廣州發生了陳炯明叛變後，福建也出了問題，福建發生了什麼事情呢？一半是和部分的北伐軍（許崇智等部）退到福建有關，另一半是徐樹錚的介入。現在先把福建和這兩方面的關係敘述一下：
許崇智和福建本有深厚淵源，早在民國2年，他就以第十四師師長在福建駐軍，二次革命時曾擔任福建討袁軍總司令，被革職拿辦。6年12月又隨著陳炯明（援閩粵軍總司令）駐紮漳州，直到9年8月，在這期間他和福建督軍李厚基相處甚為融洽。
至於李厚基呢？他是不折不和的皖系，2年11月他還是第四師（楊善德任師長）第七旅旅長，率部隨劉冠雄到福州。3年7月任福建護軍使，5年3月出任督理軍務（就是督軍）。6年5月督軍團在北京開會，兩次招待議員，都是由他代表致詞。直皖戰後，他和浙江的盧永祥算是皖系的兩支殘餘力量。
在南方他暗中和孫中山示好，與許崇智亦有關係。
李厚基下面有兩股力量，一股是第二師師長、汀漳鎮守使臧致平，另一股是二十四混成旅旅長王永泉。王是徐樹錚的西北參戰軍所培植的。早在7年9月，王永泉以「奉軍補充旅」名義，實際受小徐指揮由洛陽南下，經蚌埠、浦口，轉乘建新、福州兩輪開往福建。
臧致平和王永泉都不是李厚基的直接部屬，對李態度一向傲慢，李當然視他們為眼中之釘。
直奉戰後，奉系戰敗，而南方由於陳炯明叛變，孫中山亦離開了廣東，於是本來是皖系的李厚基乃竭力獻媚吳佩孚以求保全自己的位置。吳則因為福建瀕海，鞭長莫及，正好利用李作為分化皖系和對付廣東的爪牙。李得到了吳的支持，就先對臧致平下手。11年6月5日，他突然到漳州解除臧致平的第二師長兼職，改由自己兼任，令臧專任汀漳鎮守使，臧因此忿而離漳去滬。接著他請北京政府調開王永泉，因此皖系的人罵李忘恩負義。
李背叛皖系不過是自求生路，但他似乎太過火。他和徐樹錚是中表親，又是同鄉，早在10年春天，徐曾秘密到福州，勸李必須與盧永祥忠誠合作，又托李代致陳樹藩一個密電，李收了電稿並未替他照發，對小徐的態度也很冷淡。
11年8月18日徐樹錚在上海，曾有一函致吳佩孚，勸他擁戴孫、段二老共謀統一，吳當然聽不進去。小徐又派人持函到福州去見李厚基有所接洽，李竟拒而不見。有人看不過意對李說：「你們是至親，這樣做不太過分嗎？」李竟大聲說：「有什麼過分，他是一個慣於興風作浪的人，我惹不起他，還是少接觸以免是非。」
10月2日，徐樹錚攜帶80萬元的運動費，由浙江偷越仙霞嶺潛抵延平王永泉軍中，隨小徐同行的有曾任旅長的尹同愈、曾任團長的齊暗農和孫象震，以及曾任營長的汪某。因為事先已洽好，所以小徐抵延平的當天，就通電設立「建國軍政制置府」，自稱總領建國軍政府制置事宜，並宣誓「以至誠至敬，尊奉合肥段上將軍祺瑞、中山孫先生文為領導國家根本人，何日見此二老共踐尊位，發號司令，樹錚即當束身司敗，俾聽質訊。」這是一個不倫不類的組織，是根據徐樹錚所著《建國詮真》一書設立的。
3日小徐電勸李厚基辭職離閩，限於5日以前答覆。同日王永泉、許崇智兩部決定聯合進攻福州。許部擔任左路由建甌進攻古田，王部擔任右路由樟湖阪進攻水口。
福州大為震動。李厚基勒令商會籌餉50萬元，福州發生擠兌風潮，官吏眷屬紛紛避難，離開福州。6日許崇智部佔領古田，會合王永泉旅進攻水口，並派黃大偉，李福林兩部由古田經大湖向福州推進。孫本戎旅由大湖向白沙推進，包抄水口後路，並截斷水口、福州間的交通線。9日李派他的表弟警務處長史廷-率領留省部隊開赴水口增援。12日許、王兩部佔領水口，閩方唐國謨旅向福安、閩清方面退卻。李福林、黃大偉兩部遂乘虛由甘源裡進至洪山橋，前鋒由王懋功率領，輕騎進入福州，李厚基部來不及抵擋，李厚基首先跑到台灣銀行，隨後又逃上海軍軍艦。海軍在薩鎮冰指揮下，勒令李部繳械，並將李厚基軟禁在馬尾海容軍艦上，逼迫李交出他在福州搜刮到的財富。
