「自治」運動是南北戰爭和直皖戰爭後的一個新興主張，首倡自治的是湖南省，湖南是南北戰爭中兵家必爭之地，身受戰火洗劫最為浩大，因此逐漸地產生一種「保境息民」的願望，希望不介入國內政爭。
「自治」的性質和「獨立」或「自主」完全不同。湖南首倡自治，提倡制定省憲法，不受外力干涉，反對中央集權，反對客軍侵入湖南。
這個運動以後支配了北洋時代若干年，以後的若干年中，中央集權和聯省自治一直是兩個不同的觀念在互爭長短。
聯省自治運動的創始人之一，趙恆惕氏曾回憶當時倡議的經過如下：
「湖南主張聯省自治，譚公組庵實首倡斯議，日後余等之積極推行，實以完成譚公未竟之意旨而已。緣護法戰爭，湘省首當其衝，受禍最烈。張敬堯之荼毒三湘，尤令省民身受其痛。故九年夏湘省光復，譚公即於七月十七日以湘軍總司令名義發佈筱電，宣告湖南省自治宗旨，冀超出南北政爭之外，予省民休養生息之機會。當時上海北京各界名流多表同情。至於省治之初步展開，則在是年冬季翦除反側，安定全省之後。首先成立省憲籌備會，分湘中、湘西、湘南三路，挽省議會議長彭兆璜、國會議員吳景鴻、鍾才宏分任三路籌備委員。復敦聘名流專家王正廷，蔣方震、彭允彝、李劍農、湯漪等十一人為省憲起草委員。假岳麓書院開會草擬憲法，自民國十年三月中旬，迄四月中旬，前後凡一月，謝絕訪客，悉心起草。以後復召集審查委員會，詳細審訂修正。審查會由大縣推舉代表二人，小縣推舉一人組成。惜因種種關係，憲草之審查遲遲不能完成，而援鄂戰事又告發生。省憲之正式訂定與聯治運動之具體進展，乃在援鄂失敗之後。然而聯治之說已風行全國。國民苦於南北兵事有年，聯治運動有時雨之望。名賢紛紛撰論闡揚，川、滇、浙諸省相繼倣傚，而鄂人且乞湘援手，助成其省治之實現也。
直系王占元主鄂政有年，日事聚斂，所部軍隊復兵變迭起。當聯省自治運動盛行之際，鄂人乃圖驅逐占元自治，而苦無兵力，於是推李書成、蔣作賓、何成浚、孔庚等乞援於湘、川兩省，以達成其目的。
湖南既倡導省治於先，與湖北又有唇齒之誼，故慨允出兵相助。李、蔣等人並公佈湖北省自治臨時約法一件，舉蔣作賓為總監，孔庚領自治軍，而以留湘數年之夏斗寅部鄂軍為先鋒，湘省則遣宋鶴庚為第一師援軍主力。余曾躬赴前線視師。」
9年冬天起，各省都進行爭取自治，各省的團體爭取自治的通電和各省代表到北京請願實施自治的新聞，佔滿了報紙的篇幅，自治運動成為五四運動後規模最大的一項運動。
在北京，自治運動有兩個聯合組織，一個是江蘇、安徽、江西、山東、河南、甘肅、廣東、四川、福建、湖北、廣西、山西12省和北京市代表組成的各省區自治聯合會。一個是直隸、山東、河南、山西、四川、湖北、湖南、江蘇、江西、安徽、浙江、福建、廣東、廣西14省代表組成的自治運動同志會。在北京以外，天津成立了直隸、山東、河南、山西、陝西、熱河五省一區自治運動的聯合辦事處。上海成立了旅滬各省區自治聯合會。
「自治」這時成為時髦的名稱，軍閥們為了割據一方，要自治，反對軍閥希望保境安民的人們也以自治為號召。
自治運動發源於湖南，蓬勃於南方各省，但很快地就蔓延到北京政府的管轄區。長江流域掀起了廢除督軍和主張民選省長運動：江蘇省議會在李純自殺後，決議廢除督軍，江西省議會彈劾省長戚揚並通過民選省長案，安徽和湖北兩省也有同樣的呼聲。在北方，直隸省議會建議各省省議會派代表到上海於10年1月17日舉行聯省會議，討論制定省自治法的問題；甘肅各團體和旅京同鄉，在北京政府任命蔡成勳為甘肅督軍後，於9年12月31日發起拒蔡、廢督、和「甘人治甘」運動，嚇得蔡成勳不敢到任。
