民國7年3月18日北軍攻佔岳州，捷訊到達北京，馮國璋仍想貫徹他的和平主張：「北軍對南的軍事行動以岳州為止」。他認為岳州既已收復，北洋派的聲威得到恢復，而桂系又願意談和，則何必一定要勞師動眾，對南用兵。他的主張正在擬成命令尚未發出時，3月19日接到了督軍們的聯名電報，這通電報以曹錕為首，包括長江三督在內，共有15省三特區的北洋軍閥們，他們要求段祺瑞再起組閣，內云：「錕等互相約定，我公復任揆席，則同人誓當一致，共扶危局，否則亦惟從公高蹈，不問世事，全國安危，同人離合，均系我公一身。」馮接到這個電報，簡直像接到哀的美敦書一樣，沒奈何只好再請段勉應眾命，以北洋團體為重，接受組閣大命。段仍表示「無意於此」；馮則指天誓日地表示願與段同生死，共患難。並且自動承認五個條件：（一）參陸辦公處仍然遷回國務院，以靳雲鵬為主任以代師景雲。（二）國務院決議，總統保證不擅改一字。（三）閣員由總理選擇，不必徵求總統同意。（四）公府秘書長由總理推薦。（五）中央（指總統）致各省的電報，須由院方核發。
3月23日大總統令准署國務總理王士珍辭職，特任段祺瑞為國務總理。24日派張志潭為國務院秘書長。25日參陸辦公處遷回國務院。27日令張敬堯為湖南督軍兼署省長。28日令改海軍總司令為特任，以藍建樞為總司令。29日令陸徵祥復任外交總長，錢能訓為內務總長，段芝貴為陸軍總長，劉冠雄為海軍總長，傅增湘為教育總長，朱深為司法總長，田文烈為農商總長，曹汝霖為交通總長兼署財政總長，吳鼎昌為財政次長。4月4日晉授曹錕勳一位，一等大綬寶光嘉禾章。授予張敬堯一等文虎章，二等大綬寶光嘉禾章。授予吳佩孚勳三位，二等大綬寶光嘉禾章。犒賞攻克岳州和長沙的將士各30萬元。另以6萬元賑濟湘災。
新任參陸辦公處主任靳雲鵬和徐樹錚、吳光新、傅良佐四人是段祺瑞手下的四大金剛，四大金剛中以徐樹錚最能呼風喚雨。新任國務院秘書長張志潭字遠伯，是徐樹錚很賞識的人，徐原來做國務院秘書長時，張是秘書，一切大小事徐都和張商量，徐曾告張國淦說：「遠伯才氣高，我希望他將來可以接替我。」段這次組閣後，徐樹錚是扭轉局勢的大功臣，所以重要人事都是徐的安排。不過徐樹錚後來卻和張志潭鬧翻。
段第三度復任總理，上台後第一件事就是通令各省，稱北軍為「國軍」，南軍為「敵軍」，不許再用北軍、南軍字樣。這表示段要把武力政策進行到底。而段的寵臣徐樹錚得意洋洋地到北京來祝賀新內閣時，也公開表示「不打到廣州決不罷兵」。
段確定了對四川、湖南、廣東三省進兵的第三期作戰計劃：（一）湖南戰場仍以直軍為主力，俟湘東之「敵」肅清，即抽調張懷芝的第二路為進攻廣東主力，同時令江西的「國軍」向南雄推進，福建的「國軍」向潮汕推進，會合廣東境內龍濟光軍四路進攻。（二）以奉軍為進攻四川主力，分為兩路，一路由鄂西入川東，一路由陝南入川北，會合陝軍和劉存厚的川軍進攻。
同時電前線將士予以嘉獎，電云：
「據第一路總司令兩湖宣撫使曹錕，總司令湖南督軍張敬堯等，迭次電稱：『各軍自三月十八日克復岳州後，節節進攻，分途收復平江湘陰兩城。二十五日，由同山口進窺長沙，逆軍處處死抗，經我軍協力痛擊，星夜追逐，逆勢不支，遂於二十六日將長沙省城完全克復』等語。此次各軍激於義憤，忠勇奮發，由岳州取長沙，曾不數日，力下堅城。該總司令等督率有方，各將士忍饑轉戰，嘉慰之餘，尤深軫念。所有在事出力官兵，著先行呈明，分別呈請優獎，仍即督飭各軍，乘勝收復縣邑，以奠全湘。所有地方被難人民，流離蕩析，並著查明，妥為撫恤。用副國家綏輯勞徠之至意。此令。」
段對於北軍在湖南戰場的勝利，認為武力統一指日可以實現，而北軍一定可以擊敗南軍。其實這時劉存厚在四川已不能立定，龍濟光在廣東也節節失敗，可是段完全不在意。
段內閣這次組織後，馮國璋是完全低頭了，就是主和的實力分子長江三督也不敢唱反調。這時政局中的大紅人是徐樹錚，李純也竭力拉攏徐，江西督軍陳光遠公開表示接受第三期作戰計劃。到此時期，直系已完全屈服於皖系。