13日閩方史廷-部從白沙敗退下來，曾向福州城發動反攻，李、黃兩部因人數不多，倉皇退走，幸好孫本戎部由白沙銜尾追擊史廷-，李、黃兩部回師應戰，史廷-腹背遇敵，所部3000餘人遂繳械投降。
李厚基垮台後，福州各團體遂提出「閩人治閩」的口號，推舉薩鎮冰為臨時省長，並通電拒絕「客軍人閩」，阻止南北兩軍在福建境內作戰。
薩鎮冰和海軍本是站在北京政府一方，可是這次驅李戰爭中卻幫助了南方的北伐軍，不過他卻不肯脫離北方，而直系也想利用海軍來驅逐北伐軍，授意北京政府於10月15日任命薩鎮冰為福建省長。於是這個福建省長既是福州各團體所推選，又是北京政府所任命。
薩鎮冰在給北京電報時，把扣留李厚基一事說成是「保護」，而吳佩孚則將計就計地請薩派遣軍艦把李厚基護送到廈門登陸。
福州的易幟，是孫、段、張三角同盟在直系全盛時期打下的一個缺口，北伐軍也算找到了一個立足點，因此張作霖派奉天兵工廠督辦韓麟春到上海，勸孫中山出兵江西、湖南，並約盧永祥進攻江蘇，而奉軍即大舉入關反攻。國民黨人也紛紛電請孫中山到福州組織政府。由於徐樹錚已經有了一個組織，孫不願插足其間。孫的主要目的是要討伐陳炯明，光復廣東，清除後患，才能出兵北伐。盧永祥則頗不以小徐的政府為然，所以也不肯盲目相從。
10月17日，徐樹錚、許崇智、王永泉進入福州，徐樹錚便以「制置府」總領的名義，任命王永泉為「福建總撫」，統轄軍民兩政；並任命王永泉、許崇智、臧致平、李福林、黃大偉為建國軍第一至第五軍軍長。在此以前，孫中山曾任命許崇智為東路討賊軍總司令，下設三軍，由黃、許、李三人分任軍長，所以他們都不肯接受小徐的命令，他們便從10月28日起，改稱「討賊軍」。
薩鎮冰已於10月15日就任臨時省長，照理說，所謂的福建總撫，應該是具有督軍兼省長的性質，但是王永泉、許崇智等並不否認薩的省長地位，他們都參加薩歡迎他們的宴會，因此這個時期的福建便成為孫、皖和北京政府三種勢力和平共處的地區。
10月24日，北京政府下令討伐徐樹錚，任命李厚基、薩鎮冰為討逆軍總司令和副總司令，高全忠為閩軍總指揮。這個命令是在吳佩孚的一再催促下才發表的。本來應該把北伐軍一併列入討伐之列，只因王寵惠內閣不願與國民黨為敵，所以把討伐的對象只集中在徐樹錚一人身上。
妙的是，北京所任命的討逆軍副總司令，這時卻正在福州和被討伐的人和平共處，而總司令卻是一個失去自由的俘虜。
更荒唐的是，北京參陸辦公處已於10月18日電派常德盛為援閩軍總司令，因此現在北京對福建就派出了兩個總司令，一個是援閩總司令，一個是討賊總司令，兩者各不相屬。李厚基雖然被俘，但他的直屬部隊王獻臣旅在上杭、張清汝旅在泉州、高全忠師在廈門，所以吳佩孚依然重視他。此外吳還調動各路人馬，包括駐武穴的魯軍張克瑤旅、駐崇陽，通城的鄂軍第二混成旅寇英傑、北洋第二混成旅胡念先兩部和杜錫-所屬海軍艦隊以及在江西的周蔭人、常德盛兩師。常師已於10月18日由南城開抵杉關。粵軍尹驥旅開抵平和後擬向龍巖推進，尹於10月16日曾到上杭與王獻臣會商作戰計劃，此時陳炯明希望取得指揮閩、粵、贛各軍的軍事全權，以便統一佈置，吳佩孚不願把北軍的指揮權交給陳，因此陳的態度便趨於消極，不肯單獨進攻。
