軍閥和革命事業中間距離是極大的，這可以從陳炯明身上證明，陳炯明的基本武力是粵軍，粵軍是孫中山向桂系千方百計爭來的，是以廣東省長公署警衛軍二十營為基礎，也可以說是孫一手造成的，孫自然認為這就是革命的基本武力，何況粵軍困處粵閩邊境時，也是孫一而再，再而三敦促陳炯明回粵趕走桂系。可是陳炯明回粵後，他便忘記了過去一切，他只知道粵軍是他個人的武力，廣東是他個人的地盤，對於孫和軍政府，認為是芒刺在背，是眼中之釘，不僅不把孫中山、國民黨和軍政府放在眼中，而且還覺得是極大的累贅。
孫中山認為陳炯明把粵軍當作私人武力，廣東當做私人財產是錯誤的，粵軍應該是革命的軍隊，廣東應該是革命的基地，革命事業不能偏安一隅，應該集中一切人力、財力和物力，從事北伐。
孫中山和陳炯明之間看法和做法既然相差如此之大，因此影響到粵軍內部也有革命的一派，和陳炯明不革命的一派。粵軍共有兩軍，陳炯明以廣東總司令兼任第一軍長，許崇智為第二軍軍長。軍政府改組後，孫改任許崇智為國防第一軍軍長，另派黃大偉為國防第二軍軍長，這兩軍直接由軍政府直轄，不受廣東總司令的節制。至於陳炯明所指揮的粵軍第一軍，原轄第一師師長鄧鏗、第二師師長洪兆麟兩師，陳炯明又收編地方派軍人魏邦平為第三師師長。這三師完全是陳的私人武力，陳炯明這時兼任陸軍總長，可是他從不出席政務會議，只是用廣東總司令兼廣東省長名義發號施令，根本不理軍政府。
孫中山為了擴充革命武力，乃在廣東各地設立了不少的招兵機構，這些機構常被陳炯明派兵予以解散。孫為了削減陳炯明的實權，所以劃廣州為特別市，任命孫科為廣州特別市長，不受省長管轄。
這期間，孫中山的處境仍是很辛苦，過去南北戰爭，列強駐中國的外交團曾和中國的南北政府成立協定，提出關稅餘款百分之十三交付軍政府，迨孫接收軍政府以後，外交團竟借口軍政府權力只及廣東一省，不能代表西南，停止這筆撥款。
軍政府外交部長伍廷芳曾屢次向駐粵領事團提出抗議，最後一次聲稱如果不履行協定，軍政府將接收海關以資報復，可是列強竟出動了大批炮艦駛白鵝潭示威。
北京方面因為徐世昌是總統名義，所以北京政府就比廣州政府在國際上叫得響，因此孫中山忍無可忍，認為南方也必須成立一個名正言順的政府。
粵軍回粵後，蔣中正深感和陳炯明難於相處，所以悄然回甬。10年1月間，戴傳賢力勸，蔣出任艱鉅，不應遠隱高蹈。蔣遂於1月27日動身，過上海赴廣州。2月6日抵達廣州。晉見了孫中山，孫把計劃北伐的打算和蔣商量，並要他和粵軍總司令陳炯明、軍長許崇智、師長鄧鏗等共擬辦法。蔣認為北伐之前必先解決廣西問題，所以起草了援桂計劃，使用許崇智的部隊，詳細擬定前進及攻略目標種種。
在商討軍事行動時，粵軍尤其是陳炯明，自有打算，自有私心，蔣和鄧鏗私交很好，可是發覺鄧鏗態度消極，每在會議席上，鄧因為是陳的直接部下，所以處處規避，而陳炯明則爭地、爭權、爭勢，只享權利，不肯盡義務。和陳炯明商量北伐，簡直是與虎謀皮。蔣在穗參加了三天的會議，結果是一無所得，會議席上意見又多，各據一詞，各執一是，根本不能協調。
2月4日蔣毅然離穗抵香港貽書給鄧鏗，書曰：
