護法軍政府在廣州並不得意，因為桂系不予合作，桂系有桂系的打算，他們視兩廣為桂系的勢力範圍，陸榮延希望讓湖南作為北洋派和桂系中間的緩衝地區。當傅良佐入湘後桂軍便在湘桂邊境黃沙河增兵佈防。陸榮廷希望北方的直系能牽制皖系，使段祺瑞在湖南用兵的計劃流產。馮國璋曾派密使到南寧訪問陸榮廷，陸對馮的密使表示，對於國會問題並無成見，不過必須是一個國會，不能北邊一個，南邊又一個。至於湖南問題則應該恢復原狀，劃湖南為南北軍事緩衝地區，允許湖南自治，大家保證互不侵犯。馮雖然同意陸的主張，可是段用兵馮無法阻止，因此馮和陸雖然聲氣相通，可是卻不能阻止段的軍事行動。
桂系鑒於湖南局勢嚴重，直系無能為力，湘軍無力單獨抵抗北軍，而北軍如果佔領全湘，第二步目標自然是兩廣，因此陸榮廷乃在南寧召集軍事會議，桂系的廣東督軍陳炳-奉命邀請護法軍政府的海軍總長程璧光到南寧和陸榮廷會商出兵援湘問題。
10月2日南寧軍事會議開幕，陸榮廷慷慨發言，痛斥段祺瑞投降日本發動內戰，號召出席全體人員簽名宣誓，表示抵抗皖系軍閥的決心。會議決定由兩廣當局陳炳-、譚浩明、程璧光、李耀漢聯合通電，痛斥段祺瑞，列舉段的罪行如：主使公民團包圍國會、主使督軍團毀法叛國、任意發動內戰等。同時提出：（一）迎黎大總統復職，（二）恢復國會，（三）罷免段祺瑞，（四）撤回湘督傅良佐的任命。最後並推定廣西督軍譚浩明為兩廣護國軍總司令，廣西出兵45營，廣東出兵35營，共組成五個軍，陸裕光為第一軍司令，林俊廷為第二軍司令，韋榮昌為第三軍司令，馬濟為第四軍司令，林虎為第五軍司令。軍事會議結束後，陸榮廷仍返原籍武鳴養病，暗中繼續和北方直系通消息。
10月20日譚浩明通電就兩廣護國軍總司令職，誓師援湘。於是湖南問題便演變為南北戰爭，這次南北戰爭又稱為「護法戰爭」。本來段祺瑞的統一南方軍事行動中，想用蠶食政策，一步一步地來，不想一開始就碰到桂系，現在桂系卻對他大張旗鼓討伐，怎不使他大為震怒，於是他便對桂系大張撻伐。
段內閣下令討伐桂系，罷免兩廣巡閱使陸榮廷、廣東督軍陳炳-和廣西督軍譚浩明。這時他剛辦好兩批日本借款，有了錢膽子更壯，因此便有恃無恐地決定征湘、平粵、伐桂、討滇，四大任務同時並舉，擬派盧永祥為湘粵方面總司令，以駐防山東的第五師長張樹元繼任淞滬護軍使；抽調倪嗣沖的安武軍20營及張敬堯部第七師開到湖南；另方面唆使瓊州的龍濟光反攻廣東，收買潮汕鎮守使莫乘宇、惠州督辦張六驥作內應；並令福建督軍李厚基派兵經海道在廣東沿海登陸。調奉軍、陝軍入川協助吳光新、劉存厚攻擊滇軍。
10月20日兩廣護國軍總司令譚浩明援湘時，直系的長江三督江蘇督軍李純、湖北督軍王占元、江西督軍陳光遠聯名提出解決南北問題的四項意見：（一）停止湖南戰爭；（二）撤回傅良佐；（三）改組內閣；（四）整理倪嗣沖部。這是直系正面向皖系開炮的行動，也是和南方桂系相呼應。因為這四項主張中，第一、第二兩項是反對段的武力統一政策，是打擊段的威信；第三項主張是重申李純以前的要求，要清除段內閣中的親日派，也就是打擊段的從日本方面取得軍費和軍火支援。直系這些主張，和桂系的差不多，而直系尤其重要的，是要把江蘇北部徐州、海州一帶的張勳舊部，從倪嗣沖手中奪過來，以削弱皖系主戰分子的力量。
直系既然和桂系相呼應，皖系也拉攏了奉系，「新奉天王」張作霖於10月21日發出馬電，敦促北京政府立即討伐兩廣。
由於長江三督的強烈態度，段感到事態趨於嚴重，不得不把皖系大將盧永祥留在上海，以應付長江的意外事變，並且把進攻西南的計劃展延。在皖系中一部分急進派醞釀再來一次政變，以對付馮國璋。從10月下旬到11月上旬，北京謠言熾烈，傳說北京軍人要發動政變軟禁總統，使馮國璋一夕數驚。
