黎元洪的一生，是幸運也是不幸，他在辛亥起義時糊塗地做了民國元勳，又在袁世凱稱帝失敗後，莫名其妙地坐上了總統寶座。袁世凱在做民國總統時，感覺到做得很不舒服，因此逐漸產生了總統不如皇帝的錯誤觀念，一念之差演成「洪憲稱帝」的悲劇。黎元洪則是在總統任內沒有過一天舒服的日子，因為黎、段之間勢成水火，遂致總統府與國務院之間也無法調和。
黎、段兩人有新仇，也有舊恨，舊恨是當黎以副總統身份兼領湖北都督時，段奉袁的密令以綁票方式來武漢，押他上火車，結束了黎在湖北的局面，從此黎在北京做了袁世凱的政治俘虜；新仇是段雖擁黎繼任總統，可是在袁死後段去見黎時，一言不發，面孔冷酷有如對待一個陌生的政敵，加上張鎮芳又從中挑撥。張鎮芳是袁臨終時四個接受顧命大臣之一，可是段祺瑞卻最瞧不起張，由於張是袁的表弟，洪憲帝制時，張在大典籌備處辦事，貪污舞弊，所以段經常罵他是「黃帶子」、「掌櫃的」。張自然也恨段入骨。黎繼任總統後，張在黎的軍事智囊哈漢章面前放了一把野火，他說：「我們在項城（袁）的靈前討論總統問題時，老段反對黃陂（黎）繼任，是東海（徐世昌）竭力促成的。」這句話很讓黎相信，所以黎非常恨段，對徐世昌則有好感。
至於段呢？壓根就瞧不起黎，因為在清朝時，段曾做過統制（等於師長地位）、軍統（等於軍長地位）和提督，並且署理過湖廣總督，可是黎那時才不過是一個協統（等於旅長地位）；到了袁世凱時代，段則是北洋系首屈一指的大將，而黎雖是副總統，在段眼中，不過因緣時會，竊取辛亥革命果實，到北京後只是個政治俘虜；袁死後，黎的總統是段一手「提拔」起來的，如果段不支持黎，黎根本登不上總統的寶座。他在袁死的當天晚上告訴黎派來探聽消息的張國淦說：「我姓段的支持黎，就是一句話，不會讓姓黎的落空。」
因為段有這些觀念，所以完全不把黎放在眼中，黎則看段有如芒刺在背。黎、段之間便因此無法諧合。
黎接任總統後，對當時的各項問題由不問而要問，由要問而多問，他認為小事可以不問，大事必須過問，這對段是無法忍受的。段本已苦於國會給他的困擾，使他不能獨斷獨行，再加上黎元洪遇事總是掣他的肘，使他感到非常受不了。他有時向他的親信抱怨說：「我是要他來蓋章簽字的，不是請他來壓在我的頭上！」
段擁黎為總統只是叫他蓋章，這一點可以從段的秘書長徐樹錚的一句話中證實。有一天徐樹錚拿了三個人事命令到總統府請黎蓋大印，黎偶然問到這三人的出身和歷史，徐樹錚就很不耐煩地說：「總統不必多問，總理早已研究清楚，請快點蓋印吧，我的事情還忙得很哩。」黎聽了這話真是氣得頭上要冒出火來，他臉上發青地對手下人說：「我本來不要做這樣總統的，而他們竟公然目無總統！」
黎任總統後調張國淦為總統府秘書長（後來張辭職，改由丁士嶧），以林長民、賈壽坤、雷豫釗、歐陽葆真、劉遠駒、張則川、瞿瀛、施泰祺八人為秘書。軍事幕僚有哈漢章、金永多、蔣作賓等。
軍事幕僚們經常建議黎必須掌握兵權，他們的理由是：「責任內閣制是指政治而言。軍事方面總統既然是全國陸海軍大元帥，就不能不管軍事，大元帥沒有軍權，總統有什麼做的價值？」這些話黎很聽得進去，他把自己的總統地位和袁世凱做總統時候一比，覺得袁當時何等威風，自己今日何等可憐，自己雖不想大權獨攬，可是要制止軍人的跋扈擅專，則應該把軍權抓在自己手上。黎這個意圖和段完全對立。段認為袁世凱當年最大的錯誤就是成立「全國陸軍統率辦事處」以集中軍權，段的解釋是：他以內閣總理身份而掌握全國政權，又以陸軍總長身份而掌握全國軍權。段今日的地位是建築在軍事獨裁上，他之所以能控制住北洋系，就因為他有軍權，如果讓總統管軍權，他豈不是手無寸鐵，總統一紙命令就可以撤換了他嗎。所以這一點他是誓死必爭的。
當陳宦帶了一師部隊離開四川時，黎的軍事幕僚擅自打了一個電報勸陳宦自動解散軍隊，陳宦居然不向內閣請示就奉總統命而行。段為此恨黎的幾個軍事幕僚入骨入髓，他公開指哈漢章、金永炎、黎澍、蔣作賓為府中四凶。段認為黎竟然過問到督軍問題（陳宦督湘是黎所堅決主張的），以及解散北洋軍隊，是可忍孰不可忍，所以段一直要對付陳宦，「殺雞給猴子看。」
民國元年宋教仁所致力且因此而喪生的理想——責任內閣制，到了袁死後，竟在段祺瑞組閣時實現。因此，這一期間的總統府和國務院的權力，恰恰和袁時代相反，黎雖能忍讓，可是也有限度。段的強項，在袁世凱末期已表現出來，他對袁都敢使氣，何況他平素就瞧不起黎元洪，如今兩人共事，他更不把黎放在眼中了。
