段祺瑞第二次組閣後，一心要完成他武力統一中國的美夢，這是他想超越袁世凱的一個野心，這個野心，尤其在借款有著落後更為積極。他的敵人是西南軍人，西南包括雲南、貴州、四川、廣東和廣西五省。段的用兵計劃準備由四川進攻雲南和貴州，由湖南進攻兩廣。湖南距離北洋派的佔領區最近，本身實力又不強硬，是一個假道的理想地帶。段打算由湖北、江西兩路夾攻湖南，他原打算派吳光新為湖南督軍，可是吳表示願意向四川方面發展，於是段乃決定調淞滬護軍使、第十師師長盧永祥為湖南督軍。其後因為段擬議中要段芝貴繼任江蘇督軍一案行不通，乃不調走盧永祥。這時候湖南人唱出「湘人治湘」的口號。在北京的湖南著名人士，如熊希齡、范源濂等也主張湘人治湘，維持現狀，反對北軍入湘，加以譚延-以湖南省長而兼督軍，頗得湖南人們的擁戴。
段祺瑞針對這個情勢，採取了一個將計就計的辦法，就是派一個自己的親信而又是湖南人去做湖南督軍，既可堵塞一般人的嘴，又可以執行自己的計劃，於是發表他最寵信的傅良佐為湖南督軍，仍命譚延-為湖南省長，同時表示傅良佐雖督湘，但不帶北兵入湘。傅在接受新任命時，也發表了「三大治湘方針」：
（一）湘人治湘；（二）軍民分治；（三）不帶北兵入湘。
傅良佐是湖南乾城人，不過和湖南關係太淺，他一直追隨段祺瑞，生長和做事都是在北方，所以他在湘人看起來，根本不算湘人。至於段祺瑞所保證的不帶北兵入境，也很難令人置信，過去楊善德到浙江也有過相同的保證，但既成事實後，北兵即源源入浙。當段和傅良佐都指天誓日地說不帶北兵入湘時，駐守保定第二十師（師長范國璋）已奉命調防入湘。
在此以前，陸榮廷曾打電報給馮國璋，要求三年之內勿更動西南各省的軍民長官，馮回電表示同意，所以在傅良佐督湘命令發佈後，譚延-乃向陸榮廷飛電告急，陸即電請馮履踐諾言，收回成命，並主張劃湖南為南北兩軍之間緩衝地帶，維持湖南現狀，以保和平。可是馮已難於作答。因為他已經把湖南和四川與段交換了江蘇和江西，因此只得把陸這個電報交給了段作答，8月14日段以國務院名義答覆陸說：
「譚省長清亮淑慎，勤政愛民，惟軍旅非所素嫻，故以民事專畀。今日文人不能將兵，已為各國通例。為軍事計，為湘省計，為組安（譚號）計，皆以專民事為宜。湘俗強悍，誠如尊論，善用之則為勁旅，以衛國家；否則逾越恆軌，以資擾害，尤非知方通變之才，不能控制統馭。湘省易帥，良非得已，以傅易譚，蓋亦幾經審慎。傅本湘人，感情素通，斷不至因更調而生攜貳。明令早頒，勢難反漢。遠承注念，感何可言。希以此意轉告西南群帥為荷。」
段在電報中把更動湘督一事說成是「為事擇人」，而把自己私心隱-，把傅良佐督湘說成是「良非得已」，實在是不由衷之言。
陸榮廷接到段祺瑞以國務院名義所復的「官腔」電報後，知道無法情商，乃示意湖南採取武力抵抗，並表示願以實力支援。譚廷-乃召集秘密軍事會議準備抵抗北軍，同時電請各省迅速派兵「援湘」。雲南督軍唐繼堯立即復電，建議派遣駐粵滇軍兼程開進湖南。陸榮廷表示同意，並於8月16日致西南各省電報中說：
「湘督易人，北方疑忌西南之心已昭然若揭，唇亡齒寒，急應力圖應付，駐粵滇軍開往援助，鄙意極表贊成。」
