7月15日，段祺瑞在北京正式組閣：特任汪大燮為外交總長，段自兼陸軍總長，劉冠雄為海軍總長。17日繼續發表閣員名單，特任湯化龍為內務總長，梁啟超為財政總長，林長民為司法總長，張國淦為農業總長，曹汝霖為交通總長，范源濂為教育總長。這個內閣中，研究系佔了五席，是外交、內政、財政、司法、教育。梁啟超得到了以前求之不得的財政總長。對研究系而言，這是它極盛時代。
17日國務院下令嚴緝康有為、劉廷琛、萬繩-、梁敦彥、胡嗣瑗。至於真正的罪魁禍首張勳，只受到免職拿辦的處分。
據說張勳托庇於荷蘭公使館時，一手拿著手槍，一手拿著《復辟實錄》，內有北洋軍閥贊成復辟的文電。因此北洋軍閥投鼠忌器，不敢懲辦他。王占元、張懷芝、張作霖而且紛電北京政府，要求對張勳寬大處理。段祺瑞除了在形式上曾向荷蘭公使要求引渡外，也無其他行動。
據說張勳所珍藏的《復辟實錄》其分二類：第一類為徐州會議紀錄，是由幕僚根據回憶補寫的；第二類為北洋軍閥贊成復辟的函電，共計82件。由於張手中有這些文件，所以他有恃無恐，以此為他勒索的本錢。
北洋派三領袖之一的王士珍自覺無顏見人，他的兩個老朋友一個做了總統（馮國璋），一個當了總理（段祺瑞），而他卻變成復辟的附從，因此他準備回正定原籍隱居，段聽了馬上跑到他的寓邸安慰他，勸他以北洋團體為重，繼續擔任參謀總長。
王士珍之外，北京軍警長官江朝宗（步軍統領）、吳炳湘（警察總監）、陳光遠（第七師長）等附逆無罪，而且維持北京秩序有功，均不加罪。江朝宗是段所不歡喜的人，所以調為迪威將軍，步軍統領則調第八師長李長泰繼任。復辟犯馮德麟因張作霖的保釋電而獲得自由。張鎮芳、雷震春兩人准在獄中自備菜餚，且特准吸食鴉片。
段不僅沒有懲辦復辟禍首的興趣，甚至還想借題大赦洪憲帝制的禍首。原因是洪憲帝制禍首交通系首領梁士詒、朱啟鈐、周自齊等都是他的老朋友，在張勳復辟時，交通系曾慨助軍費，不過他雖有此意，卻因顧慮全國輿論而未立即實現。
復辟笑劇中，最有趣的是康有為和梁啟超師徒兩人各助一方，康助張復辟，復辟後的「宣統上諭」就是康的手筆；梁助段討逆，討逆檄則是梁的手筆。兩大國手所撰文獻都很動人，復辟失敗後，康恨梁入骨，有詩為證：
「此次討逆發難於梁賊啟超也，詩曰：鴟梟食母獍食父，刑天舞戚虎守闕。逢蒙彎弓專射羿，坐看日落淚潸潸。」
康有為後來曾有《致徐太傅書》洋洋五千言，登在《不忍》雜誌第九、第十兩冊中，揭發復辟經過，力指段祺瑞、馮國璋、徐世昌都曾與謀，始亂終棄，憤憤不平。且有詩為證——
「諸帥本與少軒徐州訂盟復辟，今竟妒功背盟無信，感而賦詩，詩曰：圍城慘淡睹龍爭，蟬-聲中聽炮聲。諸帥射王敢傳檄，群僚賣友竟稱兵，晉陽興甲何名義？張柬無謀召喪傾。信義雲亡人道絕，龍-收影涕沾纓」。
馮國璋於8月1日抵北京，黎元洪本避住法國醫院，因馮抵京後要來看他，所以回到東廠胡同迎接。馮抵京當天就去見黎，兩位總統相見，互相客套一番，馮慇勤地要迎黎回任總統，黎卻說了許多眾望所歸的話請馮繼任。馮這次拜訪，只坐了半個鐘頭就走了。黎送馮走後，仍回到法國醫院去。
段不願意讓黎復任總統，卻也並不希望馮繼任總統，他本想暗示北方軍閥推舉徐世昌為臨時總統，可是他的計劃還未開始，北方軍人們不識段的心意，即紛紛電請代總統入京執行元首職權。倪嗣沖在電報中呼馮為「我大總統」，呼黎為「前大總統」。這樣一來，段不好意思不讓馮代下去，只好作順水人情，他認為今後的總統只是一個高拱無為的元首，馮當了這個毫無實權的總統，反而比較在南京擁兵自重好得多，馮是在段這種心情下當了總統。
