張懷芝和曹錕本來都是激烈的主戰派，忽然產生了厭戰氣氛，曹錕一再請求回直隸養病，5月29日沒有等待段祺瑞同意，就離開漢口，還把第一路司令部全部帶走。30日張懷芝也率領親信徑返山東。這兩位大將在離開漢口之前，曾與王占元、趙倜、陳光遠、李純交換意見，打算發出一個電報，假口「民生凋敝，不堪再戰」，命令前方「停戰待命」。
段聽說前線將帥公然主和，大為震動，趕緊活動疏通，花了很大氣力才說服他們沒有發出這個電報。雖然如此，段已深感他的陣營中，主戰派全變了主和派了，這是新的主和派，其中三個是原來的主和派，三個是原來的主戰派，現在他們結合起來了。最不幸的是這個新的主和派領袖竟是曹錕。
直軍前線全體將士也聯名發表通電，力言湘省水患滔天，瘟疫流行，兵疲將憊，不堪再戰。同時前線直軍的五位旅長也聯名發表請假的電報，這五位旅長是王承斌、閻相文、蕭耀南、張學顏、張福來。所謂的請假就是怠工示威，五位旅長聯名請假就是集體怠工。
新主和派的出現，顯示北洋派內部的矛盾已經錯綜複雜極了。過去段祺瑞的皖系主戰，馮國璋的直系主和，曹錕以直系大將而參加主戰派，促成了段在馮段之爭中操到勝券的主要原因。現在，正當南北戰爭的有利形勢落入北軍手中時，忽然原來的主戰派全部轉到主和派，實在是一樁極大的轉變。由於主和勢力大增，厭戰情緒就像一種流行病一樣蔓延到整個主戰陣營來，連極端主戰的倪嗣沖也不願讓他的安武軍獨當其衝，因此也請求北京把他的軍隊調回休息。
為什麼主戰的將軍們在緊要關頭上竟會主和呢？這也有實際因素，由於張敬堯部隊的軍風紀太壞，使北軍在湖南完全不受歡迎。湖南人民憎惡北軍，使北軍在湖南的處境完全不利。另一方面南軍在抵抗北軍的戰爭主力完全未受損害，尤其是桂軍元氣完全未受傷害，如果北軍進一步打到粵桂邊境，則西南內部自會團結抵抗，則北軍能否勝利實不可知。
段祺瑞在這種情形下，認為再催促前線的北軍進攻是不可能了，因此他決定對湖南改攻為撫，派趙春霆為湘南鎮守使，兼湖南招撫清理局局長，派員分途招撫南軍，凡願受撫者，一律改編為「國軍」，官兵仍供原職，凡不願入伍者，准其給資遣散。這是一個很惡毒的分化南軍，尤其是分化湘軍的策略。
段本人始終無意於終止武力統一政策。
就在主和空氣聲勢大振時，一位著名人物龍濟光在廣東兵敗被逐出後，到了北京。龍濟光不能在廣東立足，想跑到北京來找機會，他有兩個目的，一是自吹自擂，說他在廣東還有很大的力量，如果得到有力的支持，打回廣東是不成問題的；另一個是為了要錢，他說曾墊了筆軍餉1000萬元，要求北京政府發還給他。
段對龍濟光極盡拉攏，且想利用他來作為示範，仍然稱他為兩廣巡閱使，給他以熱烈的歡迎。龍濟光向段要求准許在北方招募新兵30營，加以短期的訓練，然後由海道運赴廣東，作為反攻廣東的基本力量。段答應龍濟光在天津設立振武新軍辦事處，發給他一筆軍費和一批軍火。同時大肆鼓吹，說廣東內部有隙可乘，龍巡閱使在廣東仍有潛勢力。
龍濟光在北京高唱征粵時，閩粵邊境的形勢頗於北軍不利。原來李厚基在段祺瑞的督促下，曾聯合浙軍進攻潮梅，不料受到粵軍陳炯明的阻截，陳軍且乘勢反攻，5月17日粵軍佔領武平和永定屬之蘆下壩，20日佔領上杭屬的峰市，30日佔領永定，31日佔領長汀。6月2日以前，粵軍以破竹之勢完全取得汀州各屬。
段祺瑞在北京又擬定了第五期作戰計劃，是在湖南採取守勢，但在廣東採取攻勢。
6月10日段祺瑞召見舊國會參議長王家襄，段曾詢王究竟有多少國會議員到廣東去？王說：最近又有不少議員到廣東去，因此非常國會可能湊足法定人數改開正式會議。段說：我現在將派45000人打廣東，兩個星期開始攻擊，請你告訴議員們，千萬不要再去廣東。凡是附和南方的，一概格殺不論。
段組閣後，一直沒有到總統府去看過馮國璋，有人告訴段，馮目前仍然還是總統，總理應該去見總統談談。5月31日段破例地到總統府見馮，報告中日交涉已告一段落，並且說今後仍當隨時報告。
