當全國反日運動激烈澎湃之時，山東又發生了麻煩。8年7月1日，日本憲兵在濟南緯五路捕去了齊魯大學學生王志謙。這一來簡直是火上加油，已經如火如荼的學生運動，更添增了新的火藥。當天下午濟南學生千餘人集合向山東省長公署請願，要求省政當局立刻向日本領事嚴重交涉，立即釋放王志謙，擔保以後不再發生類似事件。省長沈銘昌立即派交涉員唐柯三前往交涉，請願學生站在公署門外等候結果。直到天黑了很久，唐柯三才垂頭喪氣地跑回來說：日本領事不但不放人，還提出反要求，要求賠償日商在這一時期因山東抵制日貨所受損失，同時保證以後不再抵制日貨，才釋放王志謙。
唐柯三的消息同炸彈一樣爆發，引起所有中國人無比的憤慨，僉認日本人這種霸道行為，只有把事情搞得更糟。
學生們決定不解散請願隊伍，一直到日本領事無條件釋放王志謙為止。這時許多愛國市民也自動來參加，因此請願隊伍驟增為5000多人。沈銘昌再派唐柯三去交涉，同時對請願群眾表示，本人寧可犧牲省長職位，決不屈從日本人。沈的講話贏得群眾熱烈而長久的掌聲。
唐柯三再去日本領館，由晚上10時半直到天明5時才拖著疲憊不堪的身體回來，他的徹夜交涉，總算帶來一個勉強滿意的消息，日本領事已把王志謙移送警察廳。沈銘昌即請學生代表赴警廳接出王志謙。
7月7日濟南的日本僑民借口巴黎和約告成，舉行提燈遊行慶祝大會，這是示威和挑釁的行動。中國商店為了避免引起糾紛，就提早關門。不料夜幕低垂，燈火初上時，竟有不少日本浪人出現，公然在街上挨家挨戶敲門，勒令他們開市，有一家泰康商店不開門，竟被浪人搗毀了全店。
日本人多數喝了酒，帶著酒意在街上橫衝直闖，有一批日人追趕一個英國人，英人逃入煙草公司，日本暴徒們竟然衝進去搗毀了英美煙草公司的門窗。這時日本領事接到電話，乘汽車趕來，才把一群日本浪人喝退。並向英美煙草公司道歉。公司向日館提出賠償損失的要求，日館也一口承允。
山東交涉員唐柯三也到日本領事館，要求對於日本浪人搗毀泰康商店事，照英美煙草公司的辦法處理，可是日本領事館卻沉下臉孔來說：這案子還需要調查！
山東省會濟南簡直成為日本暴民的世界，這些暴民因為有日本領事作後盾，所以敢為所欲為。
山東各地都有日警或浪人侵害中國人，7月17日青州車站的日本警察進城捕去第十中學學生馬忠懷，28日才釋放出來。膠濟鐵路沿線村莊，經常有日本軍警前來進行搜查，許多村民糊里糊塗便被捕去，官廳也不敢過問，因此村民們計劃組織「聯莊會」進行自衛。這一期間，日本人真的已把山東當做是日本領土了。
北京政府怕山東鬧出麻煩，因此於7月25日宣佈濟南戒嚴，並派參戰軍第二師長，濟南鎮守使馬良為戒嚴司令。另以屈映光署山東省長，撤換了沈銘昌。
馬良是個莫名其妙的小軍閥，他有一支「技術大隊」，專門對付愛國的抗日活動，到處干涉人民開會，解散救國團體。7月22日，他在估衣市街走過，看見回教徒所開的店舖「金家鋪」貼有愛國公約，立即派技術隊的隊兵到回教救國後援會去，把會址搗毀，拘捕了會長馬雲亭、會員朱秀林、朱春祥兄弟，給他們加了一個罪名是結黨集會，擾亂治安。接著他又帶領隊兵，浩浩蕩蕩地前往山東師範學校，召集學生訓話。他的演講妙不可言，他說：「我是一個國技家，我有萬夫莫敵之勇，因為我身懷絕技，所以我沒有權利思想，如果我有政治野心，督軍一職早已到手了。現在我之所以出頭露面來維持社會秩序，是因為暴民倡亂。」他說得興起，竟慷慨激昂大聲咆哮說：「今天早上我拿獲了三名倡亂的首領馬雲亭和朱家兄弟，我辦起事來是鐵面無私，馬雲亭雖是我的回教教友，我就先拿他們開刀。我警告你們，誰敢再擾亂治安，圖謀不軌，你們可以看馬雲亭做榜樣。」