北京政府面對這個「離心」運動，也手足無措，例如：已經決定派王克敏為江蘇省長，由於江蘇團體的反對，又改派了江蘇籍的王瑚，已經任命孫振家為湖北省長，由於湖北團體的反對，又派了湖北籍的夏壽康。北京政府的困難是既不敢得罪握有兵權的各省督軍，不能隨便調動他們，所以只敢做到任命本省人為本省省長，以緩和各省自治浪潮。有軍權的督軍們當然反對北京政府這種做法，因為有的督軍想自兼省長，有的想用自己人為省長，所以常發生北京政府任命的省長，因事先未徵求各該省督軍的同意而被擋駕。一個活生生的例子，湖北省長夏壽康因為受到督軍王占元的反對，只得在漢口設立省長行署，不久就被驅逐下台。
其實，自治運動有一個先決條件，就是要廢除督軍，如果督軍制不能廢除，即使本省人做了省長，這個省長也只是一個傀儡，不可能發生什麼作用。即使督軍是本省人，也不過是自治其名，軍人專政是實。
自治運動是民國初年一項政治願望，可是這個願望是和軍人野心家的行動背道而馳的。
與「自治」相反的，是北京政府強調「統一」，由於桂系退出廣東時，宣佈撤銷軍政府和取消兩廣自主，因此北京政府即據以宣告「全國統一」。
北京政府於9年12月29日任命陸榮廷督辦粵邊防務，任命譚浩明為廣西督軍，李靜誠為廣西省長。30日任命劉存厚為四川督軍，熊克武為四川省長，劉湘為重慶護軍使，31日頒布對廣西及四川的軍要授勳令。10年1月31日改派陸榮廷督辦廣西邊防軍務。同時對於湖南、雲南和貴州三省則派員前往「接洽統一事宜」。可是北京政府的命令，只有廣西一省奉行，四川軍人除了劉存厚外，一致拒絕接受北京任命。湖南方面趙恆惕一再通電否認依附北方，雲南的唐繼堯和貴州的盧燾也對北京命令置之不理。
北京方面為了要在國際間造成已經統一的印象，因此自說自話的大作「統一」文章，在國務院下面成立「統一善後委員會」，並定每個星期四接待外國記者，宣佈和解答關於「統一善後」的各項問題。
為了促成表面的統一，北京政府於9年11月17日宣佈籌辦地方自治，這與滿清在宣統年間允許籌辦立憲一樣，只是想拖時間。當然不能滿足各方面的要求。由於以前國會被非法解散，因此制憲工作未能完成，各省自治運動的代表以及西南方面都主張，由下而上，由各省制定省憲法「省自治法」，規定一省的職權，實現省長民選，俾將來制定國憲時承認既成事實，將省憲納入國憲之中。
廢督是一個關鍵，北京各省區自治聯合會因為湖北在幾個月內發生兵變20餘次，人民生命財產都受到極大的損害，所以推舉代表請願罷免湖北督軍王占元，廢督即從湖北開始。總統徐世昌和國務總理靳雲鵬都不肯接見他們，派總統府秘書長吳笈孫、國務院秘書許鍾潞代為接見。吳、許兩人都很坦白地告訴請願代表說：「中央政府沒有力量裁兵，也沒有力度廢督。」代表們氣忿地說：「那麼我們要一個中央政府做什麼？我們還不如脫離中央政府」。許鍾潞冷笑說：「那也很好，反正中央是個空架子，你們脫不脫離都沒有關係。」
江蘇旅京同鄉在李純自殺後，推舉張一-為代表，請求徐世昌不要派新督軍，乘此機會從江蘇開始度督。但是結果如何呢？北京政府不止發表一個新督軍，還發表了一個包括江蘇地區的新巡閱使。
