糊，繼雲在北京法國醫院，由其如夫人保管。乃屢次電京，迄未允交。嗣悉總統瀕行有致兩院公函云：本大總統認為在京不能行使職權，已於今日移津等因。黎邸在英租界，非組織政府之地，懇請移住省公署，從容商辦，徐圖解決，不蒙允許，現暫駐新車站，保護之責，承斌義無旁貸。此今日經過實在情形，特此電聞，余容續布。王承斌。元。」
王承斌返省長公署後，黎就命辛博森到電報局補發一電云：
「前電計達，王省長率兵千餘人，包圍火車，勒迫交印，查明印在北京法國醫院，逼交薛總監，尚不放行，元洪自准張揆辭職，所有命令皆被印鑄局扣留未發。如有北京正式發佈之命令，顯系矯造，元洪不負責任。」
12年6月14日清晨，王承斌接到北京電話，張廷諤、薛之珩已經在東交民巷法國醫院的黎元洪如夫人處取得印信，於是他便趕到新站來見黎，手持三通電稿，一致國會，一致國務院，一致全國，內容相同，略云：「本人因故離京，已向國會辭職，依法由國務院攝行總統職權。」逼黎簽名，否則羈禁車內，永不放行。
黎元洪大印已交，無話可說，只好全數照簽。王承斌直待黎元洪諸事辦妥，才讓黎恢復自由，驅車返寓。黎返邸後立刻發表一道通電，電云：
「本日致參眾兩院公函，報告在津受迫情形，其文曰：逕啟者，昨日元洪以連日軍警借口索薪，無業流氓逼請退位，顯系別有作用。情勢險惡，迫不得已，暫行移赴天津，一面另行任命閣員，以維現狀。而是日下午三時，行抵楊村，即有王省長承斌等坐車監視。抵天津新站，王承斌即傳令摘去車頭，百般要挾，數千軍警密佈，堅不放行。始則要求交印，迨交出後，復要求發電辭職，交院攝行，否則羈禁車內，永不放行。旋出所擬電稿，迫令簽名。直至本日早四時，方得自由回宅，此在天津新站被迫情形也。竊維被強迫之意思表示，應為無效，此為通行法例。王承斌以行政長官監禁元首，強索印璽，古今中外皆所罕聞。應如何維持法統，主張正義，敬希貴會諸君，迅議辦法，是為至盼等因，特電布達，希查照。」
王承斌則發出相反的通電，電云：
「查此次大總統突然來津，人心惶恐，婉勸回京，未蒙俞允，所有總統職務，當然由國務院攝行。苟無印璽，則文告無以施行，即政務陷於停滯。節關在邇，軍警索餉甚亟，遽陷全國於無政府地位，前途異常危險，所有黎總統到津，對於印璽辦理情形，已於元電詳陳，計已達覽，茲因黎總統派秘書隨員到京，於本日寅刻在京法國醫院將印璽取出，交由薛總監督行點收。京津地方安謐，秩序如常，請紓廑注。」
6月13日，黎出京後，留京的擁曹派閣員高凌-等假惺惺發表一則通電，電云：
「昨夜上黎大總統一電，文曰：天津探投黎大總統鈞鑒，本日鈞座赴津，事前未蒙通諭，攀轅弗及。北京為政府所在地，不可一日無元首，合懇鈞座即夕旋都，用慰喁望。凌-等各位閣員，謹暫維本日行政狀況，只候還旌。伏希迅示等因，合電達。」
黎元洪在天津寓邸收到這通北京來電，真是氣沖斗牛，恨恨連聲，即日復了一電云：
「北京高津-、張月笙、李承梅、吳秋舫諸先生鑒：元電悉，盛意極感，執事等呈請辭職，挽留不得，已於元日上午有依法副署蓋印命令發佈，准免本兼各職，並特任農商總長李根源兼署國務總理，請稍息賢勞，容圖良覿，特此復謝，並轉沈次長為荷。」
黎元洪復電到京後，北京方面擁曹派立即採取行動。14日下午1時，高凌-（內長）在國務院召集特別會議，列席者包括張英華（財長）、李鼎新（海長）、程克（司法）、沈瑞麟（外次）、孫多鈺（交次）和陸軍檢閱使馮玉祥、京畿衛戍總司令王懷慶、步兵統領聶憲藩、警察總監薛之珩等。高凌-發言，略謂黎大總統既然通電辭職，依大總統選舉法之規定，應由國務院攝行職權。張總理又在天津，節關日迫，在座同仁應以國家為念，共同維持現狀，勉任艱鉅，同時要請財政部速行籌款，盡於端陽節前撥付各機關經費。與會人士紛紛發言，討論結果，作出幾項決議：