馮抵京時，清室派有代表到站歡迎。8月4日馮特派內務總長湯化龍為代表答謝遜清皇帝派代表歡迎他的盛意。湯見到溥儀時，恭行三個鞠躬禮，大聲地說：「大中華民國大總統，謹派內務總長湯化龍，致謝大清皇帝，並敬問大清皇帝安好！」世續代表溥儀也大聲地唱道：「大清皇帝謹謝大中華民國大總統答禮的盛意，並回問大總統安好！」
馮就職後，派張一-為秘書長，師景雲為侍從武官兼軍事辦公處長，熊炳琦為侍從武官兼參謀長，張宗昌為侍從武官兼副官處長，殷鴻壽為侍從武官兼執法處長，侍從武官長仍為蔭昌，總統府指揮使仍為徐邦傑，這兩人是袁時代就擔任這項職務，歷事袁、黎、馮三位總統，可稱三朝元老。
馮很認真地唱出「將相和」，他要北洋三傑團結，以重振北洋聲勢，他認為今後府院是一家，上下是一致，內外是一心。他緊握著段的手，親切地說：「以後咱們再也沒有什麼府、院之爭了。」他又對王士珍和段祺瑞說：「咱們三人從此要一條心，通力合作，在咱們三個人中間，無所謂總統、總理、參謀總長，」他的三傑一體論煞有介事。其實三人各有矛盾。根本無法「一體」。
段祺瑞討平張勳復辟時，總統問題曾使他面臨兩種抉擇，一是讓黎元洪復職，二是請馮國璋真除，在事情上段本來就瞧不起黎，這次兩人鬧得太傷感情，段認為黎免他總理職太傷他的自尊心，所以他完全不考慮讓黎復職。張國淦曾勸他說，黎無兵無勇，經過這次顛沛，如果由段擁他復任，則黎一定很聽話。馮有兵有勇，又同是北洋派的兩大台柱，做了總統可不會像黎這麼聽話。段也同意這個意見，無奈他為人太剛愎，同時又中了一種毒素，認為馮雖然有兵有勇，在北洋派中有號召力，如果留在南京便會成氣候，如果來到北京就任空頭的大總統，就慢慢會消蝕。因此他在黎、馮二人中便支持馮。其實早在袁世凱小站練兵時起，馮、段兩人便面和心不和；袁世凱死後，馮、段兩人各有千秋，對於爭奪北洋派領袖，向來不遺餘力。
段本來打算在馮入京後，即派段芝貴為江蘇督軍，小段在袁世凱時代是一等紅督，做過湖北督軍和奉天督軍，其後雖以帝制餘孽而休息一個時期，這次討逆他又東山再起，有功於「再造共和」，段想用他代替馮為江蘇督軍，應該是說得過去的，因為同是北洋派。那知馮國璋也有他的安排。他在離開南京以前，就提出調任江西督軍李純為江蘇督軍，升任駐南苑的第十二師長陳光遠為江西督軍。原來李純、陳光遠和湖北督軍王占元在北洋派中都是親馮的。早在辛亥革命時，馮國璋統率北軍第一軍南下與革命軍作戰，第一軍是由第六鎮統制（即師長）李純，第二鎮協統（即旅長）王占元，第四鎮協統陳光遠等混合編成，由此以後，他們便逐漸形成一個小集團，就是後來赫赫有名的「直系」。
直系名稱是因為馮國璋是直隸人，這和段祺瑞的皖系是因為段祺瑞是安徽合肥人相同，不過參加這兩系的軍閥們，並不完全是這兩省人，大都因為個人利害關係，並且在直、皖兩系明爭暗鬥過程中，他們的成員互相變化，很難劃分界限。
馮國璋不只是安排了江蘇督軍，同時又將一向由自己統率的禁衛軍擴大為兩個師，禁衛軍是清朝末年成立的，辛亥年袁再起組閣，即以馮為禁衛軍統領，民國成立後，馮仍繼續統率這支軍隊，名稱也不變。迨馮繼任總統後，禁衛軍改編為兩個師，以王廷楨為第十六師師長，留在南京，與由江西調來的第六師長齊燮元共同守衛江蘇地盤，另以劉詢為第十五師長兼總統拱衛軍司令移駐北京。這樣的安排，他在北京當總統便有自己的軍隊，而在長江一帶又有地盤。第六師師長齊燮元原任十二旅旅長，因前任師長周炳文患精神病，齊乃升任，這支軍隊一直駐防江西，它的前身是武衛右軍，後改第六鎮，再改第六師，段祺瑞、王士珍、吳祿貞、李純都帶過這支軍隊。
黎在馮就職後，就正式向馮提出離京赴津休養的要求，果然不出張國淦的判斷，馮慨然應允，很高興黎能離開北京城。由於馮的答允，段不便阻黎出京，但仍責成湯化龍擔保黎出京後，不作政治活動、不南下。