馬良認為參戰軍是靠日本貸款成立的，所以要「效忠」日本，他常對士兵訓話時說：「一個人必須飲水思源，咱們參戰軍是靠日本人成立的，你們穿的是日本軍服，用的是日本軍火，我們不可以反日，反日的是暴民。」
馬良所執行的戒嚴，簡直就是鎮壓反日愛國活動，所以學生們群情激憤。
8月3日上午，濟南各校學生代表300餘人一同到督軍署請願，要求取消戒嚴，釋放愛國分子，禁止軍人替日本人採辦糧食。馬良聽說學生在督軍署請願，立即派兵趕來驅散學生，扯碎了學生請願書，並將為首學生劉文彥等16人拘捕。這一來，學生們同深憤慨，300多名學生一齊跟在被捕同學後面，願意一同坐牢。軍隊們把被捕的16名學生押到第一師範，請願學生隨在後面，他們被隔在大門外，可是全都屹立烈日下，不稍後退。一直僵持到下午2時，馬良乘馬率軍趕到，叫開了大門，把門外的300多學生一齊驅進學校的第一教室。
馬良把300多請願學生一齊驅入第一師範的第一教室後，他就跳上教員講桌對學生訓話。他大罵學生擾亂治安，破壞戒嚴令，受過激派的指使，而且男女混雜，不成體統。他的訓話簡直是胡說八道，令人不忍卒聞，於是有一位醫科學生吳夏蒲起而抗辯。吳說：「我們沒有受人利用，我們今天這樣做，是受了良心的驅使，我們是愛國！」馬良看到公然有人向他頂撞，大為光火，立刻喝令衛隊把這個發言的學生抓出來打三十大手板，他那如狼似虎的技術隊兵就惡狠狠地跑過去，用大刀壓在吳夏蒲的頭上，把他拉到講台下，一五一十地打吳的手板，吳夏蒲被打得痛極而哭，於是全體學生也哭出聲來。
馬良聽到學生們在哭，更是火上加油，大聲叱責說：「不許你們哭，再哭就一齊挨打！」接著他命令士兵把吳夏蒲押下去，和已經扣留的16個學生關在一起，都用繩子綁了，等候槍斃。然後他氣洶洶地大踏步而去。
馬良離開第一師範就去督軍署謁見督軍張樹元，要求批准槍斃17名請願被扣的學生，藉以收鎮壓之效。張樹元雖然也是一個軍閥，但卻不敢槍斃學生，所以予以拒絕。於是馬良回到第一師範，他當然不說督軍不批准他槍斃學生，而說是他自己不忍心槍斃他們，要他們安分守己，不可胡鬧。講了一番廢話，直到晚間7時，這17名被扣的學生才由山東省議會議長出面保釋。
學生雖然死裡逃生，可是早先被抓的愛國人士都遭了殃。8月5日山東回教救國後援會會長馬雲亭，會員朱秀林、朱春祥兄弟被嚴刑拷打後，判決槍斃，綁赴刑場執行槍決。
馬雲亭是位愛國的老人，鬚髮皆白，年已七十有二，他是一位醫生，平素待人和藹可親，無數窮苦老百姓都受過他的照顧。當他被五花大綁押赴刑場時，是一幕非常動人的鏡頭，他態度從容，沒有畏懼，一邊步行，一邊向市民告別，他勸大家不要氣餒，為愛國而死，死得其所，不要替他難過，他已近70歲的人，死期不遠，如此而死，雖死猶生。又勉勵大家愛國，獻出力量來救國，人人都愛國救國，中國便得救了。他真是從容赴死，視死如歸。濟南市民流著眼淚，跟隨他，聽他講演。
當他從容進入刑場時，有些市民失聲而哭，他卻既鎮定，又莊嚴，使到行刑的劊子手都不忍放槍，第一個劊子手放槍時，竟雙手震顫，換了第二個也是一樣，最後由一個劊子手靠近他的背後，閉了眼放槍才完成這個悲劇。
這是個可恥的悲劇，馬良殺害了偉大的愛國老人。
馬良為了獻媚日本人，殺害自己的同胞，殺害回教教友（馬良和馬雲亭都是回教徒），這個血案震動了全國。因此由於濟南的槍聲，再度激起了全國各省市人民代表的請願高潮。
8月23日，直隸、山東和北京的代表們聯合大請願，要求北京政府撤換馬良，同時加以懲治。請願代表們到總統府，徐世昌閉門不見，請願人士則非見總統不可，相持到夜晚，北京政府出動大批警察，拘去代表38人。當天國務院通電各省，解釋並非拘捕代表，而是「送廳安置，候查明來歷，分別遣返。」同時替馬良辯護說：「並無蹂躪學生，虐待學生情事。」又說：「人民向總統請願，乃是非法行為。」