（一）總統辭職問題，議決由國務院通電，聲明依法代行大總統職權，並用電話商請吳交長，即日前往保定接洽國務院攝政辦法。（二）節關財政問題，議決由財政部負責籌款，所有軍警餉項及各機關經費，均趕於節前二日發放；至京師治安，仍由各軍警當局負責維持。乃由高凌-領銜發出通電云：本日奉大總統寒電，本大總統因故離京，已向國會辭職，所有大總統職務，依法由國務院攝行，應即遵照，等因奉此。本院謹依大總統選舉法第五條第二項，自本日起，攝行大總統職務，特此通告。
16日王克敏召集銀行墊款100萬元，決定在端午節（18日）那天發放一批欠餉。
6月20日，黎元洪從天津致函兩院及外交團並通電全國，內云：
「有人假借國務院名義，擅發銑日通電，內稱各節，語多謬妄。查元洪為暴力所迫，認為在北京不能自由行使職權，乃於元日離京，參眾兩院及公使團均經函達有案。國境以內，隨地也可以行使職權，即越境出遊，各國亦有先例。此次出京，何得謂為離職？《大總統選舉法》第五條第二項之規定，系指大總統因故不能執行職權，副總統同時缺位時而言，所謂因故之故，當然以本身自然之故障為限。若謂脅迫元首，為法律所定因故之故，國會加以承認，是不啻獎勵叛亂，開將來攘奪之惡例。至元洪由京移津，並非離職，更不得妄為援引。且前總理張紹曾、前總長顧維鈞、高凌-、張英華、李鼎新、程克、彭允彝、吳毓麟等早經辭職，經於文日由國務員李根源依法副署命令，准免本兼各職，元晨蓋印，交印鑄局發佈在案。高凌-等既經免職，國務員資格業已喪失，尤不容任其假借。六月十三日上午，元洪尚在北京，所發命令，手續並無缺誤，國會依何法律可以追加否認？即元洪出京以後，仍為在職之大總統，所發命令，只須有國務員依法副署，自應一概有效。若夫個人文電，其無關政令者，更非國會所得干預，至六月十六日兩院不根據法律私開會合會，其人數及表決，率意為之，尤為不合。元洪遲暮之年，飽經凶釁，新站之危，已拼一死以謝國人，左輪朱殷，創痕尚在，夫以空拳枵腹，孤寄白宮，謂為名則受謗多，謂為利則辭祿久，權輕於纖忽，禍重於邱山，三尺之童亦知其無所依戀，徒以依法而來，不能依法而去，使天下後世知大法之不可卒斬，正義之不可摧殘，庶怙兵干紀之徒有所畏而不敢出，雖糜軀碎骨亦所甘心。國會若以元洪為有罪，秉良心以判之，依《約法》以裁之，元洪豈敢不服。若舞文弄法，附合暴力以加諸無拳無勇之元首，是國會先自絕於天下後世也。元洪雖孱，決不承認。自今以往，元洪職權，未得國會確當之解免，無論以何途徑，選舉繼任，概為非法，特此聲明。」
20日黎下令補任唐紹儀為國務總理，唐未到任前，仍由李根源代理總理。黎在天津並不能自由拍發電報，所以這些電報都派人到上海拍發。黎打算通過唐紹儀以拉攏南方，尤其是孫中山。同時和奉系、皖系合作，把國會和政府都遷到上海來。這當然是一條可行之路，當時孫中山和奉、皖兩系正醞釀組織反直系的大同盟，黎現在被直系趕下了總統寶座，他當然尋求反直的各派來支持他。
李根源隨黎元洪到了天津，奉派代理國務總理，有一封信給唐紹儀，正可看出黎的打算，原函如下：
「少川先生鑒：前上一函，度承惠察。總統之意。俟國會政府移至南方，即將大政交院攝行。遇有重要事宜，仍願負責主持。至於大位問題，宜從根本上著想，不當使軍人干位之事，再行發現。最好為一勞永逸之計，將總統制改為委員制，依照瑞士成法云云。聞南方政見多歧，先生主持其間，定有良策。總統囑以此意錄呈，以備參考。伏維鑒納！總統不久即可至滬，正式組織政府。惟請我公全權主持，務乞大力先期籌備。專此敬請勳安！李根源敬啟，六月二十日。
