民國11年6月15日，重作馮婦的黎元洪頒布了全國停戰命令，企圖首先在江西停止南北兩軍的戰爭。可是「援贛軍總司令」蔡成勳拒絕黎所派的歐陽武進行調解工作，並拒絕黎所任命的江西省長謝遠涵到任，使黎的威信受到打擊。為了適應各省自治潮流，實現軍民分治，黎分別任命了七個省長，其中五個省長受到軍閥的拒絕而不能到任。
黎所派的湖北省長湯薌銘，早在民國4年就做過湖南督軍，當時曹錕還只是第三師師長，駐防岳州，吳佩孚則在曹下面擔任副官長，曹曾派吳到長沙去和湯薌銘有所接洽，湯對吳極為賞識，向曹要求要留用吳，因此使曹對吳刮目相看，所以湯可以說是最早識拔吳的，也可以說湯對吳是有舊恩的，如今曹、吳得勢，湯因和黎同鄉的關係受到黎元洪的提拔才得到湖北省長一職，黎叫湯到保定和洛陽去見曹、吳，聯絡一下，不料湯到保定後，見到了曹，曹的態度非常冷淡，推說湖北不是他的管轄區，叫他先去問吳佩孚。湯到了洛陽，吳竟拒而不見。同時曹、吳都有電報給黎，推薦蕭耀南兼任湖北省長。黎看到這個電報不禁忿然說：「湖北是我的家鄉，別的地方我可以不管，我的家鄉，我一定要管！」便叫湯薌銘直接去湖北接事。
7月29日湯到漢口時，蕭耀南指使「拒湯派」橫臥在京漢路的軌道上，阻止湯所搭的火車通行，湯只好在劉家廟下車，改乘軍艦在漢口特區登陸，可是江岸上不少的「迎湯派」，竟被軍警橫施毆辱，受重傷者有四五十人。
蕭耀南派副官鄒海清到軍艦上見湯，勸湯不要登陸，以免引起騷亂。湯不聽勸阻，登陸後親自渡江到武昌去見蕭，蕭竟拒而不見，卻在軍署內召集一些不三不四的人舉行所謂湖北各公團聯席會議，當場推舉蕭自己兼任省長，而蕭也就馬上宣佈就職。
湯搞得很慘，把這些情況報告了黎，請求辭職，黎回答說：「這不是你幹不幹省長的問題，而是我幹不幹總統的問題。」
蕭耀南是吳佩孚所提拔的，因此黎元洪希望這位捧他復任總統的吳大帥能出面替他撐腰。可是吳卻不聲不響，裝著沒有這回事一樣。
黎元洪現在的日子並不比剛下台的徐世昌好過，總統一點權也沒有，隨時要看軍閥們的嘴臉，隨時要碰軍閥們的釘子，這總統實在不如一個有實際權力的縣長。
黎元洪上台前所高唱的廢督裁兵問題，在他上台後受到各方冷落。曹錕借口全國戰事還未停止，督可廢而兵不可裁，又一再電催任命蔡成勳為江西督軍，說明他的真意在兵不可裁，而督亦不可廢。吳佩孚雖然口稱擁護裁兵，可是卻在直、魯、豫三省大招新兵，補充第三師的缺額。7月4日吳在致蔡元培的電報中露骨地說：「裁兵廢督，須俟統一完成，通盤籌劃，此時貿言裁廢，適以增亂。」
七八月間，黎先後下令把許多在職督軍、師長加冠了「將軍」的頭銜，這是他想的新辦法，為督軍們下台後保留將軍尊號預留地步。其實這並不是一個新辦法，因為袁世凱早就採用了。袁就是用這個方法廢督，可是就沒有行得通。袁都行不通，黎又如何行得通。
北京依然還是一個老問題——財政問題。北京老早就面臨財政破產的絕境。黎任命英美派外交家顧維鈞為財政討論委員會委員長，目的在於取得西方國家的大借款。奉直戰後，英、美、法三國公使會議，決定在財政上援助北京政府進行統一。日本為了要消除它曾經援助奉系的嫌疑，所以也同意參加。可是日本和西方國家在對華問題上的矛盾沒有消除，所以日本內閣討論「參加」與否問題時，認為時機未至，主張推遲進行。