8月26日，北京、天津的代表32人進行第二次請願，當晚露宿新華門外。27日北京學生也加入了請願團。因此請願者增至1000餘人，都露宿在新華門外。28日大雨，請願的人們遍身淋漓，可是卻沒有一個人離開，其中女學生多人也拒絕離開。請願學生抽出400餘人向國務院請願，國務院派人向他們解釋說：「馬良在濟南所行所為，有功無過，他所殺的都是土匪。至於在濟南戒嚴，是防止日本浪人暴動，防止日本借口保護僑民，派兵佔領濟南，並非對付本國人民。」
全國各省的請願代表陸繼趕到北京，都集中新華門外，總統府陷於請願代表的大包圍中。因此新華門、西苑門、福華門和集靈囿的總統官邸都緊緊關閉起來。
北京政府內部，在對付請願團應該採取哪一種方法展開了爭論，徐世昌主張用和平方法處理，段祺瑞一派則主張用武力驅散請願團。結果，徐世昌的主張獲得通過。
28日下午1時，北京政府出動了大批軍警，用兩人夾一人的辦法，將請願代表領袖30餘人夾往天安門集中，隨後警察總監吳炳湘親自前來勸告他們，要他們運用他們的影響力解散請願團，這些領袖們當然拒絕。
晚上8時，又有一批軍警到天安門，搜尋天津學聯副會長馬駿，因此和死力掩護馬駿的女學生們展開了一場爭奪戰，馬駿終被奪走。11時警察廳派來汽車多輛將女學生們強迫推入車中，分別予以遣散，其餘請願代表則被帶出天安門遣散。
馬駿於30日才獲釋放。
北京政府為什麼要抓馬駿，因為他們眼中，馬駿是個危險人物。當天津商界在6月10日宣佈終止罷市時，第二天天津學生代表馬駿等七人曾往市商會提出質問，於是天津又於12日罷市。所以北京政府便對馬駿特別刮目相看。
北京政府對付請願轉趨強硬，9月3日，把京畿警備總司令部擴大為北京衛戍總司令部。同時，教育部嚴令學生不得集會結社，即使在學校內開會，也要遵守治安警察法，事前呈報警察廳，聽候派員監視，如有違法，即予懲治。
相反的，各省的請願行動也變得很積極。紛紛推派代表進京。北京政府曾密令各省當局阻止請願代表進京，各省代表則使用各種秘密方式，逃過各省當局的耳目，向北京進發，先後到達請願的目的地——北京。
9月30日，到達首都的，有江蘇、湖南、湖北、江西、山東、直隸六省代表卅一人，秘密決定於10月1日上午先在中央公園集合，然後同赴總統府請願。怎知這個消息卻走漏了，當他們第二天早上分別到達中央公園時，軍警們早已嚴陣以待，並且斷絕了天安門一帶的交通，代表們不能不變更計劃，採取分批的辦法，直接到新華門集中請願。於是他們直奔新華門，到達後，即要求晉見總統，徐世昌仍不接見，派曾彝進出來和代表們談話，曾說：「各位遠來都很辛苦，你們請願，把對像弄錯了，現在是責任內閣制，依照《約法》的規定，人民請願，並無向總統請願的規定，所以請你們去國務院。」代表們回答說：「如果講《約法》，《約法》上也沒有規定不許人民向總統請願的一條。現在國家到了這步田地，總統是一國最高元首，應該要處理重大問題的。」一方拒絕，一方一定要見總統請願，便僵持了。請願代表堅持不退，北京政府只得又出動警察，把31位代表全部挾往警察廳，限令他們於24小時之內離開北京，否則押返原籍，他們不肯具結，便一直扣留。
雙十國慶快到了，全國學生準備借國慶在各地舉行大規模的愛國講演。北京學生定制了7萬個饅頭，上面印上「打倒軍閥」的字樣，準備在10月10日散發給聽講的群眾。不料被警察機關發現，遂將全部饅頭扣留。學生代表們到警察廳交涉，警察廳才予以發還。