孫中山領導的廣州軍政府也反對自治，因為西南各省的自治破壞了軍政府，孫在廣州恢復軍政府的目的，在於出兵北伐，打倒北洋軍閥，西南各省的自治正是北伐的阻礙力量。
湖南是首先倡出自治的一省，也是第一個制定湖南省憲法的一省。湖南省憲法內容節錄如下：
序言：湖南全省人民為增進幸福，鞏固國基，制定憲法如左。
第一章：總綱：湖南為中華民國之自治省，以現有土地為區域，省自治權屬於省民全體。
第二章：人民之權利義務，人民在法律上一律平等，無男女種族宗教階級之區別。人民有保護其身體生命權，有保護其私有財產之權，有保護其居宅之權，有營業自由之權，有受教育之義務……等。
第三章：省之事權，包括地方制度及地方自治之監督，制定戶籍法及登記法，礦業農林之保護及發電，省內之軍政軍令事項，省警察行政事項……等。
第四章：省議會以全省公民直接選出之議員組織之，公民年滿卅歲以上，皆得被選為省議員，省議員任期三年，設議長一人，副議長二人，閉會時設常駐委員會。省長有重大犯罪行為，議員可提出彈劾。
第五章：省長及省務院
一、省長：省行政權由省長及省務員行使之。省長由省議會選出四人交由全省公民總投票決選，以得票最多數者為當選。當選後得愛國政府之任命。凡湖南公民年滿卅五以上在湖南居住五年以上者得被選為省長，現職軍人被選為省長時，須解除本職方得就任，省長任期四年，期滿改選，可連選連任一次，省長之職權包括：公佈法律及發佈執行法律之命令，統率全省軍隊管理全省軍政，任免全省文武官吏。
二、省務院下設內務司、財政司、教育司、實業司、司法司。省務院設於省長署內，省長為省務院長，各司長為省務員。各司司長任期三年。省務院設政務會議，省長依政務會議決定之施政方針對於省議會負其責任。
第六章：立法
第七章：行政包括財政、教育、實業、軍事
第八章：司法
第九章：審計處
第十章：縣制大綱
第十一章：市鄉自治制大綱
第十二章：本法之修正及解釋
第十三章：附則：省法律未公佈以前，中華民國現行法律及基於法律之命令與本法不相牴觸者，仍得適用於本省。國憲未實施以前，應歸於國之事權，得由省議會議決執行之。
湖南省議會以全省公民間接選出之議員組織之，凡有左列資格者皆得被選：一、曾在國內外專門學校畢業者；二、曾任薦任職一年以上，或委任職三年以上無過失者；三、曾任省縣議員三年以上者；四、曾任中等學校以上校長、教員二年以上者；五、曾任省縣公團法團職務五年以上者。省議員之名額暫定一百○八名，全省分三大區，一區卅七名，二區卅六名，三區卅五名。
湖南憲法會議第一次名單如下：
主席：荊嗣佑，副主席：江雋
議員：唐國珍，黃英灝，陳小元，湯日新，晏孝澤，嚴國楨，左全志，唐陶，雷飛鵬，王克家，陳振東，黃鉞，彭定均，周天爵，魯兆慶，胡毓楨，黃純垓，黃衍，楊華，陳堅，熊焱華，方榮煊，楊雲鶴，唐德度，李宗嶸，黃藻奇，何炳麟，賓步程，朱繼承，馬續常，曹典球，唐-，楊樹-，符定一，程子樞，李希賢，陳強，張聲樹。
主任秘書李鴻輝。
湖南省憲的制定，曾延聘王正廷、蔣方震、彭允彝、李劍農等十一人為省憲起草委員，審查委員則由各縣派選，縣選一人，大縣加選一人為審查委員，對省憲有修正之權，但決定權則屬於全省公民總投票。籌備工作由國會議員吳景鴻、鍾才宏及省議會議長彭兆璜主持。籌備了一年多，直到民國十一年元旦才公佈省憲法。
