9年7月2日徐世昌正式下令批准靳雲鵬辭職，靳在請假期間，國務總理是由薩鎮冰代理。靳辭職後，亦竭力推薦周樹模組閣，自己願意擔任陸軍總長。靳的堅決求去，是因為安福系三總長遇事和他作對，而在直皖兩系磨拳擦掌，躍躍欲戰的局勢中，他感到左右作人難，更怕皖系以叛徒名之，所以他急於求去。他之所以願意退居陸軍總長地位，是怕他不做，小徐便乘機攫去，他和徐樹錚同名列段手下的四大金剛，可是兩人卻勢同水火。
北京雖忙於新閣問題，而保定關心的卻是小徐解職的問題，張作霖與曹錕裡應外合地催促罷免徐樹錚。吳佩孚宣稱非取銷籌邊使不可，如有反對，決先解散國會，盛傳吳軍已開抵長辛店。
7月4日，徐世昌在總統府舉行特別會議，參陸處員均到，會議結果，對西北軍決用部令改歸部轄。西北軍司令部即撤銷。徐樹錚開去籌邊使，改任將軍，遺缺由李垣署理。散會後即由總統府擬定命令共有三項：
（一）特任徐樹錚為遠威將軍。
（二）徐樹錚應即開去西北籌邊使，留京供職，西北籌邊使著李垣暫行署理。
（三）西北邊防總司令一缺著即裁撤，其所部由陸軍部接收。
這些命令，徐世昌認為是根據29日徐段張三巨頭會談時所決定的，當時段在會談時並未表示反對，可是段祺瑞則認為他在會談中沒有同意這個決定，段認為徐世昌是自己扶起來的傀儡，現在竟依靠「地方藩鎮」勢力而自專自行。對於徐樹錚的處置不經辭職而予免職是不給面子，也不顧及段的顏面，所以命令發表時，段在團河大怒大罵。
靳雲鵬辭職獲准後，依法閣員應隨總理同進退，所以代理總理薩鎮冰主張聯帶辭職，可是安福系的三位總長都出而反對，相約不提辭呈。當總統准靳氏辭職時，即打算提名周樹模為國務總理，咨請同意案送至國會，而安福系的國會議員則相約以不開會抵制，以阻止周樹模的提名。
迨徐世昌不待徐樹錚自請辭職而予以更調，段為之震怒，安福系議員更形憤激。
7月5日段祺瑞以邊防督辦名義命令邊防軍緊急動員，邊防軍下級軍官聯名上書請求說明開拔地點和作戰任務。段向他們作了一次簡短訓話，鼓勵他們奮勇作戰，如果這一戰不能打勝，不但他個人失敗，邊防軍也一定不能存在，全體官兵的命運均將不堪設想。
同一天，西北軍五個旅長都有電報挽留徐樹錚仍供原職，久病不起的段系大將倪嗣沖，也到了北京，可是他的病勢沉重，一抵京即赴北戴河養病去了。
北京城頓成謠言城、恐懼城，達官貴人紛紛出京避難，東交民巷的使館區和外國飯店都告客滿，張作霖也搬到奉天會館來加強戒備。
7月6日徐世昌又請張作霖去團河再作最後一次努力，這天段的火氣很大，咆哮著說：「罷免吳佩孚，萬事皆休！」張說：「這恐怕辦不到吧！」張作霖勸段冷靜，應該化大事為小事，退一步著想。段聽了很不耐煩地說：「你回你的奉天，不必管這兒閒事。」張聽了一聲不響就告辭而去。
這時，段派積極備戰，直軍亦佈置防線，不遺餘力。7日深夜1時，張作霖並未與任何人作別，悄然乘車出京，在軍糧城下車，隨即宣言「局外中立」！
8日午前，段祺瑞由團河回到北京城，在將軍府召集全體閣員及軍政首要舉行聯席特別會議，靳雲鵬等均列席，出席人員逾800餘人。段極端憤怒，決定呈請總統將曹錕、吳佩孚、曹-免職。交段親自查辦。下午國務院開臨時會議，結果吳佩孚予以免職處分，曹錕則改為褫職留任，由交通總長曾毓雋、司法總長朱深送府蓋印。