10月10日，北京中等以上28校學生約5000人，從上午10點鐘即分途在北京城內外演講，北京的軍警並沒有加以干涉。12時，各路講演隊在中華門集合，軍警阻止通過，警察總監吳炳湘親自跑來勸告他們散隊，他們又化整為零，分散到各處繼續講演。下午有部分學生在中央公園一帶散發「打倒軍閥」的傳單。
在上海，也有盛大的國慶紀念。全上海市的商店都停業一天，晚上還舉行提燈遊行大會。
北京和上海的國慶活動，都沒有發生事故，大約北京政府覺得國慶日總不好意思鬧出什麼不幸的事情吧！
北京和上海在8年國慶日雖然沒有發生不幸的事情，可是天津卻發生了。
天津市準備以大遊行來慶祝國慶，10日早上，天津市民約四五萬人都集中在南開大學的操場，準備出發遊行。突然天津市的警察廳長楊以德派出了武裝警察趕來阻止遊行的群眾出發。雙方劍拔弩張，空氣甚為緊張，學生代表出來交涉，擔保沒有意外發生，警察置之不理。雙方相持約一小時，遊行前隊認為不沖是沒有辦法通過了，因此就一擁向前，強行通過，旁觀的市民也大聲疾呼，吶喊助威。這一來，激怒了警察，在你衝我阻的情況下，雙方都失去了理智，警察先動手了，他們舉起槍柄，向學生迎頭亂打。
當然在這種失去理智的衝突中，學生被打傷的很多，可是遊行隊伍群情激昂，他們集中力量向前猛衝，警察的封鎖線便被衝破，遊行隊伍先到天津警察廳，質問警察為什麼持械傷人，阻止國慶遊行？
天津警察廳長楊以德是存心要對付學生和群眾，他早已佈置了保安隊、馬隊和武裝警察一千餘人在警察廳外重重把守，他沒有出面接見學生代表，只是派人出來傳話，他說：「你們不必和我找囉嗦，我就是這樣辦，你們要講理講法，可以到法院告狀。」遊行隊伍知道楊以德蠻不講理，於是折了回來轉向直隸省公署去請願，可是因為這天是假期，公署裡沒有人辦公。
11日天津學生罷課抗議楊以德壓迫學生和市民。楊卻反控說在遊行隊伍中發現抗稅標語和推倒政府的傳單。
22日天津市民和學生代表萬餘人向省長公署請願，要求撤換楊以德，直隸省長曹銳（曹錕的兄弟）親自接見，向學生們表示歉意，並且慰問請願群眾，認為在這樣寒冷的天氣，大家為國事而辛苦，實在欽佩。關於撤換楊以德一事，表示「自有辦法」。請願的群眾認為滿意，當天就終止了罷課。
可是曹銳的支票並沒有兌現，等了一個星期仍無消息。10月30日學生們舉行了第二次請願。曹銳仍然滿堆笑臉勸學生們冷靜地忍耐，再等等看，自己正在努力中。學生們體諒到省長不能直接罷免警察廳長，需向北京請示，而楊以德在北京又有靠山，所以對曹銳還是體諒。一直到第三次請願，曹銳對學生的表示，好像有難言之隱。其實很簡單，曹銳是直系，而楊以德是段系所支持。
11月19日，天津日領船津，公然致函北京政府農商部，抗議天津商會選出卞蔭昌為會長，要求改選，因卞為救國十人團團長。天津市民對此極為忿怒，也要求北京政府向日本政府提出撤換船津領事的要求。
福建也是在日本勢力範圍下，其處境近似山東。
福州市有一個發國難財的商人，他是福州總商會會長黃瞻鴻——恆盛布店的老闆。福州學生查出他在抵制日貨期間私藏了大量日貨，因此向他質問。6月14日，這位奸商堆著滿面笑容邀請學生代表到他家裡檢查存貨，怎知學生們受了騙，黃瞻鴻把學生們騙進家去，就關閉了大門，指揮家丁痛打學生，還加上匪徒行劫的罪名，向督軍報告，16日福州學生千餘人到省議會請願懲辦不法奸商，督軍李厚基派兵把全體請願學生帶往第一中學予以監禁。李厚基向北京政府誑報被扣的全是匪徒，手持白旗，遍佈街市，倡言殺人，為了防止日本派兵登陸，所以將這些匪徒悉數逮捕。
李厚基的誣告，引起了福州各界極大的憤怒，因此採取罷市罷課行動表示抗議，李厚基受到巨大的反抗，被迫於18日釋放了拘押的學生，同時把奸商黃瞻鴻兄弟拿送檢察廳拘留。幾天後，又把黃氏兄弟送入陸軍醫院，然後偷偷放走了事。
