南北和會除了地點、人數、名稱問題難以解決外，還有兩個實際難題，一個是陝西省停戰問題，一個是段祺瑞主持的參戰軍的存廢問題。
關於陝西問題要從陳樹藩說起，陳樹藩是陝西安康人，在陝西軍中當下級軍官，一步一步地爬到旅長地位。民國5年乘各地討袁，陝西革命黨人胡景翼發難活捉陝西將軍陸建章長子陸承武，逐陸建章出關，陳樹藩乃乘機率軍由大荔馳至三原，組織陝西護國軍，自稱總司令，進入西安，綜管省政，向段祺瑞遞門生帖，5年10月正式升為中將，取得督軍地位，變成了皖系附庸軍閥之一。
陳在陝西驅逐了省長李根源，儼然關中之王，剋扣軍餉，橫徵暴斂，勒種鴉片，聲色自娛。由於他的胡作非為，陝人無不切齒。6年10月耿直以警備軍在省城舉義討陳，巷戰兩晝夜，失敗走蒲城，死城下。郭堅亦在蒲城自立。11月胡景翼所部營長張義安舉兵三原，擊敗陳樹藩部下曾繼賢、嚴錫龍軍，進迫西安。7年1月胡景翼在三原成立陝西靖國軍。陳樹藩打長途電話給胡說：「你不要把對付陸建章的手段對付我，你是認錯人了。陸建章年過五十，腰纏千萬。六年前我是一個窮學生，現在仍是一個窮軍人，誰反對我，我就和誰拚命。」
陳雖大言不慚，可是陝西反陳的民軍遍地皆是，曹世瑛率部自陝北來。盧占魁率蒙古騎兵數千人占榆城。高峻則佔領白水、韓城及沿河諸縣。樊鍾秀則率河南民軍戰於省南，襲擊潼關。張義安圍省城，陳樹藩偽稱求和，張乃撤退至-縣，陳樹藩大軍至，張義安措手不及戰死，鄭寶珊、董振五以餘眾退渭北。陳樹藩乃向北京及鄰省河南乞援。段祺瑞命河南鎮嵩軍統領劉鎮華援陝，即以劉為陝西省長。
7年6月，陝西靖國軍公請在上海辦報的革命元勳於右任回陝主持西北革命大計。於乃偕王玉堂取道山西渡黃河，向北經宜川、延長而抵三原，就任陝西靖國軍總司令，以張鈁為副司令，井勿幕為總指揮，下轄郭堅、樊鍾秀、曹世瑛、胡景翼、高峻、盧占魁等六路。惠又光一旅則屯渭北省西。
10月中旬靖國軍誓師討陳，先渡渭水。渭南守將姜宏謀與胡景翼原有私交，即開城迎降，胡單騎入城接洽收編，不料乃是詐降，當場將胡扣留，並解往西安。
陳樹藩頗懂政治，他不殺胡，卻要脅胡寫信給他的部下投降，胡也答應寫信，但他在信中使用暗號，表示自己決不投降陳樹藩，於是胡的部下便推舉支隊長岳維峻代理司令。陳樹藩派員赴胡部招撫，又派第三旅旅長李天佐到板橋，均被靖國軍擊斃。
7年11月下旬，靖國軍總指揮井勿幕受於右任命迎葉荃軍於西路，會商共同作戰方略，歸途經鳳翔到興平防地，陳樹藩使民軍內奸李棟材偽造郭堅的函件，邀井到興平南仁村開會，井不疑有他，於11月21日輕騎前往，遂中計被殺，李棟材把井的首級帶到西安去報功。
於右任令四路軍副司令田玉潔裹帛為首，將井的遺體葬於涇陽。於有哭井勿幕詩：「十日才歸先軫元，英雄遺憾復何言。渡河有恨收群賊，殉國無名哭九原。秋興詩存難和韻，南仁村遠莫招魂。還期破敵收功日，特起邱山擬宋園。」
陝西靖國軍先後受到胡景翼和井勿幕兩事的挫折，但仍繼續有開展，南北和會召開時，陝西靖國軍的六路軍在陝西全境奄有廣大的地盤。其分佈是：第一路司令郭堅駐防乾縣、武功、岐山、扶風、眉縣。第二路司令樊鍾秀駐防。第三路司令曹世瑛駐防交口、高陵、三原、乾城、洛川。第四路代司令岳維峻駐防涇陽、三原、富平。第五路司令高峻駐防-陽、澄城、關山、興市。第六路司令盧占魁駐防三原、高陵、同安、耀縣。還有雲南督軍唐繼堯所屬川滇靖國軍也進入平利、興安、鎮巴、紫陽一帶。而陳樹藩所保有的地盤，一天比一天小。