段在將軍府議決懲辦曹吳後，明知曹吳一定反抗，必至兵戎相見，乃退至私宅，召集近畿各師長，討論出兵計劃，決定派出五師，以曲同豐所部邊防軍第一師為第一線，劉詢所部第十五師為第二線，陳文運邊防軍第三師為第三線，李進才第十三師為第四線，魏宗翰第九師為第五線。同時命交通部轉飭京漢路局趕備專車輸送。這一來，驚惶的北京城，更為恐慌，紙幣驟跌，要人家眷紛紛遷徙，箱籠什物遍街觸目。情形一如張勳復辟前後。
段祺瑞呈徐世昌請拿辦曹吳呈文云：
「呈為揭劾奸凶，呈明拿辦，以整綱紀而振人心事。竊維國於天地，必有與立。法制紀綱，人人所應恪守。封疆大吏，膺方面之重寄，為群眾所具瞻，宜如何正己率屬，恪供爾職，雙報國家倚畀之隆，而盡守法服官之責。若曹錕者，始以第三師長奉派入川，無功而歸，尚無大過，適直隸督軍員缺，遂以畀之，意尚不滿，尋與張勳歃血為盟，秘圖復辟。討逆軍突起馬廠，聲威甚盛，曹錕中懾，乃請附義軍，首鼠兩端，論功已屬可恥。事未幾即定，而彼驟增三旅，並要請上將頭銜，比因湘戰方亟，姑予報可，授以兩湖宣撫使之任，兼第一路總司令，俾率眾南征。詎彼徘徊漢上，擁兵不前，繼假吳佩孚轉戰之力，獲拔長岳，而曹錕不以為喜，反從而嫉妒之。政府擬任吳佩孚為湖南督軍，曹錕則再四力阻，惟恐其名位出己上，嗣授以孚威將軍，而曹錕仍怏怏，時出怨言，謂政府將奪其所部。於是委師北旋，逍遙津保，嗾使吳佩孚叛變。一則要請經略四省，再則懇求增兵四旅，挾勢邀賞，不獲不休。政府欲資勞以收統一之效，遂不惜委曲以徇所欲，盡允其請，而卒未出保定一步。今大總統當選時，吳佩孚以曹錕部將仍敢妄肆詆毀，稱曰五朝元老，至就任後，猶稱東海先生，未賞一盡敬上之禮，與入衡前行止頓異。電文具在，海內切齒。曹錕不惟不加約束，反曲代辯解，縱容指使，情節已屬顯然。吳佩孚駐守衡州，暗與敵通，受賄六十萬無，沿途使用廣東毫洋，證據確鑿，無可諱言。擅自撤防，叛不奉命。逗留鄂豫，嚇詐金錢。盤踞京漢隴海各路，檢查郵電，梗阻交通，搜檢行人，礙及商旅。又監視鞏縣兵工廠，私留部械，扣阻陸軍部採購之軍米，意令京軍絕食。截留發給江西之槍彈，意令贛軍陷敵。目無政府鄰省，跋扈恣睢。而曹錕乃派兵橫出京奉、津浦各路，監視德縣兵工廠，遙與為應，且令所屬津保一帶隊伍，群向京師修築炮台，作長圍之勢。其膽大妄為，罪惡擢發難數。此次湖南失事，全出曹錕奸詐所蔽，自知湖南淪陷，無顏居湘、鄂、川、贛四省經略之名，乃更覬覦直、魯、豫、晉四省巡閱之職。覬覦而不遽得，羞懼無可掩飾，則妄造黑白，攻擊西北邊使，迫挾元首，違法出令，以洩驕蹇之氣。外蒙全境，大逾內地數省，辛苦收回，未費國家一錢，較之喪失湘省損兵棄械，害民禍商，相去何啻天壤。不知為國進賢，乃獨數數勾通陸榮廷，誘惑元首，屢請起用復辟罪魁之張勳，誠不知是何肺腸矣。至其貪墨黷貨，不恤士卒，尤堪痛恨。南征時國庫奇絀，強索軍費數百萬元，……其一切貪謀秘計，均由其弟曹-為之布畫，亦難兄難弟也。本上將軍創建民國，至再至三，參戰一役，費盡苦心，我國國際地位，始獲超遷。此後正當整飾紀綱，益鞏國基，何能聽彼鼠輩，任意敗壞法律，牽惹外交，希圖搖動邦本。謹用揭明罪狀，上請大總統迅發明令，褫奪曹錕、吳佩孚、曹-等三人官職，交祺瑞拿辦。餘眾概不株連。整飭紀綱，以振人心，而定國是，去腹心之患，則統一可翹足而待。兵隊現經整備，備齊即發，伏祈當機迅斷，立渙大號，與天下更始，不勝激切屏營之至。謹呈大總統。」