再根源素懷關於立國根本大計數事。並附呈：（一）總統選舉，不專屬之國會，須要各省省議會各法團共之。（二）現役軍人不得當選總統，必退役二年以上，始得當選。（三）總統不得連任。（四）促進國憲，並分訂省憲。（五）厲行裁兵，全國常備兵額，不得超過三十萬人。（六）首都駐兵二萬人，由各省區分配輪流派遣。」
黎還有一個計劃，擬任命段琪瑞為討逆軍總司令兼第一路司令，張作霖為第二路司令，盧永祥為第三路司令，並以自己的同鄉親信陳宦為參謀長。可是息隱天津的段祺瑞對黎這個計劃嗤之以鼻，他冷笑說，討「逆」我不會自己討，要你姓黎的給我命令？真是笑話。黎聽說段不肯屈就，又想改任張作霖為討逆軍總司令，閻錫山和盧永祥為副司令。可是張、閻、盧都表示得很冷淡。他這次上台完全是直系捧出來的，現在被直系一腳踢下台來才想求助於人，大家對這個赤手空拳、無兵無將的空頭總統，根本不屑一顧。
黎曾向銀行抵借12萬元，在天津成立「國會議員招待所」。這筆錢很快就用光，少數受他招待到天津的議員又紛紛回到北京去了。
黎在天津仍儼然以總統自居，他經常有公函送給外交團的領袖公使、葡萄牙公使符禮德，說這樣說那樣，符禮德開始還把他的公函當作一回事，隨時照譯照轉，後來見黎的文件越來越多，而且大多是古色古香，佶屈聱牙的駢體文，而外交團的華文秘書也沒有熟讀《佩文韻府》，很難體會，因此符禮德便在外交團的聯席會議上聲明，黎的文件沒有照轉必要，以後都不轉發了。
張紹曾看見各方攻擊攝政內閣是個群龍無首的內閣，因此又想回到北京復職，但是王承斌卻給他潑了一盆冷水，通電反對他復職，他只好走向黎元洪同一命運。
黎元洪在天津四處碰壁，因此決心南下，他的左右，如姚震、李思浩、陳宦等均贊成黎去上海，息隱天津的段祺瑞也表贊同。不過到上海，不能不看浙江軍務督辦盧永祥和淞滬護軍使何豐林的態度，這兩人一直未表示迎黎南下，黎覺得要等盧、何態度明朗殊不容易，決心置之不顧，乃秘密搭乘日輪長府丸，偕李根源、陳宦、莊景珂和日本醫生二人南下，於9月11日（12年）抵滬，下榻法租界杜美路26號，當晚即在寓邸邀請唐紹儀、章炳麟、李根源、褚輔成、章士釗、陳宦、饒漢祥、鄭萬瞻、焦易堂等密商。會後發出一道通電云：
「元洪忝受國民付託，待罪公僕，德薄能鮮，致有六月十三日之禍。惟念紀綱不可不立，責任不可不盡，業於九月十一日到滬，勉從國人之後，力圖靖獻，謹此奉聞。」
又有致廣州孫中山電云：
「（上半段與前電同）……我公昔在清季，與元洪共開草昧，休戚與共，惟望共伸正義，解決時局，海天南望，佇候教言。」
9月12日黎在寓邸招待新聞記者，發表書面談話如下：
「余在國會未曾有正當解釋任期之前，總統地位，當然存在。余在京因不能自由行使職權而移津，然天津依然為暴力所包圍，乃不得不轉而至滬。上海為輿論中心，政治策源地，故余來深欲徵取各方意旨，並將中心所懷，報告於眾，使各方公判，而求妥善解決之道。連年兵禍，國民已創深痛鉅，余素主和平，尋求國是之解決，雅不欲訴諸武力。余對於總統之位，毫無戀棧之意，亦無作下屆總統之野心，惟進退授受，當遵法定手續。今法紀蕩然，長此混亂，國何以立？余故不憚跋涉而來滬，求各派人士之合作，以維法律而整綱紀。故余南來之宗旨，一言以蔽之曰：維持法律，整飭紀綱而已。至現在北京之攝閣，毫無法律根據，今合法內閣之總理為唐紹儀，仍有施行政事之權力，滬上之國會，為主張正義而來，彼開會時，余當出席報告，請其維持法紀而固國本。余之行動一遵民意，而以法律為根據，如有能整飭紀綱，維持法律者，余即當按法定手續以政權相授，決不遲疑戀棧也。」
