在北軍進攻岳州前夕，桂系不知怎的，譚浩明竟絲毫未做作戰準備。南軍的部署是：湘軍趙恆惕師在岳州，劉建藩部在平江，桂軍馬濟、韋榮昌、陸裕光等部則在湘軍的後方作總預備隊。這種部署表示桂系對於抵抗北軍根本沒有決心，不止是沒有決心，而且還有私心打算在這場戰爭中，勝了既保全實力又有戰功，打敗了則先退卻。
如果說桂系懂得政治，會利用政治矛盾，倒是很正確的，自民國5年倒袁以來，陸榮廷統治廣西，兼及廣東，一直是用政治手段。他對北方是採取聯馮抗段的策略，利用直系牽制皖系。他所希望的，是製造直皖矛盾，擴大他們的矛盾，達到北洋分裂和直皖戰爭，如此桂系即可坐收漁人之利，所以他不願意真的打仗，尤其不願桂系首當其衝和皖系作戰。桂系最好「坐」以待變，「拖」以求變。
當北方主戰派抬頭，皖系已經揮軍南下時，桂系知道湖南戰爭無法避免，認為湘軍和桂軍無法抵抗北軍，這是場沒有希望的戰爭，因此桂系的決定是盡量保全桂軍的實力，戰爭爆發時，寧可讓湘軍在前線，桂軍則設法在必要時安全撤退，保存實力。
北軍兩路進兵湖南，長沙和岳州腹背受敵，南軍在抗禦北軍的形勢上十分不利。這時，桂軍早先唱出湖南是兩廣門戶的論調也放棄了。桂系的消極態度，讓湘軍士氣受到嚴重的打擊。早在南軍進佔岳州時，湘軍將領就主張乘勝進攻武漢，至少也應佔領鄂南一帶有利地形作為岳州的外圍據點，可是譚浩明下令不許入湖北一步。當北軍南下時，南軍作戰形勢非常不利，而更不利的，是桂軍準備不戰而退，湘軍不能單獨作戰。同時桂軍歧視湘軍，無論在軍火和軍費上，桂湘軍的待遇都不公平，這也是讓湘軍憤憤不平的，因此湖南戰爭還沒有開始，南方弱點已經暴露出來了。
南軍放棄岳州時，屬於桂系的南軍聯帥譚浩明還在長沙向商會逼索軍餉，並且佈告說：「岳陽小挫，軍事之常，本帥坐鎮，自有主張。」
7年3月25日，長沙城內才發現這位自有主張的聯帥已經先一日開溜了。湘軍上級軍官也不知下落，頓時長沙陷於無政府狀態。長沙在過去數年已經有過好幾次「易手」的經驗，每次南北軍「換防」時，中間總有一個真空時間，在那空檔中，長沙的團體總是要組織一個維持會之類機構，可是這次卻因為風聞張敬堯軍殺掠過甚而讓地方上有資望的人裹足不前。同時前方一批一批士兵退下來，沒有人照料，既找不到長官，又找不到食宿之所。疲睏飢餓，怒火中燒，一時憤無可洩，就向長沙城內各商店和住宅大肆搶劫，先在八角亭、黃道街、坡子街一帶商業中心搶掠，隨後遍及全城，一批去了，一批又來，致使商店關門，街上罷市，許多商店門外都貼了這樣一張聲明：「本店被劫一空，無貨應市。」長沙市民這次對於保衛他們的湘軍失望達於極點。
3月26日，直軍未遇抵抗進入長沙，吳佩孚攻下長沙後，向南軍直追，逕撲湘潭，把長沙交給了殘暴的北軍第七師師長張敬堯。
原來，張敬堯一直未上前線，他在岳州攻克後才到九江督師，一路上勒索巨款，干涉民財各政，軍隊抓-，要花姑娘，外國記者所發電訊如此形容：「此輩剿匪不足而剿民則有餘。平江兵劫，即為該部之所為。婦女投河自盡者頗多，南北之見過於敵國，因仇南軍而仇南人，湘人如被征服之民。隨營北人多為徐淮間積盜，與北兵坐地分贓，惟第三師則無之。」