「……今日之局面，止兄任勞任怨之時，而非避嫌避難之日。……粵軍今日處於苟安保守地位，如不積極進行，以謀發展，則三二月之後，大勢一變，必悔今日準備之不早，遷延之誤事也。目前粵軍唯一之方針，乃在從速援桂，向外發展，則內部之團結即可堅強，廣東之根據，即可鞏固。激進一日，即得一日之利益，遲緩一日，即增一日之損失，如果能迅速出發，雖擲數十百萬金之餉彈亦不足惜！奈何不計其大，而務其細，不謀其遠，而圖其近也？」
軍閥只計近利，只顧目前，陳炯明之於粵軍就是一個鮮明的例子。粵軍原來戍守粵閩邊境，他並沒有奢想能夠回到廣州，迨回廣州後，一切都很舒適，自不願輕舉妄動，勞師遠征。所以援桂也好，北伐也好，陳明炯都聽不進去，要他派兵、助餉、出械他都捨不得。其實如果陳炯明肯服從孫中山，使粵軍成為革命的基本武力，再進而融湘軍、滇軍、川軍、黔軍、桂軍於一爐，則北伐統一的局面會早在民國10年前後就出現了，中國歷史也要完全改變。可惜陳炯明計不及此。
當孫中山接收廣州的軍政府後，曾下令通緝岑春煊、陸榮廷、莫榮新、楊永泰、李根源及桂系將領多人，並擬乘勝進攻廣西，以消滅桂系的殘餘力量，統一粵桂進而聯合西南。但是對廣西用兵勢必要取得陳炯明的支持，陳炯明則是一千個不肯。他當然不願意自己出馬，率軍攻桂，因為一離開廣東，就怕廣東為他人取得，這是得不償失的。
孫中山第二個打算是修改政府組織，正式選舉總統，可是這個計劃在西南各省都受到阻力，因此孫退而求其次，打算在主席總裁的名義上加一個「大元帥」頭銜，由自己帶兵去打廣西。可是陳炯明也不贊成，他怕這樣一來，孫將帶走一部分粵軍，而軍費軍火還是要靠廣東負擔，對陳也是有害而無利，因此他亦加以阻撓。
陳為自身打算，傾向聯省自治，反對選舉總統，反對戰爭。其部下葉舉、洪兆麟等和議員諸輔成派聯合起來，甚至以軍隊不穩消息相要挾。他們的理論是西南各省已樹自治旗幟，「護法」二字已經不足以號召，何況舊國會議員在廣東的，僅200餘人，也距離選舉總統的法定人數甚遠，不如首先鞏固廣東省自治，再徐圖團結西南，共抗直系。
陳炯明私心只在割據廣東，表面上美其言曰保境息民，實際則在與鄰省聯防自保，充實私人勢力，進則把持國事，退則盤據廣東。
孫中山曾和陳炯明懇切密談，他勸陳認清環境，眼光放遠，以一個人作比喻，如果心肝五臟都已潰爛，則四肢怎會完好？一個國家如果糜爛，廣東一隅豈能保全？至於保境則需依賴軍隊，養兵以保境則財困民疲，所謂息民豈不是空談。息民做不到更遑論建設？不能建設，廣東一省如何進步？不能進步則是故步自封。所以今天大家應該把眼光放遠。從大處著想，皮之不存，毛將焉附！
孫苦口婆心說服陳炯明，然而言之懇切，而陳炯明則聽而不聞，置之不理。正如他對唐繼堯說的：「中山只是一個大炮」。他有這種觀念，孫縱有金玉良言他也聽不進了。
孫中山對陳炯明不合作不聽命的態度，非常忿怒，忍無可忍，打算削減其軍權，或是免除其省長兼職，使其不能繼續掌握財權（當時財權在財政廳，受省長管轄，財政總長則有職而無權）。或者解除其陸軍總長兼職而以唐繼堯繼任，可是汪兆銘等勸孫中山投鼠忌器，怕鬧得下不了台反而撕破了臉。
