北方直系和桂系糾纏不清，如果西南軍人真能在護法旗幟下擁戴孫中山，那麼南北局勢就會改觀了。可惜西南軍閥們對孫並不支持，桂系對國民黨也不合作，因此南方局勢也和北方局勢一樣複雜。
在廣州，桂系有桂系的力量，地方軍人是地方軍人的力量，國民黨是國民黨的力量，6年11月30日，廣東新任督軍莫榮新前赴江岸迎接來自上海的伍廷芳，被人行刺未中。廣東地方派軍人也和桂系發生磨擦，省長李耀漢以辭職為示威手段，國民黨程璧光等乘機推胡漢民繼任廣東省長，但是警衛軍將領聯名通電反對更動省長，李耀漢又於12月1日自動復職。李以肇慶為大本營，儼然自成一國，與在廣州的福軍司令李福林，警衛軍統領兼警務處長魏邦平等聯結一氣，桂系對他們無能為力。
在廣東還有一支滇軍，共有兩師，是第三師和第四師。這時也發生了分化，唐繼堯因為在四川作戰不利，下令調這支滇軍回雲南，準備移赴四川作戰。滇軍第三師師長張開儒置之不理，第四師師長方聲濤是福建人，自己想向福建發展，已把師部移駐東江，準備協助陳炯明的粵軍進攻福建。因此滇軍遂分為兩支力量，同時滇系和桂系都爭取這支軍隊的領導權。唐繼堯委託李烈鈞為駐粵聯絡員兼駐粵滇軍統帥，桂系也委託與滇軍有歷史的李根源督辦北江防務。李烈鈞和李根源同是士官同學，又在護國之役並肩作戰，可是這時卻為了滇軍領導權發生了磨擦。
直系和桂系勾結時，直系要求桂系取消自主，解散軍政府和非常國會，桂系沒有完全照直系的要求做，是因為自身也有困難，一方面北方主戰派還叫囂討伐，不能自亂陣容：一方面國民黨也有武力，尤其是海軍，因此投鼠忌器。不過桂系並不擁護國民黨，而是暗中勾結西南各省的實力派，組織「護法各省聯合會」，以拆護法軍政府的台。
桂系的騎牆手段，讓孫中山大為憤怒，因此亦積極充實國民黨的實力，爭取廣東地方派軍人為同盟軍，派人到各縣招收民軍以擴充自己實力。廣東督軍莫榮新通令各縣，要把孫所委派的招兵委員當做土匪就地槍決，單是增城一縣就有69名招兵委員被殺。孫痛感兩廣軍閥太沒有革命觀念，因此想帶兵到福建另謀發展，但桂系又不肯給予物資支援。12月下旬又有兩個招兵委員在廣州被捕，孫寫信給莫榮新要求保釋，莫竟連信都不回就把兩人槍決了，這使得孫忍無可忍。
民國7年1月3日，孫中山以大元帥名義密令海軍、滇軍和地方軍人舉行一次軍事突襲，以推翻桂繫在廣東的統治。海軍豫章、同安兩艦接到命令後，按照指定時間開出廣州，向觀音山發炮作為起事信號。炮彈打到觀音山，廣東督軍莫榮新急忙傳令熄滅燈火，避免目標暴露，同時不許開炮還擊，並打電話到海琛艦的海軍總長辦公室，請程璧光調處。程立即派海琛艦向豫章、同安兩艦傳令停止炮擊，並令兩艦開回省城。這兩艦發炮後沒有獲得陸軍響應，又接到長官命令，只好開回省城，兩個艦長且受撤職處分。
程璧光雖是國民黨，可是他不贊成激進，且反對廣東內部分裂，早在6年11月15日孫中山曾命令海軍炮擊觀音山以驅逐前任督軍陳炳-，就因為程璧光反對而未實現，這次孫因為獲得地方派軍人所表示的支持，才避開程璧光而直接下令，如果當時各方都支持孫的決定，桂系是可能被趕出廣東的。無奈當時大家都為自己打算，意見不統一，行動不堅強，所以孫想驅逐桂系出廣東的計劃遂告流產。
莫榮新應付海軍戰艦的攻擊是冷靜而不還擊，這個手段非常高明。
