當北方的直皖兩系互爭雌雄之際，南方也啟了戰爭，南方的戰爭是粵桂之戰，是粵軍回粵，驅逐桂系之戰。
粵軍成立於6年12月，這要從廣州的護法軍政府說起，軍政府之建立，主要是孫中山的號召和海軍的擁護，以及一部分國會議員的合作。可是陸軍方面則依賴桂系，孫中山希望在海軍以外能再建立一支革命勁旅，為軍政府之中堅，但這個計劃，受到桂系的阻撓和破壞，因陸榮廷視兩粵為桂系的私產，臥榻之旁自不願他人高臥。
那時候，陳炯明希望能掌握一部分軍權，因此遊說孫中山，希望能統率一支軍隊援閩，以向外發展，可是桂系不會分撥出一部分軍隊，於是孫中山就命胡漢民、汪兆銘去找廣東省長朱慶瀾，請朱站在鄉誼情份上，撥出一部分地方武力，朱在省長轄權內只指揮全省警衛軍，因此答覆胡汪說：如果陳炯明願居省長公署親軍司令名義，則可撥粵軍廿營交其統率，以為出師援閩的基本隊伍。胡汪回報，孫中山認為此時重要的是只求有軍隊，名義沒有什麼關係，陳炯明也不堅持。可是桂系聞知朱慶瀾以兵力助陳，就對朱施壓力，朱慶瀾被迫去職，廣東督軍陳炳-（桂系）乃悉收省署新軍歸督軍署，孫中山對桂系的行動至為憤激，派程璧光、胡漢民、汪精衛力爭，和陸榮廷再三商洽，陸始將陳炳-調職，以莫榮新繼任粵督，答允改省署親軍廿營為海軍陸戰隊，由陳炯明率之入閩，這批軍隊雖號稱廿營，實數只四五千人。就是日後的粵軍。
6年12月2日，孫中山任命陳炯明為援閩粵軍總司令，鄧鏗和許崇智為副司令。
粵軍出師後，不久即克復龍巖、漳州、汀州各屬，閩南閩西盡入護法範圍。海軍的海圻、永豐、同安、豫章、福安五艦亦於12月7日黎明向潮汕進發。海陸兩軍同時入閩，前途大有展望，不料龍濟光突在海南島宣佈就兩廣巡閱使，派軍數千由瓊島潛渡登陸，深入粵境，海軍乃回師救援，援閩的軍事行動遂告膠著。
7年2月13日，孫中山因陳炯明率粵軍進駐汕頭，遲徊不進，曾函促其攻閩以回邊防。
此後，廣東的軍政府內部問題重重，四分五裂，陳炯明的粵軍在閩粵邊境上不戰不進不退，只求坐大，孫中山原擬以這支粵軍為革命基本武力，結果只是造成了陳炯明的個人勢力。
7年2月26日，軍政府海軍總長程璧光被刺，這是軍政府內鬥最激烈的一幕。
孫中山要建立一支革命的武力，以完成削平南北軍伐，建立真正自由民主的中國，這個願望是在孫於民國6年到廣州組織護法軍政府時才確立的，可是當時孫身邊沒有這樣一個人才，如胡漢民、汪兆銘、戴傳賢、居正等都不是這樣人才，朱執信雖有冒險犯難的勇毅，可是對於軍隊的整訓和組織，又不是專長，於是孫中山在幾經考慮後，想到了蔣中正，蔣這時正在上海，孫於7年3月2日電召蔣，5日蔣由滬抵穗，一連數日與孫密商，孫懇切希望蔣留粵，先從整理粵軍著手，11日蔣奉命遄赴汕頭，晤陳炯明、鄧鏗，15日就任粵軍總司令部作戰科主任職。
這時候，日本頭山滿和犬養毅函請，孫中山赴日一行，孫因非常國會已定6月開會，所以萬難離粵，特派朱執信前往，面告護法戰爭之目的在於恢復國會。
