袁世凱死後，北洋軍的勢力仍然控制了三分之二的中國大陸各省，可是護國討袁的雲南、四川、貴州、廣東、廣西加上湖南，則是北洋軍勢力所不及的地區，被稱為西南六省。這六省從護國戰爭後便和北京政府對立，不過這六省又分為兩個區域，滇、川、黔是一個區域，由唐繼堯所控制，而兩廣則在桂系勢力範圍下，湖南也頗受影響。儘管南方反對北方，可是南方的局面也動盪不安，尤其是廣東和四川。
四川方面，護國戰爭時蔡鍔統率川、滇、黔三省軍隊在四川境內與袁軍作戰，迨蔡離開四川後，滇黔兩省軍隊仍留四川，川軍劉存厚獲段祺瑞的支持，滇軍領導人是羅佩金，他當然獲得唐繼堯的支持，黔軍領導人是戴戡，也得到貴州督軍劉顯世的支持，劉顯世是屬於研究系的。
羅佩金是四川督軍，戴戡是四川省長，劉存厚是川軍第一軍長，羅、戴不合事實上早有夙因，羅在蔡鍔的護國第一軍任總參謀，鉅細躬親，決策多中，頗有人望。他出身世家，清末留學日本入士官學校，回國後在雲南任標統，民元雲南蒙自兵變，羅隻身入匪穴，手擒叛將。後來擔任雲南民政長，頗識政體，用人能拔擢其才。護國軍入川，雖佐蔡有功，但蔡、羅並不是水乳相融，而蔡頗親近戴戡。當時在川的護國軍，滇、黔兩部並不是太合作，所以羅任督軍後，對於一個有兵權的戴戡做省長是不太高興的。
討袁軍事結束後，四川的問題頗複雜，因為四川有四川的軍隊，又有喧賓奪主的滇軍和獨樹一幟的黔軍。羅佩金既然是四川督軍，滇軍在護國討袁之後又為主力，羅自然以領導自居，可是戴戡有戰功、有兵權，又居省長職，自然也不相讓。至於川軍有四川人做後盾，對於客軍在川反感極大，於是四川局面就像一座火山，滇、黔、川三軍鼎足而立。
四川人這時產生了一種強烈的反雲南人的怒潮，由於政權是在雲南人手中，一些護國軍中有功勳的人便都分據川省要津，羅佩金派李臨陽為政務廳長。李是雲南鉅商天順祥號的少東，對於政務並不熟諳，派出許多縣知事多不稱職，不識體統，許多人都志在發財，更有販賣鴉片。川人文風極盛，善於議論，發言盈庭，輿論既然不直滇人，反滇的言論遂不脛而走，推波助瀾，形成了嚴重的對立。
羅佩金對於川督並不戀棧，早先他風聞段祺瑞有意要派吳光新督川，他即電段請援陸榮廷入京之例請求准假，並以講武學校校長韓鳳樓護印。段得羅請假電正中下懷，復電批准，可是羅的部下聞羅請假，為之大嘩，紛紛電請留羅，戴戡也電北京密陳羅在目前不應離川，唐繼堯也為羅聲援，黎元洪乃電羅緩行，段亦同意。
這時候四川的各軍計有七個師三個混成旅，川軍佔五個師，兩個混成旅，為：第一軍軍長劉存厚兼第二師師長，第一師師長周道剛，第三師師長鍾體道，第四師師長陳澤霈，第五師師長熊克武，第一混成旅旅長劉成勳，川邊混成旅旅長陳遐齡。黔軍只有一個混成旅旅長熊其勳。滇軍有兩個師，第六師師長顧品珍，第七師師長趙又新。此外川邊鎮守使殷承獻尚有一部分滇軍。四川本是富庶省份，清末承平時，為儲年餘700萬兩銀子，只養經制兵一協，現在負擔龐大的兵力，財政當然困難萬分。黎上台後，北京政府希望全國裁軍，對於四川自不例外，一再責成羅佩金裁軍。6月1日，羅和段祺瑞所派的四川檢查使王芝祥會商，決定把留在四川的滇、黔軍一律改編為中央軍，歸中央陸軍部直接統率，軍費由中央直接負擔。接著段核准把在川的滇軍改編為一個師一個旅，把黔軍改編為一個混成旅一個獨立團，內定滇軍首領顧品珍為中央第十四師師長。由於這個整編計劃使劉存厚和川軍大為不滿，因為滇、黔軍變成中央軍後，留在四川便不是「客軍駐境」而是「鳩佔鵲巢」了。於是川軍發出了控訴電，略云：「滇軍去年入川只十七營、戰事平定後所存者十二營，而羅電告詐稱二師，隨即在滇招來徒手七千餘人。滇軍增而川軍四五兩師各縮編為一旅，其餘三師每連減為九十人。兵工廠出品全給滇軍。」劉存厚另有電報控訴說：「羅一方減川軍餉項，每師八十萬元，一方增滇軍餉項，每師一百二十萬元。」