中外各報對黎元洪的南下，反應並不熱烈，沒有當做一件大新聞，而黎的談話也沒有引起人的大興趣，黎元洪抵滬後的第一炮完全不響。
黎元洪被直系捧上總統位子，並沒有得到奉系、皖系以及國民黨和西南方面的同意，他們都是反對黎上台的，所以黎在第二次總統任內，西南根本不承認黎的地位，浙江也宣言自主，在未統一前，不服從中央。所以黎的南下，他們不曾熱烈歡迎，加上黎未到上海，就盛傳江蘇的齊燮元將與浙江的盧永祥發生軍事衝突。齊是直系健將，盧是皖系的唯一實力人物，他們要衝突是極可能的。江浙兩省對於戰爭的威脅極為敏感，所以兩省的士紳如張一-、張謇等發起《江浙和平公約》，分別請蘇浙軍民當局和浙滬護軍使簽字，以資信守。黎到上海時，這個和平公約剛好簽署，其中規定：「對於兩省境內保持和平，凡足以引起軍事行動之政治運動，雙方須避免之。」
江浙人士認為黎元洪在上海組織政府，將使和平局勢受到破壞，所以張謇就去見黎，力言江浙和平關係重大，希望不要輕舉妄動。意思是反對黎在上海活動。
9月13日黎在杜美路寓所召集全國性的會議，邀請廣東代表汪兆銘、浙江代表鄧漢祥、奉天代表楊毓-、雲南代表陳維庚、貴州代表李雁賓、四川代表費行簡、趙鐵橋、湖南代表鍾才宏參加，商量籌組一個全國性的政府。
黎元洪以主席身份首先致詞，他說：「這次南下完全是自動，因為曹錕用金錢和武力攫取總統，眼看就要成功，如果大家坐視其上台，必定惹起各省兵爭，破壞和平，流禍無已。故不若用拆台方法，令其不能做總統，即可保全和平；今拆台只得一半成功，故率然南下，希望和各方通力合作，貫徹拆台宗旨。盼各方支持，拆台既竣，建設之事，則非本人所能勝任，惟望天下仁人志士共起擔負。」
黎的話說完，大家沒有則聲。於是黎又繼續說：「目前拆曹錕大選之台，即須我方先能搭台，而搭台最要在組織政府，俾能號召一切。現在已商請唐少川擔任內閣責任，請各省贊成。」
各省代表由汪兆銘起立致答辭，汪說：「各省對公個人皆極仰佩，去年直系擁公上台，各省所以不一致贊成者，因法律上所見不同，且灼知直系毫無誠意，故今年六月十三日之事，早在意料之中，今公個人跋涉南來，深感公之為國宣勞。至於組織政府一事，事關重大，各代表事前毫未知情，也未有所準備，自當慎重考慮，電告本省，請示可否？然後奉復。」
汪的話講完，各省代表一致表示同意，於是黎這次組織政府的談話會以不了了之結束。
黎元洪在上海不得意，因為大家不僅沒有把他當做總統看待，反看他為禍水。只不過收到了雲南唐繼堯和東北張作霖的兩封書，還尊他為總統，算是差強人意。其實軍人實力派僅僅以秀才人情紙一張表示擁戴，對於形同喪家之犬的黎大總統又有何用？
唐繼堯給黎元洪函如下：
「大總統鈞鑒：自京師告變，大駕移津，薄海人民，同深義憤。所有報載經過情形，暨奉到宣示中外各電，不勝發指。只以僻在遐方，形勢阻隔，特通電各方，暫息紛爭，迎駕回京，主持大政。一面準備實力，糾合同志，聲討國賊，以奠邦基。正在積極籌備，適吳君齋厚至滇，頒到手諭，並轉示一切。自當擐甲誓師，恭行天討。同時接到滬函，擬設國務院，並開聯省會議執行任務。竊念強藩毀法亂紀，暗干大位，內為國民公敵，外失國際同情，此正天亡逆虜之時，誠宜別組機關，號召天下。惟年來國事紛擾，迭起旋生。議戰議和，迄難解決。皆無徹底之辦法，無堅確之主張，以致連歲蹉跎，迄無成效。繼堯懲前毖後，以為此次戡亂之方，宜注重實際，不尚虛聲，各方如能協定方略，同時並舉，則天下不難定也。所有愚見，正在派員赴滬詳備，謹肅蕪緘。托吳君先行繼上。伏乞睿鑒！並叩崇安。雲南省長唐繼堯謹呈。」