護法政府內部危機重重，主要是桂系和政學系結合起來排除孫的大元帥職。5月4日廣州非常國會開會，出席議員80餘人，贊成改組軍政府案的占40餘人，多數通過，於是孫中山命居正將大元帥辭職咨文送交議會，並通電辭職。5月20日非常國會選出孫中山、岑春煊、陸榮廷、唐繼堯、唐紹儀、伍廷芳、林葆懌為軍政府七總裁。
5月21日孫中山告別粵中父老昆弟，表示臨別——之忱，並勉以負救國及整治鄉邦之責，培養民力，增進民智，扶持風俗，發展自治，采人所長，去我所短。隨後即偕胡漢民等，離廣州赴汕頭至三河壩。蔣中正趨迓於江干，睹孫形容憔悴，不覺淒然淚下，因即侍孫赴三河壩，長談至午夜，孫中山留三河壩數日，與陳炯明會晤，並巡視陳部攻閩戰線，力勸陳冒險前進，陳不置可否。6月1日孫赴汕頭粵軍司令部對於軍略及編製，詳細指示，下午搭乘大阪商輪蘇州丸啟行，粵軍司令部遣衛隊和軍樂隊在碼頭恭送，蔣照拂一切。孫中山取道台北至日本，25日返上海，27日由上海馳電陳炯明並轉蔣，電云：
「汕頭陳總司令鑒：並轉介石兄鑒：聞張懷芝率大兵已到贛，不日恐有攻粵之事，又聞北兵二千餘，由海道至汕，登陸援龍（指龍濟光），李厚基在閩兵力，日日增加。……現已在三面包圍之中，地位極為危險，此時敢冒險進攻則生，不冒險則必致坐困，以攻為守，則士氣壯，響應多，敵膽寒，一進必收奇效。否則士氣日喪，響應日微，敵膽日壯，而我以可勝不可散之兵，據能戰而不能退之地，必無倖免也，諸兄其速圖之！」
8月30日援閩粵軍進克漳州，即將總司令部移駐漳州鎮守署使。
蔣因為粵軍無所作為，孫中山又留滬未返，所以也請假去上海。
9月1日許崇智在前方督戰，由各將領公推為前敵總指揮兼第二軍軍長。李炳榮、熊略、羅紹雄、鄧本殷諸部皆歸節制。4日蔣謁孫中山請訓，因奉命返粵，5日偕邵元沖啟程，13日抵汕頭晤粵軍參謀長鄧鏗，18日抵漳州總部，晤陳炯明後，檢閱各方戰況報告，計劃進攻同安，猛擊北軍。
12月13日孫中山函許崇智和蔣中正，囑固守觀變，勿萌退意，認為須保守固有地盤，維持固有武力，以為應機觀變之用。
此後國內變化甚大，民國8年6月29日孫中山函陳炯明，促其自福建回師廣東。孫認為粵軍此時在閩不特四面受敵，孤立無援，且給敵人造機會。故欲求今後的生存，必賴有冒險精神和奮鬥決心，應把握時機，自閩回師圖粵。
民國9年2月間，駐粵滇軍有二李（李根源李烈鈞）之爭，廣州軍政府瓦解，非常國會亦分裂，反對桂系的軍政府首領和國會議員均紛紛離粵。6月29日孫中山派朱執信和廖仲愷到漳州，敦促陳炯明返粵驅逐桂系，許以經濟上之援助。粵軍將領許崇智和鄧鏗等亦向陳炯明陳說。陳炯明本無意回粵，但經不起內外要求，乃與福建督軍李厚基密約撤兵，由李厚基供給軍費餉糈，以交換粵軍撤出閩境，閩南粵軍駐地由閩軍接防。陳炯明私心在保全實力，不願消耗實力，所以暗中派遣黃強、金章等向桂系及其附屬派系政客暗中勾結。古應芬和廖仲愷勸陳無效，朱執信認為陳炯明反覆無常，一怒而折返上海。
孫中山認為必須請蔣中正來閩，始能促成粵軍回粵重建革命基地。7月16日蔣自上海經鼓浪嶼抵漳州，第二天晤粵軍總司令陳炯明暢談大局。這時粵軍在陳炯明陰謀下，積極擴充私人軍隊，增編至十餘旅，其中葉舉、陳演雄、陳炯光、尹驥、翁式亮、鍾景業、楊坤如等皆跋扈自私，與主張革命的許崇智軍積不相容，蔣甚感憂慮，認為自己留在漳州無助於大局，因此折返上海，向孫中山報告一切。