段罷免陸榮廷、陳炳-、譚浩明的命令需要總統蓋印，馮卻拒絕蓋印，他委婉地說他希望大事化小，可是他又不敢堅持，怕段真的翻臉，10月27日他勉強地下令，罷免廣東督軍陳炳-，派李耀漢兼署廣東督軍，莫擎字會辦廣東軍務，李福林接任廣惠鎮守使。10月30日又加授李耀漢為陸軍上將銜，莫擎宇進級為陸軍中將。李耀漢、莫擎宇和李福林都是廣東地方派軍人。原任廣惠鎮守使莫榮新也是桂系大將，這是段利用廣東地方派驅逐桂系的釜底抽薪之計。馮國璋把罷免陸榮廷的命令留中不發，使段祺瑞深為不滿，再度擬好了三道命令送給馮，一是調陸榮廷為寧威上將軍，著即迅速來京；二是特派龍濟光接任兩廣巡閱使；三是責成新任廣東督軍李耀漢嚴飾桂軍開回廣西。一方面催促馮蓋印，一方面加緊散播要政變和驅逐總統的謠言。
11月6日，馮在漫天謠言中，無可奈何把這三道命令交印鑄局蓋印後發表，可是他內心十分苦惱，懊悔輕易入京來當這個空頭總統的失策，他氣得晚飯也沒有吃，到了半夜，又派人到印鑄局把三道命令追回來。段第二天未見到總統命令發表，一問印鑄局，才知被總統追回，大為光火，乃於這天（7日）上午親入公府晉見總統，他見到馮後，一點不客氣，聲色俱厲地責問馮，為什麼講好發表的三道命令又要變卦，總統豈能出爾反爾？馮面對著這位氣勢迫人的總理，啞口無言，只好答應第二天發表，待段走後，馮又把命令交到印鑄局去。
桂系本倚直系為奧援，所以不把孫中山和國民黨放在眼中，到了馮被迫發佈陸榮廷等命令後，才知道直系這個同盟者在北方是制止不了皖系的。既然直系並不能成為桂系的奧援，桂系這才伸出友誼之手來和國民黨握手。
11月10日，陸榮廷到梧州主持軍事會議，這次會議，除了桂系軍事領袖外，還邀請了孫大元帥的代表胡漢民、護法軍政府代表外交次長王正廷、海軍總長程璧光、廣東省長李耀漢參加。這次梧州軍事會議比南寧軍事會議擴大了，這是一次包括國民黨、桂系、廣東地方軍人的聯席會議。這次會議的主題是要精誠合作，共抗北軍，同時消除內部的隔閡。桂系自己擔任援湘的正面行動，同時要求國民黨出兵福建，開闢第二戰場以牽制北軍。
國民黨這時才有機會表示決定性意見，因此提出桂系的廣東督軍陳炳-不得人心和攫奪省長親軍等問題，陸榮廷立刻接受，建議調陳為討龍濟光軍總司令，推程璧光為廣東督軍，陳炳-所接收的省長親軍20營亦撥交陳炯明指揮，用以進攻福建，但須受程璧光的節制。
程璧光在國民黨中是一個著名的溫和派，他一向主張要聯桂系以抗北軍，桂系推他擔任廣東督軍和節制陳炯明，是對他比較信賴，這時國民黨不願在廣東督軍這一職位上讓桂系難過，因此極力敦促陸榮廷自己到廣州來主持軍事。最後會議中推陸榮廷以兩廣巡閱使兼任廣東督軍，程璧光以海軍總長兼任討閩軍陸海聯軍總司令，下轄海軍總司令林藻懌，滇軍總司令方聲濤共同攻閩。陸榮廷表示本人年老多病，在養病時期派廣惠鎮守使莫榮新代理廣東督軍。
桂系不敢倚賴直系而謀自救之道，一點沒有錯，因為馮國璋在北京真是處境艱難。原來這時北軍在湖南和四川都傳來捷訊，段認為武力平南很容易，要緊的是除肘腋之患，於是皖系中便有「政變倒馮」和「合法驅馮」兩種不同的意見。政變倒馮是由倪嗣沖和張作霖宣佈獨立，在天津設立臨時政府，推徐世昌為大元帥代行總統職權，然後進兵北京，迫馮下台。合法驅馮是迅速成立臨時參議院為代立法機關，修改《國會組織法》與兩院議員選舉法，根據這些新法召集新國會正式改選總統。
政變倒馮是很乾脆，但是馮不是黎元洪，馮有長江三督為後盾，如果倪嗣沖和張作霖發難，長江三督一定以武力相抗，這樣一來，同室操戈豈不是給西南一個好機會。至於在天津組臨時政府，也正和廣州的軍政府一樣，且在法律上更及不上廣州的軍政府。最值得顧慮的，是這樣一來，便把直系逼上梁山，和西南聯合。段投鼠忌器，不敢走這一條路。