6月20日，日本派來了三艘軍艦到福州來示威，日本領事要求福建省當局取締抵制日貨，解散愛國團體，禁止各報發表抗日言論，否則日本將斷然採取必要行動。
11月6日，學生表演新劇，劇中以日本侵害中國為主題，突有日本浪人跑來，跳到台上痛打演員。福州當局聞訊，派來大批軍警，勒令學生停演。下午又有日本浪人百餘名，身懷凶器入城挑釁。有七個青年會學生坐了人力車經過大橋頭，被日本浪人拉下車來，施以毒打。其中三人被打得遍體鱗傷，另外四個學生拔足狂奔，日本人緊緊追趕，一直追到青年會，日本浪人竟公然在街上開槍，打傷了其中一個學生。青年會美籍教員段仿華聞聲跑出來，日本人竟擊以鐵尺，段仿華被擊，痛極倒地。警察聞聲趕來調解，不料日人不由分說，竟開槍射擊，而警察奉令不許對外人放槍，因此被奪去馬槍二支。警察無法還擊，只好大鳴警笛，大批警察趕到，日本人才慌張奪路逃走。警察當場捉到放槍的福田原藏，及身懷凶器，化裝為中國人的與津良郎和三木小四郎三人。另七個日本浪人則逃到順記菜店，被市民和警察包圍，他們就跑到樓上開槍拒捕。子彈用盡了，他們把桌椅用具當作武器拋下樓來，有的爬到屋頂投瓦片。一直到警察奮勇登樓，他們才停止戰鬥，把他們的身份表示出來。原來他們是日本領事署的職員，其中一人就是領署警察長江口善海。因為他們有外交官身份，警察也不敢逮捕他們，只得電請外交交涉員轉告日本領事署，請他們派人來把這十個肇事的日本浪人領回去。
在這次鬧事中，由於警察不敢對日本人開槍還擊，所以鬧事的十個日本浪人，一個也未受傷。可是中國方面卻有警察史孝亮胸腹部中四彈，馬江海軍學校學生劉祥開腿部中彈折骨，市民朱伊才彈穿肋骨，均人事不知。學生鄭學謙、劉鍾植均受刀棍重傷，黃玉蒼受傷暈絕，所攜現鈔1000元被劫去。受傷者共計十人，均由日領派人到場認明。還有順記西藥店所受損失約3000元。
17日，福州各學校一致罷課，各商店一致罷市，抗議日本人的暴行。各界人士在省議會召開國民大會，要求督軍兼省長李厚基向日本領事提出懲凶、恤傷等嚴重交涉。17、18兩日福州街頭上仍然發現日本浪人追打學生情事，美國領事要求派警保護各教會學校。這次福州事件，本來是日本人有計劃要製造事端，作為侵略的借口，以便於開來炮艦直接鎮壓中國人民。所以兇案發生的當天，福州日領就電請日本政府火速派艦來援，19日日本政府命令佐世保第二十一驅逐艦出發，20日就有日艦兩艘駛抵馬江。
福州日人的暴行引起了全國的震動和憤怒，於是反日的愛國運動又如火如荼地在各地爆發，因為新的刺激，使原已要爆破的火山，缺口更增擴大。
21日，北京學生代表分途向外交部、教育部請願。22日北京政府電令駐日代辦莊景珂向日本政府抗議，並提出賠償損失，撫恤傷亡，撤退在馬江的日艦等要求。日本政府表示：對於賠償和撫恤等問題，承認派員查明辦理，至於撤退兵艦一事則不予接受。其理由是中國政府對民間排斥日貨運動的取締沒有盡到力。同時日本駐華公使還向北京政府提出制止各地抗日排貨運動的反抗議。
23日，日艦「嵯峨」、「櫻橘」又開抵福州大橋下，並且鳴炮18響，派水兵登陸遊行示威。北京政府在人民請願遊行和日本炮艦示威的雙重壓力下，真是左右為難，顧人民則怕得罪日本，顧日本則良心既不安，人民的憤怒更無法遏阻。在這種情形下，只得授權福州地方當局，令他們直接和日領交涉。福建督軍兼省長李厚基認為北京中央政府簡直是開玩笑，這等大事地方政府如何辦得了交涉，自然是中央政府的事，中央政府萬萬不可以打太極，敷衍和推諉，所以一再要求，對於和日本交涉事宜還是請中央政府和日本駐京公使辦理。
福建全省也和山東全省一樣，學生和人民憤怒到了頂點，他們都瞭解政府在對外交涉上硬不起來，如果不挺身站出來，則日本人得寸進尺，最後必然吞吃了福建。