四川的各派各系軍人聯合驅逐滇黔軍時，曾在重慶成立聯合辦事處，推第二軍軍長劉湘為處長，第一軍軍長但懋辛，第三軍軍長劉成勳為副處長。這個聯合辦事處長等於就是督軍或者總司令。
早在9年12月10日，四川軍人在重慶開了一個軍事會議，在會議中已經作了四川自治的決定，這個決定由全體川軍將領署名公佈。四川是繼湖南之後第二個宣佈自治的省份。
北京政府認為四川已傾向北方，於是發表了劉存厚為四川督軍，熊克武為四川省長，熊於10年1月12日通電拒絕接受省長，21日全體川軍將領聯名通電否認北京政府對四川的人事命令，在這種氣氛下，傾向北方的劉存厚也不敢接受督軍任命，同時也只能贊成自治，在成都掛起了籌備自治的招牌。不過劉存厚內心仍願靠攏北京，所以他打了一個密電到北京，表示自己始終擁護「中央」，由於目前四川環境特殊，所以不能公開表示態度，請「中央」予以諒解。這時北京政府正因為在四川問題上丟了面子，碰了釘子，所以就把劉存厚的密電公佈出來，藉以遮羞。這一來劉存厚變成川人之敵，大家罵劉口是心非，甘心降北。劉存厚丟了人，於是打電報到北京，埋怨北京政府不該把他的密電公開，使他無地自容。使劉存厚更尷尬的，還不只此，他曾收買劉湘的部下，以軍長職務為餌，引誘劉湘的部下第二師師長陳能芳倒戈，結果被劉湘發現，即將陳能芳撤職。同時在唐繼堯還未下台時，劉存厚派周揚前往昆明，勸唐反攻四川，自己願為內應，周揚經過嘉定時，被第八師師長張體乾捕獲，搜出劉存厚的親筆信和秘電本，於是把周揚移送在重慶的「聯合辦事處」處理。
由於這一連串的事件，使川軍一二兩軍將領大為憤激，他們聯名斥責劉存厚「阻撓自治，傾心北廷，包辦選舉，自居督軍，擴充軍隊」，並決定第一軍擔任北路，第二軍擔任東路，兩路會攻成都。
「聯合軍」要取成都，劉存厚所屬的邊防軍司令賴心輝首先倒戈，由保寧開往潼川，綿陽來會合北路軍，劉存厚所屬的陳國棟、唐廷牧兩師長也派人與劉湘勾結，鄧錫侯、田頌堯兩師長則採取了觀望的態度。
在眾叛親離，土崩瓦解的形勢下，3月12日劉存厚在成都被迫通電下野，退往灌縣，在離開成都前，所部交成都衛戍總司令、第三軍軍長劉成勳接收。
聯合軍開進了簡陽、新都，對於退往新繁、彭縣的鄧、田兩師採取了和平辦法，予以吸收改編。
川軍將領公推劉湘繼任川軍總司令。
劉存厚集合了他的部下萬餘人退往陝南寧羌一帶，準備重整旗鼓。
貴州是僅次於湖南和四川之後，第三個宣佈自治的省份，它是於10年1月28日宣佈的。
貴州軍人有兩個系統，一個是舊軍，以劉顯世為首；一個是新軍，以王文華為首。民國初年，黔軍經常侵佔湘西晃縣、洪江一帶，這些地區是出口鴉片和交換軍火物資的交通孔道，黔軍和湘西地方軍人朋比分肥，所以大家水乳交融，相安無事。湖南當局對於這塊地方，有「雖鞭之長不及馬腹」之感。睜一隻眼閉一隻眼，不予理會。
護國討袁時期，黔軍團長王文華調往四川作戰，劉顯世改派舊軍統領王華裔進駐湘西。後來王文華升任師長，授川黔軍總司令等職，因此貴州的新軍便逐漸抬頭，力量也一天比一天超過了舊軍。
9年10月王文華的黔軍退出重慶，有意回師貴陽奪取督軍寶座，但王文華是劉顯世的外甥，因此不大好意思，乃派盧燾代理黔軍總司令，命他率軍回黔，奪取貴陽，王文華自己卻悄悄地跑到上海，隔岸觀火，坐觀其成。
