孫中山並不反對北京政府的和平統一計劃，不過他的主張比張紹曾的有內容，而且實際。孫於12年1月26日在上海莫利愛路私宅招待各報記者，發表和平統一宣言，主張裁兵救國，這個通電發出後，立刻得到黎元洪、張紹曾、段祺瑞、張作霖、盧永祥等的贊成。
孫本擬於1月27日由上海啟程赴廣州，因於26日晚獲悉江防事變，乃臨時中止啟程。
江防事變後，劉震寰率領所部移駐石龍，粵軍集中江門，程潛也在江門主持廣州外圍軍事。朱培德部滇軍開抵梧州，許崇智的東路討賊軍由福建回師廣東。廣州雖然還在滇、桂軍控制之下，可是楊希閔的態度已逐漸和沈鴻英分離。因此，從2月4日起，沈的態度也有了轉變，除發表宣言「援粵任務告終，應請孫、岑二老迅速回粵主持」外，又派鄭士瞻到上海迎接孫中山回粵，並請胡漢民回省主持政務。同時咨請滇軍接收市內防務，部隊開往北江，他所委派的行政人員也紛紛退職。這才使廣州情勢逐漸恢復正常。
2月6日，英、美、日三國領事聯袂赴農林試驗場把魏邦平接了出來，魏已在那兒住了十天。魏恢復自由後，於8日前往香港休息，胡漢民則於9日由香港回到廣州。
胡漢民抵廣州的第二天，向上海孫中山處電告軍情，略謂：
「據確報，陳逆在港會議：一、預計兵力，洪兆麟廿營在潮、汕，鍾景棠十二營在梅縣，陳炯光十四營在五華、興寧，林虎五千人在興寧，黃鳳綸三營在蕉嶺，翁式亮九營由揭陽開往梅縣，楊坤如一千五百人在老隆，除某部外，均歸林虎指揮。二、餉項由洪籌措，不足由林逆補之，聞潮、汕開賭，每日可得萬餘元。三、許軍迫，則健部退入江西。四、與沈決裂時反攻省城。五、陳逆現在陳席儒家。七日蔡成勳有代表二人到，商對付閩粵辦法。六、馬育航在南京來電雲得齊燮元助款云云，以上須注意，已電閩。」
沈鴻英派鄭士瞻到上海謁見孫中山，表示服從命令，孫中山復書諭以大義，略云：
「國家之事須正當辦法，乃能得正當解決。絕非挾私任術，好逞陰謀，與民治之道背馳者所能勝。中間或能僥倖，得一二勝利，結果亦終歸於敗，可以斷言，此古今中外之成事具在，可資考證者也。」
孫這時在上海強化國民黨黨本部，制定「中國國民黨中央幹部會議規則」，並組織黨本部軍事委員會，以柏文蔚、呂超、黃大偉、蔣作賓、蔣中正、顧忠琛、朱霽青、路孝忱、葉荃、吳介璋、朱一鳴、吳忠信、熊秉坤為軍事委員。
12年2月15日孫中山偕譚延-、楊庶堪、徐紹楨等由上海動身，17日抵香港即下榻楊西巖寓。
18日孫在香港發表蔣中正為大本營參謀長，並電催來粵，電云：
「介石兄鑒：頃閱兄與滄白、湘芹兄函，甚慰。展、季二兄現時均有重要職務，須暫留滬及赴浙、奉，此間須兄助至切，萬請速來勿延，並已發表兄參謀長，軍事樞機，不可一日無人也。」
20日孫中山在楊西巖宅對香港的工商領袖演講「裁兵築路」，略云：為實踐裁兵宣言起見，當從廣東裁兵始，或謂廣東若裁兵，他省來攻奈何？則應之以兵不貴多而貴精，苟廣東有10萬兵，將其裁去一半，余一半之精兵，當能衛省及保護地方有餘。至所裁之兵用以築路，則全省道路自通，地方自然發展，則兵之工價雖厚於兵餉亦無妨，而兵亦甘於築路而不願當兵也。
21日，孫由香港抵廣州，先至省長公署，接見各界歡迎代表後，即找鄧澤如來，詢問林樹巍、林直勉、陸志雲三人現在何處？鄧答林樹巍和陸志雲在高州，林直勉已往香港，孫即囑拍電，叫他們即日返穗。原來這三人是在陳炯明叛變時追隨孫蒙難的侍從人員。
為了接待孫中山，滇軍讓出農林試驗場為大元師府，孫自己改稱大元帥，不再回任總統。