北軍佔領長沙後，分為三路向前推進：中路直軍進攻衡山、衡陽，右翼第七師進攻湘鄉、寶慶，左翼第二路軍進攻醴陵、攸縣。直軍在吳佩孚指揮下本來進軍神速，攻勢銳猛，可是慢慢地就遲緩下來，這當然因為政治原因，第一是曹錕和徐樹錚之間發生了新的齟齬，影響了直軍的情緒，同時因左右兩翼的軍隊不能像中路那麼神速，配合不上，所以吳軍也不敢孤軍深入。
南軍方面並不因為北軍攻勢遲緩而反攻，相反的，從4月下旬起，桂系又將大部分桂軍撤回廣東，譚浩明也於22日離開衡陽到永州，這顯示出桂系的不抵抗政策。湘軍因為桂系撤退，也只有急速後撤。23日程潛離開衡陽，24日直軍兵不血刃進駐衡陽。
擔任左翼進攻的第二路軍被勝利沖昏了頭腦，認為只要前進就會勝利，因此本來進軍極慢，也改變為快攻急進，果然垂手而得醴陵、攸縣，張懷芝忘了窮寇莫追是兵家的大忌，他們的前進，使到湘軍撤退不及，桂系也怕北軍窮追不捨。因此4月26日湘軍趙恆惕、劉建藩部對跟蹤而來的北軍予以反擊，已經向韶關退卻的桂軍馬濟部，也迅速調回來接應湘軍。湘軍只有3000人，桂軍也只有1萬人，北軍第二路軍卻有兩萬多人，正在乘勝直進的銳氣上，不料趙恆惕的湘桂軍竟發動反攻，一舉而收復攸縣，再舉而克醴陵，張懷芝部大將施從濱倉皇遁逃，趙軍與北兵激戰黃土嶺，痛殲北兵，魯軍第一師向長沙逃竄，蘇軍第六混成旅和安武軍向萍鄉逃竄，彼此各不相顧。沿途把湖南老百姓當做南軍便衣隊，不分青紅皂白，燒殺搶掠，無所不為。從攸縣、醴陵一直到株州、易家灣，變成了一座煙霧瀰漫的火海。
北軍左翼張懷芝部在湘東的大敗，震動了長沙。張敬堯緊急應變，派第七師補充第二團的兵士代行警察職務，以該團團長佟國安兼任警察廳長，又成立全省偵探處，僱用大批鷹犬搜查南軍間諜，濫捕濫殺，嚴刑拷打。長沙變成了恐怖世界。尤其是晚間，張敬堯部借口搜查亂黨，擅入民家，敲詐勒索，無所不為，只要見到女人，不問青紅皂白，就當作花姑娘姦淫。
長沙中產以上的家庭都遠走高飛，中產以下的則躲去鄉下。張敬堯竟厚顏無恥地吹說第七師紀律嚴明，秋毫無犯，是仁者之師。不許人民控訴北軍不法行為，否則就認為是南軍派來的間諜。長沙的地方報紙對北軍暴行也不敢正面揭露，不過都用一種隱射方式，報導口操異音的痞徒如何如何不法。使讀者一望而知是北軍。
張敬堯的統治，對湖南人而言，比諸湯薌銘時代還要恐怖，湖南民性強悍，民風淳厚，想不到民國初年竟連遭浩劫。
北軍在湖南大敗時，張敬堯乃接二連三地向北京政府請援，這時，如果桂系肯出全力協助湘軍反攻，從左右兩翼採取鉗形攻勢向長沙進攻，收復長沙的可能性是很大的。這樣一來，衡陽方面的北軍吳佩孚部形成突出，也不得不迅速撤退。不過這一來南北兩軍便要在長沙地區進行主力決戰，而桂系卻不願主力決戰，因此他們對北軍第二路軍予以打擊後，立即把支援湘軍的部隊撤回。
北軍為了應援張敬堯，在漢口的徐樹錚乃派奉軍司令郭芬率領一旅一團迅速增援湘東，直軍也從衡陽調兵回援湘東，所以湘軍在反攻大勝之後又急速向南撤退，5月1日湘軍劉建藩在株州渡河時失足落水溺死。