羅佩金第一步想調開劉存厚，曾一度密請段內閣調劉到北京給以虛位閒職，並且保薦滇軍梯團長劉雲峰調任川軍第二師長。段表面上予以核准，卻暗中挑撥川、滇軍的內哄，一方面竭力贊成羅的裁減軍隊，縮編川軍，一方面卻又指使川軍反抗羅的裁兵計劃。段希望因川、滇軍的公開衝突，可以造成北洋軍開入四川的「漁翁之利」。段雖然同意羅的要求要調劉存厚入京，可是調職命令卻不發，同時更以參陸辦公處的名義，把羅的秘密計劃通知了劉，又用「用中為該師長桑梓之地」的說法煽動劉存厚對羅的反抗，更凶的是參陸辦公處曾密電川軍將領說：羅要求更換的川軍將領不止劉一人，其目的是在煽動全體川軍將領對羅進行反抗。
這一期間，羅佩金和劉存厚都以為自己的後台是段祺瑞。
段既然同意羅佩金的請求，由劉雲峰接替劉存厚為川軍第二師長，劉雲峰便前往接事，劉存厚命令第二師軍官拒絕劉雲峰，自己也不加以理睬。移交的事便鬧僵了。正如滇籍國會議員王禎等所指責的：「羅督電請更換師長劉存厚，無論或准或不准，均無與劉商量之餘地。乃院電徑將羅電直達劉，使之聞之，不啻使劉與羅橫生意見。」這可證明段的私心是挑撥羅和劉敵對。
羅佩金逐劉存厚不成，便想下令裁撤第一軍所屬的第一混成旅。旅長劉成勳表示服從，但要求先清發欠餉，羅拿不出欠餉，只好作罷。
羅佩金裁兵計劃兩次碰壁，就只能選擇另一弱者進攻，他下令將川軍第四師縮編為一旅，該師師長陳澤霈原屬於滇軍系統，後來調任川軍師長後，便倒向川軍一方，他對縮編命令也是討價還價，要求縮編為一個混成旅和一個團，比羅決定的縮編方案超過一個團，同時也要求清發欠餉。
這時，川軍將領認為羅督軍不是單獨對待第四師問題，而是和全體川軍生死存亡有關。因此，五個川軍師長聯名通電反對羅佩金裁兵計劃。不過川軍的五個師長，其意見和態度是有差別的；鍾體道、劉存厚、陳澤霈打成一片，周道剛則是兩面討好政策，熊克武因為是國民黨員，不便倒向北洋派，所以也持中立。周、熊都駐在重慶。
羅佩金因為裁兵計劃一再受挫，不能再容忍川軍五個師長集體抗命，6年4月5日，他突派滇軍包圍川軍第四師駐成都的兩個團，沒有發給欠餉就勒令繳械遣散，同時還以武力壓迫該師其他各團一律繳械遣散。這一來川軍人人自危，集體反抗，羅乃宣佈第四師駐省城以外各團無變動。
4月18日，在成都的川軍第一軍和滇軍開炮互相轟擊。雙方互相說對方是禍首。羅佩金說是劉存厚先下令炮轟督署，劉有厚說是滇軍首先在西北角開射大炮。18日這天成都城炮聲隆隆，殺聲四起。劉電調各路川軍來援，羅也調動自流井、瀘州、敘州及川北綿陽等縣的滇軍到省接應。成都城內劃分為川軍、黔軍、滇軍三個駐防區，黔軍在戰爭中保持中立。不過川、黔兩軍防區的居民卻可以自由往來，滇軍則是獨立的。
19日滇軍退守皇城，在城牆內發炮阻止攻城的川軍，以煤油灌在皮管內向皇城周圍民房掃射，以掃除障礙。這天成都全城火光燭天，殺聲震地。省議會議長胡駿急忙打電話邀請商會和各國領事，冒險向川、滇兩軍交涉，要求停止戰鬥。20日天明，川、滇軍開放柵門准許災區人民進來，據紅十字會調查，人民被燒死的、被擊死和擊傷的，有1000多人，被焚民房有3000餘戶，災民多向中立的黔軍防區逃命，火勢一直燒到22日才被撲滅。20日由省議會、商會、英法日三國領事分途向雙方進行調停，停戰一天，由黔軍開駐川、滇軍防區之間以阻止雙方開炮互擊。
