11年6月12日，黎元洪發表了兩道命令：
第一道命令是發表新內閣名單如下——
國務總理顏惠慶署理。
外交總長顏惠慶兼。
內務總長譚延。（署）
陸軍總長吳佩孚。（署）
海軍總長李鼎新。
農商總長張國淦。（署）
司法總長王寵惠。（署）
教育總長黃炎培。（署）
財政總長董康。
交通總長高恩洪。（署）
第二道命令是撤銷民國6年「解散國會的命令」。
在內閣人事方面，黎是獨斷獨行的，並未徵求曹吳的意見，這是近幾年來北京政府一直未辦到的事。內務總長本來決定由孫洪伊擔任，後來得到消息，這位以前是親黎反段祺瑞的政客，現在是站在廣東方面反對黎元洪復職，所以改派譚延。譚可以算是黎的老朋友，並且是與西南方面有關的人物，此時不在湖南，可以借重。至於農商總長張國淦，是黎的老幕僚，又是同鄉。王寵惠是當時知名之士，也和西南有關。董康和高恩洪則是吳佩孚所欣賞的。請吳佩孚做陸軍總長是想借他的威望和影響力去完成裁兵，同時把全國的軍權交付給他，這樣他就不會再眷戀一個巡閱使的地位，如果他率先放棄巡閱使，以他的威望作號召就可達到廢督的目的。
還有參謀總長問題，本來決定齊燮元，這是為了把他調到北京來，以裁撤江蘇督軍做為倡導，可是吳佩孚則竭力推薦李烈鈞，吳的發言力量太大，黎不能不答應，所以參謀總長便給了李烈鈞。
不管怎麼說，這個內閣人事總算實現了黎的願望，而黎的願望與直系的願望不謀而合，就是用政治手段瓦解南方，以收全國統一之效。所以黎和新閣員都有電報迎接伍廷芳北上組閣，同時黎還電邀孫中山、張謇、王士珍，靳雲鵬、熊希齡等到北京來籌商統一問題。
吳佩孚除電請孫中山下野外，還邀請伍廷芳、李烈鈞北上主持大計。直系軍人發出一片敦勸孫下野和歡迎西南人物北上的呼聲。
因此，好像全國統一呼之欲出，北方軍人過去在戰場上得不到的東西，現在想通過恢復法統、迎黎復職一套手法來實現。
6月13日吳佩孚親赴北京慶賀總統復職，但他並未就任陸軍總長，他向黎元洪祝賀後，就回保定去了。
6月15日浙江督軍盧永祥倡導自行廢督，改稱軍務善後督辦。他雖不承認黎是合法總統，卻也承認他是事實總統，打來電報稱為「暫行大總統職權」。黎就職電中也不以合法總統自居。
黎復職初期頗得中外好感，外交團對黎呼籲廢督裁兵一事極為贊同，且對直系不以總統自為，而以維護法統迎黎復職，極為欣賞。
西南各省早已拋棄了護法的旗幟，主張組織聯省自治政府，對於「法統」問題並不感到興趣，不過也不反對黎復任總統。
吳佩孚早在倡議迎黎元洪復職時，就曾向湖南督軍趙恆惕獻策，吳、趙私交甚睦，因此不拘行跡。吳曾於5月31日電趙，替趙出了三個主意：（一）與廣東陳炯明、四川劉湘一致，贊成恢復法統；（二）仍然保持自治，對南北採取中立態度；（三）既不贊成，也不反對。趙恆惕是西南各省推行自治的領導人物，吳希望趙能首先取消「自治」，同時利用他的影響力疏通西南聯治派採取一致行動，趙對這個問題沒有答覆給吳。
不過，黎復職前後，貴州的袁祖銘（6月3日），四川的劉湘（6月8日），雲南的唐繼堯（6月28日）和川軍將領劉成勳（第三軍），但懋辛（第一軍），楊森（第二軍）及旅長以上軍官（6月9日）都有電報贊成恢復法統，對黎表示擁護。
廣東的陳炯明雖然沒有直接表示，但在他6月19日給伍廷芳的電報中曾露骨地說：
「國會恢復，偽府取消，護法目的已達。黃陂復職，法律之爭應候法律解釋。非常國會擅舉總統，惡例一開，亂及百世。炯明力爭無效，以此獲罪。現維仗公之力，切勸孫公敝屣尊榮，示天下以無私。」
廣東省議會及各團體也於6月20日通電贊成統一，電報中竟稱黎為總統而稱孫中山為先生。這些都顯示陳炯明的叛變事件在醞釀中。