天下興亡，匹夫有責，中國人民已實際體味到了。
福州兇案發生後，全國震動。11月23日，上海各界召開聲援閩案大會，提出（一）懲凶、（二）撤領、（三）撫恤傷亡、（四）懲辦日本領署參加暴動人員、（五）日本政府應向中國謝罪、（六）撤退日艦、（七）保證今後日僑不得攜帶武器、（八）取消日本在福州的領事裁判權。
27日，北京的閩籍學生在北大開會，高師學生劉慶平當場慷慨激昂，斬斷手指，以示抗議。北大和閩籍學生代表，要求北京政府認真進行交涉。27日國務院通電各省，勸告人民對閩案應靜候解決，「切勿別生枝節，致貽彼方口實。」
為了抗議福州日人的暴行，北京學生決定舉行一次遊行演講示威運動。這次示威運動不罷課，參加的學生都是請假前來的。29日上午11時，北京中等以上34校學生三萬餘人在天安門集合，12時出發遊行講演，下午3時回到天安門集合散隊，軍警未加干涉。
上海學生自12月3日起停課四天舉行愛國講演，並且組織抵制日貨委員會以抗議福州日人的暴動。
12月7日北京學生聯合會、各界聯合會、福建同鄉會等17團體在天安門舉行國民大會，與會人士約10萬人，公推商會會長安迪生為主席，由於北京商會對抵制日貨缺乏熱情，因此這次大會故意推商會會長為主席，以迫他表明態度。下午1時開會時間已到，安迪生卻無影無蹤，沒有出席，大會乃改提斷指的劉慶平擔任臨時主席。群眾們對於安迪生遲遲不到表示不滿，在群情憤激中有人大呼推翻總商會。就在這個時候，安迪生率商界代表千餘趕到，他站在台上代表商界全體，表示一致堅決抵制日貨的人民公意。與會群眾要求商會簽字為信，安迪生承諾商界全體在三天內將現存日貨封存不賣，群眾認為不滿，噓噓之聲大作，幾乎鬧出事來。幸而大會主持人向到會群眾說明，今天大會的目的是一致對外，勸大家冷靜下來，不要引起內部糾紛。大會議決聲援閩案各條，與各省市所提者大致相同，另外發表對世界各國的宣言，否認一切中日密約的效力。
由於這次大會的規模和結果，北京抵制日貨運動才有了進一步的開展。北大成立了抵制日貨委員會，從10日起派人到稅關檢查進口貨。各業商人在商會集體宣誓，永遠不進日貨，並且用電報通知日本退貨。日本工商界看出中國人抵制日貨是有決心貫徹的，因此日本民間和商界才開始發出改善中日關係的要求。
日本對中國的侵略野心，是得寸進尺，不幸中國抗日的情緒，在民國初年只表現在民間，而政府的表現則是軟弱無能，這給日本侵略者一種極大的鼓勵。
這一時期，各省都發生軍閥壓制學生愛國運動，同時遷怒於教育事業。
12月1日福州學聯被福建督軍李厚基封閉，因而福建旅京同鄉會發起了驅李運動。12月10日南昌學生宣佈罷課以抗議江西督軍陳光遠派兵解散學校，罷課了兩個星期。直到23日才恢復上課。24日濟南學聯也被查封，山東督軍張樹元派兵監視各校，禁止學生外出，兵士打傷了奪門面出的學生多人，於是激起了24日全市各校罷課的風潮。學生提出恢復學聯、撤退軍警、懲凶恤傷等條件。
北京方面，學生運動益趨擴大，12月15日北京小學以上學校教職員步湖南後塵，因生活困難而宣佈全體停職。不過他們除了經濟要求而外，還有政治要求，要求撤換當時的教育總長，安福系走狗傅岳。31日小學以上各校校長也加入了停職行列。
9年1月5日，北京各校教職員更整隊到教育部向傅岳-部長「獻旗」，旗上大書「寡廉鮮恥，戀棧不去」八個大字。9日國務總理靳雲鵬在接見教職員代表時答應發教職員薪金時不搭發紙幣，並在短期內撤換傅岳-，12日停職風潮才告平息。