7月中旬，北方直皖戰爭爆發，才五天，號稱無敵的段祺瑞邊防軍全部潰滅。南方的桂系本與北方的直系暗中勾結，因此，擬借這機會打算混水摸魚、計劃派兵入閩，這是一石二鳥的如意算盤，表面上是伐閩，出軍時就順道先滅粵軍，同時以福建地盤為鉺以誘海軍，於是海軍林葆懌徑電陳炯明，宣稱不管粵軍同不同意，海軍都要策應桂軍來攻福建。這一來，陳炯明才感到事態嚴重，認為自己的存在是與桂系勢不兩立。
桂系計劃攻閩，迫使陳炯明決心回粵，同時和閩軍連結一氣，全力合作。
8月12日，陳炯明在漳州公園誓師，分左右中三路回粵。
以第二軍全部任右翼，由永定、上杭、武平進攻大埔、鬆口、蕉嶺、平遠；由許崇智指揮，負責肅清韓江上游，佔領梅易、興寧為目的。
以第一軍之一部任中路，由小溪、平和進攻鐃平、平原，而出高陂，由葉舉指揮。
以第一軍之一部任左翼，由鄧鏗指揮，與中路軍會合，共同肅清韓江下游，以完全佔領豐順、潮安、汕頭為目的，而以破惠州為最後目標。
同時，鄒魯、姚雨平等以義勇軍名義在潮汕應援，運動劉志陸的親信軍隊鐃光、羅兼柔為內應。
粵軍遠戍福建已經兩年，平素被桂系的欺凌壓迫，凡有血氣的人，無不痛心疾首，因此回師命令頒下，全軍振奮，都抱破釜沉舟之志，以光復故鄉驅逐客軍為目的。所以攻勢開始後，極為凌厲，粵督莫榮新弄巧成拙，惹禍上身，急調桂軍精銳莫正聰，盧炎山、江永隆、劉達慶、卓貴廷、林虎、馬濟、沈鴻英及滇軍李根源等軍分頭抵禦，可是擋不住要回家鄉的廣東佬。桂軍駐粵多年，搜括自肥，情形類似張敬堯軍之在湘，因此軍紀廢弛，毫無抵抗能力。8月16日粵軍攻克大埔、潮州、梅縣。
21日陳炯明抵汕頭督師，孫中山特電嘉慰，電云：「粵軍分路進攻，所向大捷，連得名城險要，使敵聞風而潰。……捷報傳來，欣喜無量，由此綏定百粵，預祝最大之成功。」
8月底，孫中山電促鄧鏗乘桂軍意志未能統一，驚駭震盪之際，揮軍疾攻惠州。又電請陳炯明接濟贛軍賴世璜部。賴部原屬李烈鈞。
粵軍收復潮梅後，乘勝疾進，右冀進佔志隆、龍川、河源。河源之戰，桂軍沈鴻英和林虎的主力慘遭擊潰。中路進佔永安，左翼由海陸軍聯合擊破三多祝，進抵平山，距惠州僅四十里。
自從粵軍攻克河源，平山後，桂軍已沒有抵抗能力。西江、北江革命軍乘勢突起。朱執信奉命偕吳禮和等策動虎門炮台起義，9月6日虎門炮台守兵正式宣佈獨立。
虎門守軍起義後，因降軍與鄧鏗之部隊發生衝突，情況嚴重，降軍要求朱執信蒞虎門，朱執信於9月21日冒險隻身入虎門要塞，因誤會被降軍包圍，朱一面懇切勸諭，一面後退，退至半途，為亂兵槍擊，竟以身殉，死時才36歲。
朱執信名大符，任俠苦行，精博能文，早歲追隨孫中山獻身革命，蒙難後孫悲痛逾恆。
粵軍回粵，進展順利，黃明堂、陳繼虞、周之貞、王鳴亞、胡文燦、李天德、梅萼等，各地民軍紛紛起義。西江、北江、瓊岸等處都落入起義民軍手中，陳自先集兵十八營，並繼續擴大收編，向高、雷方面桂軍進逼。