成都爆發內戰後，川軍旅長劉湘、劉成勳、但懋辛，團長鄧錫候、田頌堯、賴心輝、向傳義、呂超等發表聯名皓電斥羅：「在任數月，皓嗜淫賭，勒提稅款逾700萬，本省軍餉數月未發。」唐繼堯也發表皓電指責川軍：「川省實行裁兵，原屬正辦，乃劉師長竟令所部圍攻督署，實屬不顧大義，應請主持公道，迅予解決。」四川和雲南兩省議會和兩省國會議員紛紛發表談話，或通電互相攻訐，雲南說川軍「爭權叛變」，四川說滇軍「侵略鄰封」。
滇、川、黔軍在成都城劃分了三大區域，第一部分是中立區域，系黔軍駐守，由東門起經糠市街、書院西街、湖廣街、華興街轉至會府、順城街、鹽市口、三橋南街直至南門，這些地區全由黔軍駐防，並把地面的石板築成掩護，堵截亂兵。第二部分由南門自孟家巷起轉西至少城，由北門老關廟之西，及正府街青龍街之北，全是川軍駐紮區域。第三部分從東門自宇庫巷經詹天廟、書院北街、梓潼橋、慈惠堂、純陽觀、馬王廟、銅絲街、喇嘛寺以及皇城附近為滇軍駐紮區域。
滇、川軍戰鬥時，滇軍以皇城為大本營，以東較場為輔助軍。川軍以北較場為大本營，以西較場為輔助軍。皇城在成都的中心，滇軍自皇城發炮向西北兩較場轟擊，同時也受到來自這兩處地方的還擊。成都人民受禍最烈的是皇城壩和北較場附近，其次為東西較場。
6年4月20日北京政府已經接到四川內戰爆發的消息，於是段祺瑞下令以羅佩金為超威將軍，劉存厚為崇威將軍，而四川督軍一職由省長戴戡暫行兼代，劉雲峰為四川陸軍第二師長。這批人事命令毫無曲直是非，不過段有個私心，便是命令他的內弟吳光新由宜昌帶兵到四川平亂，為吳光新督川鋪路。至於進步黨（研究系）則希望戴戡由兼代而實授，因為戴屬於進步黨。另一批人政學系則支持岑春煊督川，段對國會說：「我在位一天，決不與岑共事！」
川、滇軍之戰不止在成都，成都城外和內江都有戰鬥。4月21日，羅奉到北京政府的調職令，即將督軍印信送給戴戡，表示遵奉政府命令。22日成都紳商和外國領事邀請羅佩金和劉存厚兩人在省長公署舉行調解會議，羅派代表韓鳳樓，劉派代表徐孝剛參加。滇軍要求墊發開拔費60萬，並由英、法、日三國領事擔保安全退出省城，雙方都簽訂了停戰協定。可是到了晚上，又各自逞威地開起炮來。雙方都指責對方背約。大戰到半夜才停止，當晚北京政府電催羅、劉兩人迅速交卸職務前赴北京。
23日北京政府派王人文為四川查辦使，並嚴令川、滇兩軍停戰。24日段祺瑞接到戴戡的密電，報告羅願遵令卸職，但川軍仍於23日炮攻督署，滇軍並未還擊。段大為光火，乃下令免了劉存厚的崇威將軍，並令聽候查辦。
24日羅佩金率領滇軍由成都東門退出，劉存厚率領川軍由成都西門退出。羅臨走時發出敬電說：「佩金遵令移交，乃劉存厚仍復施放大炮，並令所部搜捕滇人，受害之家不知凡幾？……劉存厚自稱為四川臨時督軍，廣出佈告，並調第一師周道剛所部由東路西上，第三師鍾體道所部由川北赴省。現駐簡陽、新都等處滇軍均被圍攻甚急。……在川滇省軍民是否徒手聽其屠滅？」羅還有電報指摘北京政府從中挑唆。以致引起成都事變，北京國務院發表有電否認其事。唐繼堯也有敬電指摘北京政府處理四川問題不公，他說他和羅佩金、劉存厚兩人都是士官老同學，又曾共事多年，但是「公誼所在，不能偏徇私見。」他認為北京政府如此處置，「國家法紀何在？政府威信何在？長作戰之風，開凌上之漸。」因此他準備出兵昭通作為在川滇軍的後援。
不論羅佩金在四川功罪如何，也不論羅戴、羅劉之間的是非，有一點羅是可取的，他竭力阻止滇軍糜爛四川，當時滇軍認為劉存厚和川軍迫人太甚，滇軍受侮太重，因此戰意旺盛，羅佩金極力壓制，滇軍中主戰最激烈的團長李植生，竟因奉命不許出戰而舉槍自殺。
滇軍退出成都後，仍駐紮四川最富足的幾個縣份，如資中、簡陽、榮威、富順、自流井、瀘州、宜賓等地。