徐樹錚奇襲福建，震動全國，可是不知他是怎樣想法，組織了一個不倫不類的怪政府，名既不正，言又不順，引起了各方的反感。尤其是所謂的「總撫」，更是奇形怪狀的名堂，頗似清朝的總督、巡撫，他所編擬的組織，是總撫之下設軍政、民政、財政三署，這個制度也是根據《建國詮真》的官制篇所規定的。
10月30日，建國軍、討賊軍舉行聯合會議，選舉福建籍的國民黨人、廣州國會議長林森為福建省長，同日，王永泉取消「總撫」名義，改稱福建總司令，並取消建國軍名義，改稱福建第一軍軍長。徐樹錚表示「建國軍政制置府」的職權，類似國務院，將隨軍事之進展而遷移他處，不會長期設在福建。這一表示仍然不能獲得諒解，徐又打算取消制置府，改稱建國軍總司令。
11月1日，徐樹錚通電主張迎接段祺瑞到上海和孫中山見面，並在上海召開聯省會議，解決組織政府和各省共同出兵討伐直系的問題。然而徐的電報卻沒有人響應。
就是這個時候，段祺瑞派王郅隆到福州來，勸小徐取消制置府，離開福州。而王永泉這時也不願意有一個不倫不類的太上皇，自己已是福建的主人，所以便企圖把小徐趕走。許崇智等認為這是皖系自己鬧意見，不願介入。徐樹錚在這種情勢下只好黯然離開福州，11月2日乘輪去上海，建國軍政制置府就是曇花一現，突然結束了。
11月3日，福州各界舉行大會，宣佈「閩人自決閩事」，阻止各方軍隊入閩。林森宣佈就任福建省長，薩鎮冰取消了臨時省長名義。
王永泉於11月6日向北京政府通電輸誠，不過暗中仍和國民黨敷衍。
李厚基的母親曾自上海送來一筆「贖款」，因此李遂被海軍釋放，10月30日李乘靖安艦到南京和齊燮元、杜錫-相見，共同討論反攻福州的計劃。11月5日李乘艦到了廈門，當他看到臧致平與高全忠同在碼頭上歡迎時，不禁大吃一驚。原來臧已由上海先到廈門，高就推臧為閩軍總司令。臧向李表示，此行是為安撫部屬，保全地方而來，並不反對北京政府。
這時，曹、吳都有電到廈門，召臧北上，因此李厚基勸臧應召前往，臧也表示同意。不料11月7日臧鼓動第二師官兵向李討軍餉，嚇得李、高兩人逃往鼓浪嶼會審公廨。8日臧有電給陳炯明云：
「李督軍五日蒞廈，致平往謁，重卸仔肩，俟有替人，即當北上。七日閩有少數潰兵邀同駐廈軍隊向李督索餉，李督即偕同高師長他往。是時致平適在鼓浪嶼候船，挽救無及，廈門紳商請致平維持地方治安，致平仍本在漳州宣佈之宗旨，與貴軍一致行動（意指維持閩粵兩不侵犯條約）。」
11日又致電北京政府，報告李、高離開廈門情形，並表示「服從中央」。
福建問題，北京政府也前後不一致，11月9日北京政府又加派前海軍總長劉冠雄為福建鎮撫使，叫他安撫駐閩海軍。
11日李厚基到汕頭向陳炯明乞援。
國民黨方面有人主張不要迫陳炯明完全倒向北方，同時阻止陳炯明幫助李厚基援閩，因此促成孫中山和陳炯明言歸於好，倡議的是汪兆銘等。但孫堅持要陳炯明寫悔過書才可以不究既往，因此，徐紹楨奉派到廣州勸陳炯明停止「援閩」軍事，可是陳炯明拒絕寫悔過書，調停遂告失敗。
福建變成了群雄逐鹿的混亂局面，曹、吳調豫軍常師於11月中旬先後佔領光澤、邵武、建寧、將樂等縣，粵軍尹旅佔領上杭、龍巖、永定等縣，11月29日李厚基到上杭與尹驥等舉行軍事會議，即派張清汝、王獻臣為第一二兩師師長，擬聯合粵軍大舉反攻漳州。臧致平意欲獨霸一方，本來拒絕「討賊軍」開入閩南，由於受到兩面壓力，乃又轉而與討賊軍及民軍合作，12月16日兩路會師泉州，張清汝逃往南安，所部五營繳械投降；王永泉部開往閩北，抵禦常師，12月中旬接連收復將樂、延寧、邵武，常師退往江西境內杉關、黎川一帶。直到這時，福建的局勢才穩定下來。