段論功行賞。徐樹錚應居首功，於是他到了北京，不僅段內閣的人事他有決定大權，對南軍事也由他主持，同時他還包辦了新國會的選舉。4月7日另一皖系大將倪嗣衝來到北京，極力主張以臨時參議院代行國會選舉權，即日進行總統選舉。可是徐樹錚認為新國會在三四個月內就要成立，由新國會選舉總統是合法的，因此不必提早總統選舉，而且提早總統選舉是不合法。
徐樹錚這時策劃的新國會就是後來著名的安福國會。
自段祺瑞第三度組閣後，徐樹錚就成為那時期的政壇寵兒。他也躊躇滿志，以段閣後台自居。有人說當時的北京政府，一切軍國大計都在段手中，而段則一切取決於徐，他簡直是內閣中的內閣，總理下面的總理。
段祺瑞剛愎，可是他卻寵信徐樹錚。小徐才氣高卻不成熟，他做任何事都使人側目，段的政治麻煩多數出在小徐身上。這一時期，小徐極力排斥直系，這是段所樂見的。可是他也不容段系中有其他的紅人，靳雲鵬和小徐都是名列段手下的四大金剛，靳雲鵬當了參陸辦公處主任，小徐是不高興的，於是他專門和靳作對，靳只得請假不辦公，軍事大權便落到小徐的手中。國務院秘書長張志潭本是他推薦的，不知怎的他也不滿意張，張也只得辭職。段的文武兩大幕僚都和小徐鬧翻，其不能容人，於此可見。奇怪的是，段也不能容人，可是卻容一個飛揚跋扈的徐樹錚。
徐樹錚迫走靳雲鵬後，段系內部便起了分化。
這時候，徐樹錚想做直隸督軍，他想把曹錕再升一級，升曹為兩湖巡閱使兼湖北督軍，調湖北督軍為江蘇督軍，這樣既解決了李純，又打擊了直系，更為自己開了一條路，實在是「一石二鳥」的如意算盤。他認為曹錕由一省督軍上升為兩省的巡閱使，又仍掌一省督軍，應該會心滿意足的，如果曹錕同意，自己的直隸督軍便垂手可得。不料這個消息傳出後，曹錕大為光火，認為這是明升暗降，故意調虎離山，因此4月4日打了一通電報給北京政府，請辭兩湖宣撫使，在未獲批准前先請假一個月，以便到信陽雞公山養痾。當時北洋軍人常用辭職或養病來威脅政府；與曹的行動配合的，是前線總司令吳佩孚亦致電北京，稱因所部作戰疲勞，請將全軍調回直隸休息。這是表示吳部隨時可以撤軍北返。
曹錕是主戰派的第一號大將，湖南的捷訊剛好挽回了北洋派威信，而吳部又是湖南戰場上的主力，如果曹錕真的倦勤，吳部真的撤回，則段祺瑞武力平南的政策就功敗垂成，付諸流水。因此，徐樹錚這一遭碰了大釘子。段為了解釋誤會，特要徐樹錚親自跑到漢口來向曹錕道歉，勸阻曹錕不要辭職或請假，也勸曹令吳佩孚不要從戰場上撤退。
徐樹錚在漢口同時部署了新的作戰計劃，他打算把調往四川作戰的奉軍改調到湖南戰場上，用以監視直軍，以防直軍作戰不力或撤退。
段原來部署的第三期作戰計劃是西戰場與南戰場雙管齊下，現在徐則把西戰場推遲一下，集中全力解決南戰場。徐這計劃段沒有完全同意。
段祺瑞三度組閣前，一切有利的情勢都傾向於他，可是等他上台後，情況就兩樣了，皖系和主戰派的軍閥擁護他是自有打算的，希望因為作戰而能分到日本的借款和軍火，同時因為作戰而各自可以截留國稅，買馬招兵。奉軍入關前劫奪了一批軍火，段上台不久，第三批從日本運來的軍火又在塘沽被奉軍劫收。
如果照第三期的北軍對南作戰計劃，一個月打下湖南，三個月平定兩廣，至多半年內就可以完成全國武力統一。可是天下事就是那麼不如人願，在湖南作戰的直軍，於佔領長沙後，借口餉械不敷，進兵緩慢。
段鑒於前方軍事進行不如理想，而主戰派內部又不和睦，乃決定自己「南巡」到漢口召集一次大規模的軍事會議，會議的目的是消除前方厭戰氣氛，積極地打仗，同時要消滅主戰派內部的裂痕，尤其是直皖兩系的裂痕，從而促成北洋派的大團結，以便部署對西南五省的全面進攻。因為北京的政治形勢已成一面倒，新國會召集後，總統即將改選，今後段將是北洋派唯一的領袖，所以更有必要先進行大團結工作。