張作霖給黎元洪函如下：
「大總統鈞鑒：敬肅者，竊作霖自愧才力綿薄，早有歸田之願。乃以三省父老重相付託，不得不暫為維持，以盡桑梓義務，故年餘以來，純以地方自治為主，對於南北政潮，未便聞問。前者六月十三日之變，若輩威逼元首，劫奪印璽，一切非法行為，紀綱何在？人神同憤。又加楊議員振春、韓秘書玉宸奉命來奉，責以討賊，霖雖不敏，略知春秋大義，自應即時籌備，期盡天職。旋以當時所議，群力合作各辦法，接洽未熟，又因鈞座南臨無期，不免略有停頓。然霖救國之籌備，無日不在進行之中，決不能稍存觀望，坐視國家淪亡也。鮑前總長貴卿兩次來奉，霖鹹以鈞座復職，懲辦禍首，為第一條件，詎彼一味敷衍，毫無悔禍之念。將來義師奮興，不改初志。茲聞鈞駕南臨，凡我軍民，曷深欣幸。趙司令傑此次南行，對於粵贛大局，頗有計議，一切詳情，統由面陳。肅此。敬請崇安。張作霖謹呈。九月十四日。」
唐繼堯和張作霖雖是實力派，但他們不會竭誠擁護黎元洪，他們只是不願意直系真正成為中央力量，因為直系尤其是吳佩孚，最大的野心就是武力統一中國，也就是要消滅其他的力量，所以他們想拉攏黎元洪反直系，又不願真的擁戴黎元洪。
黎元洪不是一個有策劃和組織力量的人，若他在這時候能糾合所有反直系的力量，未始不能阻止曹錕的賄選，惜他無此能力，所以不能創造形勢。
另一件令黎元洪氣沮的，是在國會議員方面。就在9月13日（12年）黎招待各省代表碰壁的當天，南下的國會議員在湖北會館召開談話會。黎元洪以大總統身份對國會咨文，他將已準備好的兩道命令函達國會，請求同意：
一、准李根源辭署閣職；
二、任命唐紹儀為國務總理。
黎同時通知議員們，準備前往報告一切。在黎看來，南下議員集會不能沒有總統和內閣，否則議員集會失去了意義，這比和各省代表談話要有利得多，他相信議員們一定歡迎他。
怎知事情的發展使黎大出意外，在議員談話會中，國民黨籍議員張繼竟聲色俱厲地指責黎元洪，認為他誤國，依附軍閥，不顧國家民族大義，只求一己利害。因此他鄭重宣佈，國會中如果再有文電稱黎元洪為大總統，他本人堅決不予承認。現在中華民國已經沒有大總統了。國會中原來設有的大總統席位，亦應立即撤去云云。
張繼的擋駕，使得國會空氣為之一變，議員褚輔成、黃雲鵬、吳淵、谷思慎等，見情勢不佳，深怕黎元洪來了之後受到難堪，同時南下議員對黎元洪並無好感，於是趕快打了電話去通知黎，請他不要來出席國會。
就在這一天，黎又遭受到第三個打擊，那是淞滬護軍使何豐林所出的一個佈告，內云：
「為佈告事，照得近來時局不靖，謠諑繁興，滬上為華洋薈萃之區，中外觀瞻所繫，本使負有地方責任，早經迭次宣言，抱定保境安民宗旨，始終不渝，所冀閭閻安堵，匕鬯不驚，用慰中外商民之喁望。誠恐流言傳播，搖惑人心，市虎杯蛇，為患滋大，用特剴切佈告，俾眾周知，倘有破壞秩序，擾亂治安之行為，無論何人，概予拿辦。本使為維持地方安寧計，決不能稍示姑容，仰商民人等，各安生業，勿得輕聽謠言，自相驚擾，切切此布！」
黎元洪自離湖北北上後，將近十年，雖然宦場並不得意，可也能游刃於中國第一人第二人之間。這次是他北上後，首次南下，他抱了極大希望南下，怎知卻是乘興而來，大失所望。一遇江浙人士的婉拒，二受各省代表的太極拳，三遭議員的指名攻擊和不承認其總統地位，四被地方軍事首長指桑罵槐地搞了一下。這四重打擊，可真把黎元洪打得頭昏眼花。
黎元洪因人成事，時勢造英雄，可是在軍閥短兵相接，總統自為的局面下，其政治生涯遂逐漸走上日暮途窮之路了。