盧燾率軍回黔，劉顯世無力抗拒，乃放棄貴陽，循滇黔公路到了昆明，擬求助於唐繼堯。同時派其心腹將領袁祖銘到湖北求助於王占元。
劉顯世也知道王文華是盧燾的幕後指使人，所以恨王入骨，袁祖銘經由漢口到上海，收買上海的流氓，打算把王文華刺死。10年3月16日，王文華在上海一品香飯店被流氓刺殺，當場斃命。
王文華遇刺後，無形中替盧燾造成了機會，他在獲知王文華的正式死訊後，就由代理總司令自動調整為貴州總司令了。
劉顯世到了昆明不久，他所托庇的唐繼堯也被部下趕走，倉皇離開昆明，其命運一如劉顯世之離黔，後來湖北的王占元也垮了台，因此，劉顯世想借助外力復辟再起的計劃便落了空。
袁祖銘因為和王占元有香火緣，因此搭上了直系新興領袖吳佩孚，所以取得了軍費和軍火的接濟，偷偷地折返，在湘鄂邊境組織了一支武力，號為「定黔軍」。由於這支「定黔軍」是北方軍人所支持，因此盧燾便和北方為敵。
10年4月2日盧燾通電響應聯省自治，並且組織了省憲會議。
早在3月間，他已正式接受廣州方面的任命，為貴州總司令了。
趙恆惕（炎午）先生曾就當時湖南倡言自治，及應付當時湖南內外情勢種種闡敘綦詳，特錄如下：
中江仁世先生文席：讀五十五年十一月六日北洋軍伐九七二段大著，謂鄙人以自治號召，保境息民。一方面以川、滇、黔、粵四省，成立聯省自治陣線；一方面又與鄂、贛兩省成聯防條約云云，事實殊未能如此。敞省倡言自治，並未注重聯省。意在各制省憲，合制國憲。如省憲與國憲條文有衝突時，即須改省憲。故湖南省憲，絕無聯省字句。當時西南情形，盧燾主黔政，而非黔籍。故對自治極冷淡。四川省軍各據防地，不能統一，僅與楊子惠（森）、熊錦帆（克武）、劉甫澄（湘）有往來，其他首領，絕無交往。雲南唐、顧之爭正劇，相距稍遠，通訊亦難。廣東客車各有防地，既不統一，難言自治，僅與許汝為（崇智）因同學關係，又有許崇清之聯繫，故有往來。陳競存（炯明）及其他軍要，殊少交涉。西南各省情形複雜，故不能積極以自治相勸請。僅於李宗仁、白崇禧主持桂政時，見其朝氣勃勃，努力圖治，全省統一，曾力勸其制訂省憲，亦因湘桂交通較便，故亟思結合，成一堅固之自治陣線，庶幾於省防省治，皆有大益。此為當時西南之實際情形也。至於鄂、贛兩省之主政，皆為北洋軍伐，絕無成立聯防條約之事，不獨自毀護法立場，亦且堵塞自治路線。倘有聯防條約，則援鄂之役，彼豈不嚴詞詰責耶？自問當時對時事極隔膜，政略更幼稚（當時倘能了知如大著所述各方情形，則應付必較靈活，貢獻國家必有可觀）。亦因連年戰事，民力凋敝，財政枯竭，即派遣代表旅費，往往籌措維艱，遲延甚久，或竟終止。如此豈能於競爭角逐之場，有以自立耶？……當時孫中山在桂休，急欲北伐，我以北洋勢力尚盛，須整訓兩年，政軍並修，則勝算可期。未得孫中山許可，乃與胡毅生商定湘粵米鹽互換以裕餉源。軍事則有兩種計劃：一、湘粵軍分路作戰，即粵軍利用鐵路由岳州羊褸司進攻蒲圻。湘軍則由平江長壽街抄襲蒲圻，以收夾擊之效。亦因湘軍路線較熟，步行較便也。二、湘粵軍混合作戰，岳州與平江由湘粵軍聯合擔任。請由孫中山裁定。並派參議員李漢丞至桂林歡迎，惜因陳炯明叛變，此計落空。……此頌。撰
祺
弟趙恆惕啟十一月九日