駐粵滇軍是由李烈鈞率領，在護國討袁時期開來兩廣準備經湖南北伐的。護國時期因雲南為發動的基地，所以盡量組成軍隊，一部由蔡鍔率領出四川，一部由李烈鈞率領出廣東。袁死後，局勢大變，在粵和在川的滇軍成為大問題，撤回雲南，他們不願意，雲南也無力承擔，不撤回去他們自然要有所作為，而所駐地也不歡迎他們長期留駐，在川在粵，滇軍都遭遇到這個問題。
李烈鈞所率領的滇軍是駐防在廣東北江的，當時廣東是在桂系的勢力內，當然不願意滇軍留駐，不過他們只希望滇軍離粵，援湘抗北正合理想，可是當譚延-萬分迫切地要求廣東督軍陳炳-（桂系）催促滇軍迅速出發時，桂系卻又不肯發給滇軍作戰所必需的軍費和軍火，而滇軍也不願意去打頭陣，因此除去虛張聲勢而外，並無實際行動。
西南的援軍還在紙上談論，而北軍入湘則朝發夕至，湘軍自然無力單獨抵抗，因此湘軍本身便起了分化。湘軍第二師長陳復初，第二師第四旅旅長朱澤黃，第一師第一旅旅長李右文在軍事會議上對於抵抗北軍表示了冷淡的態度。陳復初早已受到段的拉攏，因此，譚所能控制的湘軍就不到半數，當然更無力抵抗。
譚在這種情況下，只好對於調動督軍的命令不表示反抗，並派零陵鎮守使望雲亭到北京歡迎新督軍早日到任，以便早日交卸。有人問他是否願意留任省長，他說：「當慣了婆婆，如何能做媳婦？」望雲亭是北洋派留在湖南的一個內線，譚派他赴北京迎接督軍一方面是表示對北京政府的服從，同時也是調虎離山，望啟程後，譚立刻派劉建藩代理零陵鎮守使。劉建藩是湖南醴陵人，字昆濤，日本士官學校畢業。湘軍驅逐湯薌銘時，黃興介紹他回湖南任軍職，由於沒有適當位置，譚延-遂派他為營產清理處處長。這次譚拍賣大批公產提充軍費，他執行任務極為認真，因此派他代理零陵鎮守使，並接統謝國光、羅先-和劉雪軒各營。譚同時調第一師第二旅旅長林修梅部接防衡山，以表示不設防長沙，而其中的含意則是集中力量，退守湘南以待兩廣的援軍。
譚延-在湖南本已極得人緣，如今更樂得廣結善緣，他拍賣大批公產，用以擴充軍費，並提出其中一部分饋贈文武官兵。軍民兩署職員一律加薪一個月，藉以收買人心。這時，長沙各級人員從縣長、科長到廳長、院長全體提出辭職書，表示要「和畏公（譚）同進退」；後8月中旬到下旬，長沙城內每天幾乎都有各級機關職員舉行公宴為畏公餞別。這在長沙官場中是一個從來未有的場面。
8月26日，北京政府所派的湖南督軍傅良佐由北京動身南下，他繞道津浦路，先到南京會見李純，再乘輪船到武漢會見王占元，然後到岳州停下來。傅良佐在上任之前先訪問直系督軍，這表示皖系還在求取直系的合作，以期對西南有一致的步調。他到湖南後，並不直接到長沙，而在岳州停下來，因為他對湘軍帶有戒心。他在岳州命令北軍向湘陰以北的「無兵地帶」推進，同時北京政府又調駐馬廠的第八師王汝賢部開進岳州。
湖南旅京名流熊希齡等向段政府提出一個折衷方案，請指定岳州為督軍傅良佐的駐地，而長沙為省長譚延-的駐地。這是軍民分治的舊調，督軍、省長不駐在一個城內，段置之不理。
9月2日，湘軍將領發表聯名通電，不反對傅良佐督湘，但希望不帶兵進長沙。
陸榮廷也電請馮國璋阻止北兵開進長沙。9月9日傅良佐隨帶精兵一營到長沙接事。這位陸軍中將特加上將銜的傅督軍，進長沙時禁止各機關團體鳴放鞭炮迎接，長沙人對這位新督軍一點沒有鄉情，他說的是一口北方話，做的是北洋的官，並且還是段祺瑞的內弟，久任陸軍次長，這和湯薌銘以海軍次長督湘如出一轍。