段在國務會議上提出南巡計劃，全體閣員都加反對，他們的反對也是有理由的，不久之前馮國璋以總統之尊曾往「南巡」，使得人心惶惶，如今總理又要南巡，豈不更增政局的不安，加深了時局的複雜性。
段不顧閣員的反對，決定南巡，先發電給李純、陳光遠、張敬堯、張懷芝到漢口參加這個會議。
4月20日段由京漢鐵路南行，21日經過鄭州，河南督軍趙倜登車隨行。22日抵漢口，本當在大智門車站下車，但是為了到劉園訪問曹錕方便起見，改在循禮門下車。從循禮門到劉園的曹錕司令部，沿途軍警林立，斷絕交通，禁止臨街偷望，真是十步一崗，五步一警。武漢人民第一次看到內閣總理的威風場面。
可是，段所召集的督軍會議卻異常冷落，被邀請參加會議的四個督軍，沒有一個前來漢口參加。李純和陳光遠是主和的直系，心中有所顧忌，自然不敢赴會；而主戰的張懷芝和張敬堯也托詞「軍情緊急」而不與會。原來張懷芝和曹錕有了隔閡。曹錕駐節漢口時，《順天時報》說他曾在青樓中選到一位姨太太，張懷芝是曹錕把兄，就去電責曹不應「軍中行樂」。曹大為光火，認為張根據「無稽之言」破壞他的名譽，從此便和張斷絕往來。至於張敬堯則不敢離開長沙，因他自知在湖南不受人喜歡，臥榻之旁又有他人鼾睡，吳佩孚有戰功又有人緣，如果他離開長沙，吳佩孚可能會取他的督軍位子，所以也不敢前赴漢口。
段覺得張懷芝是第二路軍統帥，如不與會，漢口的督軍會議勢必流產，所以一定要張來，並命他接到電報立刻動身。24日張懷芝到了漢口，段在曹錕和張懷芝之間作了調人，張向曹道歉了事。
段祺瑞在漢口主持的軍事會議，參加者有曹錕、張懷芝、王占元、趙倜四個督軍，徐樹錚當然也參加，其他各省江蘇、江西、湖南、安徽、山西、陝西、奉天督軍則派代表出席。
段在會議上說明團結北洋派的重要性和貫徹對南作戰方針的決定，然後提出第四期作戰計劃，發交有關各省按照計劃執行。關於總統問題，主戰派內部存在不同的兩種意見：一種是主張以臨時參議院代行選舉權，選舉總統；一種主張迅速召集新國會以便如期進行總統的選舉。段決定採取後一種辦法。
曹錕和王占元聯合請求恢復陳光遠的原官，撤銷王汝賢、范國璋二人的處分，對馮玉祥不究既往。這樣一來，漢口的督軍會議變成了對直系的緩和態度。這是因為曹錕態度大變。天下事就是如此奇怪，曹錕以直系的一分子，忽然轉變為督軍團盟主和主戰派領袖，段祺瑞再起組閣，他是重要的一分子，現在他表示要對直系和好，也正符合段的北洋派大團結的要求，因此漢口會議便促成皖系對直系和善的決定。
漢口軍事會議結束後，曹錕、張懷芝、倪嗣沖於4月26日聯合電請政府迅速召集新國會。北京國務院於5月4日通電否認要以臨時參議院代行國會的一切職權。
為了真的表示對直系的寬大，以達到北洋派大團結的目的，段又電約倪嗣沖、盧永祥兩人先到南京等候。25日晚段由漢口動身，乘楚材軍艦東下，因馬力開得太足，撞沉了招商局的江寬號，溺死乘客近千人，楚材號負傷停駛，段換乘護送艦楚泰號鼓掉疾馳而去。26日在九江和陳光遠見面。27日到南京和李純見面。並且在李、倪、盧三人間做和事佬。27日晚由津浦路北返，28日回到北京。
段在南巡期間，全國掀起了反對中日密約的浪潮。原來段在任參戰督辦時，以參戰為名和日本洽商借款，名義上是編練參戰軍，實際是拿日本借款進行個人建軍工作，並以一部分作為征南戰費和籌備新國會之用，這些交涉不要說馮國璋不知道，連北京外交部也不知道。段組閣後，日本更提出四項條件：（一）共同出兵西伯利亞，由日軍指揮華軍。（二）發行軍用票。（三）臨時管理中國交通、軍械、實業、經濟、教育、外交。（四）合組運輸大同盟。日方要中國嚴守秘密。3月24日中日雙方交換照會，消息當然關不住，於是全國便掀起了反對中日秘密外交以及反對繼續用兵的高潮。段在武漢也受到壓迫，武漢各團體和商會都派代表直接請願停止內爭，段自然不予接見。段的苦惱是剛好壓制了直系主和，可是全國性的反戰，使他「武力統一」的政策又受到打擊。因此他的南巡，毫無成績可言。