北京政府由於借債遲遲未成，軍餉不能按時發放，於是全國各地到處發生兵變。光是七八兩個月之間，保定、衛輝、熱河等地就傳來一片兵變之聲，北京也被波及，特別是江西發生了多次的兵變，引起外交團一再提出嚴重的抗議。
北京政府各部的公務員終日忙於索薪，全體教職員因斷炊而罷課，北京城內到處聽到哭窮訴苦之聲。7月15日陸軍部被裁人員700餘人組織索薪團，包圍國務院，黎正在列席國務會議，匆忙地避開，那位號稱「活包公」的財政總長董康，跑遲了一步，竟被請願索薪的人員揪住，紗馬褂被扯破了，近視眼鏡也被打落了，眼皮也被擦破了，還挨了三下耳光，嚇得他狂呼救命。事件過後，他感到「窮」官不易為，第二天就提出辭呈，堅決求去。
財政困難，巧婦難為無米炊，這是北京多年的老病，黎元洪當然救不了，北京政府的前途風雨飄搖。交通總長高恩洪擬以京奉、京漢、京綏、津浦四路作抵，進行3億元的統一大借款，四國銀行團有所顧慮，所以不敢做這筆買賣。
黎上台後，內閣本是由顏惠慶暫時代理，顏只答應看守到8月1日國會復會那一天為止。黎一直想在南方找一位人出來，以達成形式上的南北統一。他原本請伍廷芳，因為他前次下台時就是伍廷芳代理閣揆，現在他復職，而伍已是南方政府的巨頭，如果伍來北京擔任國務總理，一切都顯得非常圓滿。可是伍廷芳卻在陳炯明叛變時，氣忿而死，於是黎又想到南方的另一位「名流」唐紹儀，想請他北上組織內閣，以便促進統一。
7月下旬黎派金永炎到保定和洛陽，把擬請唐組閣事先徵求曹、吳兩位老闆的意見。曹、吳都很客氣，表示內閣總理應由元首選派，我等決不干涉。曹錕提出高凌-為交通總長，汪士元為財政總長，張紹曾為陸軍總長，其餘閣員概不過問。吳佩孚補充了一個人，就是請曹同意仍由高恩洪留任交通總長，而將高凌-調任為財政總長。
7月31日，黎派王寵惠暫行代理內閣總理。
8月5日黎正式發表唐紹儀的組閣令，唐未北上前仍由王寵惠暫代。閣員名單如下：
外交總長顧維鈞
內務總長田文烈
財政總長高凌-
交通總長高恩洪
陸軍總長張紹曾
海軍總長李鼎新
司法總長張耀曾
教育總長王寵惠
農商總長盧信
黎認為這個新閣算是各方兼顧了，因為曹、吳兩位大老闆的人都容納在重要位子上，盧信是唐紹儀的親信，張耀曾屬政學系。為了慎重起見，在提出盧信和張耀曾時，黎還和府中策士饒漢祥、韓玉辰等討論過，他們認為元首有組織內閣的特權，不必事事請教別人。黎又把閣員名單和國會議長吳景濂仔細研究過，取得吳的同意才拿出來。
組閣命令發表後，唐紹儀在廣東香山原籍不肯「出山」，高凌-因為財政沒有辦法，也不敢出任艱鉅，張紹曾則意存觀望，田文烈宣稱不願與人競爭而不肯就職，於是這個新閣仍是殘破不全。
黎為了避免別人說他干涉內閣行政，不再列席閣務會議。
8月8日，代理國務總理王寵惠舉行政治宴會，在宴會中內務次長兼代部務的孫丹林拿出吳佩孚的麻（6日）、陽（7日）兩通電報給大家傳觀。
吳的麻電說：
「曉峰（金永炎）來，商組閣事，對唐決不贊成，以維持現狀為宜。如顏不願續，以亮畸（王寵惠）代揆，高交（指高恩洪的交通總長）不動，張長陸軍，余請元首斟酌。李印泉（李根源）、張西（張耀曾）、谷九峰（谷鍾秀）諸君，（按上三人均為政學系），川、滇、粵與之向有惡感，現正力謀統一，未便入閣。」
吳的陽電說：
「適接公府歌電，唐閣已發表。查唐主上海八年和會，外間嘖有煩言，張西入閣，妨礙川、滇、粵統一；盧信為金星公司交易所詐財流氓（按盧為該公司總經理），均不可入閣。金曉峰來，言之至再，不意回京後卒然發表，顯系別有用意，何必惶惶來洛，貌為周旋，想議員諸公洞徹大局，決不輕予通過也。」