孫中山在10年元旦慶典上，就在對軍政府同仁訓話時，表示護法不能解決問題，希望國會在廣東組織政府，對國際間明白昭示，必需北伐以統一中國。因為北京政府既不合法，又不孚民望。
孫的主張傳出後，海外華僑、社會賢達、國民黨支部都紛紛電請，孫從速選舉總統。陳炯明卻禁止登載有關贊成選舉總統問題的任何報導。
這時，北京政府對國際間強調南方已沒有軍政府，全國已經統一，因此向四國銀行團洽商大借款。
孫中山認為時機迫切，亟應把握時間，免得國際間真的進一步和北京政府勾結，今後革命事業就更加困難了，所以於10年4月4日宴請在廣州的國會議員，正式要求國會從速選舉總統，如果國會不肯同意，他就一走了之。
4月7日在廣州的國會非常會議參眾兩院聯合舉行會
議，議員出席220餘人，由參議院議長林森主持，首先通過了高鎮圭改開非常會議的動議，在非常會議中，討論周震麟所提的「中華民國政府組織大綱」。接著丁蹇動議續開二讀會，照組織大綱原案七條通過。
4月10日廣州非常國會依大綱第二條選舉大總統，除廢票一張和投陳炯明的三票外，孫中山以218票當選非常大總統。同日非常國會通告全國，孫中山當選為非常大總統，文曰：
「外交迫切，內亂迭起，北京政府已自承認非法，取消其偽政府資格，中華民國對內對外，皆不可不成立正式政府，特於本日在廣州開國會非常會議，議決中華民國政府組織大綱，並依大綱第二條條文，大總統由國會非常會議選舉之，以得過投票總數之半者為當選，於本日選出孫文為中華民國大總統，特此奉聞。」
當非常國會準備選舉總統時，4月4日粵軍將領舉行秘密會議，擬即通電反對總統的選舉。陳炯明一方面避免直接出面反對，另一方面卻慫恿湖南方面正式反對，正好碰上湖南總司令兼省長趙恆惕對選舉非常總統持不同看法，因此湖南就成為反對的主力。8日湖南教育會、農會、工會聯名發表庚電，反對選舉總統。9日趙恆惕在致廣州參眾兩院的青電中聲明不承認非法選出的總統。10日以趙為首的湘軍旅長以上軍官聯名向孫中山陳辭，電云：
「我公盡瘁民國，功高望重，將來合法政府成立，元首一席，定為輿論推崇，此項違法選舉，萬懇嚴詞拒絕，切勿輕就，以維法紀，而定人心。」
10年5月5日孫中山在廣州就任非常大總統，於是軍政府撤銷。廣州市民數十萬人，舉行盛大而熱烈的慶祝會。上午8時由國會議長林森持國會當選證書赴總統府向孫呈遞，9時半在國會禮場舉行授印典禮，由林森議長擔任主席，孫宣誓後，主席以大總統印綬付予孫，然後向孫致詞：
「改轍易軌，為求治常經，達變通權，尤匡時急務。同人等鑒於軍政府之組織，權責不專，遇事瞻顧，至大亂未平，而國本先渙，乃謀徹底之改造制定中華民國組織大綱，選公為大總統，畀以戡亂建設之全權，期早統一民國，再造共和；妥協邦交，實成法治。謀社會幸福，靳永久和平。民國前途，胥公是賴。公其宣達民意，尊重民權，黽勉仔肩，以無負國民重托，斯則同人等所以代表民國而殷殷深致其屬望者也。今者受職伊始，謹致中華民國大總統印綬，俾公發號施令，資為符信，公其勉旃！」
孫中山就任非常大總統，即發表對內對外宣言：
對內宣言：