9年1月1日，濟南學生在取得官方同意後，假座大舞台表演話劇，不料又有武裝警察前來干涉，當場引起衝突。學生被打傷了七八十人，全體演員均被捕去。濟南學聯為此召開會議討論對策，那位剋星馬良卻又殺氣騰騰地帶領一批打手趕到。他像以前一樣，站在台上向學生訓話。他說：「你們不要以為自己了不起，只有自己才愛國，當官的人都不愛國，要知道做官的人，也做過學生，我從前做學生時就是一個愛國者。你們不要上那些政客的當，政客一天到晚好事不做，搞風搞雨，專叫你們搞壞事，你們看，福建的學生不是自白讓日本人打死，山東和福建一樣，都在日本勢和範圍內，日本人都帶了手槍，打死你們幾個，你們還不是白死。我看你們還是乖巧一點，不要瞎鬧事。」
馬良大發一番議論後就走了，他走後，學聯立刻提出撤換警察廳長金榮桂、教育廳長袁立意，同時要求政府恤傷。政府若不接受，即進一步採取對付手段。1月3日濟南全體教職員宣佈「同盟罷工」為學生後援。這時候，山東督軍已換了田中玉，田督軍剛到任，不願意讓事態擴大，因此接受了學界的要求，撤換警察廳長。
1月19日濟南各校復課。
愛國運動和學潮此起彼落，山東學潮因新督軍上任而有了收穫。天津又發生了新事件，本來天津學生要求北京政府撤換楊以德，不但未獲批准，楊以德反而受到北京政府賞識。另一方面，天津日本領事船津要求天津方面取締學生檢查貨物，1月24日楊以德就奉命維謹地逮捕了學生代表八人、各界代表七人，查封了學聯和各界聯合會。29日天津學生5000餘人又一次向省長曹銳請求撤換楊以德，釋放被捕代表，恢復學聯與各界聯合會。曹銳竟把省長公署大門關閉起來，拒絕接見學生代表，學生代表想從門檻下蛇行而入，俾進入內將大門打開，門內軍警卻先將大門打開，呼躍而出，打傷學生50餘人，並將學生代表四人綁縛遊街。天津學潮發生後，1月31日北京39校學生萬餘人冒雪遊行表示抗議，上海各界也召開國民大會，發表了聲討段祺瑞、徐樹錚等人的宣言。段祺瑞是主張對學潮採取強烈壓制行動的，因此他對山東的馬良、天津的楊以德都予以稱讚，面斥靳雲鵬辦事糊塗，毫無辦法，致使學生氣焰囂張，無法無天。
2月1日北京軍警舉行秘密會議，段芝貴提出了直接行動的計劃。會議決定由軍警當局聯名質問教育部有沒有辦法制止學潮，如果沒有，他們將採取激烈行動。2日教育部長傅岳-召集校長會議，把軍警當局質問函分發與會校長閱讀，勸告各校校長自行約束學生，不然的話，鬧出麻煩，教育部是無能為力的。
北京學校從1月31日大遊行以來已沒有上課，各校校長接到靳雲鵬的秘密通知，知道軍警方面要採取直接而強烈的行動，因此勸告學生暫避風頭，讓校長們出面交涉釋放天津被捕學生。3日下午，校長代表到國務院交涉，靳表示在目前情形下，政府殊不便釋放天津學生，並且暗示說，山東問題將和日本直接交涉。校長們指責靳雲鵬身居國務總理不應任人擺佈。靳也反唇相譏，引起了一場口角，不歡而散。
2月4日，外交部代理部長陳-在國務會議上提出了日本公使交來的抗議，會議通過了對學潮的處理，將採取嚴厲手段。
可是學生並沒有退縮，2月4日北京演講的學生更增至七八千人，光是前門一區就集中了3000人左右。他們站在通衢大道上大聲疾呼，指責北京政府是一個賣國政府，人民必須勇敢地站立起來，不許他們賣國。這時突然有一批軍警乘坐汽車向人叢中衝入，有些人因閃避不及而被汽車撞倒，激起了公憤，當場搗毀了這部汽車，軍警乃即出動，用刺刀和槍柄打傷了學生十餘人，並且逮捕了學生1600餘人送往天安門拘禁，這些被捕學生，到晚間才被釋出。
2月5日，北京學生繼續出動七八千人到街頭演講，北京政府事先已調來第九師兵士2500人張幕於中華門內，當學生集中時，軍隊即出動襲擊，打傷了學生數十人，並逮捕了學生代表43人。