同一天，吳另有致「某要人」的電報說：「南有政學，北有安福。南北政黨，一丘之貉！」
這些電報像幾枚炸彈一樣，震動了北京政壇。很簡單，吳佩孚現在正是北京政府的後台老闆，他公然表示對於現狀不滿意，這個政府怎麼還能存在？
可是，吳、曹一再表示「不干政」，且公諸通電，發出宣言，言猶在耳，何至突變。所以公府中的策士，認為這是孫丹林捏造的假電報，認為孫由於沒有坐上內務總長的位子，所以借此以發洩私忿。
9日黎元洪把孫丹林召進公府，查詢吳佩孚電報的真相，令人失望的是這些電報竟是真的，是吳發的。、黎不禁轉羞為怒，拍著桌子說：「都是你搗的鬼，你簡直是徐樹錚第二。」孫丹林怒目相對，拂袖退席，氣沖沖地走出，宣稱要到洛陽去告狀，還是高恩洪勸他冷靜一點，他才沒有離開北京。
黎又找王寵惠來訴苦，王勸黎不如就把內務總長這個位子給孫丹林，省得孫暗中搗鬼，鼓動政潮。黎元洪老毛病又發了，他表示堅決不肯讓步，並且憤慨地說：「我不，看他們把我怎麼樣？他們把我推上台，原來是叫我來活受罪！」
其實這日子徐世昌早就受夠了。黎元洪也是過來人，他可能忘了。政治權位就是如此迷人，走了進去就身不由主。黎元洪第一次做總統受的是段祺瑞、徐樹錚和督軍團的氣；徐世昌則是受段祺瑞和張作霖、曹錕的三夾板罪；現在段系倒了，奉張也退出關外，可是黎元洪要伺候新後台老闆吳佩孚，也是很不容易。
吳討厭安福系是因為它是皖系的化身，是段祺瑞和徐樹錚的東西。可是吳為什麼又討厭政學系呢？政學系是在南方成長的，依附岑春煊和桂系。黎過去和岑春煊及桂系都有過同盟關係，而現在在黎身邊的謀臣策士如李根源、韓玉辰、金永炎等都是政學系中堅。舊國會中政學系且有相當大的勢力，他們如今捲土重來，背後有總統支持，又有國會的天地可活動，是一支可怕的政治力量。吳從內心中不歡喜政治上有這樣的勢力，因此對政學系就極為不滿。加上金永炎時常以黎的代表身份奔走，吳很生氣，斥責金「假傳聖旨」、「興風作浪」。曾間接向黎表示，勸他「遠小人」，摒斥「不良分子」。
黎想找唐紹儀組閣，更讓吳不滿，吳認為唐紹儀是北洋派的死對頭，如果捧他出來做國務總理，對北洋派是非常不利的，所以堅決反對。
這時候，吳佩孚已撕下了不干政的假面具，有人把他和當年的張勳相比，竟是一模一樣，因為在民國5年黎首次擔任總統時，張勳也是猛烈地反對黎邀請唐紹儀、張耀曾入閣的。
黎這時深深感到難以應付直系這些後台老闆，所以他的策士便獻計主張聯絡奉系和皖系，以及西南六省，以共同對付直系。由於直系買在已分裂為保定和洛陽兩派，所以如果能夠進一步聯保制洛，就足以孤立吳佩孚。
政學系這時更唱出一個高調，主張由總統站出來，和國會聯成一致以與軍閥作戰。這是一塊光明正大的牌子，總統大振乾綱，拿「反抗政府命令、拒絕湖北省長」等罪名罷免吳佩孚和蕭耀南，同時接受西南五省召開聯省會議的主張，聯合西南打破直系獨霸的局勢。
黎當然不敢這麼冒險，他這時的地位好像東漢末年的漢獻帝，曹、吳兩人就是挾天子以令諸侯的曹操，漢獻帝的衣帶詔只是白白犧牲了伏皇后，黎今天怎敢輕舉妄動，所以他最後決定派王芝祥先到保定，請曹錕勸吳不要反對唐內閣，不要處處和黎過不去。曹對王芝祥只表示了自己不干政的立場，此外別無承諾。