孫中山這次回粵，不再提護法二字，同時把所有軍事力量改稱為討賊軍，這是一大轉變。由於直系軍閥為了消滅南方護法的借口，唱出了恢復法統，同時恢復舊國會，實際上參加這個舊國會的議員都是熱中名利投機鑽營的政客。所謂的國會已經成為軍閥的工具和搖旗吶喊的應聲蟲，因此以護法為目的的民主革命並不符合全國人民的願望。此刻的目標應該是針對阻礙民國進步的南北各省軍閥。孫中山回粵後不恢復總統名義而改稱大元帥，同時宣佈進入討賊時期，這所謂的「賊」，就是反對民主、自私自利的各省軍閥。因此討賊時期就是反對軍閥時期。而討賊的意義更廣泛，對像更實際，同時也正是千千萬萬中國人民的願望。
大元帥府設立後，任命胡漢民為大本營總參議，與孫洪伊、汪兆銘、徐謙駐上海，廖仲愷為財政部長，鄧澤如為建設部長，譚延-為內政部長，伍朝樞為外交部長，古應芬為法制局長，劉紀文為審計局長，朱培德為參軍長，楊庶堪為秘書長，林雲陔為金庫主任，徐紹楨為廣東省長。
12年2月23日大元帥命令：
「桂軍總司令沈鴻英著將所率全部移駐肇慶，所遺北江一帶防地，著滇軍總司令楊希閔迅即派隊接防，西路討賊軍總司令劉震寰所部，著駐石門、東莞、虎門各地；東路討賊軍第四師長石春榮所部移駐羅定等地，此外各部隊，就現在地點駐紮，自經此規定後，各部軍隊非奉本大元帥命令，不得擅自移動，致滋紛擾。」
李烈鈞於1月奉命自港回粵後，即轉赴潮汕等地收撫陳炯明部洪兆麟、尹驥、李雲復諸悍將，打通了閩粵交通。同時收編尹驥、李雲復、翁式亮、賴世璜、蘇世安五師以待命。
李在汕頭有電給孫中山云：
「此間情況日來甚有進步，以師長尹驥、賴世璜為主幹，極便運用聯絡。現計劃將全力離開潮梅，而凶寇方面進行詳情，確定續報。需用開動作戰費數十萬元，懇電港滬籌助。」
孫批示云：「籌款不易，港商亦必畏縮，然當盡力去做。滬上潮商或有望，著潮汕各官聯名發電來潮州會館，請各潮商協力。」
3月17日任命李烈鈞為閩贛邊防督辦，令與許崇智調防。李奉到命令即率部赴閩，以潮梅交許崇智接防。這時廈門閩軍總司令臧致平頗持兩端，李烈鈞曉以大義，片言折服，臧遂以禮相待，並時加接濟。
大本營成立後，孫中山首先致力於裁兵工作。先調查各軍實數，限於3月20日前，將該軍營數和駐紮地點，造具軍官姓名、履歷及兵士名冊，呈報大元帥府，由大元帥派員分赴各軍駐在地，逐一點驗，倘有虛額不准再招，而老弱無槍支者，則一律裁汰。
3月20日孫中山發表「裁兵之重要與處置方法。」
孫此番回粵，對內佈置情形已如前述，對外方面則力求西南各省步調一致，幾經磋商，乃與唐繼堯、劉成勳、熊成武、趙恆惕、譚延-、劉顯世等西南領袖聯名通電，宣告對西南時局之意見，內稱：
「我西南各省，決以推誠相見，共議圖存，棄前事之小嫌，開新元之結合。分災恤患，載之簡書，外間內讒，一切勿受。兵為防守，不為爭奪，雖折衝疆場，為義興師，而終不背和平主旨。其他各省有被直系蹂躪，頗同心敵愾者，文等為之敬執鞭弭，所不辭也。」
3月22日任命趙士北為大理院長。26日派謝持為全權代表，執行中國國民黨本部黨務事宜。28日沈鴻英電稱遵照大元帥命令，移防西江，設司令部於肇慶。29日任命楊希閔為中央直轄滇軍總司令，劉震寰為中央直轄西路討賊軍總司令。
4月3日把陸海軍大元帥府由農林試驗場遷至水泥廠。
蔣中正被任為大本營參謀長，時在上海，曾電許崇智，主張先破沈鴻英以防其引北軍入粵。果然沈鴻英以移防西江為名，將所部集中新街、韶關等處，召開秘密軍事會議，欲與北京勾結，遂其督粵迷夢。