段祺瑞及內閣分別呈請要求懲辦曹吳，徐世昌頗有難色，因為這命令與前令大相逕庭，所以不肯簽署。於是段派乃以重兵圍總統府，強迫徐世昌依允；並由邊防軍傳出消息，如8日午夜免曹吳令不下，則琉璃河方面當於9日上午首先開火。徐世昌在威迫情形下，不得已乃將內閣送呈懲辦曹吳之令蓋印發下，這時已是9日午前。
懲辦曹吳令如下：
「前以駐湘直軍，疲師久戍，屢次籲請換防，當經電飭撤回直省，以示體恤。乃該軍行抵豫境，逗留多日，並自行散駐各處，實屬異常荒謬。吳佩孚統轄軍隊，具有責成，似此措置乖方，殊難辭咎，著即開去第三師師長署職，並褫奪陸軍中將原官，暨所得勳位勳章，交陸軍部依法懲辦。其第三師原系中央直轄軍隊，應由部接收，切實整頓。曹錕督率無方，應褫職留任，以觀後效。軍人以服從為天職，中央所以指揮將帥者，即將帥所以控制戎行。近年綱紀不張，各軍事長官，往往遇事輒托便宜，以致軍習日漓，紀律因之頹馳。嗣後各路軍隊，務當恪遵中央命令，切實奉行，不得再有違玩，著陸軍部通令遵照。此令。」
9日，邊防軍第三師開赴廊房，邊防軍第一師與陸軍第九師、第十三師、第十五師開向長辛店、盧溝橋、高碑店一帶。10日段在團河成立定國軍總司令部，自任總司令，派徐樹錚為總參謀，段芝貴為第一路司令，曲同豐為第二路司令兼前敵司令，魏宗翰為第三路司令，傅良佐為總參議。
同一天，外交團照會北京政府，如果戰事危及外僑生命財產，中國政府應負完全責任。中國軍隊不得攜帶武器入城，飛機不得在北京上空飛過。這些限制對邊防軍頗不利。可是意大利公使卻將使館內所有軍火秘密售予邊防軍，曾毓雋也從日本三井洋行借到100萬元為邊防軍開拔費。
保定方面自獲悉北京發表懲辦曹吳命令後，軍心憤激，一意主戰，毫無迴旋餘地。曹錕於9日上午親自到津行誓師禮，派吳佩孚為前敵總司令。吳宣言將親率三軍，直向北京，驅老段，誅小徐，所部定名為討賊軍，設大本營於天津，設司令部於高碑店。
討賊軍前敵總司令吳佩孚出師前發表通電如下：
「各省督軍、省長、省議會、各團體、各報館均鑒：自古中國嚴中外之防，罪莫大於賣國，丑莫重於媚外，窮凶極惡，漢奸為極。段祺瑞再秉國政，認仇作父，始則盜賣國權，大借日款，以殘同胞。繼則假托參戰，廣練日軍，以資敵國，終則導異國之人，用異國之錢，運異國之械，膏吾民之血。絕神黃之裔，實敵國之忠臣，民國之漢奸也。路線者國脈所在，而南起贛閩，北迄蒙滿，要鍵無存者矣。軍隊者國本所托，而上自軍官，下至下士，完全易漢幟矣。大逆不赦，中外所聞，斯而可忍，人心盡死。佩孚等束髮受書，嘗聞大義，治軍而還以身許國。誓不與張邦昌、石敬塘、劉豫、吳三桂之徒，共戴一天。賊生則我死，我生則賊死。寧飲彈而瞑目，不為外奴以後亡。往者憂衷百結，以段祺瑞為軍閥老輩，因嘗眷念私交，不忍遽伸大義。但冀稍有悔悛，亦復不為己甚。故請懲從犯安福妖孽徐樹錚等，以私曲獲，此佩孚之私意，諒亦國人所矜察也。乃其日暮途窮，匪惟不悔，尤復倒行逆施，甘心舉民國以送異族，躬為操莽，既一逐黃陂，再驅河間，今復威迫元首，失其自由，偽造亂命。暴戾陰狠，為振古所未聞；篡上賣國，尤中外所罕睹。夫共和主權在民，總統為民之公僕，元首袒賊以賣國，吾人盡忠報國亦當權衡輕重，況在失其自由被脅之亂命，佩孚等個人縱本末顛倒，不難伏首以就戮。為國家計，亦安能荒軍人之天職，貽百載之笑罵。事變至此，惟有忍涕揮戈，以與賣國賊盜相周旋，但令悃悃血誠，為我四萬萬父老昆季所洞鑒。佩孚等雖死之日，猶生之年，刀鋸斧鉞，非所敢恤。世或不察，目為皖直之爭，愚懷耿耿，竊所未平。南北本屬一家，直皖豈容二致。今日之戰，為討賊救國而戰，為中國民族而戰，其幸不辱命，則佩孚等解甲歸田，勉告無罪於同胞。其戰而死，為國人爭人格，死亦有榮無憾。諸公或握軍符，或主清議，奮發討賊，當有同情。若其-中外之防，忘國家之義，坐令國土陷於異族，子孫淪為奴隸，千秋萬世，自有公論，非佩孚等所敢聞矣。涕泣陳辭，伏惟公鑒。討賊軍前敵總司令吳佩孚率直軍全體同叩。」