北洋時代軍閥割據局面，是逐漸形成的，其實憑心而論，袁並不願見軍閥割據，尾大不掉。無奈軍人霸佔地盤後，袁的利益和他們的一致時，他們就奉行命令，不一致時，他們就可以不理睬，因此割據的形勢是自然形成的。
在袁世凱時代，他曾授意黎元洪發出主張各省軍民分治，和廢督裁兵的通電，袁希望借此試探能否在各省行得通，只要各省不堅決反對，袁意思是先將都督和民政長兩個職務分開，然後著手裁兵，各省都督一律裁撤，各省軍隊一律直屬中央，把各省軍閥割據的局面轉變成中央（袁一個人）集權的局面。當然，這個計劃是得不到各省軍閥的支持，不過這是一股正流，全國明達之士都支持廢督裁兵的計劃。這個計劃雖孕死腹中，然而黎卻因此而獲得虛名。
黎自己當總統後，自然而然更想貫徹這個主張，所以他極力推行這個計劃，他雖然是個沒有實權的總統，可是他並不甘以沒有實權而自居，他認為當年他提出這個主張時，全國都有共鳴，袁死後天下大變，在此時舊調重彈，或者可以行得通的。在裁兵這一點上，段祺瑞是完全站在黎這一邊的，這當然由於利害上的一致，而非見解上的雷同。所以北京政府在軍務院撤銷後，立即發出「收束軍隊」的號召，責成各省軍事當局將以前派出作戰的軍隊撤回原防，並著手編遣各地民軍，以及自從戰事發生後擴充的新編軍隊，北京要求所有軍隊都應接受北京政府的直接管理。
黎、段雖然對裁兵問題意見一致，可是在目的上則顯然不同。黎的意思是全國普遍裁兵，無論南北，不厚此薄彼；段則是要大量裁減南方的軍隊，對自己所能控制的北洋軍則不願裁減，相反地還想繼續擴充。黎的目的是：總統和總理應該分權分工，總統以陸海軍大元帥地位管理軍事，內閣總理則專管政務。軍權既要集中於中央，總統的權力就要提高，使總統在實際上具有指揮全國軍隊和任免全國軍事長官的大權；段的目的是：全國軍權都應該由陸軍部掌握，所謂中央就是責任內閣，並不是總統。
至於廢督問題，段認為當袁權勢最盛時，曾把都督一律改稱將軍。同時計劃廢省改道，以削弱地方軍閥的權力，可是廢省改道計劃完全行不通。段有鑒及此，乃想出一條比廢省更為巧妙的方法，擬將全國行政區改革，縮小省區，把全國劃分更多的省。北京內務部根據段的特別指示，制定了全國劃分為49個省和特別行政區，只有東三省因外交關係暫不更動。縮小省區計劃，在北方各省都一致反對，於是只好束之高閣了。
在護國倒袁期間，由於戰爭的關係，所以南北雙方都盡量擴充軍隊，當時全國軍隊究竟有多少數目，誰也無法統計，因為如果調查人數，是為了達到擴充的目的，自然盡量誇大。可是袁死後，全國重歸和平，當務之急，在於復員，減小軍隊員額是復員的第一步，但這卻是極其困難的問題。
段擬就了一套裁兵計劃，是規定全國陸軍為40師，每師1萬人，另編20個獨立旅，每旅5000人，合共50萬人。此外各省可以保留一些非正規性質的警備隊，但全國警備隊不得超過200營，每營500人，合共10萬人。在這個計劃中，陸軍和警備隊的區別是陸軍有一定的番號而無固定的防地，可以調來調去。警備隊則以維持地方治安為職責，其調動範圍不出省境。這與袁在時的計劃並無兩樣，袁是把全國軍隊分為中央軍和地方軍，規定中央軍是正規軍；中央軍不僅在數量上超過地方軍，同時在素質上也優於地方軍。這時，北洋軍多已有了正式番號，西南各省的軍隊則被列入暫編性質，其番號是××省暫編陸軍第××師。暫編的含意就是等候整編，整編後可以編為中央軍，也可以編為地方軍。北洋軍既然是正規的中央軍，自然可以隨時調赴各省駐防，可是地方軍就不能任意活動。根據這個原則，段祺瑞在袁死後，還想繼續北洋軍留駐西南境內的已成之局，這便造成了更混亂的情勢。如在四川和湖南兩省，尤其是四川。
段祺瑞要求西南各省裁軍也未達到目的，因為這時只是表面上的和平和統一，事實上西南各省對北京仍採取一種貌合神離的態度，繼續把持稅款，擴充軍隊。
不只是各省不肯聽命中央，甚至平素以筆桿為武器的進步黨也想在西南地區建立私有武力，這可以從梁啟超給他信徒的信中看出這種野心：「吾儕自命為穩健派者，曾無尺寸根據之地，惟張空拳以代人吶喊，故無往而不為人所劫持，無時不為人所利用。」進步黨實際上並沒有什麼組織，只是通過梁啟超和蔡鍔的關係，在四川和貴州有點力量，後來由於岑春煊和陸榮廷的關係而在兩廣有點力量。梁啟超很想把四川、貴州和雲南變成進步黨的根據地，建立武力基礎，把進步黨變成一個有實力、有根據地的黨派，以便在中央爭取更大的權力。
軍閥和割據的局面就是在這些問題中逐漸形成的，所謂冰凍三尺，非一日之寒！