粵軍第一主要目標是惠州，桂軍全力固守，粵軍屢攻不下，孫中山乃致電閩督李厚基，請其迅速派兵支助粵軍，以收夾擊之效。閩粵合兵當可收復惠州，惠州得則廣州肇慶各地即不成問題。這時候閩軍旅長王永泉和廈門方面的軍隊已和粵軍合作，出發助防。
9月26日，廣州警察廳長魏邦平、廣惠鎮守使李福林在省城對岸河南宣告獨立。所有內河兵艦及廣三鐵路均為收復，駐紮江門警衛軍司令陳德春亦和魏李採取一致行動，在綏遠炮台組織辦事處。這樣一來，桂軍的交通全被扼斷。
10月1日孫中山致電湘督譚延-，促湘軍出師助攻，直下北江以攻桂軍。
魏邦平和李福林的獨立，搖動了廣州的桂系，而海軍亦逼桂系的粵督莫榮新離粵，莫榮新不得已乃倡調和之說用作緩兵之計，且用各種方法離間粵人，孫中山和唐紹儀、伍廷芳都致電魏李兩人，敦促他們迅速驅莫以安粵局。
粵局本可一鼓而定，不料粵軍進入粵境後，政治因素複雜，反而膠著不前，於是孫中山再促留在上海的蔣中正趕赴粵境，共圖收復廣州，惠州。蔣於9月30日由上海啟程，10月3日抵香港，拜奠朱執信靈樞；5日上午乘船至汕頭，登岸後即赴粵軍總部和各參謀晤面，並擬定作戰意見致駐紮老隆的陳炯明。
蔣的作戰計劃為左翼當獨立作戰，固守潮梅，海、陸豐暫時放棄亦可，目的在誘敵深入，俾鬆弛敵人在惠州的防務，以便右翼作戰。右翼可分為二部：一向龍門、增城前進，獨立作戰；一部固守河源、紫金，監視惠州，相機規取。如果直取博羅，反而促成桂軍死守死戰之心，可能曠日持久，轉不如西向龍門繞道。
作戰計劃擬定後，蔣即馳赴前線，加入右翼軍作戰。
粵軍新攻勢開始，桂軍在各戰線上俱露疲態，側面後方俱受威脅，士氣沮喪，戰鬥力大減。迫不得已，乃擬將惠州交與李根源，調回林虎、馬濟以對抗宣佈獨立的魏邦平和李福林。可是李根源卻孤軍難支，遭粵軍猛擊，損失子彈300餘箱，團長一名亦被擊斃，桂系的滇軍陷於極端困境。
10月20日粵軍第二軍軍長許崇智因病請假，由蔣代統其軍，聲威大震，所向克捷，桂軍三四千人棄泰尾焚掠民居向惠州潰退。
10月21日，粵軍第二軍進至黃麻陂，粵軍熊略部佔領橫瀝，鄧鏗部進至家公嶺與和平山的左翼軍聯絡。合圍後，粵軍乃於22日一舉攻克惠州城，桂軍向博羅鯉湖退卻。江門警衛軍和高、雷、欽、廉、瓊各處民軍四起應援，東江桂軍進退失據，廣州桂軍又陷於被圍攻中。這時候的桂系已成強弩之末，只希望能安全離粵就於願已足了。
10月23日陳炯明召集軍事會議於惠州，決定總攻廣州計劃。以左翼軍掃除增城的桂軍，向龍門埔前進，進攻廣州的西北；以中路軍掃除石龍的桂軍，沿廣九路右方前進，集中龍眼洞，擔任東面的攻擊；以右翼軍掃除東莞的桂軍，沿廣九路左方前進，攻擊廣州東南。
廣州的桂系坐困釜底，不得已遂於10月24日宣佈取銷軍政府，岑春煊、陸榮廷、林葆懌、溫宗堯等通電解除政務總裁職務。
桂系統治廣東的局面到此結束，附庸桂系的政客集團也同歸消滅。林葆懌本來是隨程璧光一同南下護法的，隨後受桂系的引誘，投奔桂系，現在桂系崩潰，林葆懌竟通電與北方海軍聯合。
25日粵軍第一軍攻克石龍，桂軍向增城、東莞退卻。
博羅、石龍相繼落入粵軍之手，廣州已無險可守，26日莫榮新率領殘軍於逃出廣州前，發出通電聲稱把廣東交還北京政府，同時取消西南自主，公然向北方投降。林葆懌、沈鴻英也潛逃無蹤。