第二天國民黨元老和桂系對這一突發事件一致主張進行調解。孫中山向桂系提出五個條件：（一）承認軍政府為護法各省的最高領導機構，（二）承認大元帥有統率軍隊的全權，（三）承認廣東督軍由廣東人選任，必要時大元帥得加以任免，（四）被捕民軍代表交軍政府處理，（五）廣東外交人員由軍政府任命。莫榮新回答說：第一至第三條須向陸巡閱使請示，第四、第五兩條修改為「須得軍政府的同意」。莫榮新的答覆，等於一個條件也沒接受。不過護法軍政府和桂系之間的緊張情勢總算告了一個段落。大元帥府新任參軍長黃大偉發表了一個文告，公開指斥桂系軍閥「戴馮拒段，停戰乞和」，不過末了說：「督軍勇於認錯，願意表示歉忱。」
1月9日孫中山招待各界人士說明這次事件真相，強調「軍政府是中華民國唯一的合法政府，如果說不承認軍政府，又不承認北京政府，中國豈不是一個無政府的國家。」接著孫指出軍政府成立以來，由於地方當局不合作，以致形同虛設，貽誤戎機。至於談到這次炮擊觀音山的問題，孫表示：莫督軍既未開炮還擊，又能接受條件，軍政府有了生路，也就不必苛求了。最後用光明磊落的口氣說：自己願意率一支軍隊北伐，以減輕廣東人民的負擔，寧可在外面討飯，也不願加重廣東地方的因擾。
孫中山下令炮擊觀音山一事，莫榮新並未向外宣佈，他對這事的佈告是把這次事變說成是龍濟光黨徒的破壞行為。不料孫卻公佈了內情，可是莫榮新仍於9日下午發出一個佈告，咬定這是龍黨造謠生事，冀起內訌。並說：
「本督軍年已六十餘，從戎四十餘年，生平無所畏懼。以後如有叛徒擾亂治安，自應立即剿辦。倘夜間變起倉卒，爾商民人等應即閉門靜坐，以待解決。」
在海南島虎視耽耽的龍濟光對莫榮新的說法予以譏笑，他通電說：
「頃接莫代督支日電稱，江夜有龍黨在省城內開炮，意圖擾亂，經派隊探剿，天明時匪黨四散無蹤等語。查敝軍出巡，只在陽江高雷各屬，尚未開赴省城。如果江夜有人在省城開炮，其勢當亦不小。省城為根本重地，軍警林立，何至當地毫無捕獲，致令四散無蹤。莫代督電稱系敝軍所為，似繫於倉卒之間，未加細察。惟濟光負有地方之責，籌防未及，致令匪徒滋擾，閱電之餘，惶悚無地。省城兵力不敷，如須相助，請即電知，自當兼程前來，以盡職守。」
龍濟光的「相助」就是進兵廣東大陸，6年12月11日他在瓊州發出通電接受北京政府所任命的兩廣巡閱使。這個職位原來是陸榮廷的，皖系要聯龍倒陸，所以改派龍為兩廣巡閱使。而陸榮廷居然於12月14日發表鹽電表示「遵命交卸」。不過莫榮新、李耀漢都通電不承認龍為巡閱使。莫榮新、李烈鈞、程璧光、陳炯明亦聯名要討伐龍濟光。
龍濟光接奉兩廣巡閱使名義後即電令兩廣督軍剋日取消自主。同時即派兵在徐聞登陸，佔領雷州半島及沿海數縣。這時桂軍正集中力量於潮梅地區，與被段祺瑞收買的莫擎宇以及由福建開來援助莫擎宇的北軍臧致平旅作戰，潮梅雖然收復，又遇上廣州局勢緊張，所以龍濟光所派的軍隊得以深入廣東內陸，進佔陽春和陽江一帶。
西南的困難和北方一樣，且有過之，西南兩大軍閥，陸榮廷進行大廣西主義，以桂軍控制兩廣擴及湖南；唐繼堯進行大雲南主義，視川黔為勢力範圍。結果在廣東有粵桂滇軍之爭，在四川有川滇黔軍之爭。而唐陸互爭西南盟主，只求北洋勢力不滲入他們勢力範圍內，而以一致對外的美名向北方軍閥討價還價。西南各省內亦有野心較小的軍閥與北方勾結，如四川的劉存厚、湖南的陳復初、廣東的莫擎宇。都勾結北方。