張懷芝很可笑，在湘東大敗後，他便張皇失措地由萍鄉退往樟樹鎮，又由樟樹鎮退到漢口。他宣稱舊病復發，又稱山東地方土匪猖獗，必需趕回去，他打電報給段，保舉徐樹錚率領奉軍接防湘東，出任第二路司令。徐樹錚志不在前線，所以堅決不就，他又保舉張敬堯或是陳光遠，甚至由曹錕一人身兼一二兩路司令。他的求去有兩個原因，第一是在前線打仗沒有把握，第二是他怕他的老窠被別人搶去，因為他離開山東後，便由第五師師長張樹元護理山東督軍。北洋軍閥都是先護理然後真除，張樹元自然不願意張懷芝再回任，張懷芝則身在前線心在山東，恨不得立刻插翅回魯，這也是他堅決求去的原因。
段祺瑞覺得在這個時候前線易帥很沒有面子，同時也找不出適當的人來接替第二路司令，因此以國務院名義向他提出了一個保證：「魯督決不易人」。同時保證如果第二路兵力不敷時，可以繼續派兵增援，希望他立即由漢口前往江西主持軍事。
自從湘東一戰之後，北軍不敢深入，南軍也不敢反攻，湖南戰場上突然由熱戰冷靜了下來。
當北軍進攻湖南的同時，段內閣命令江西督軍陳光遠、福建督軍李厚基開闢兩個戰場進攻廣東。陳光遠雖是主和派，可是大勢所趨，也不得不追隨主戰派出兵。江蘇督軍李純派第十九師師長楊春普率部開到江西，陳光遠也派贛南鎮守使吳鴻昌進攻南雄。守南雄的南軍是滇軍張開儒，他不戰而退，桂系莫榮新乃派李根源為粵贛湘邊防督辦，以加強對北江的滇軍的控制。從4月下旬起，南雄進行了好幾度的拉鋸戰，但都不是激烈的戰爭。因為陳光遠的目的只在應付主戰派而並沒有積極地進攻。
閩粵邊境也沒有重大的發展，段內閣派福建督軍李厚基為援粵軍總司令，並調浙軍第一師師長童葆暄為副司令。4月26日李厚基到廈門設立司令部，浙軍集中詔安與陳炯明的粵軍相距只有十餘里，詔安、雲霄、平和等縣都宣佈了軍事戒嚴令。這方面的北軍和浙江原來是準備和廣東境內的龍濟光軍配合作戰，由於龍軍一蹶不振，李厚基不敢單獨作戰，所以也成為僵持之局。
本來，在南軍方面，桂系和滇軍約定，共同消滅龍濟光軍，推李烈鈞為討龍軍總指揮，西路高雷、欽廉一帶歸桂軍負責，東路沿海地區歸滇軍負責，3月22日滇軍攻克陽江，4月12日佔領電白，25日進入化州，27日奪回龍軍的根據地廉江，28日李烈鈞由江門回到廣州，29日督署舉行討龍祝捷大會，南軍討龍之戰就算告一段落。
徐樹錚在當時是一個忙人，既要一手包辦新國會的選舉，又要主持對南軍事，因此經常往來於北京、漢口之間。由於主戰派兩個大將忽然變卦不聽調度，他打算單獨依靠奉軍，停止援川計劃，在漢口設立一個奉軍前敵總指揮部，把張作霖承認調出來的六個混成旅全部擺在湖南戰場上。5月9日他派奉軍第二十七師師長孫烈臣、第二十八師師長汲金純、第二十九師師長吳俊升到長沙，佈置奉軍入湘作戰。5月24日，他又從北京趕回漢口來督促進行。但是這個計劃引起了直（曹錕）、魯（張懷芝）兩軍的極大反感，因此他們厭戰的情緒更高。同時，這個計劃又出人意料地引起了張作霖的反感。張作霖出兵是另有目的的，把入關奉軍全部擺在戰場上，顯然與他的目的不相符合；他更不能容忍徐樹錚公然視奉軍為己有而任意加以調度，因此他召回了三個奉軍師長，並且借口邊防吃緊要調回已經開到湘東的奉軍。
但是小徐並不因此而氣餒。5月26日他由漢口到長沙，27日又到衡陽親自與吳佩孚打交道。他認為吳佩孚是一個真正打手，曹錕不過坐享其成，如果把吳佩孚拉過來，曹錕就成為一個無足輕重的角色了。