「文受國會付託之重，膺中華民國大總統之選，茲當就職，謹布所懷，以告國人。……文既為致力創造民國之人，國會代表民意，復責文以戡亂圖治，大義所在，其何敢辭。竊維破壞建設，其事非有後先，政制不良，則政治無術。集權專制，為自滿清以來之秕政，今欲解決中央與地方永久之糾紛，惟有使各省人民完成自治，自定省憲，自選省長，中央分權於各省，各省分權於各縣，庶幾既分之民國，復以自治主義相結合，以歸於統一，不必窮兵黷武，徒苦吾民。至於重要經濟事業，則由中央積極擔任，發展實業，保護平民。對於外交，由中央負責，根據民意，講信修睦，維持國際平等地位，保障遠東永久和平。」
對外宣言：
「自一九一七年六月，非法解散國會，北京已無合法政府存在，國會為全國各省各區惟一合法代表機關，因是組織政府，舉文為中華民國大總統。文為建設民國之人，不能坐視民國危急之秋，自惜其力，不加援手。今決意殫竭能力，忠誠奉職，俾我國民，鹹獲滿意焉。……文之第一職務，在統一民國各省各區，置諸進步修明之政府管理之下，尊重列強依條約及成例，正當取得之合法權利。全國最大之資源，悉予開發，抱開放門戶主義，歡迎外國之資本及技術。」
孫中山這兩個宣言的精神，乃以地方自治、和平統一、開放門戶、發展實業四事昭告中外。至於「自治」是以縣為施行自治的單位，與「聯治」辦法不同。
孫中山就任大總統後，立即發佈人事命令：
外交部長伍廷芳
次長伍朝樞
財政部長唐紹儀
次長廖仲愷
陸軍部長陳炯明
內政部長陳炯明兼
海軍部長湯廷光
參謀部長李烈鈞
秘書長馬君武
總參議兼文官長胡漢民
政治部長胡漢民
並任命居正為參議，兼理國民黨本部事務。總統府設於觀音山，官邸在觀音山腰部，自山下總統府至官邸遠可半里，築有迴廊，迂徐轉折，工程精緻，原本是龍濟光在清末所修築，十足的中國式庭園，迴廊曲折蜿蜒，廊道最尾有一小樓，樓角玲瓏，樓外林木蔥蘢，花草宜人。綠蔭佳樹，清幽有致。登小樓可以遠眺珠江景色，市廛紅塵，盡入眼底，孫中山偕夫人即寓居是處。
孫中山雖極端不滿陳炯明的作風，可是組織政府時仍然把兩個重要職務，陸軍部長和內政部長給陳，然而陳並不感激圖報，反而表示多此一舉，他在呈請辭去陸、內兩部職務時說：「一身而兼四職，實為中外歷史所無。」他所謂的四職是除了陸長、內長外，還有粵軍總司令和省長。
唐紹儀也不肯「屈就」財政部長，因此財部職務遂由次長廖仲愷代理。
孫決定利用外資創辦廣東交易所及國民儲蓄銀行；發現款100萬元為出兵廣西之餉項；同時計劃和外商合作，以3000萬元建立輪船公司，這一點因陳炯明在省政府中作梗所以遲遲沒有成立。
5月8日孫中山函徐世昌請其自動下野，函云：
「以君之才，立於專制君主之朝，為一臣僕，猶不能有所展佈，況任中華民國之重乎？世界之民主政治，既非君所嘗聞，中國之何以實行民主政治，又非君所能解。貿然受此重任，而侈然不以為意，其為害於國，夫何足怪？……今日之事，君宜自省，名之不正，君之所知；君之不能有益於中華民國，而反以害之，亦君之所己覺。即日引退，以謝國人，則國人必諒君之既往，且善君之能改過也。愛君以德，故為此言。若夫怙惡不悛，必不惜以國家之生命，易一己之虛榮，則非所望於君矣。」
孫中山就任總統後，並未加強其權力，可是出現了南北兩個總統對立的新局面，使北方表面統一，粉飾太平的宣傳徹底破壞。