黎元洪上台後首先撤銷了對孫中山的通緝令以緩和南北之間的局勢，並於6月15日下令全國各地一律停戰。這時各地都有戰爭，孫的北伐軍已經改道江西北伐，榆關又發生了直奉戰爭。黎認為南北停戰是實現統一的首要步驟，因此派歐陽斌前往江西說服雙方停止戰鬥，並且加委孫所同意的謝遠涵為江西省長。其實孫早已任命謝為江西省長。黎這一行動順得姑情失嫂意，由直系派出的援贛軍總司令蔡成勳，看到黎這道人事命令，立刻加以拒絕。
黎在總統府很忙，每天忙於發電報，他一再地邀請孫中山、陳炯明、唐紹儀、李烈鈞、岑春煊、譚延-等到北京來共商大計，並且還派出代表多人分途去迎接。
內閣問題和統一問題是相連的，因此黎相信他要伍廷芳復任總理是一個好辦法，同時邀請一些知名之士與南方有關係的人物參加北京政府是有益於統一的。其實他這個辦法首先就讓擁他出山的直系所不高興，這就像徐世昌一樣，徐是安福國會所擁立的，他上台後也以為自己可以統一中國，因此他的做法先讓皖系和安福系所不滿，如今，黎也走不出徐的舊路。
黎的夢想逐漸落空，6月15月譚延-表示不就內務總長，16日黃炎培表示不就教育總長，他們的電報都是打給顏惠慶的，好像根本不承認黎元洪的總統地位。譚的電報說：「延-從西南義師之後，不能悖護法政府之主張，為湖南人民之一，當服從聯省自治之主義。」黎所殷望的伍廷芳也不理黎，6月20日發出通電，認為黎的復職沒有根據，不敢苟同，末了並說：「行將息影家園，再研靈學。」李烈鈞則參加了一個聯名的電報，這個電報上公開罵黎叛國，罵黎元洪和舊國會都是直系的傀儡。
這一連串的反對和置之不理態度，真把黎元洪打得個發昏，簡直是十七八桶冷水潑到他的頭上，使他一團高興和一些自以為很不錯的做法，完全付諸流水。黎想拉攏南方人物參加內閣，以期促進統一的計劃現在是徹底地落空了。
更傷腦筋的，是顏惠慶也不肯長期署理國務總理，吳佩孚也表示不就陸軍總長。黎勸吳如果不能長期在北京，亦可遙領，不必堅辭，吳卻擺起面孔說怎可尸位素餐。
這一來，內閣不僅不能促進全國統一，而且根本就殘破不全，七拼八湊，不為各方所重視。除了許多熱中名利的小政客奔走熱鬧，像戲台上鑼鼓喧天和跑龍套而外，對政局毫無改善。
黎元洪上台前唱出廢督裁兵，且以此為條件，當他上台後究竟廢督裁兵實行情形如何呢？
先講廢督，首先實行廢督的，是江西。江西督軍陳光遠於6月10日自動宣佈解除督軍職務，為什麼陳光遠如此漂亮呢？原來這時廣東的北伐軍長驅直入江西，使陳光遠無法立足，只好借廢督下台。陳自動解除督軍職務後，曹錕馬上保薦「援贛總司令」蔡成勳繼任江西督軍。黎元洪打電報給吳佩孚，希望廢督從江西開始，所有贛軍可以歸蔡成勳節制指揮，吳佩孚對此無意見。
6月15日黎政府的第一次國務會議開會，黎自稱以旁聽資格列席，在會中建議批准陳光遠辭職，派蔡成勳節制江西各軍，嗣後督軍如果辭職或出缺，一概不許簡派。黎的建議獲得通過，當天就發佈了准陳光遠辭職和派蔡成勳節制江西各軍的命令，17日又補下了廢除江西督軍的命令。事實上，這位節制各軍的總司令根本就是變形易貌的督軍。
第二個實行廢督的，是浙江。浙江的盧永祥，對北京是半獨立狀態，6月15日他邀集浙江省議會及各團體舉行聯席會議，宣佈廢除督軍，但又聲明，本人並不服從北京政府，廢督後仍以第十師師長名義維持全省治安。接著浙軍第二師師長張載揚發言，認為師長與師長之間必須有一個聯繫機構，希望大家作一個決定。於是盧永祥宣稱請各團體在兩天內商定善後辦法，本人一定服從。第二天浙江各團體通過了「浙江軍務善後辦法大綱」，這個大綱規定設立善後督辦一人，仍推盧永祥擔任。同一天浙軍第二師師長張載揚，北洋軍第四師師長陳樂山，浙軍第一師師長潘國綱聯名推舉盧永祥為浙江軍務善後督辦，浙江各團體通電贊成。20日盧宣佈接受新職，並公佈「善後綱要」七條。