徐樹錚「開府延平」一幕是失敗的，他雖然出奇致勝，趕走了李厚基，可是王永泉並不聽他的話，對皖系力量也絲毫沒有補益。不過，福建的局勢，對孫中山方面來說是一個重要的發展，因為「北伐軍」從翁源退到閩邊，餉彈兩缺，同時又面臨粵（洪兆麟一師）、閩（王獻臣一旅）、贛（周蔭人一師）三面圍攻的危險。如果不能在福建打出一個出路，就是困頓的局面，到了福建後，兵力擴充了一倍，士氣也完全恢復。
皖系和奉系都主張孫、段、張的三角聯盟，借福建的基地同時圍攻直系，然而孫中山不同意，他說：「孔明欲圖中原，先定南中，吾黨欲出長江，非先滅陳逆不可，因為必需有廣東，才有能力圖長江，否則便腹背受敵了。」
孫中山早在10月18日就下命令把入閩的各軍改編為東路討賊軍，任命許崇智為東路討賊軍總司令，黃大偉為第一軍軍長，許崇智為第二軍軍長，李福林為第三軍軍長，蔣中正為總部參謀長，準備回師廣東。同時派鄒魯為駐港特派員，鄧澤如為駐港理財員，在粵、桂兩省發動討逆軍事，夾擊陳逆。
10月31日，鄒魯偕李文范抵港，邀鄧澤如、林直勉、林樹巍、胡毅生等，會議進行事宜。滇、桂軍將領楊希閔、劉震寰、蔣光亮等均派代表來港接洽。
11月8日孫中山函滇軍將領張開儒、楊希閔等，把握時機，速圖廣東。
當時，在福建的粵軍可算是孫中山的直系部隊。尤其是許崇智這一軍更是最忠於孫的軍隊。
在軍事人才方面，孫中山最器重的是蔣中正，所以當許崇智等在福建打開局面，孫任命許為東路討賊軍總司令後，又任命蔣中正為參謀長，敦促他早日赴閩，策劃規復廣東事宜。10月22日蔣中正至福州，即至第二軍部辦公，並代表孫慰勞討賊軍各將領。當時粵軍寄居福州，困難甚多，黃大偉又因改編事，與許崇智衝突，蔣中正乃函呈孫，有離福州之意，孫接函，急馳電阻止，電曰：
「介石兄鑒：接函甚愕。我以回粵討賊重任，托汝為與兄，無論如何困難，總須完成任務，方能釋肩，萬勿輕去，以致僨事。如有阻力，當隨時為兄解除。仲愷即來相助。孫文。皓。」
11月24日廖仲愷至福州，與蔣中正相晤，並面交孫中山慰留手諭：
「介石兄鑒：頃見兄致展堂、季新書，有『十日內如毫無進展，則無可如何』等語。吁！是何言也。吾不能親身來閩，而托兄以討賊之任，兄何能遽萌退志如此！夫天下事，共不如人意者，固十常八九，總在能堅忍耐煩，勞怨不避，乃能期於有成。若十日無進步，則不願幹，則直無事可成也。……縱我無進步，而敵則日日退步；如敵軍將士之日有覺悟也，敵人之團體日形瓦解也，百粵人心之恨彼日甚也，思我日深也，此即日日之無形進步也。由此以觀，我能堅持，便等進步矣。故望兄切勿稍萌退志，必期達滅陳之目的，而後乃能成一段落。非然者，則必百事無成也。……能即進而滅廣州之賊，固善。如其不能，則保守福州而堅持，亦為一進步也。蓋有一日福州，則我有一日之憑借，外交內應，皆可以此為背景。倘並此而無之，則我不過為一租界之亡命客耳，奚足輕重！故兄能代我在軍中多持一日，則我之信用可加多一日。故望兄為我而留，萬勿以無進步而去。兄忘卻在白鵝潭舟中之時乎！日惟睡食與望消息而已。當時何嘗有一毫之進步，然其影響於世界者何如也！今則有我在外活動，而兄等在福州，則為我之後盾也。有此後盾，則我之計劃措施，日日有進步，或者不必待兄等之恢復廣州，我計劃已達最後之成功，亦未可知也。故兄無論如何艱苦煩勞，必當留在軍中，與我在外之奮鬥相終始，庶幾有成。……總之，十數年來，今日為絕好之機會，吾人當要分途奮鬥，不可一時或息，庶不負先烈之犧牲，國人之期望也，千萬識之。」