8月28日黎黯然離開了北京城，他在北京雖然是先任副總統後任總統，但北京留給他的，全都是痛苦的紀錄。他到天津後立即返回他的私邸，段密令曹錕就近派人監視他。
袁世凱死後的北方天下和北洋系從沒有一天安定下來，而總統問題和內閣問題也是時局紛亂的中心，北洋實力人物互相排斥，互相傾軋，黎不是北洋系，趕走了黎，紛擾並沒有解決，仍繼續不斷地發生新問題，增加新糾紛。
段內閣是7月14日由天津遷回北京的，迂迴北京後，即面臨了許多大問題，總統問題由於馮國璋來京，總算解決了，剩下還有國會問題和對德宣戰問題。
段本人當然不喜歡國會，但是既為民主共和國，就不能沒有國會。梁啟超建議在舊國會已被解散，新國會還未成立時，召集臨時參議院代行國會立法權。這是倣傚民國成立時在首都南京召集臨時參議院作為過渡性的立法機關。今天討平復辟，情況相同於民國成立時，已解散的舊國會當然不該再召集，只好由臨時參議院修改《國會組織法》與《參眾兩院議員選舉法》，然後根據這些新法召集新國會。段祺瑞既然憎恨舊國會，所以只要不召集舊國會，對於任何其他形式的立法機關都沒有意見。如果召集臨時參議院，其參議員的產生是由地方當局指派，而不是由人民選舉，這樣便可產生清一色的參議員。
7月20日，國務院舉行討平復辟政變後的第一次國務會議，通過召集臨時參議院，並推梁啟超起草通電徵求各省當局對於召集臨時參議院的意見。
7月24日國務院致各省通電說：
「今日仍為適用《約法》時代，但國會解散之後，斷無重行召集之理由。改選國會，程序繁重，非一時所能竣事。……一為改組之說，然必先修改《國會組織法》，尤必先有提議改組並制定法津之機關，其職權又為法律所許可者。……今日既為遵行《約法》時代，則所謂合法機關，無過於《約法》上之參議院者。國會之職權乃由《約法》上之參議院遞嬗而來，有參議院行使《約法》職權，即無異於國會之存在；且人數無多，選派由地方自定，依據《約法》，可以迅速成立。……總之，憲法未定以前，《約法》為根本大法。依據《約法》以召集《約法》上之參議院，依據《約法》上參議院之職權以解決制憲、修正組織法各問題，則事事守法以行，於政治上能得平允，於法律上不生矛盾。……但立法為最高機關，其成立程序，政府應徵集多數意見。即請發抒偉論，迅速詳復。」
梁啟超這篇文章做得並不高明，法理上也很勉強，好在段祺瑞的法律知識也不高明，且各有私心打算，只要能勉強地自圓其說，也就算數。這篇通電發出後，北洋派的封疆大吏紛紛復電隨聲附和，孫中山則表示了堅決的反對態度，孫說：只有恢復被非法解散的國會，才能真正符合《約法》精神，段祺瑞拒絕恢復國會而打算召集臨時參議院，完全是破壞《約法》。西南軍人都支持孫中山主張。段悍然置之不理，且由國務院正式下令：
「《國會組織法》，暨《兩院議員選舉法》，民國元年，系經參議院議決，咨由袁前大總統公佈。歷年以來，累經政變，多因立法未善所致，現在亟應修改，著各行省蒙藏青海各長官，仍依法選派參議員，於一個月內到京，組織參議院，將所有應改之組織選舉各法，開會議決。此外職權，應俟正式國會成立後，按法執行，以示尊重立法機關之至意。」
黎、段之爭和國會解散，肇因於段要對德宣戰而黎反對所引起，如今段再掌政權，自然要貫徹這個主張。黎已下台，國會已被解散，段可以隨心所欲去搞了，因此宣戰案於8月4日提交國務會議通過，14日以總統命令正式公佈，令云：