譚延-雖有抗北之志，卻有氣無力，他算來算去，可用之兵只有湘軍第一師，師長趙恆惕這時正丁憂回衡山，這一師下轄兩個旅，由李右文、林修梅任旅長，李右文代理師長，他內心北向，結果真正擁譚的部隊只有一旅人。傅良佐入湘後如果能沉著緩進，慢慢消化，段要吞吃湖南的目的是可以達到的。怎知這位「通變有方」的傅督帥卻操切而急進，他上任後並無佈置就來個下馬威，下了兩道命令：（一）湘軍第一師第二旅旅長林修梅撤職，派鄒序彬接任，（二）劉建藩無庸代理零陵鎮守使，派陳蘧章為零陵鎮守使。陳蘧章是湖南祁陽人，原任湖南水上警察廳長，也是段祺瑞的內弟（段曾多次續絃）。
譚延-早於9月1日回到茶陵原籍「省親」，在茶陵電辭湖南省長，隨即悄悄化裝離開湖南。
9月18日林修梅在衡陽，劉建藩在零陵同時宣佈自主。傅良佐並不感到驚慌，因為宣佈自主的林修梅只有一旅兵力，劉建藩也只有數營地方守備隊。其他湘軍並未加入。至於北軍則兵精械足，只待兵力齊備，便不難一鼓蕩平。
開始時傅良佐想用湖南人解決湖南人，便派第一師代理師長李右文統率第一旅到衡山，招撫林修梅的第二旅，聲言官兵來歸不究既往，怎知李右文不僅沒有招撫到林修梅，他的第一旅在湖南人不打湖南人的口號下反被林修梅「招撫」過去了。10月1日李代師長單騎逃回長沙，傅良佐只好假裝鎮靜，宣稱：「業已全部解散。」11月9日陳蘧章在潮音裡被刺身死，局勢日趨嚴重。
用湘軍打湘軍行不通了，於是傅良佐乃調北軍作戰，以第八師師長王汝賢為湖南軍總司令，第二十八師師長范國璋為副總司令，下令三路：第八師和第二十師正面進攻衡山，湘軍第二師第四旅為右翼進攻寶慶，從安徽調來的安武軍進攻攸縣。不帶兵入湘的諾言撕毀了，湖南問題成為第三次南北戰爭（第一次是癸丑二次革命，第二次是護國討袁），也成為段內閣倒台的導火線。
湘軍第二師第四旅旅長朱澤黃雖是湖南人，卻願為北軍效力，率領湘軍由永豐、界嶺進佔寶慶，北京政府立刻發表朱為長寶鎮守使，晉陞陸軍中將。10月6日擔任正面的北軍第八師第十五旅王汝勤部於11日攻下了沒有設防的衡山。在北京的段祺瑞心情為之一鬆。認為湖南指日可平。同時運送了大批慰勞品到前線犒賞士兵。
湘軍方面，當趙恆惕在衡山居喪守制時，由於北軍大舉南侵，其舊部第一師官兵請趙火速回部，趙乃墨-從戎，先至衡陽與劉建藩、林修梅商討軍事，從容佈署，在衡山西南50里之萱洲河與劉建藩部夾湘水設防。王汝賢、范國璋率部進攻，雙方劇戰歷時40餘日，劉建藩部區司令黃鉞以嚴冬即至，彈藥將竭，恐難支持，乃率敢死隊百餘人抄襲北軍之後，竟以身殉，北軍為之喪膽，湘軍把握時機反攻，北軍不支，乃告潰散，湘軍擄獲大批軍械彈藥，軍力士氣同告大增，追奔逐北，北軍已無戰意，僅在長衡公路的茶園鋪接戰一次，北軍遂潰退長沙。
段等待湖南方面有更多的捷報和更好的消息，怎知一個月過去了，卻什麼消息也沒有。就在前線戰況沉寂的時候，忽然晴天霹靂，傳來北軍王汝賢、范國璋的聯名通電，主張停戰撤兵，電云：