這一廢督措施並不是擁護黎元洪，卻是對北京政府的變相獨立，因為善後綱要的要點為：「自廢督後，浙江境內不受任何方面干犯，以防督軍制之恢復，並變相督軍制之發生。如其假借名義侵入本省，當本諸民意，力圖抵抗。自廢督之日起，在合法政府成立前，浙江一切維持原狀。」這就是變相的獨立，如果北京政府敢於變更浙江現狀，浙江就要武力對抗。因此這一措施引起了直系極大的忿怒，準備向浙江和上海用兵，以剷除皖系的殘餘勢力。曹錕、吳佩孚電請北京政府裁撤淞滬護軍使，改設上海鎮守使，歸江蘇督軍節制。新任海軍總司令杜錫-準備裝載蘇軍6000人在上海登陸，何豐林在上海頒布了戒嚴命令，可是黎元洪不主張用兵，曹、吳也不敢干為戎首，遂授意齊燮元和杜錫-向盧永祥、何豐林解釋誤會，江浙之間的大戰才告避免。
第三個表示贊成廢督的是奉系領袖張作霖，他也承認黎元洪為事實上的總統，並且寫信給黎贊成廢督裁兵。事實上東三省已經沒有督軍了，因為奉系戰敗退回關外時，他就改用東三省保安總司令的名義行使東三省的統治權，孫烈臣和吳俊升則用「保安副司令」的名義行使吉林和黑龍江的統治權。奉直停戰協定成立後，黎本打算叫張作霖用「鎮威上將軍」名義辦理東三省軍務善後事宜，這也就是變相的東三省巡閱使，因為由北京發佈了這道命令，就在形式上使東三省仍成為北京政府的管轄區，而廢督的省區又增加了三個，豈不是使黎面子好看得多，可是由於不能打通吳佩孚這一關，所以這一道命令沒有發出。
吳佩孚對於廢督裁兵問題，主張在全國範圍內建立幾個軍區，實際上「軍區長」就是「巡閱使」，黎早在魚電中表示反對，未便接受。由於全面廢督問題有困難，黎又打算下一道先行裁兵的命令。正在這個時候，曹錕打來一個電報，認為督可廢，而兵不可裁。理由是北伐軍深入江西，奉軍仍圖再舉，各省土匪橫行，裁兵必須推遲進行。曹錕這通電報到了北京，裁兵命令便留中不發了。
因此黎元洪的廢督裁兵，變成了督不能廢，兵不能裁，吳佩孚又不肯就任陸軍總長，使黎的第一炮完全放不響。黎為了下台，遂在國務會議上建議設立全國裁兵委員會，以北洋派王士珍為委員長，南方的李烈鈞為副委員長。這個建議也無法實現，因為王、李兩人都不肯就職。其實，即使他們就了職，也無法貫徹裁兵的任務。
後來，黎終於想出了一個好主意，對於兼任省長的督軍，裁去督軍，存留省長，就用省長名義辦理一省的軍務善後，對於不兼省長的督軍，改派為督理軍務善後事宜。
黎打電報給山西督軍閻錫山，勸他辭去督軍名義專任山西省長。又召見新疆駐京代表，叫他勸楊增新辭去新疆督軍。
又打算派馮玉祥為蘇豫皖剿匪總司令而將河南督軍一職裁撤。
山西的閻錫山和新疆的楊增新都不理睬黎元洪的主張，根本就不答覆黎。同時江蘇的齊燮元則反對黎把江蘇劃入蘇豫皖剿匪區域，因此黎的這三個打算也都無法實現。從6月18日到7月24日，黎下令任命高凌-為直隸省長，張紹曾為陝西省長，張其-為廣西省長，王永江為奉天省長，湯薌銘為湖北省長，王瑚為山東省長，韓國鈞為江蘇省長，原任直隸省長曹銳是曹錕的兄弟，高凌-怎敢取而代之，黎乃改派王承斌。後來除了王承斌和韓國鈞外，其他五位黎任命的省長都沒有到任。
黎元洪的廢督工作由於受制於軍人，因此根本行不通，徹底破產。而曹錕和吳佩孚還和他開玩笑，一再來電保薦蔡成勳繼任江西督軍。黎既不敢拒絕，又不願接受。因為江西雖因情勢改變面廢督，可是究竟還是第一個廢督的省份，所以他只好用參陸辦公處的名義，派蔡成勳「督理江西軍務善後」。這和盧永祥改稱軍務善後督「辦」只有一字之差。
裁兵問題也一樣破產，曹吳電保靳雲鶚升任第十四師師長（旅擴充為師），周蔭人升任第十二師師長（這一師本是陳光遠兼師長，陳已下台）。黎對於曹、吳這個電報違反裁兵原則，不好答覆，改由陸軍部批准備案。