就和會來說，南北兩軍的主要戰場在湖南，陝西不算是重要戰場。可是因為湖南戰場發生了變化，段祺瑞便想在陝西開僻第二戰場，藉以繼續南北戰爭。所以在和談進行前，他調遣大批北軍投入陝西戰場，以圖在短期內消滅陝西民軍。他稱陝西靖國軍為土匪，不承認為南軍，並把陝西的軍事行動說成是剿匪，以示與南北戰爭無關。
段派赴陝的軍隊是奉軍許蘭州部，和會召開時，又調第四混成旅張元部開入陝西，並令甘肅督軍張廣建出兵長武、-縣，與駐防鳳縣的陝南鎮守使管金聚（兵力有一混成旅），以及由四川逃到漢中的劉存厚（兵力約有兩師），合力進攻靖國軍。這一來陝西境內的北軍與靖國軍雙方兵力共達20萬人，因此陝西全省成為一座滿目皆兵的大軍營。
和會召開前，南北雙方都曾下過停戰令，約束雙方軍隊各守原防，一切問題留待和會處理。但是段祺瑞卻要了一個花樣，提出所謂南北兩軍佔領區應當維持戰爭發生前的狀態，這就是說，陝、閩、鄂西南三個地區內的南軍都是在戰爭時期發展起來的，這些地區都應當退還北方。他又進一步提出所謂剿匪問題，誣蔑陝、閩、鄂三省南軍為土匪，剿匪不是打南軍，剿匪區域不應當劃在停戰區域內。
由於北方提出剿匪問題，南北雙方於是又展開了「匪」與非「匪」的筆戰。北方把郭堅、樊鍾秀、盧占魁等都說成是土匪。南方質問說，難道於右任也算是土匪嗎？北方承認於右任不是土匪，勸他快快離開匪巢。南方又質問說：「難道陳樹藩所收編的王飛虎、白翎子、徐志毛等都不是土匪嗎？」
南方議和代表到上海後，提出條件，要求全面停戰包括陝西在內。李純提出五項建議：（一）停戰區域包括陝、閩、鄂三省。（二）北方援陝、援閩軍隊均停止前進。（三）雙方議和總代表共同派員到陝西監視停戰。（四）陝、閩、鄂三省由雙方將領劃定停戰區。（五）雙方在劃定區域內剿匪衛民。
除了陝西停戰問題外，還有一個是參戰軍問題。第一次世界大戰已經結束，參戰問題已不存在。可是段系的人已把參戰督辦改為邊防督辦，參戰軍改為邊防軍。同時把參戰借款提用來編組邊防軍。徐樹錚出長西北邊防籌備處。
邊防軍成立了四個師，由傅良佐、曲同豐、陳文運、馬良為師長。這是段對北洋軍失望後，欲以新軍來統一全國的第一步。西南方面在和談前即提出撤消參戰督辦，停止參戰借款，廢止中日軍事協定，解散參戰軍等問題。不過西南方面也知道，如果要北方履行這些條件，徐世昌是無能為力的，這樣一來豈不是把問題更搞糟了。所以這些問題便不作先決條件而作為議題交付和會討論。
中國派遣代表出席巴黎和會的人選問題也是南北雙方爭端之一，這也是對政府的權力問題之一。北京政府指定以陸徵祥為代表團團長，顧維鈞、王正廷、施肇基、魏宸組為代表。這個代表團名單中只有王正廷一人是西南方面的，因此西南方面要求加派伍朝樞和王寵惠二人為代表。
前面曾提到北方議和總代表人選問題。本來徐世昌主張由李純擔任，皖系全力反對，梁士詒也被安福系反對，段想要王揖唐擔任，王是安福系首領，西南護法就是反對安福國會，王揖唐自然不是一個適當人選，徐乃宣稱王是眾議院議長，與梁士詒是參議院議長同樣不適宜於擔任議和總代表。最後徐接受了梁士詒的意見，梁北返前在香港曾和唐紹儀見過面，唐表示朱啟鈐是個適當人選。徐乃提朱為總代表。王揖唐和朱啟鈐都是徐世昌的拜門學生，王后來變成段的私黨，而朱則是舊交通系，所以和徐仍保持良好關係。
西南對於朱啟鈐為北方總代表，也有不滿的聲浪，非常國會中約有100名議員聯名通電指責北方增兵陝、閩兩省，缺乏和談誠意。同時認為朱啟鈐是安福國會的副議長，又是洪憲王朝的帝制犯，因此反對。
南北雙方既然在和談前意見分岐而不能調和，因此和談的進度非常遲緩。這時，五國公使在北京接觸頻繁，準備向南北雙方提出措詞嚴厲的第二次勸告。這個消息傳出後，使段和主戰派大感不安，南北的主和力量大為增加，議和問題才得急轉直下。