6月7日，一直住在天津的徐世昌突然到北京來，他抵京後，倡議馮段合作，同時主張在北洋派內取消內爭，直系皖系的界限應該同時消除。過去人們都說徐世昌是活曹操，馮段交惡時，大家認為徐世昌應該站出來調和，而徐卻躲在天津不肯見人，梁士詒由北京到天津時，亦促徐命駕入京為魯仲連，徐向梁士詒說：「過去黎時代，府院是明爭，我尚能調解，如今是暗鬥，我無能為力，實在心有餘而力不足。」所以當徐到北京大倡調和馮段之爭時，大家知道北京政局在醞釀新的變化，否則徐不會貿然到北京來的。
徐世昌當然不會毫無目地就到北京來。
這時，皖系又籌劃召開軍事會議，會議主題倒不僅討論軍事，還有選舉總統的問題。曹錕主張這個會議仍在天津召開。至於總統問題，段祺瑞採取了攤牌的意見，建議推舉徐世昌為下屆總統，他自己則表示不做副總統，倘若馮國璋願意退為副總統，他也可以同意，否則他願意和馮國璋同時下野。段出此途，表面上說，是為了團結北洋派，因為徐世昌是北洋的元老，且和直系有很深淵源，徐出山，直系不會反對，段和馮同時下台，直系也可心平。
督軍團們在天津公推張懷芝為代表，於6月15日到北京，面謁馮國璋，請問馮能不能退而為副總統，馮表示「不為」，於是馮段兩人都讓出了副總統的位子，這一來，曹錕就有希望出任副總統職位了。
6月19日天津會議正式舉行，除督軍團各督軍和督軍代表外，還加了龍濟光。會議一致決定通過徐世昌為下屆總統，並通過繼續對南方進行軍事行動。曹錕是因為副總統已是指日可得，所以由主和轉而主戰，至於張懷芝厭戰是因為想回山東老巢，不料他回到山東後，代理山東督軍張樹元一定要真除，不肯交還督軍位子，他只好揖讓，這一來他便落空了，於是只好向南方找地盤，因此他便也由主和轉為主戰。
張懷芝願意赴南指揮軍事，正好符合當時的需要，因為曹錕既然要當副總統，自然不願赴南方，其他的主戰的大將如張作霖、倪嗣沖等都不願離開他的地盤，張懷芝在北洋派中資格頗老，而他已無廟可依，正好成為段對南第五期作戰統帥的主要人選。雖然張不是能征慣戰的良將，但總比派不知名或資格淺的人來得妥當，於是張懷芝便順理成章地成為南征主將。
張懷芝雖然余勇可賈，願意擔任征南統帥，可是他還是色厲內荏，他必須找一個打手。這時候，當之無愧的是吳佩孚。6月20日他又由天津到北京來報告天津會議的決定，於是他向段祺瑞悄悄地提出這個要求，段祺瑞正欣幸他願意披戰袍，親上前線，自然立刻答應，就是這天，北京政府發表了下列幾道命令：
特派曹錕為四川、廣東、湖南、江西四省經略使。
特派張懷芝為援粵軍總司令，吳佩孚為副司令。
22日特派李厚基為閩浙援粵軍總司令，童葆暄為副司令。
24日令魏宗翰為陸軍第九師師長。
28日令張樹元護理山東督軍兼省長。
曹錕由「兩湖宣撫使」一躍而為「四省經略使」，在民國政府中這還是最大的地方官。印鑄局特地替這個新官鑄了兩斤多重的銀質獅紐大印，比特任官的印還要大。這一來便顯示曹錕的地位是在各省督軍之上，也就是副總統的候補人。表面上看起來段祺瑞很捧曹錕，其實是非常勉強的，段生平最重資格，以前看不起黎元洪，是因為他在滿清只做到協統，曹錕以布販出身，段怎會看得起他。曹錕在北洋派中本以「老實人」出名，可是這次反反覆覆，證明老實人也會玩花樣，段在瞧不起曹的出身而外還加上對他的不信任。
段的私心想選一個文人出任總統，所以找到了徐世昌，既然不歡喜武人為總統，則又怎會歡迎武人為副總統？因此答應曹錕為副總統，只是一時權宜之計。
曹錕既為川、粵、湘、贛四省經略使後，竟留在天津私邸花園內飲酒看花，絕無南下之意。段想加重他對川、粵兩省軍事責任，而他卻好整以暇，避重就輕。北京一再電促南下，他回電請先發欠餉，請劃定經略使權限，絕口不提南下就職，請他到北京，他也不答允。
這位民國最大的地方官，四省經略使曹錕靜靜地在天津做寓公，既不南下，也不在北京，他向北京要求由他派人管理德州、漢陽、上海三個兵工廠。北京答覆他說：「軍火將充分供給，不必管理兵工廠」。張懷芝本想和他一同南下，見他毫無啟程的意思，實在心焦，拍著他的肩膀說：「老弟，我去山東一趟，你哪天南下？約個日期咱們一道兒走。」
6月下旬北京府學胡同段宅破獲了一件行刺案，皖系的人以為馮國璋所主使，後來查明是辮子兵的餘孽想替張勳報仇，在北京組織一個秘密機關，主持人名叫陳炎，他收買了兩個日本人，想在段宅投炸彈，結果被守衛的警察發現，予以逮捕。並將日本人送交日本公使館。