當天晚上，北京軍警當局徐樹錚、段芝貴、王懷慶、吳炳湘和安福系重要分子曾毓雋等，在北池子日本人大倉的住宅開會，日本人參加這個會議的，有公府顧問青木中將、參戰軍督練官阪西中將和資本家大倉。這次會議決定強硬的行動，不理北京政府和平解散的命令，直接採取嚴厲行動，取締學潮。當晚就將所捕學生43人移交北京衛戍司令部收押，不許親友探望。
2月6日，北京處於軍警的直接控制，各校均由軍警把守，不許學生外出，電話線也被割斷，北大、高師兩校受到更嚴密地封鎖。前門一帶軍警林立，全城各主要路線也都佈滿了警戒哨，如果發現演講學生，即行逮捕。因此學生們無法進行活動，預定舉行的國民大會也無法召開，校長代表想到國務院交涉釋放前一天被捕的學生，也被軍警阻止。
同時，在強硬派的壓力下，北京政府發佈了「嚴厲取締和鎮壓學潮的命令」。全文如下：
「近年以來，學潮頹靡，法紀不張。以諸生雋異之姿，動輒聚眾暴行，自由行動，國家作育英髦，期望至切，迭經明令剴切誥戒，申明約束，深冀其濯磨砥礪，勉為異日致用之才，諸生等果知自愛愛國，當亦憬然悔悟。乃據京師警察廳報告，本月四日，京師各校學生，有在前門外排列演說，阻斷交通，並有擊毀車輛毀傷行人情事。而日前直隸省長，亦有學生包圍公署，擊傷警衛，不服制止之報告。似此擾亂秩序，顯干法紀，著莪之選，淪於榛棘，甚為諸生惜之！自來學生干政，例禁綦嚴，誠以向學之年，質性未定，紛心政治，適隳學業。抑且立法行政之責，各有專屬，豈宜以少數學子，挾出位之思，為逾軌之舉。在國家則有妨統馭，在諸生亦自敗修名，在政府雖愛惜諸生，而不能不尊重法律，須知國家生存，全賴法律之維繫，學生同屬國民，即同在法權統治之下，負執行法律之責者，詎能以學生干法，置之不問？茲特依據法律，再為諄切之申告，自此次明令之後，應即責成教育部，督飭辦學各員，恪遵迭令，認真牖導。凡學生軼出範圍之舉，立子從嚴制止，總期銷弭未萌，各循矩。其有情甘暴棄，希圖煽亂者，查明斥退，情節重大，構成犯罪行為者，由司法官廳依法懲辦。辦學各員，倘有徇庇縱容，並予撤懲。總之軍紀所在，不容凌蔑，政府以國家為重，執法以繩，決無寬貸，其共懍之！此令」。
令下後，又飭京師警察廳，根據自治警察法條例，佈告將北京中等以上學校學生聯合會，暨北京小學以上學校教員聯合會，一體解散。
2月7日是星期天，因此形勢較為和緩，各校駐軍撤退，由警察和便衣來接替，電話也恢復通線，不過中等以上學校學生則仍被禁止外出。各校學生乃秘密決定自下星期一起改為上午上課，下午出外演講，並且約定寒假不回家，以傾全力進行愛國活動。
10日，出外演講的學生卻都受到駐校軍警的干涉，11日學生們改為分散出發，每組只有二三人，可是也不能逃避軍警的耳目。從17日起，學生決定停止演講，恢復全天上課。
15日，北京學聯、教聯均被查封。
北京政府在這時期陷入了風雨飄搖的地位。9日起，靳雲鵬不敢到國務院辦公。13日陸徵祥、陳-請求辭職，外交部因無人負責而停止辦公。17日陳-被勸回部，以應付對外事務。
3月5日，衛戍司令部把已被捕的學生代表43人移送至法院。4月7日由校長保釋了學生代表方豪、王名烈、夏秀峰三人。由於法院不許其他學生交保，北京學生又展開了集體自首，第一批自首者189人，第二批自首者246人，第三批自首者588人。北京檢察廳對於自首的學生一概不予接受。
在全國反日愛國運動中，段系變成親日派，處於極不利的地位，徐樹錚疑心馮國璋在搗鬼，幕後策劃，又疑心馮將南下另組政府。而徐世昌則也想拉馮，以統一直皖兩系，自己坐到北洋派最高領袖地位，所以早在8年秋天，就派師景雲赴河間馮的原籍去迎馮入京。馮鑒於陸建章之被殺，怕徐樹錚下他的毒手，因此遲遲其行，由河間到了天津，徐世昌雖然一再去電催他入京共抒國難，他則一再猶豫，不敢動身赴京。