在這種複雜情勢下，孫中山的處境是多麼的困難。
當李純和主戰派展開電報戰時，西南各省實力派聯名通電支持李純，挽留和聲援他。譚浩明故意地把曹錕列為直系主和四督之一，歡迎他宣撫兩湖，早日過湘一敘。
七年1月20日滇、桂兩系軍閥所策動的「護法各省聯合會」，在廣州成立，各省代表在督署舉行宣誓，並推舉唐繼堯、陸榮廷、程璧光為聯合會的軍事代表，伍廷芳為外交代表，唐紹儀為財政代表。儘管北方主戰派要真刀真槍，討伐南軍，可是西南方面仍希望賴直系的折衡，南北能夠和談，所以西南實力派除成立了聯合會，準備拆廣州軍政府的台而外，又預先推定岑春煊為南方議和總代表，並且仍通過李純催促北京政府從速和談。
南北分裂局勢已成，皖系的武力統一政策無法實現，直系的和平混一政策也無可能。於是有人便提倡「聯省自治」。主張以省為自治單位，由各省省議會制定省憲法，然後依照美國的聯邦制，聯合各省組成一個「聯省自治政府」。他們提倡地方分權制，反對中央集權制。
早在袁世凱稱帝時，梁啟超就主張地方分權，後來梁領導的研究系加入了主張中央集權和武力統一的段內閣，因此就把這一主張扔在一旁，現在他們又舊話重提。
聯省自治的策動者是熊希齡，他有一封長信給岑春煊說：「今欲行中央集權之統一政治，此後日見其難，實不如改行地方分權之聯邦政治，當可徐善其後。」
聯省自治的呼聲，正符合西南各省議會及各團體所提倡的，以本省人治本省的要求。這個政策也符合各省小軍閥和地方主義者保持地盤和權位，因此聯省自治的要求一時大為蓬勃。
譚延-是第一個響應這個學說的人，他和熊希齡有深厚的關係，他本來寄望於桂系支持，可是當南軍佔領長沙後，譚浩明一手控制湖南軍政，根本不把譚延-放在眼中，馮國璋雖然在6年12月7日任命他為湖南省長兼署督軍，但桂系卻置之不理，使他逗留上海，無法回到長沙，因此這時他在岑春煊之後，以「調人」姿態出現，與岑聯名電請北軍不進攻岳州，他表示願回湖南進行調解。
桂系鑒於北方主戰派一定要進攻湖南，與其因控制湖南而冒戰爭危險，倒不如放棄湖南，讓譚延-回來，將湖南劃為南北的軍事緩衝地帶。馮國璋亦認為譚延-回湘可作挽救和平的一線希望。如果譚能說服桂軍先退出湖南，則主戰派沒有理由再堅持軍事進攻。
譚要求在他返湘前北京政府再下一道停戰令，可是馮沒有這個膽量，只責成譚在返湘經過漢口時和曹錕王占元直接協商，俾能將軍事進攻推遲一步。
北軍在湖南要發動攻勢時，北方的直系和南方的桂系仍作挽救和平的最後努力。譚延-在桂系授意下，於3月3日由上海到南京，他提出一個和談的先決條件，就是南軍願意先退出岳州，但北軍也不進駐。與譚延-的奔走同時的，還有各省省議會，他們準備在南京舉行聯席會議，推進南北和談。李純把譚延-的建議轉達到北京，同時主張把國會問題提交各省議會聯席會議解決。
桂系透過直系進行和談的努力是徒勞無益的，因為直系這時對於南北和談已發生不了作用，馮國璋已完全屈服於北洋主戰派。所以李純的建議和主張，馮無法明確表示，只復電要譚延-自己到漢口和曹錕等協商解決。3月10日。北軍已經向湘北進攻，譚延-只好掃興地回到上海。