曹錕是想自己登上總統寶座，所以吳給黎下不了台，他暗暗高興，他正想利用吳給黎困擾後，黎知難而退，這樣豈不是為自己創造了上台的好機會。
王芝祥在保定得不到要領，便親自到洛陽一行，希望達成目的，可是吳見到王后，卻正式提出要王寵惠組織內閣的主張。
吳佩孚不止是對王芝祥表示要王寵惠組閣，同時還有庚電（8日）致王本人云：「願以全力為兄後盾，但須摒斥陰謀擾亂妨害統一之輩。」
王寵惠感覺到這個總理位子難做，在總統和後台老闆之間難於自處，遂於11日提出辭職。
早在黎元洪未復任總統前，奔走天津請黎恢復法統的吳景濂、邊守靖、張紹曾等組織了一個包辦北京政府一切問題的小集團，吳景濂推薦張紹曾組織內閣，沒有得到黎的同意。張紹曾是吳佩孚的兒女親家，他當然想做國務總理，他和吳景濂與保定方面曹派的人醞釀大選，想捧曹錕出來當總統，這是吳佩孚所不贊成的。吳打算先由黎作傀儡，過渡一下，表面上說是恢復法統，以促進南北統一。吳當然有他自己的打算，這樣做吳就成為中國第一人，一手可以控制整個中國局勢。可是這個主張當然和保定派對立，張紹曾既然是參加保定派，吳就不肯支持張組閣。後來提名張紹曾為陸軍總長還是曹錕、齊燮元，吳只是點頭而已。在張紹曾來說，並不滿意一個總長地位，所以新閣名單雖有他，他卻沒有就職。一直到王寵惠辭職後，他才於12日（王辭職的第二天）宣佈就職。他以為可以因陸軍總長的地位代理閣揆。吳佩孚知道這一情勢，立即打電報給張說：「不可混入政潮，自陷泥沼，熱中權位，為人利用，負罪國家。」因為吳這一通電報，張代理閣揆的願望也落空了。
就在這時，高恩洪因為曾允許撥款接濟教育經費，到期不能兌現，教職員包圍索薪，於是避往北戴河以免糾纏。同時還發生了內閣任命官吏總統拒絕蓋印的風潮，事情是這樣的：曹錕和吳佩孚聯名保薦林錫光為甘肅省長，代理內務總長孫丹林提到國務會議，張紹曾表示反對，在王寵惠的調解下才得通過，孫丹林攜帶命令人總統府蓋印，王寵惠、孫丹林根據責任內閣制精神，認為國務會議所通過的議案，總統必須蓋印，黎卻借口任免高級官吏總統有否決之權而予以拒絕，孫丹林因此忿而辭職。由於孫的辭職，內閣中又少了交通、內務兩位總長而更加寥落淒涼，王寵惠借口醫治目疾避居醫院。
原來黎元洪因吳佩孚反對李根源入閣，打算改任李為甘肅省長，現在曹、吳兩人卻保了林錫光，和自己意見相左，想到自己毫無用人之權，所以拒絕為這個任命蓋印。
不過黎並不能長久僵下去，所以8月19日勉強在甘肅省長任命令上蓋了印，孫丹林也就不再辭職，高恩洪也回到北京來復職了。
新任的農商總長盧信於8月16日到北京來就任，按照北洋官場的習慣，新官上任一定有各方賀電，尤其是許多頭號軍閥的捧場賀電，才有光彩。盧就任後照例把收到的賀電交到報上去發表，賀電中有齊燮元、蕭耀南、王承斌、馮玉祥的，不料齊、蕭、王三人竟在報上聲明沒有給盧賀電，馮玉祥的賀電是這樣的，馮正在歸德剿匪，督署秘書對於北京閣員就任照例發出賀電，這種賀電當然沒有呈馮核閱，所以馮的賀電不能算偽造，但馮卻聲明與盧信素昧平生。
8月20日吳佩孚繼續發出反對唐內閣的電報。他用「天子有諍臣、父親有諍子」的說法掩蓋自己干政的嫌疑。他的電報獲得各省直系軍閥的響應。
23日黎元洪用典麗的「四字經」回答他說：