27日粵軍進入廣州。
在東江的桂軍殘部由馬濟率領，繞道北江回桂，全粵遂次第光復。許崇智設軍部於廣州市內的潮州會館。
29日孫中山函勉蔣中正，有云：
「我所求者，惟期主義政策與我一致，即我所謂服從我卅年來共和主義，而豈若專制之君主，以言莫予違為得意耶？兄與英士共事最久，亦知我所以待英士矣。……執信忽然殂折，使我如失左右手，計吾黨中知兵事而且能肝膽照人者，今已不可多得，惟兄之勇敢誠篤，與執信比，而知兵則又過之。兄性剛而嫉俗過甚，故常齟齠難合，然為黨負重大之責任，則勉強犧牲所見，而降格以求，所以為黨，非為個人也。」
北方因岑陸等宣佈投降，遂頒南北統一之令，孫中山與唐紹儀、伍廷芳、唐繼堯正式宣言軍政府依然存在，西南護法，非為個人權利，北方如果有謀和誠意，唯有在和會中謀取解決途徑。
11月1日陳炯明抵廣州。
11月10日孫中山在上海的軍政府辦事處下令任命陳炯明為廣東省長，兼粵軍總司令，統一軍政，並取消督軍名義。這時候因為獨斷自專的桂系既已完全撤出廣東，孫所領導的軍政府本擬移駐雲南的計劃遂告打消，仍遷回廣州。
蔣中正這時在粵軍中，深感陳炯明處處有私心，因此於11月6日由香港搭輪去上海，行前留書給粵軍總司令陳炯明，指責他改變戰略。原來陳炯明包藏私心，置西江要地肇慶於不顧，反以中央軍派遣北江，名為掩護右翼軍回攻四會，事實上右翼軍既進至北江，攻克清遠，除直上韶關，肅清北江任務外，自不必折回四會，再完成西江任務之理。因此蔣認為陳炯明有私心，乃毅然求去。12日抵上海即晉謁孫中山，報告廣東情形，第二天再謁孫中山，這時孫得到粵軍第二軍軍長許崇智的來電，亦憤陳炯明所行所為，欲棄粵來滬。
但是，孫中山認為可以感化陳炯明，同時不應放棄以廣東為革命基地的打算。於是25日孫率伍廷芳、唐紹儀由上海動身赴廣東，國會議員已至上海的亦相繼動身去粵。
25日，粵軍攻克肇慶、梧州等地，肅清西江。陸榮廷最初揚言寧失廣西，斷不失廣東，可是現在桂軍形勢逼迫，唯有全部退出粵境。
桂系既已投靠北京政府，北京方面對陸榮廷不能不加以安置，於是特派陸榮廷督辦粵邊防務，並任命譚浩明為廣西督軍。
29日，孫中山和伍廷芳、唐紹儀抵廣州，通電重新召開軍政府政務會議。以廣州觀音山舊督署為軍政府所在。唐紹儀嫌府址不夠壯麗，移住亞洲酒店，伍廷芳兼外交部長駐觀音山軍政府內，孫則下榻粵秀樓。
軍政府恢復後，12月1日發表各部部長，內政部長由孫中山自兼，財政部長唐紹儀，交通部長唐繼堯，陸軍部長陳炯明，外交部長伍廷芳，司法部長徐謙，參謀部長李烈鈞，秘書廳長馬君武。唐繼堯在雲南，不能來粵，因此交通部長由王伯群代理，參謀部長李烈鈞率軍在外，亦以次長蔣尊簋暫代部務。
國會議員們一再播遷，由穗去滬，由滬去滇，由滇去渝，現在再集於廣州，出席議員220餘人。
軍政府雖然恢復了，實際上勢力僅及廣東一省，而陳炯明則心懷異志，對革命事業沒有信心。
民國以來，孫中山顛沛磨折，所憑借的革命基礎雖然薄弱，可是革命的意志，愈戰愈強，愈挫愈堅，這種革命魄力和革命抱負，真是古今中外所少見。