直軍全體將士致邊防軍西北軍陸軍第九師第十三師第十五師忠告書云：
「敝軍前次致邊防軍西北軍書，諒邀鑒及。謹再為親切懇摯之忠言，敬告於前線全體將士曰：同室操戈，為軍人之大恥。我輩同屬國軍，情猶兄弟，斷無鬩牆私鬥之理。貴師旅處段徐指揮之下，強迫開赴前線，與敝軍為敵，必非出於本心。何則？敝軍既非背叛中央，又非反抗元首，更非有爭權奪利野心。貴師旅何至與敝軍為仇，敝軍所以討段祺瑞徐樹錚，討安福系者，原為救國救民，想貴師旅亦深表同情。試想南北戰爭，何人作俑？賣國媚外，何人作倀？國危民病，何人作祟？追原禍始，段為戎首，徐為禍水，而安福則助虐者也。詎以堂堂國軍。桓桓武士，而甘為賣國賊作鷹犬耶？彼軍閥利用愚民政策，動輒曰擁護中央，服從命令，試問段命徐樹錚包圍公府，軟禁元首，為擁護中央耶？抑危迫中央耶？貴師旅此次出師，攻擊直軍，為元首命令耶？抑為段徐命令耶？徐樹錚奪取印信，大總統已失自由，國軍處此，應助元首除段徐耶？抑助段徐逼元首耶？稍有常識者類能辨之。元首幽囚之日，正軍人救國之秋，軍人坐視不救，已有負天職，若此軍起而救之，彼軍則進而擊之，有是理耶？自問良知，當能自解。敝軍聲討安福，為救國也，貴師旅進攻敝軍，亦為救國耶？自貴師旅束裝出發，敝軍已準備完全，所以相持七日，列陣以待，未即猛烈攻擊者，正不忍同室操戈，輕啟炮火，演煮豆燃萁之慘劇。夙仰貴師旅袍澤兄弟，深明順逆，洞曉大義，若能去逆效順，幡然來歸，敝軍敬當全體歡迎，簞食壺漿以犒從者。如有富於國家思想，奪勇為民除害，殲除安福渠魁者，敝軍尤當盡禮致敬，雖為執鞭，亦所欣慕。燕趙古稱多慷慨悲歌之士，見義勇為，當不乏人。軍人報國自屬天職，為救國危亡計，為拯民水火計，為國軍名譽計，為諸君前途計，均當審擇利害，棄暗投明。良禽擇木而棲，賢臣擇主而事，熱不息惡木之陰，知命不立巖牆之下。人非至愚，終能覺悟，孰甘為一家一黨供私鬥哉。敝軍所與誓與不兩立者，不過少數安福系賣國黨魁耳。對於貴師旅袍澤兄弟，無絲毫惡感。近日貴師旅仗義來歸者，日見其多，敝軍鹹與優禮相待，親愛有加。出谷遷喬，則薰蕕自判，助紂附逆，則玉石俱焚。孰得孰失？何去何從？根據天良，當可自決。掬誠忠告，可質天日，敬布腹心，惟希朗照。直軍全體將士忠告。」
同時曹錕有聲討安福系的通電云：
「……邇來安福系力竭勢窮，覆亡在即，猶復設詞誣捏，謠惑聽聞。或謂此舉為直皖之爭，或謂其中寓復辟之意，挑撥離間，肆彼陰謀。……查各省聯軍。此次義舉，純為救國，良以安福係數年以來，假借段、徐。把持政權，陰行賣國，橫挑內亂，種種罪惡，罄竹難書。各省同志，或綰軍符，或膺疆寄，對於國家大局，人民安寧，當負完全責任，且外觀列強之大勢，俯察人民之呼號，長此任彼橫行，深懼國將不國，是以不顧利害，共起義師，絕無私意於其間。……總之，錕等此役為國家安全計，為正當防衛計，不得已而用兵，是非曲直，事實昭然。苟有私心，不但無以對同儕，而且無以對天下。敬布誠悃，正式聲明，惟祈公鑒。曹錕印。」