6月1日，徐匆匆由前方趕回北京來，向段建議加緊籠絡吳佩孚以拆曹錕的台。段深以為然，立刻與吳直接通電話以示優異——內閣總理從來是很少和一個師長直接通電話的。6月3日北京政府任命吳佩孚為「孚威將軍」。將軍雖是一個有名無實的頭銜，但在官制上是「特任」級，與督軍並行，一個手握實權的軍人加上這個頭銜，就是候補督軍，與督軍下台後被任為將軍的作用完全不同。
但是這次安撫的工作並沒有收到預期的效果，吳佩孚到了衡陽之後（4月25日），就再也不向前進兵。6月15日，他和湘軍（譚延-、趙恆惕）成立了停戰協定，8月7日發表了致李純的陽電，大肆攻擊段內閣的親日政策，8月21日，再發表致馮國璋的馬電，竟公然喊出「息戰禦侮」的口號來了。
吳佩孚態度之轉變有好幾個原因：一、士兵久戰疲憊，事實上，不能再向南深入。二、湖南戰爭本是他的首功，督軍卻被張敬堯搶去，未免使他怨恨。三、國內反對內戰，反對親日（西原借款，已有好幾筆交易成功，中日陸軍共同防敵軍事協定，也於5月16日簽字）的氣氛，日益濃厚，主戰派的內部也在自生矛盾。四、國際上則英美在歐戰尾聲中，逐漸恢復對東方的干涉，正在努力扶助反段的力量，以抵抗段系背後的日本。五、最後和最重要的是，在南方已由滇桂兩系軍閥捧出岑春煊為軍政府主席總裁（5月20日），對北方求和的心理比以前更加迫切。而吳佩孚和桂系已經建立了秘密聯盟，企圖利用這個聯盟，來提高他的地位。
徐樹錚赴衡陽訪吳佩孚時，吳請他吃飯，飯後在院子裡一個大金魚缸邊密談，談得十分投機。徐樹錚乃作了一首衡州謠贈吳：
「我來衡州城，我歌衡州謠。衡州湘江流滔滔，衡州之民樂敖敖。民爾樂何如，被頰淚如雨。吾將陳吾樂，請先憶吾苦。吾本鄉老農，-稻且灌圃。生計殊不惡，小康慰兒女。一朝烽火驚連天，東粵西粵兵器纏。湘中魁傑遍地起，縛-舉義聲相牽。問其何所事？抗大府命梗且頑。察其何所行？大隊勒輸養兵錢，小隊鹵略及豚鮮。長男促去隨賊官，小女走匿托親緣。老妻泣涕垂漣漣，挾其幼子棲深山。自從去年來，日夕那得安。久聞群賊相戒語，吳公兵來勢莫御。吳公何人吾不知，但盼將軍自天下。群鴉暮噪啄人肉，吳公破賊何神速。癡虜膏血被原野，黠者棄城遁荒谷。斬首或迫奔降貸死，吳公之來為民福。馬前瞻拜識公貌，恂恂乃作儒者服。閭巷無復夜叩門，軍令如山靜不紛。流亡略已遠墟邑，安業猶能庇所親。吾男被壞死郊外，陷身為賊亦何怪。妻女生歸繞膝行，人間此樂得難再。吳公愛民如愛軍，與愛赤子同慇勤。吳公治軍如治民，情感信藉由天真。在軍整暇不自逸，雍容雅度尤無匹。靜坐好讀易，天人憂患通消息。起居有常禮，戟門廝卒嫻容止。筆千管，墨萬錠，看公臨池發逸興。香一縷，酒盈扈，時復彈琴自詠詩。老民幼嘗事書史，古今名將誰及茲。昔祝吳公來，今恐吳公去。願以寇君借一年，悃悃此情為誰訴？為誰訴？留公住！吁嗟吳公爾來何暮。」
徐樹錚雖然很會耍政治，可是這次卻是徒勞無功，他在衡陽和吳談得非常投機，答應補助吳若干軍費，以及發表吳的孚威將軍名義，以交換吳佩孚的完全聽命。卻不料衡陽密談這一幕竟被曹錕知道了，大發光火，認為徐樹錚竟收買他的部下，立刻提出嚴重的質問。而吳佩孚則以為是徐樹錚故意洩漏以使曹錕不恥於吳，使自己無法做人，所以也一下子就翻了臉。