「元洪-顏復位，恃有良朋，匡我不逮。終鮮兄弟，惟予二人。疆吏屬也，國會賓也，尊親之間，原有分際，待賓雖厚，寧薄家人。……鑄新（湯薌銘）往洛，曾囑致詞：直鄂一家，汝我一體。……負疚之身，日思晚蓋，夢香禱夜，急覓替人，苟利於國，不俟崇朝，巧言飾非，人將共棄。」
黎這通電報，在湖北省長問題上發了些須牢騷，但是其真正目的還是向吳哀求，表示自己隨時可以下台，請吳不要過分予以難甚。
王寵惠於8月19日正式提出書面辭職，同時推薦張紹曾代理內閣總理。
23日黎邀請各政黨人物到公府討論內閣問題。政學系、益友社分子一致主張不必顧及吳佩孚的反對，逕發表張紹曾組閣，或通過唐內閣。然而黎元洪卻反過來勸他們慎重，不要和實力派為敵，以免引火焚身。會議無結果而散。
黎早於8月5日咨請國會同意唐內閣，咨文附帶提及總統補行辭職問題。原來總統的辭職，要由國會同意才能生效，民國6年黎被迫辭職時，國會已先被解散，所以黎的辭職，在法律手續上並不完備。現在黎被提為「代行總統職權」，並非正式總統，國會不能接受非正式總統的咨文來表決內閣人選。國會方面必須迅速制定憲法，產生正式總統，然後才能正式行使閣員的同意權。黎元洪方面則希望國會否決總統辭職案，使馮國璋代理總統和徐世昌繼任總統都成為非法的，他就可以取得合法總統地位，以補足未滿的任期。
國會認為總統辭職與內閣總理的同意案是兩件事，不能並案辦理，即將原案退回。黎於26日補送唐內閣同意的咨文，他認為如果國會接受這項咨文，就是默認了自己的總統地位。這是瞞天過海的手法。可是國會仍將原案退回，理由是此案未徵得唐本人同意，自無庸先征國會同意。
唐內閣不能成立，王寵惠失去代理總理的法律地位，因此9月14日全體閣員提出總辭職。
9月19日黎終於屈從吳佩孚的意見解除了名義上的唐
內閣，正式派王寵惠組閣，閣員名單如下：
王寵惠署國務總理
顧維鈞署外交總長
羅文干署財政總長
張紹曾署陸軍總長
李鼎新署海軍總長
徐謙署司法總長
湯爾和署教育總長
孫丹林署內務總長
高恩洪署交通總長
高凌-署農商總長
董康署大理院院長
在這張名單中，所有吳佩孚反對的人都榜上無名，吳的嫡系高恩洪仍長交通，孫丹林由次長坐升總長，因此人稱這是「洛派政府」。同時內閣閣員中王寵惠、顧維鈞、羅文干、湯爾和都是英美派，不屬於國內黨派的無黨無派人士，所以又有好人政府之稱。
這次內閣名單，是黎元洪對實力派的全面低頭。
可是順得姑情失嫂意，黎滿足了洛陽方面，卻使保定方面大為光火，在新閣中屬於保派的，只有一個高凌-，曹錕當然不滿。而在曹身邊的人，如曹銳、邊守靖、王毓芝、楊度、夏午詒等又從旁挑撥，說吳佩孚已經拿到了內閣，下一步就要拿總統了，曹錕竟然被他的左右說動，以為吳有篡位的野心。於是保定方面遂以吳為唯一敵人，對於其他的新仇舊恨都化敵為友，希冀結成一條反吳的聯合陣線。邊守靖吸收安福、交通兩系的政客以增加保派聲勢。曹錕向張作霖致電，表示棄嫌修好，而直系內部不止是保派，凡不是吳佩孚的嫡系，都對吳的頤指氣使，目空一切起了莫大的反感。
吳和國會方面也沒有搞好關係，益友社、研究系、政學系這時都在北京恢復政治活動，吳對這些政客都沒有好臉嘴，當8月1日國會復會時，吳給他們的電報是：「僅先制憲以固政本，調解集權分權以定國是」。議員們看到這個電報都很生氣，忿忿地說：「大老闆對國會訓話了！」
這時，既有總統、國會和軍閥的鬥爭，又有直系軍閥的內部鬥爭，吳在內閣問題上雖取得勝利，但是他的地位卻一天比一天陷於孤立。