「我中華民國政府，前以德國施行潛水艇計劃，違背國際公法，危害中立國人民生命財產，曾於本年二月九日向德政府提出抗議，並聲明萬一抗議無效，不得已將與德國斷絕外交關係等語。不意抗議之後，其潛水艇計劃，曾不少變，中立國之船隻，交戰國之商船，橫被轟毀，日增其數，我國人民之被害，亦復甚眾。我國政府不能不視抗議之無效，雖欲忍痛偷安。非惟無以對尚義知恥之國人，亦且無以謝當仁不讓之與國。中外共憤，詢謀僉同，遂於三月十四日，向德政府宣告斷絕外交關係，並將經過情形，宣示中外。我中華民國政府，所希冀者和平，所尊重者公法，所保護者我本國人民之生命財產，初非有仇於德國。設令德政府有悔禍之心，怵於公憤，改變戰略，實我政府之所禱企，不忍遽視為公敵者也。乃自絕交之後，已歷五月，潛艇之攻擊如故。非特德國而已，即與德國取同一政策之奧國，亦始終未改其態度。既背公法，復傷害吾人民，我政府責善之深心，至是實已絕望。爰自中華民國六年八月十四日上午十時起，對德國、奧國宣告立於戰爭地位，所有以前我國與德奧兩國訂立之條約、合同、協約，及其他國際條款、國際協議，屬於中德、中奧之關係者，悉依據國際公法及慣例，一律廢止……。當此國變初平，瘡痍未復，遭逢不幸，有此釁端，本大總統眷念民生，能無心惻，非當萬無苟免之機，決不為是一息爭存之舉。……所願舉國人民，奮發淬礪，同履艱貞，為我中華民國保此悠久無疆之國命而光大之，以立於國際團體之中，共享其樂利也。佈告遐邇，鹹使聞知！」
北京政府宣佈對德、奧宣戰後，美國立即表示好感。8月14日美國公使照會北京外交部：
「欣願趁此機會，將友誼及聯帶責任並協助之處，特向中國政府確切聲明，自必贊助中國在國際上享得大國當有之地位及其優待。」
同時中國駐美國公使顧維鈞也向北京政府秘密報告，美國將以2億銀元借予中國，幫助中國出兵歐洲。可是段祺瑞早和日本有了密切的勾結，日本同樣向北京政府提出願意貸給同美國一樣的借款，並且不要中國出兵歐洲。段需要錢，可是不打算用這筆錢去歐洲打戰，而是用這筆錢完成他統一中國的美夢。這個美夢是北洋軍閥所夢寐以求的，過去袁世凱未完成，段以袁繼承人自居，當然希望能在自己手中完成。
不過中國向外國借款，根據民國2年英、法、德、日、俄五國銀行團和中國政府的協定，不能單獨向五國中的一國進行政治借款，更不能向五國銀團以外的國家借款，現在德國既已除外，可是其他四國還在，因此段要和日本秘密借款，是需要費點周折的。
8月10日，日本藏相勝田迅速與中國親日派的陸宗輿組成了中日合辦的中華匯業銀行，由陸為經理，這個銀行以投資中國為基本業務。接著中國先向五國銀行團提出申請，要借1億銀元的善後借款。這時歐戰在緊急時期，英、法、俄三國都沒有力量提供這筆借款，德國已成敵國自然除外，於是經協商後，就推由日本銀行團先行如數撥借，待歐戰結束，再由五國銀行團撥還。8月28日，日本正金銀行理事小田切萬壽代表日本銀行團墊付了1000萬日元作為第一批善後借款的墊款，中國代表簽約的是段內閣中財政總長梁啟超，借款契約如下：
一、名目：墊款。二、金額：1000萬元。三、利息：七厘。四、年限：一年。五、折扣：7％。六、擔保：中國鹽稅餘額。七、用途：行政費。八、用途稽核：依民國第一次善後借款項目辦理。九、承借者：日本銀行團。
此外，日本政府還以半公開或不公開的各種方式向北京政府大量投資，9月26日成立交通銀行第二次業務借款2000萬日元，由曹汝霖經手。10月12日成立吉長鐵路借款650萬日元，由滿鐵提供，以該路財產及收入為擔保，以聘用日本技師及管理人員為條件。
中國參戰後，協約國自然給中國政府一些報酬，9月8日協約國公使承認：（一）庚子賠款可以停付五年，停付期內不加利息，但是，俄國佔有賠款總額26％，除其中10％可以緩付外，其餘16％，仍須按期照付。（二）關稅可以提高5％，但須先成立由有關與中國共同組織的委員會調查標準價格，然後釐定稅則；中國在必要時期可以在天津周圍20里內駐兵，但以防範敵僑為限。