「天禍中國，同室操戈，政府利用軍人，各執己見，互走極端，不惜以百萬生靈，為孤注一擲，挑南北之惡感，競權利之私圖，借口為民，何有於民？侈言為國，適以誤國。果系愛國有心，為民造福，則犧牲個人主張，俯順輿論，尚不背共和本旨。汝賢等一介軍人，鮮識政治，天良尚在，煮豆同心。自零陵發生事變，力主和平解決，為息事寧人計，此次湖南自主，以護法為名，否認內閣，但現內閣雖非依法成立，實為事實上臨時不得已之辦法，即有不合，亦未始無磋商之餘地。在西南舉事諸公，既稱愛國，何忍甘為戎首，塗炭生靈？自應雙方停戰。懇請大總統下令，徵求南北各省意見，持平協議，組織立法機關，議決根本大法，以垂永久而免紛爭，是所至盼！特此電聞。」
王、范寒電籲請停戰撤兵的當晚，傅良佐在長沙下了特別戒嚴令，斷絕市內交通。在夜色迷濛中，傅偕同代理省長周肇祥偷偷爬上軍艦，逃往長沙下游60里的靖港去了。
王汝賢、范國璋的停戰通電，是直系對皖系的致命打擊。因為這兩師都和直系淵源較深。第八師是段討逆時的主力，這一師助段削平復辟之亂，結果鳥盡弓藏，師長李長泰被解除了兵權，段把旅長王汝賢升任師長，段以為王會感恩圖報，怎知這一著之差而栽了觔斗。
王、范寒電到京後，馮連聲說：「快快送院，快快送院。」這期間馮口頭上常掛著責任內閣四字。別人問他：「湖南問題鬧大了怎麼辦？」他答：「我有什麼辦法？有責任內閣。」又有人問：「王、范擅自通電停戰，此風殊不可長，總統以為如何：」他也是一句話：「問責任內閣。」這些話傳到段耳裡，段氣呼呼地說：「問我，我只有一個辦法，辭職！」
王、范通電發出後，立刻退兵到長沙，到長沙後即不再退，且發出佈告：「不願從事內爭，主張和平解決南北糾紛。」長沙各界迅速組成了「湖南暫時維持軍民兩政辦公處。」由王、范任正副主任，這兩位師長的私心是要繼傅良佐和周肇祥做督軍和省長。
可是到了17日，長沙城內忽來了破衣爛衫的湘軍，王、范兩人也做了逃將軍。18日長沙城內已無北兵，各界人士打電報歡迎南軍迅速開來，並推講武堂總辦彭廷衡維持秩序。
北京方面還不知局勢變化得這麼快，所以在18日這天還發佈了兩道命令——
其一是：「湖南督軍傅良佐，代理省長周肇祥擅離職守，著先行免職，聽候查辦！此令。」
其二是：「據王汝賢等電稱：傅督於十四日夜攜印乘輪不知去向，省長亦去，省城震動，人心惶恐。汝賢等為保護地方安全起見，會同在城文武極力維持，現在秩序幸保安寧等語，並據自請處分前來。傅良佐、周肇祥擅離職守，本日另有明令免職查辦。長沙地方重要，不可主持無人，即派王汝賢以總司令代行督軍職務。所有長沙地方治安均由王汝賢督同范國璋完全負責。查王汝賢等身任司令重寄，統馭無方，以致前敵敗退，並擅發通電，妄言議和，本屬咎有應得，姑念悔悟尚早，自請處分，心跡不無可原。此次維持長沙省城，尚能顧全大局，暫免置議。王汝賢等當深體中央棄瑕錄用之意，嚴申約束，激厲將士，驅除在湘逆軍，以贖前愆。倘再退縮畏葸，貽誤戎機，軍法具在，懍之慎之。」
這兩道命令頒布時，王、范已不知去向。
原來在湖南的北兵是雜湊成軍，指揮既不統一，兵士厭戰情緒很高。如山西混成旅由旅長商震率領開湘，可是開拔時所奉的命令卻是到湖北增防，怎知到湖北又開岳州，到了岳州又開長沙，所以湘軍一進攻，他們就一哄而散；還有安武軍本身就有新舊之分，新安武軍是張勳潰敗後投降倪嗣沖的，其內部矛盾很多。更重要的是北兵在湘軍紀不好，湘人早已恨入骨髓，所以這場湖南戰爭開始後，根本沒有經過激烈戰鬥，北軍就失敗了。